测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好用,运行速度快,检查的项目也多.有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析,那么这个时候这些小工具就不能胜任了,需要我们自己写程序(脚本)来处理.本人目前才疏学浅,因此只有一下三种方案: 1.完全自己写脚本,读取每一行,手动解析,然后实现个性化分析.(显然这个比较慢,相当于重造了一个转速很慢的轮子)

在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时,就变的很慢: 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件,用C写的, 速度很快: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/parsefastq.shtml 自己试了一下, 在这个基础上添加个小功能, 命名为parse.c: #include

之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里给出工具地址:https://github.com/sharkLoc/skrTools usage: Program: skr Usage: skr <command> [options] fq2fa translate fastq file to fasta fqstat summary sta

1年前,我在文章:这些.NET开源项目你知道吗?.NET平台开源文档与报表处理组件集合(三)中(第9个项目),给大家推荐了一个开源免费的PDF读写组件 PDFSharp,PDFSharp我2年前就看过,用过简单的例子,不过代码没有写成专门的文章.最近在查找资料的时候,又发现一款小巧的写PDF文件的C#组件:PDF File Writer.该开源组件是在codeproject,还没有托管到其他地方,所以花了点时间了解了一下,分享给大家. .NET开源目录:[目录]本博客其他.NET开源项目文章目录

本文转自:http://www.cnblogs.com/Leo_wl/p/5561812.html ASP.NET Core 开发-Logging 使用NLog 写日志文件. NLog 可以适用于 .NET Core 和 ASP.NET Core . ASP.NET Core已经内置了日志支持,可以轻松输出到控制台. 学习Logging 组件的相关使用,使用NLog 将日志写入到文件记录. Logging 使用 新建一个 ASP.NET Core 项目,为了方便,我选择Web 应用程序,改身份验

ASP.NET Core 开发-Logging 使用NLog 写日志文件. NLog 可以适用于 .NET Core 和 ASP.NET Core . ASP.NET Core已经内置了日志支持,可以轻松输出到控制台. 学习Logging 组件的相关使用,使用NLog 将日志写入到文件记录. Logging 使用 新建一个 ASP.NET Core 项目,为了方便,我选择Web 应用程序,改身份验证 改为 不进行身份验证. 新建好以后,会自动引用好对应的 类库.这样我们就可以直接使用 Logge

1:File->Project Structure 加号处添加tomcat api(在lib目录下) 2:写servlet文件 src->new servlet写好类名和包名 3:配置web.xml <servlet> <servlet-name>SetCookies</servlet-name>//在配置文件中的名字 <servlet-class>Cookie.SetCookies</servlet-class></servl

如果需要使用Python写Excel文件,首先下载或者安装xlwt. pip install xlwt 下面的这些demo应该可以帮助开发者快速上手使用xlwt写Excel文件: 创建工作簿(workbook)和工作表(sheet): import xlwt workbook = xlwt.Workbook() sheet = workbook.add_sheet("Sheet Name") 写单元格(cell): sheet.write(0, 0, 'foobar') # row,

点击右上角设置按钮 点击按钮后发生的事件:1. 控制器的跳转,进入新的控制器.view, 2. 跳转的时候对将要跳转的目标控制的子控件进行了布局.---通过手写plist文件的方式加载 为按钮注册单击事件 #import "PBBMyLottory.h" #import "PBBSettingViewController.h" @interface PBBMyLottory () @property (weak, nonatomic) IBOutlet UIButt

2012-05-01 Created By BaoXinjian

2012-01-06 Created By BaoXinjin

bootstrap 中是通过写less文件来生成css文件,用什么工具来编写呢? 如果用sublime的话如何实现代码保存后浏览器刷新成最新的代码样式? 或者有什么其他好用的工具? 从网上找了很多方法都实现不了,在线等您答复. 安装 Grunt 安装 Grunt 前,你需要首先下载并安装 node.js (npm 已经包含在内).npm 是 node packaged modules 的简称,它的作用是基于 node.js 管理扩展包之间的依赖关系. 然后在命令行中输入以下命令: 在全局环境中安

Python写UTF8文件,UE.记事本打开依然乱码的问题 Leave a reply 现象:使用codecs打开文件,写入UTF-8文本,正常无错误.用vim打开正常,但记事本.UE等打开乱码. 原因:一般写文本时,默认是没有BOM头的,即编辑器不知道这个文本文件是神马编码,只能智能detect,这个detect有的弱有的强,比如UE.记事本就挂了,认为是ASCII格式的,于是就乱码了. 解决方法:如果为了编辑器打开正常,可以加入BOM编码.但一定要慎重,一旦加入后,头部会增加2~3个字节,如

.NET平台开源项目速览(16)C#写PDF文件类库PDF File Writer介绍   阅读目录 1.PDF File Writer基本介绍 2.一个简单的使用案例 3.资源 1年前,我在文章:这些.NET开源项目你知道吗?.NET平台开源文档与报表处理组件集合(三)中(第9个项目),给大家推荐了一个开源免费的PDF读写组件 PDFSharp,PDFSharp我2年前就看过,用过简单的例子,不过代码没有写成专门的文章.最近在查找资料的时候,又发现一款小巧的写PDF文件的C#组件:PDF Fi

[学习总结]GirlsInAI ML-diary 总 原博github链接-day15 认识读/写txt文件 路径: 绝对路径:文件在电脑中的位置 相对路径:下面会用到 1-准备 新建一个 python.txt 文件,并输入引号内的"皮一下很开心"保存 2-读文件 打开jupyter notebook,输入如下,以进入特定文件夹下 读取文件 txt文件中添加内容-保存,之后再次读取 只读取一行 读取每行,并形成一个list 关闭文件 3-写文件 打开txt文件进行写入(覆盖原文件内容式

  标签: android 控件  自定义 2017年05月27日 17:52:13 611人阅读 评论(0) 收藏 举报 分类: 自定义View(2) 作者同类文章 X 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. http://blog.csdn.net/a8688555/article/details/72783489   目录(?)[+] 代码块 这样就完成了很简单是吧 3 3   前言 在日常的android开发当中,按钮是必不可少控件.但是如果要实现下面的效果恐怕写shape

三个工具包 python操作excel的三个工具包如下 xlrd: 对excel进行读相关操作 xlwt: 对excel进行写相关操作 xlutils: 对excel读写操作的整合 注意,只能操作.xls,不能操作.xlsx 这三个工具包都可以直接使用pip进行下载: sudo pip install xlrd sudo pip install xlwt sudo pip install xlutils 写excel import xlwt wbk = xlwt.Workbook(encodin

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我们在使用awk命令的时候,有时候命令特别长,在终端写出来格式太乱,难以阅读,以下是一个将命令写在文件中,并使用awk调用的具体案例 1.现在有文件file3.txt,内容如下: 2.ak2.awk脚本 #打印标题并格式化打印出数量合计 BEGIN { FS="\t" #设置字段分割符 printf("%10s %2s %5s %s\n\n", "Fruits","Num","Price","Pl

#!/usr/bin/perl -w use warnings; use strict; input_fastq trim_length}; ; my ($fastq, $trim_length) = @ARGV; open(FASTQ, $fastq) or die "Can't open $fastq\n"; while (my $readid = <FASTQ>) { chomp $readid; chomp (my $sequence = <FASTQ>