改编: python ~/tools2assemble/run_fastuniq.py SHT-3K-1_1.fq.gz SHT-3K-1_2.fq.gz 好像不支持gz文件,要先解压 http://sourceforge.net/projects/fastuniq/ 下载: http://sourceforge.net/projects/fastuniq/files/FastUniq-1.1.tar.gz/download 如果下载下来文件名是download 改一下名字 这是个tar.gz文

在16S数据分析中,为了减少聚类的时间,提高准确度,需要去除重复序列,而singleton序列因为没有其他的序列作为验证,可信度不是很高,也需要去除,通常情况下使用usearch 完成这2项任务,但是usearch 64位是收费的,而32为的usearch 在64位的red hat 上测试时,去除重复序列时报错了,libgomp: Thread creation failed: Resource temporarily unavailable 百度之后了解到是由于进程数达到上限,修改了上限后还是

版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字. 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Library of Bioinformatics 转载地址:https://www.plob.org/article/11698.html WGS数据分析的目的是准确检测出每个样本(这里特指人)基因组中的变异集合,也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列.我把整个分析过程按照它们实际要完成的功能,将其分成了三个大的

cutadapt 是一款质量过滤的软件, 它可以删除adapter, primer. polyA尾等序列:也可以用来去除低质量序列 源代码: https://github.com/marcelm/cutadapt/ 官方文档:http://cutadapt.readthedocs.org/en/stable/ 安装:           git clone https://github.com/marcelm/cutadapt/           cd cutadapt           p

转自声明的奥秘 www.lifeomics.com DNA甲基化与肿瘤发生:         DNA甲基化水平和模式的改变是肿瘤发生的一个重要因素.这些变化包括CpG岛局部的高甲基化和基因组DNA低甲基化状态.如图1左所示,在正常细胞中,位于抑癌基因启动子区域的CpG岛处于低水平或未甲基化状态,此时抑癌基因处于正常的开放状态,抑癌基因不断表达抑制肿瘤的发生.而在肿瘤细胞中,该区域的CpG岛被高度甲基化,染色质构象发生改变,抑癌基因的表达被关闭,从而导致细胞进入细胞周期,凋亡丧失,DNA修复缺陷,

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]

外显子测序时带有adapt接头,因此我们需要去除adapt接头,cutadapt的作用是去除adapt接头,一般用到如下命令: cutadapt -a AACCGGTT -o output.fastq input.fastq "-a"参数表明后面跟着的"AACCGGTT"是我们想要去除的adapt接头,如果你的外显子接头为其他序列,请将"AACCGGTT"改为你想去除的adapt接头: "-o"参数后面跟着的是输出文件&quo

测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好用,运行速度快,检查的项目也多.有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析,那么这个时候这些小工具就不能胜任了,需要我们自己写程序(脚本)来处理.本人目前才疏学浅,因此只有一下三种方案: 1.完全自己写脚本,读取每一行,手动解析,然后实现个性化分析.(显然这个比较慢,相当于重造了一个转速很慢的轮子)

楼主跑以下程序时分别弹出了“fastq_quality_filter: Invalid quality score value (char '.' ord 46 quality value -18) on line 12”和“fastq_quality_filter: Invalid quality score value (char '#' ord 35 quality value -29) on line 4”的错误提示 fastq_quality_filter -q 20 -p 70 -i

说起去除字符串首尾空格大家肯定第一个想到trim()函数,不过在sqlserver中是没有这个函数的,却而代之的是ltrim()和rtrim()两个函数.看到名字所有人都 知道做什么用的了,ltrim()去除字符串左边的空格,rtrim()去除字符串右边的空格,要去除首尾空格同时使用这个两个函数就好了. 测试: select ltrim(' test ') --去除左边的空格 select rtrim(' test ') --去除右边的空格 select ltrim(rtrim(' test '

1.序列化注意事项 (1).Net 序列化是基于对象的.所以只有实例字段呗序列化.静态字段不在序列化之中. (2)枚举永远是可序列化的. 2.XML序列化时去除默认命名空间xmlns:xsd和xmlns:xsi #region 序列化 /// <summary> /// 序列化 /// </summary> /// <param name="type">类型</param> /// <param name="obj&quo

很多时候数据库表中某些字段是由中文和字母或数字组成,但有时我们又需要将字段中的中文去掉.想要实现这种需求的方法有很多,下面就是其中一种解决方法. 首先我们先建立测试数据 create table test( id int primary key identity(1,1), name varchar(20) not null ) insert into test(name) values('测试2') insert into test(name) values('测试a') insert int

取消chrome浏览器下input和textarea的默认样式: outline:none;/*清空chrome中input的外边框*/ html5默认input内容清除“×”按钮去除办法: input::-ms-clear { display: none; }

/* #region 去除标题栏ICON [DllImport("user32.dll")] static extern int GetWindowLong(IntPtr hwnd, int index); [DllImport("user32.dll")] static extern int SetWindowLong(IntPtr hwnd, int index, int newStyle); [DllImport("user32.dll")

Given a sorted array, remove the duplicates in place such that each element appear only once and return the new length. Do not allocate extra space for another array, you must do this in place with constant memory. For example,Given input array A = [

function trims(str){ return str.replace(/[ ]/g,""); //去除字符串中间的空格 }

首先确认一点,魅族Smartbar的推出,是敢于创新,大胆向前的做法.在软件兼容的情况下,Smartbar确实提高单手操作的便利,而且和flymeOS整体性融合度比较好. 但是,往往事与愿违,现实中众多的App还没有按照Android 4.0的标准去适配开发(有兴趣的童鞋可以看看http://pan.baidu.com/s/1oVx7d),从而导致了Smartbar不兼容的情况,出现传说中的双底栏. 如图不兼容(底栏处): 兼容的情况下还是挺好看的 这双底栏看着,确实挺蛋疼的.何况这微信整天用.

// 去除html的 标签 String str = "  2016-09-02"; if (str.indexOf("\u00A0") != -1) { str= str.replaceAll("\u00A0", "");} System.err.println(str); 成功删掉,好烦啊 增加一个方法: /** * java去除字符串中的空格.回车.换行符.制表符 * @param str * @return */ pu

主要尝试了3种列表去除重复元素 #2.去除列表中的重复元素 #set方法 def removeDuplicates_set(nums): l2 = list(set(l1)) #用l1的顺序排序l2 #l2.sort(key=l1.index) return l2 #重构字典方法 def removeDuplicates_dict_fromkeys(nums): l2 = {}.fromkeys(nums).keys() return list(l2) #列表推到式,普通方法 def remov

#!/bin/bash if [ -f str.txt ] ## 如果str.txt存在,则返回true then strval=$(cat str.txt|awk '{printf "%s",$1}'|sed 's/ //g') ## 使用awk去除换行,使用sed去除空格 if [ "" == "$strval" ] ## 判断文件是否为空 then echo "empty" elif [ "all"

一些朋友不喜欢Windows系统中快捷方式图标上面的小箭头,下面介绍如何修改注册表去除快捷方式图标上的小箭头. 1.开始->运行->输入regedit,启动注册表编辑器,然后; 2.依次展开如下分支:“HKEY_CLASSES_ROOT\lnkfile“,删除“lnkfile”子项中的“IsShortcut”字符串值项: “IsShortcut”值项用来控制是否显示普通应用程序和数据文件快捷方式中小箭头的 3.再依次展开如下分支:“HKEY_CLASSES_ROOT\piffile”,删除“p