在线画基因组共线性图

2024-10-22

生物信息-McScan（Python-jcvi）共线性画图

比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散. 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了. 软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi 安装过程很简单: pip install jcvi pi

在线画UML图的工具

工作需要在线画各种UML图,类图.协作图.用例图等等,调查了一些在线画UML图的工具,有的做的很好但要收费,例如:http://www.gliffy.com/,发现现在免费好用的是ProcessOn:http://www.processon.com/,挺不错的,基本满足我的需求,推荐一下(推广费打我卡上). 上面一些图是我随便在线画的,仅供参考.

使用网站websequencediagrams在线画时序图

在线画时序图的网站:https://www.websequencediagrams.com/ 该网站提供拖拉图形和编写脚本代码2个方式来制作时序图,同时提供多种显示风格. 实例: 1.脚本代码: title Automated test data generation tool parallel { user->+tool: Open program tool-->-user: Return login interface user->+tool: Log in

共线性图 | Alluvial Diagrams | Parallel plot | Parallel Coordinates Plot

最近有个需求需要画如下的图: 这些图的核心意思是一样的,就是connection,把不同的数据连到一起. 文章里把这图叫做共线性图,是按功能命名的,Google里搜不到. 搜到类似的,这个图叫 Parallel Coordinates Plot,但显然有些丑陋. Parallel Coordinates Plot in R matloff/parcoordtutorial origin里把它叫做Parallel plot,显然快接近我想要的了. 最终根据Google image的类似推送,终于找

IntelliJ IDEA 还能画思维导图，果然最强 IDE！

最近栈长发现 IntelliJ IDEA 居然还能画思维导图,太牛逼了! 当然这得借助 IDEA 的 UML 插件,因为它本身也是一个 UML 图,所以这篇就从 UML 图开撕,看 IDEA 怎么画思维导图,顺便带大家了解下什么是 UML 图. 什么是 UML? UML 全称:Unified Modeling Language,统一建模语言,由 OMG 组织(Object Management Group 对象管理组织)于 1997 年发布. UML 是面向对象设计的建模工具,是独立于任何具体程

四步轻松实现用Visio画UML类图

本节和大家一起学习一下用Visio画UML类图的方法,主要有四个步骤,这里和大家分享一下,相信通过本节的学习,你对Visio画UML类图的步骤一定会有所了解. 用Visio画UML类图对于画类图的工具很多,曾经学过用starUML画类图,但这个是用于Java语言的,对于用vs编程C++语言,个人感觉用visio会好一点.以下用以前面的俄罗斯方块游戏中的一个Block类为例来讲述. 1.首先创建一个类图.接下来我们要做一下准备工作,因为我们这里用了PSDK中的POINT类型,在种数据类型在vis

用Visio画UML顺序图

1.顺序图顺序图又称为时序图,顾名思义,它着重表现的是对象间消息传递的时间顺序.顺序图描述的对象也是一个用例,即一组行为操作,而它表现的是这组行为的先后关系(纵坐标),以及每个行为是属于哪个对象的(横坐标). 作用:用对象间的交互来描述用例. 组成成分:参与者.对象对象的生命线:用于表示某段时间内该对象是存在的,表示对象的生存时间. 消息:表示对象间的通信.当收到消息后,接收消息的对象立即开始执行活动,起到激活对象的作用.通常用消息名和参数表来标识. 横坐标:表示不同的对象.对象的左右顺序不

css3简单几步画一个乾坤图

原文:[原创]css3简单几步画一个乾坤图效果如上,鼠标移上去会有动画. 代码如下非常简单: <html> <head> <style> .outer{height:100px;width:200px;border-radius:100px 100px 0px 0px;border:solid 1px #666;border-bottom:none; margin:0 auto;background:#fff;overflow:hidden;} .inner{widt

利用Tkinter和matplotlib两种方式画饼状图

当我们学习python的时候,总会用到一些常用的模块,接下来我就详细讲解下利用两种不同的方式画饼状图.首先利用[Tkinter]中的canvas画布来画饼状图: from tkinter import Tk, Canvasdef DrawPie(): #创建窗口 windows=Tk() #添加标题 windows.title("画饼图") # 设置画布样式 canvas=Canvas(windows,height=500,width=500) # 将画布打包到窗口 canvas.pa

Visio画UML类图、序列图 for Java

参考文档: 1.百度搜索: 怎样用Visio 2007画C++类图连接 https://jingyan.baidu.com/article/9f7e7ec07286e16f281554f7.html 2.百度搜索: visio画uml类图添加自定义数据类型连接 http://blog.csdn.net/ling913/article/details/44724961 3.百度搜索: 使用Visio—UML画类图 http://blog.csdn.net/wishchin/article/de

Python matplot画散列图

同matlab一样,matplot也可画散列图scatter. import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt #fig = plt.figure() #ax = fig.add_subplot(111) a1 = np.array([1, 2, 3, 4]) a2 = np.array([1, 2, 3, 4]) #ax.scatter(np.random.rand(5), np.random.rand(5)) #mark = ['s','

在Emacs中画思维导图

是的,你没有看错.其实,不只画思维导图,画结构图.流程图等,都可以.那怎么办呢?就是借助 Graphviz . Graphviz 可以方便地表达概念之间的联系,因此用它画思维导图是可行的,再加上它是个命令行工具,因此可以集成到emacs中作为画图工具.怎么集成呢?按以下操作: 确保安装了 graphviz ,如果没有可以到其主页上下载源码,编译安装. 到 EmacsWiki 上下载一个名为 graphviz-dot-mode.el 的文件,把它放入你的 elisp 路径中.在 .emacs 中加

HighCharts画时间趋势图，标示区以及点击事件操作

最近在用HighCharts画趋势图,如果按照设计文档上来画那太复杂了,于是根据自己多年的经验改动了设计文档,添加了highcharts的标示区,然而我也发现,最后一次画highchart趋势图还是在2年前,现在居然都不知道怎么画了(其实也不是不会画,只不过给的开发时间紧,而且我又是个急子,所以觉得加速完成,然而越急就越画不好,这点我离葛经理还差很远,所以要加强这方面的培训),熟悉之后才慢慢从它的API中解脱出来,下面贴代码吧: $(function () { $.fn.zTree.init($

Matlab plotyy画双纵坐标图实例

Matlab plotyy画双纵坐标图实例 x = 0:0.01:20;y1 = 200*exp(-0.05*x).*sin(x);y2 = 0.8*exp(-0.5*x).*sin(10*x);[AX,H1,H2] = plotyy(x,y1,x,y2,'plot'); set(AX(1),'XColor','k','YColor','b');set(AX(2),'XColor','k','YColor','r'); HH1=get(AX(1),'Ylabel');set(HH1,'Strin

使用origin画SCI论文图

使用origin画SCI论文图觉得有用的话,欢迎一起讨论相互学习~Follow Me start 使用的是OriginPro这款软件,这款软件的特点是一个字好 . 新建工作簿并导入数据可以使用import工具直接导入在此我们将excel中的数据通过复制粘贴进行导入画图指定X-Y轴由于此处我们需要使用midu作为横坐标,所以将其设为x轴,而reta1,reta2,reta3设置为纵坐标. 设置图片格式全选中数据后,设置图片类型--此处选中类型为 line+symbol 调节边框和

vue中使用echarts画饼状图

echarts的中文文档地址:https://echarts.baidu.com/tutorial.html#5%20%E5%88%86%E9%92%9F%E4%B8%8A%E6%89%8B%20ECharts 采用按需引入的方式安装echarts包就不说了,上一篇有代码今天来看看如何画饼状图 <template> <div> <div class="pie"> <div id="pie1"> <!-- 为

flowable+tomcat部署flowable项目，在线画流程图

参考: flowable+tomcat部署flowable项目,在线画流程图

基因组共线性分析工具MCScanX

软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整,用于检测共线性和同线性区域,还增加了可视化和下游分析..MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具. 软件安装进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm,下载安装 1 unzip MCscanX.zip 2 cd MCScanX 3 make 软件使用所需要文件两个或多个物种的gff文件,蛋白序列(** 该软件最多能做5个物种的共线性) 第一步:构建索引,进行blastp比对注

如何画好ER图

快速阅读了解ER图的基本组成,以及如何在viso中画ER图. 什么是ER图是实体关系图,用矩形表示实体,用椭圆形表示属性,用棱形表示两实体之间的联系.相互用直接联接起来,是一种数据建模工具.用来描述现实世界的概念模型 . 怎么画,用什么工具画最常见是用VISIO来画,也可以在线网站Processon里画. 实体矩形表示 .内写明实名名属性用椭圆形表示,用直接与实体连接联系用菱形表示,里面写两个实体之间是如何关联的.分别与两边实体直线相联.同时在直线上标着联系类型.如(1:1, 1

【比较基因组】McScan jcvi比较两个基因组共线性细节记录

目录软件的安装基因组的准备一些细节建议和示例软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3.安装可用pip: pip install jcvi ##或开发版 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git pip可能会安装很慢.建议还是用conda,要快很多,最好新建环境. conda

[原创]css3简单几步画一个乾坤图

效果如上,鼠标移上去会有动画. 代码如下非常简单: <html> <head> <style> .outer{height:100px;width:200px;border-radius:100px 100px 0px 0px;border:solid 1px #666;border-bottom:none; margin:0 auto;background:#fff;overflow:hidden;} .inner{width:300px;height:100px;b

在线画基因组共线性图

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