前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐. 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程开始,再去看原理. 为什么这么说呢,因为对于初学者来说,跑流程就像一个大黑洞,学习原理就像一个小黑洞. 很多人花了好几个月的时间在看原理,一旦丢给他数据去分析,依旧束手无策. 不会跑流程,内心依旧会很恐慌.就像从来没有入门一样. 所以,我的建议是咱们先不去管原理,直接从分析入手. 等把数据跑出来了,整个流程的技能点满了,再去看看它的原理. 入门:学习GWAS的在线网站: 对于没有

1.外部配置加载顺序 SpringBoot也可以从以下位置加载配置: 优先级从高到低 高优先级的配置覆盖低优先级的配置,所有的配置会形成互补配置  1.命令行参数 所有的配置都可以在命令行上进行指定 先打包在进行测试 java -jar spring-boot-02-config-02-0.0.1-SNAPSHOT.jar --server.port=8087 --server.context-path=/abc 指定访问的路径 多个配置用空格分开: --配置项=值 -- 由jar包外向jar包

自动配置原理 本节内容分为三个部分 配置文件的写法 分析自动配置原理 @Conditional 一. 配置文件的写法 配置文件可以写什么? 是与/META-INF/spring.factories配置文件相关联,在该文件中,我们通过源码可以找到 我们在配置文件中要写的配置 二 .分析自动配置原理 1.SpringBoot启动的时候加载主配置类,开启了自动配置功能 @EnableAutoConfiguration 2.@EnableAutoConfiguration 作用 : 利用EnableAu

一.为什么要做GWAS的条件分析(conditional analysis) 我们做GWAS的时候,经常扫出一堆显著的信号,假设rs121是我们扫出来与某表型最显著相关的位点(P=1.351e-36),rs124尾随其后(6.673e-22),也是与该表型显著相关,那么这个时候,我们就有问题了:这个rs124位点是真的与该表型显著相关,还是因为rs124与rs121高度连锁不平衡(linkage disequilibrium).换句话说,rs124之所以出类拔萃,是因为它本身厉害,还是有rs12

前言 关于全基因组关联分析(GWAS)原理的资料,网上有很多. 这也是我写了这么多GWAS的软件教程,却从来没有写过GWAS计算原理的原因. 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理.我一顺口就答应了. 后面一直很懒,不愿意动笔,但想着既然答应了,不写说不过去. 我写这段话的意思是,如果你有任何关于GWAS分析问题或者疑问,希望我能写一下的,可以跟我说. 如果我认为有价值,写出来对大家有帮助的话,会写的. GWAS所涉及的公式:最小二乘法 首先,我们来一个知识点的回顾:最小二乘法

1,这里讲的是:org.springframework.context.annotation.Conditional 2,在springConfig文件里注册bean @Conditional(ColorCondition.class) @Bean public Color red() { Color red = new Color(); red.setName("红色"); red.setWeight("好靓"); return red; } 3,ColorCon

CSharpGL(30)用条件渲染(Conditional Rendering)来提升OpenGL的渲染效率 当场景中有比较复杂的模型时,条件渲染能够加速对复杂模型的渲染. 条件渲染(Conditional Rendering) 当我们能够断定一个模型被其他模型挡住(因此不会被Camera看到)时,我们就可以跳过对此模型的渲染.这就是条件渲染的根本. 那么如何去判断?方法就是用一个简单的包围盒(比如一个立方体)去渲染一下,看看fragment是不是有变化(即包围盒上的某些部分通过了depth t

原理 http://www.cnblogs.com/skynet/p/4173450.html 快速通用网关接口(Fast Common Gateway Interface/FastCGI)是通用网关接口(CGI)的改进,描述了客户端和服务器程序之间传输数据的一种标准.FastCGI致力于减少Web服务器与CGI程式之间互动的开销,从而使服务器可以同时处理更多的Web请求.与为每个请求创建一个新的进程不同,FastCGI使用持续的进程来处理一连串的请求.这些进程由FastCGI进程管理器管理,而

https://yq.aliyun.com/articles/6056 转 在spring boot里,很吸引人的一个特性是可以直接把应用打包成为一个jar/war,然后这个jar/war是可以直接启动的,不需要另外配置一个Web Server. 如果之前没有使用过spring boot可以通过下面的demo来感受下. 下面以这个工程为例,演示如何启动Spring boot项目: git clone git@github.com:hengyunabc/spring-boot-demo.git m

GWAS的数据形式:SNP数据,即各个SNP位点的aa,Aa,AA基因型与疾病状态(0正常,1患病)的样例-对照数据. 在遗传流行病学上,全基因组关联研究(Genome Wide Association Studies,GWAS)是一种检测特定物种中不同个体间的全部或大部分基因,从而了解不同个体间的基因变化有多大的一种方法.不同的变化带来不同的性状,如各种疾病的不同. 这些研究通常比较两组参与者的DNA:有疾病的人(病例)和相同条件的无该疾病的人(对照).每个人都提供些作为样本的细胞,如从口腔内

Golang从1.5开始引入了三色GC, 经过多次改进, 当前的1.9版本的GC停顿时间已经可以做到极短. 停顿时间的减少意味着"最大响应时间"的缩短, 这也让go更适合编写网络服务程序. 这篇文章将通过分析golang的源代码来讲解go中的三色GC的实现原理. 这个系列分析的golang源代码是Google官方的实现的1.9.2版本, 不适用于其他版本和gccgo等其他实现, 运行环境是Ubuntu 16.04 LTS 64bit. 首先会讲解基础概念, 然后讲解分配器, 再讲解收集

前言 开心一刻 一名劫匪慌忙中窜上了一辆车的后座,上车后发现主驾和副驾的一男一女疑惑地回头看着他,他立即拔出枪威胁到:“赶快开车,甩掉后面的警车,否则老子一枪崩了你!”,于是副驾上的男人转过脸对那女的说:“大姐,别慌,听我口令把刚才的动作再练习一遍,挂一档,轻松离合,轻踩油门,走...走,哎 走...哎,哎,对,走走... 最后,三人都躺到了医院,劫匪的手上还戴上了铐子... 劫匪的内心 路漫漫其修远兮,吾将上下而求索! 前情回顾 估摸着大家已经忘记了createApplicationConte

注意:本 Spring Boot 系列文章基于 Spring Boot 版本 v2.1.1.RELEASE 进行学习分析,版本不同可能会有细微差别. 前言 关于配置文件可以配置的内容,在 Spring Boot 官方网站已经提供了完整了配置示例和解释. 可以这么说,Spring Boot 的一大精髓就是自动配置,为开发省去了大量的配置时间,可以更快的融入业务逻辑的开发,那么自动配置是怎么实现的呢? 1. @SpringBootApplication 跟着 Spring Boot 的启动类的注解

数据预处理(DNA genotyping.Quality control.Imputation) QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成 2. 表型数据统计分析 逻辑回归(表型数据为二元) 线性回归(表型数据为连续性变量) 表型数据正态分析(如果不是正态分布,需转换处理为正态分布) 表型数据均值.中值.最大值.最小值 影响因子对表型的影响分析 3.画曼哈顿图(GWAS)和QQ plot图 (一).准备plink文件 (1).准备PED文件 PED文件有六列

主程序类的注解 @SpringBootApplication 注解,它其实是个组合注解,源码如下: @Target({ElementType.TYPE}) @Retention(RetentionPolicy.RUNTIME) @Documented @Inherited @SpringBootConfiguration @EnableAutoConfiguration @ComponentScan(excludeFilters = { @Filter( type = FilterType.CU

上篇介绍了如何基于profile来条件化创建bean,spring会根据profile的激活状态来进行创建;这篇介绍如何基于spring4.0引入的@Conditional和Condition接口来更加完美的创建bean: 假设你希望一个或多个bean只有在应用的类路径下包含特定的库时才创建.或者我们希望某个bean只有当另外某个特定的bean也声明了之后才会创建.我们还可能要求只有某个特定的环境变量设置之后,才会创建某个bean.在Spring 4之前,很难实现这种级别的条件化配置,但是Spr

Golang从1.5开始引入了三色GC, 经过多次改进, 当前的1.9版本的GC停顿时间已经可以做到极短.停顿时间的减少意味着"最大响应时间"的缩短, 这也让go更适合编写网络服务程序.这篇文章将通过分析golang的源代码来讲解go中的三色GC的实现原理. 这个系列分析的golang源代码是Google官方的实现的1.9.2版本, 不适用于其他版本和gccgo等其他实现,运行环境是Ubuntu 16.04 LTS 64bit.首先会讲解基础概念, 然后讲解分配器, 再讲解收集器的实现

一.前言 Vue的核心是双向绑定和虚拟DOM(下文我们简称为vdom),关于双向绑定可以参阅木琴的文章<剖析Vue原理&实现双向绑定MVVM>,vdom是树状结构,其节点为vnode,vnode和浏览器DOM中的Node一一对应,通过vnode的elm属性可以访问到对应的Node. vdom因为是纯粹的JS对象,所以操作它会很高效,但是vdom的变更最终会转换成DOM操作,为了实现高效的DOM操作,一套高效的虚拟DOM diff算法显得很有必要. Vue的diff算法是基于snabbd

SpringBoot 自动配置主要通过 @EnableAutoConfiguration, @Conditional, @EnableConfigurationProperties 或者 @ConfigurationProperties 等几个注解来进行自动配置完成的. @EnableAutoConfiguration 开启自动配置,主要作用就是调用 Spring-Core 包里的 loadFactoryNames(),将 autoconfig 包里的已经写好的自动配置加载进来. @Condit

1).spring boot启动的时候加载主配置类,开启了自动配置功能@EnableAutoConfiguration,先看一下启动类的main方法 public ConfigurableApplicationContext run(String... args) { StopWatch stopWatch = new StopWatch(); stopWatch.start(); ConfigurableApplicationContext context = null; Collection