叶绿体环状DNA对齐

2024-08-29

DNA序列对齐问题

问题描述: 该问题在算法导论中引申自求解两个DNA序列相似度的问题. 可以从很多角度定义两个DNA序列的相似度,其中有一种定义方法就是通过序列对齐的方式来定义其相似度. 给定两个DNA序列A和B,对齐的方式是将空格分别插入到A和B序列中,得到具有相同长度的对齐后的序列C和D:空格可以插入到任意的位置(包括两端),但是相同位置不能同时为空格,也即是不存在C[i]和D[i]同时为空格的情况.然后为对齐后的序列的每个位置打分,总分为每个位置得分之和,具体的打分规则如下: a.如果C[i] == D[i

环状DNA序列

大意: 一个DNA序列是环状的,这意味着有N个碱基的序列有N种表示方法(假设无重复).而这N个序列有一种最小的表示,这个最小表示的意思是这个序列的字典序最小(字典序的意思是在字典中的大小比如ABC<ACB,B<BCD,EF<G) 方法:在一个序列中从任意两个位置开始,产生的序列的大小是可以比较的.然后利用这种比较方法找出最小值 #include <iostream> using namespace std; #define MAX 105 int lessthan(char

MIT molecular Biology 笔记11 位点特异性重组和 DNA转座

位点特异性重组和 DNA转座视频 https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition J.D. Watson et. al 很多重要DNA重排是由两类重要遗传重组造成的保守位点特异性重组CSSR 两端特定序列之间需要重组酶形成联会复合体转座重组 transpositional recombination 不一定特定一.保守性位点特异性重组 1.CSSR的三种类

环状序列（Circular Sequence, ACM/ICPC Seoul 2004, UVa1584）

长度为n的环状串有n种表示法,分别为从某个位置开始顺时针得到.例如,图3-4的环状串有10种表示: CGAGTCAGCT,GAGTCAGCTC,AGTCAGCTCG等. 在这些表示法中,字典序最小的称为"最小表示". 输入一个长度为n(n≤100)的环状DNA串(只包含A.C.G.T这4种字符)的一种表示法,你的任务是输出该环状串的最小表示. 例如,CTCC的最小表示是 CCCT,CGAGTCAGCT的最小表示为AGCTCGAGTC. [分析] 本题出现了一个新概念:字典序.所谓

3_6 环状序列（UVa1584）

长度为n的环状串有n种表示法,分别为某个位置开始顺时针得到.例如,图中的环状串有10种表示: CGAGTCAGCT,GAGTCAGCTC,AGTCAGCTCG等.在这些表示法中,字典序最小的称为“最小表示”. 输入一个长度为n(n<=100)的环状DNA串(只包含A.C.G.T这4种字符)的一种表示法,你的任务是输出该环状串的最小表示.例如,CTCC的最小表示是CCCT,CGAGTCAGCT的最小表示为AGCTCGAGTC. 输入: 在输入文件的第一行为序列数量.每一个测试用例都需要一行包含一

mtDNA|ctDNA|cpDNA|

5.9细胞器基因组是编码细胞器蛋白质的环状DNA分子细胞器中除真核细胞线粒体DNA(mtDNA)是线性的外,都是环状分子,比如叶绿体DNA(ctDNA,cpDNA).因为单个细胞器有几套不同拷贝的细胞器基因组,同一个细胞内有许多不同细胞器.所以,细胞器基因组可以认为是重复序列. 叶绿体基因组大,线粒体基因组依据不同生物个体差别很大(小的有酵母,大的有植物线粒体(与大容量基因组相对应的是基因组结构的复杂性)如图,线粒体可编码rRNA.tRNA和蛋白质,其中,rRNA量比较稳定和:tRNA随个体不

LibreOJ 题解汇总

目录 #1. A + B Problem #2. Hello, World! #3. Copycat #4. Quine #7. Input Test #100. 矩阵乘法 #101. 最大流 #102. 最小费用流 #103. 子串查找 #104. 普通平衡树 #108. 多项式乘法 #119. 非负权单源最短路 #130. 树状数组 1 :单点修改,区间查询 #139. 树链剖分 #161. 乘法逆元 2 #556. 「Antileaf's Round」咱们去烧菜吧 #2030. 「SDOI

UVa -1584 Circular Sequence 解题报告 - C语言

1.题目大意输入长度为n$(2\le n\le 100)$的环状DNA串,找出该DNA串字典序最小的最小表示. 2.思路这题特别简单,一一对比不同位置开始的字符串的字典序,更新result. 3.代码 #include"stdio.h" #include"string.h" #define maxn 100 int judge(char* s,int p,int q) //比较p的字典序是否比q小 { int m=strlen(s); for(int i=0;

DNA RNA

核糖体没有DNA,但是有RNA(rRNA 核糖体RNA) 有DNA的细胞器是线粒体和叶绿体.

UVA.1584 环状序列

UVA.1584 环状序列点我看题面题意分析给出你一段换装DNA序列,然后让你输出这段环状序列的字典序最小的序列情况. 字典序字面意思上理解就是按照字典编排的序列,其实也可以理解为按照ASCII码排序.首先判断2个字符串的第一个字符,如果不等的话,大的就较大,小的较小.可以用strcmp来做出判断. 代码总览 /* Title:UVA.1584 Author:pengwill Date:2016-11-17 */ #include <stdio.h> #include <stdli

pf_ring DNA接收流程代码分析

经过一个月的学习,对pf_ring DNA的内核部分有了一些认识,本文侧重pf_ring对ixgbe的改动分析. 先说一说接收流程吧,流程如下: 其中,硬中断处理函数是ixgbe_msix_clean_rings( );软中断处理函数是net_rx_action( ). pf_ring对ixgbe的改动主要在ixgbe_poll()和ixgbe_clean_rx_irq()中. 在ixgbe_poll( )中遍历每个队列并轮询处理数据包,代码如下. int ixgbe_poll(struct n

MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR

SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复. 简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元,比如5个碱基(ACGTA),连续进行重复多次的重复.根据重复单元的长短,可将其细分为如下几类. < 6 bp 微卫星DNA 10-60 bp 小卫星DNA 100-300 bp 卫星DNA 等... 今天介绍一款可用于鉴定基因组SSR的软件,MISA 对叶绿体基因组进行SSR的鉴定,因为叶绿体基因组序列

C++内存对齐总结

大家都知道,C++空类的内存大小为1字节,为了保证其对象拥有彼此独立的内存地址.非空类的大小与类中非静态成员变量和虚函数表的多少有关. 而值得注意的是,类中非静态成员变量的大小与编译器内存对齐的设置有关. 成员变量在类中的内存存储并不一定是连续的.它是按照编译器的设置,按照内存块来存储的,这个内存块大小的取值,就是内存对齐. 一.引入问题. #include<iostream> using namespace std; class test { private : ';//1byte int

CSS布局之div交叉排布与底部对齐--flex实现

最近在用wordpress写页面时,设计师给出了一种网页排布图样,之前从未遇到过,其在电脑上(分辨率大于768px)的效果图如下: 而在手机(分辨率小于等于768px)上要求这样排列: 我想到了两种方法第一种是用bootstrap的row.col-md配合col-md-push.col-md-pull来实现,代码如下: <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset="utf-8"> <me

html文本垂直居中对齐

html文本垂直居中对齐,代码如下: <div id="box" style="height:100px; line-height:100px; border:1px solid #cccccc;margin:50px;"> <span style="vertical-align:middle;display:inline-block;line-height:1.2em;"> 行1<br>

css实现一行文字居中，多行文字左对齐

问题及场景: 当内容能一行显示在盒子内时,文字居中对齐. 当内容过多换行后显示在盒子内时,文字左对齐. 其实这种视觉上的需求还是蛮常见的.比如用于弹出提示框,当提示内容比较少时,内容居中显示在弹出框,提示内容比较多时,内容居左对齐.但是其纯CSS实现有点麻烦,一般就放掉这个需求,或者,使用JS实现. 解决方案: CSS实现代码如下: <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset=&q

[iOS]技巧集锦：UITableView自定义Cell中的控件无法完全对齐Cell的左边界和右边界

这是个很诡异的问题,由于一些特殊需求,我的TableView的Cell的背景色是透明,其中的控件会有背景色,第一个控件和最后一个控件我都用IB自动设了约束,对齐Cell的左边界和右边界,但是自动约束很奇怪的是值都是-8(上下左右都是这个值).一开始并没在意因为显示出来是好的,但是不记得升级SDK到8.2还是8.3开始,左右就会多出空白来. 经过各种尝试,找到了解决方法.将左右的约束中item的related to margin(印象中是这么拼)取消勾选,值设为0就好了. 下班了等人,mac关了没

[LeetCode] Repeated DNA Sequences 求重复的DNA序列

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq

[LeetCode] Text Justification 文本左右对齐

Given an array of words and a length L, format the text such that each line has exactly L characters and is fully (left and right) justified. You should pack your words in a greedy approach; that is, pack as many words as you can in each line. Pad ex

C语言结构体对齐

1.结构体变量中的元素如何访问? (1)数组中元素的访问方式:表面上有2种方式(数组下标方式和指针方式):实质上都是指针方式访问.(2)结构体变量中的元素访问方式:只有一种,用.或者->的方式来访问.(.和->访问结构体元素其实质是一样的,只是C语言规定用结构体变量来访问元素用. 用结构体变量的指针来访问元素用->.实际上在高级语言中已经不区分了,都用.)(3)结构体的访问方式有点类似于数组下标的方式 2.利用指针访问结构体元素结构体元素地址=结构体首地址+元素偏移量 struct m

叶绿体环状DNA对齐

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