如何绘制局部曼哈顿图

2024-11-05

R语言画全基因组关联分析中的曼哈顿图（manhattan plot）

1.在linux中安装好R 2.准备好画曼哈顿图的R脚本即manhattan.r,manhattan.r内容如下: #!/usr/bin/Rscript #example : Rscript plot_manhatom.r XXX.assoc XXX.pdf argv <- commandArgs() #define the function to plot the manhatton and quantitle-quantitle plot plot_manhatton<-function(

扩增子图表解读4曼哈顿图：差异分类级别Taxonomy

曼哈顿图 Manhattan Plot 曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点.它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图). 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合分类学结果,采用Manhattan plot展示有非常好的效果,倍受推崇. 曼哈顿图优点大数据中,即展示数据全貌,又能快速找到目标基因或OTU,同时可知目标的具体位置和分类.显著程度等信息.绝对高端大气,而且还有内涵. 数据坐标轴介绍以上

R语言与医学统计图形-【33】生存曲线、森林图、曼哈顿图

1.生存曲线基础包survival+扩展包survminer. survival包内置肺癌数据集lung. library(survival) library(survminer) str(lung) #拟合模型 fit <- survfit(Surv(time,status)~sex,data=lung) #绘制生存曲线 ggsurvplot(fit, pval = TRUE, #添加log rank检验的p值 conf.int = TRUE, #添加置信区间 risk.table = TR

【转】使用Python matplotlib绘制股票走势图

转载出处一.前言 matplotlib[1]是著名的python绘图库,它提供了一整套绘图API,十分适合交互式绘图.本人在工作过程中涉及到股票数据的处理如绘制K线等,因此将matplotlib的使用心得进行整理,与大家共同分享. 另外,在数据处理过程中会用到numpy[2],matplotlib网站的示例也有不少用到了numpy,读者可以参考这篇文章[3]有基本的了解. 本系列文章主要分为两部分:(1)matplotlib基本使用:(2)结合股票走势.技术指标等信息通过matplotlib进

Origin9.1如何绘制风向玫瑰图（Binned Data）？

Origin9.1如何绘制风向玫瑰图(Binned Data)? 时间:2014/5/14 21:02:44 点击: 2624 核心提示:今天为大家介绍下如何使用Origin9.1绘制如下图所示的风向玫瑰图?1.本例采用Wind Rose-Binned Data法绘制,数据如下.2.选中所有数据,进入Plot-Specialized菜单... 今天为大家介绍下如何使用Origin9.1绘制如下图所示的风向玫瑰图? 1.本例采用Wind Rose-Binned Data法绘制,数据如下. 2.选中

Origin9.1如何使用原始数据（Raw Data）绘制风向玫瑰图

核心提示:今天为大家简单介绍下如何使用原始数据绘制风向玫瑰图.本例以Origin 9.1进行演示.1.本例所用数据截图如下,列A为风向,列B为风速.2.选中两列数据,进入Plot下的Specialized菜单,... 今天为大家简单介绍下如何使用原始数据绘制风向玫瑰图.本例以Origin 9.1进行演示. 1.本例所用数据截图如下,列A为风向,列B为风速. 2.选中两列数据,进入Plot下的Specialized菜单, 点击Wind Rose-Raw Data. 3.Origin 9.1会弹出

如何从零绘制k线图 -- 原生js canvas图表绘制

样式如下图源码地址: https://github.com/sutianbinde/charts 编写这个需要具备canvas基础,如果没有canvas基础可以学习我前面的cnavas基础博客. 具体步骤创建html文件,然后我们在页面中写一个用于放图表的 div 然后在js中写入数据,和绘制图表的方法 (数据是一个三维数组,每一个k点值中包含了日期还包含了一个表示开盘/收盘/最低/最高值的数组) <!DOCTYPE html> <html> <head

【带着canvas去流浪（5）】绘制K线图

目录一. 任务说明二. 重点提示三. 示例代码示例代码托管在:http://www.github.com/dashnowords/blogs 博客园地址:<大史住在大前端>原创博文目录华为云社区地址:[你要的前端打怪升级指南] 一. 任务说明使用原生canvasAPI绘制K线图.(截图以及数据来自于百度Echarts官方示例库[查看示例链接]). 二. 重点提示 K线图最常见的是在金融市场,尤其是股市中,它的绘制算法和表达的意思是直接相关的: 一般一个数据点包含开盘价,收盘价,当日

GWAS: 曼哈顿图，QQ plot 图，膨胀系数（ manhattan、Genomic Inflation Factor）

画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”,简约方便.下面具体介绍以下. 一.画曼哈顿图 install.packages("qqman") library(qqman) 1.准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults(如果没有zscore可以不用管),如下所示: 2.上代码,如下所示: manhattan(gwasResults) 如果觉得不够美观,考虑添加一下参数: manhattan(gwasResults, main = "Manhat

使用python绘制根轨迹图

最近在学自动控制原理,发现根轨迹这一张全是绘图的,然而书上教的全是使用matlab进行计算机辅助绘图.但国内对于使用python进行这种绘图的资料基本没有,后来发现python-control包已经将matlab的rlocus封装进去,matlab能做的python也能做.使用python绘制根轨迹图主要使用的是python-control包下的matlab.rlocus函数,具体内容可以参考:https://python-control.readthedocs.io/en/0.8.0/gene

GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

D3.js (v3)+react框架基础部分之认识选择集和如何绘制一个矢量图

首先需要下载安装d3.js : yarn add d3 然后在组建中引入 : import * as d3 from 'd3' 然后定义一个方法,在componentDidMount()这个钩子函数中调用即可. 然后如何绘制一个矢量图 : render() { return ( <div id="drawSVG" ></div> ); } 先定义一个id为drawSVG的div标签.然后写一个方法,来在这个div中绘制矢量图. oneMethod() {

如何利用R包qqman画曼哈顿图？

如何利用R包qqman画曼哈顿图? 2017-07-10 lili 生信人众多周知,R语言提供了各种各样的包,方便实现我们的目的,下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包:qqman install.packages(“qqman”) # 安装包 library(“qqman”) #加载包 data(package=“qqman”) # 查看qqman包中的测试数据,此包中包含gwasResults snpsOfInterest 两个测试数据 View(gwasResults) #查

译：Local Spectral Graph Convolution for Point Set Feature Learning-用于点集特征学习的局部谱图卷积

标题:Local Spectral Graph Convolution for Point Set Feature Learning 作者:Chu Wang, Babak Samari, Kaleem Siddiqi 译者:Elliott Zheng 来源:ECCV 2018 Abstract 点云的特征学习已经显示出巨大的希望,引入了有效且可推广的深度学习框架,例如pointnet ++. 然而,到目前为止,点特征已经以独立和孤立的方式被抽象,忽略了相邻点的相对布局及其特征.在本文中,我们建议

Python绘制语谱图+时域波形

"""Python绘制语谱图""" """Python绘制时域波形""" # 导入相应的包 import numpy, wave import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np import os filepath = 'G:/实战培训/Python生成语谱图/ReNoise/Prim10/' # 添加路径 filename = os

.NET手撸绘制TypeScript类图——上篇

.NET手撸绘制TypeScript类图--上篇近年来随着交互界面的精细化,TypeScript越来越流行,前端的设计也越来复杂,而类图正是用简单的箭头和方块,反映对象与对象之间关系/依赖的好方式.许多工具都能生成C#类图,有些工具也能生成TypeScript类图,如tsuml,但存在一些局限性. 我们都是.NET开发,为啥不干脆就用.NET撸一个TypeScript类图呢? 说干就干!为了搞到类图,一共分两步走: 解析.ts文件,生成抽象语法树(AST),并转换为简单的类.属性.方法等对象

.NET手撸绘制TypeScript类图——下篇

.NET手撸绘制TypeScript类图--下篇在上篇的文章中,我们介绍了如何使用.NET解析TypeScript,这篇将介绍如何使用代码将类图渲染出来. 注:以防有人错过了,上篇链接如下:https://www.cnblogs.com/sdflysha/p/20191113-ts-uml-with-dotnet-1.html 类型定义渲染不出意外,我们继续使用FlysEngine.虽然文字排版没做过,但不试试怎么知道好不好做呢? 正常实时渲染时,画一两行文字可能很容易,但绘制大量文字时,就

带着canvas去流浪系列之五绘制K线图

[摘要] 用canvas原生API实现百度Echarts 示例代码托管在:http://www.github.com/dashnowords/blogs 一. 任务说明使用原生canvasAPI绘制K线图.(截图以及数据来自于百度Echarts官方示例库[查看示例链接]). 二. 重点提示 K线图最常见的是在金融市场,尤其是股市中,它的绘制算法和表达的意思是直接相关的: 一般一个数据点包含开盘价,收盘价,当日最高价,当日最低价4个数据点. 当开盘价低于收盘价时,当天为涨价,则图形为红色,反之则

如何画出高级感的曼哈顿图，Manhattan++工具介绍

欢迎来到"bio生物信息"的世界 BMC Bioinformatics前几天发布了一个画曼哈顿图的工具Manhattan++, 这个名字很好理解,Manhattan的升级版. 这个工具与之前画曼哈顿图的工具有什么区别呢. 最大的特点是能将显著的位点以及注释信息显示在曼哈顿图上. 可视化很漂亮,特别有高级感. 好了,以下进入主题,讲讲怎么画这个图. 1 准备需要的输入文件需要的输入文件有三个,分别是infile, configfile, snpfile infile的文件格式如下: i

使用ABAP绘制可伸缩矢量图

Jerry去年的文章动手使用ABAP Channel开发一些小工具,提升日常工作效率里曾经介绍过一些用ABAP实现的可供娱乐的小程序,比如用古老的HPGL接口在SAPGUI里绘图: 关于如何用SAP + HPGL语言在SAPGUI里画出这只哆啦A梦来,参考Jerry的文章: 使用SAPGUI画图本文要介绍的是另一种在SAPGUI里用ABAP绘图的方式.矢量图(Scalable Vector Graphics)也是一种图像格式,和传统的图像格式相比具有很多优点,因此近些年使用越来越广泛: S

如何绘制局部曼哈顿图

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