1)blast产生背景 双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch(NW)和Smith-Waterman algorithm(SW)算法,虽然精度高,但计算消耗大.当与数据库比对的时候,该算法就显得不切实际.因此TASTA,blast采用启发式算法使得通过大幅度丢失灵敏度来减少运行时间.与FASTA软件相比,blast通过把搜索限制在狭隘的矩阵对角线条带上,来改进FASTA进行数据库搜索的速度. 2)blast的大致原理 blast 程序首先查询query序列的所有子

在数据源组件中,如果存在字符串类型的数据列,那么可能会存在,因为字符类型的长度不匹配,导致字符数据被截断的问题. SSIS报错信息:“Text was truncated or one or more characters had no match in the target code page.". 第一种scenario是修改Output Columns的Data Type Properties. 打开Advanced Editor,选中Input and Output Properties

"一:MySQL查询计划输出列的含义:1.id:每个被独立执行的操作的标识,表示对象被操作的顺序:id值越大,先被执行:如果相同,执行顺序从上到下.2.select_type:查询中每个select子句的类型.3.table:名字,被操作的对象的名称,通常是表名,但有其他格式.4.partitions:匹配的分区信息(对于非分区表值为NULL).5.type:连接操作的类型.6.possible_keys:备选的索引(列出可能被使用到的索引).7.key:经优化器选定的索引:常使用ANALYZE

参考mysql5.7 en manual,对列id的解释: The SELECT identifier. This is the sequential number of the SELECT within the query. The value can be NULL if the row refers to the union result of other rows. In this case, the table column shows a value like <unionM,N>

格式化数据库: makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp): blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_thre

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast

详细可参考https://www.jianshu.com/p/2f125cdf8262:https://blog.csdn.net/qq_34296043/article/details/54427786两篇文章 1)下载网址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 2)解压到文件夹.此处为E:\software\blast_2.8.0_alpha\.会自动出现一个bin文件夹(放置程序,如下图),一个doc文件夹(放置文件).然后

1)wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.8.0alpha/ncbi-blast-2.8.0-alpha+-x64-linux.tar.gz 2)tar -zxvf ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz 3)mv  ncbi-blast-2.8.0+/ blast 4)echo 'PATH=/home/jxdong/biosoft/blast/bin:$PATH' >> ~/.ba

1 下载程序 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载 ncbi-blast-2.2.25+-x64-linux.tar.gz 2 解压 如解压到用户的主目录(/home/***)下,把解压后的文件夹重新命名为blast,则BLAST+的所有程序在目录/home/***/blast/bin下. 3 添加环境变量 打开终端(Terminal),切换为root用户,执行vim /etc/profile 在最末尾添加e

/// <summary> /// List转换为DataTable对象 /// </summary> public class ListTranTableModel { /// <summary> /// 新增的列名称 /// </summary> public string addColumName { get; set; } /// <summary> /// 新增列的默认信息 /// </summary> public Tab

https://blog.csdn.net/zhongguomao/article/details/51095946

在网络上搜索解决办法,解决办法是把excel导入到access数据库中,再把access数据库导入到sqlsever中,公司机器上不让安装office工具,问了一个同事得到的回答是把数据中很长的那行数据,移到最前面,问题得到解决! 总结 导致这个问题的主要原因是:excel的第一行数据太短了,sqlserver未分配足够长度 1.把excel导入到access数据库中,再把access数据库导入到sqlsever中 2.把数据中很长的那 行 数据,移到excel的最前面 注意:是一行数据   一

  linux_observability_tools 介绍 在Linux 下进行进程的排错,有很多方法.比如,修改源代码,print出一些关键的信息,如果代码是Python 的话,可以使用traceback 来打印堆栈,以及使用sentry 等等.但是这些方法都不够直接.如果你想要直接看到一个卡住(hanging processes)的进程正在干什么,什么操作卡住了.这个时候,你就应该使用ps.strace.lsof 这三样工具.简单来说,ps 可以查看当前Linux 正在运行的进程的状态,找

下载数据 #此处下载对应物种的数据库ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/,下载fna格式的即可   wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Arabidopsis_thaliana/CHR_I/NC_003070.fna #将数据改名为Arabidopsis_thaliana.fna mv NC_003070.fna Arabidopsis_thaliana.fna #我下载的是拟兰介的1号染色体,取其前100000行作为我的测试数据 h

详见:http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初学者(最好还是懂得基本的linux使用),高手可直接忽视.不介绍Windows系统中的安装方法,一是因为思路一样,二是因为Linux中BLAST效率更高,系统更稳定,不会卡死.所以,请用Linux服务器,我想你也不忍心让自己心爱的本本跑几十个小时的程序吧. 请不要因为篇幅长,而觉得很困难,只是为了初学者能懂,叙述比较详(luo)细(s

之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format. 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 *** Formatting options -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identit

声明:原创作品,转载时请注明文章来自SAP师太技术博客( 博/客/园www.cnblogs.com):www.cnblogs.com/jiangzhengjun,并以超链接形式标明文章原始出处,否则将追究法律责任!原文链接:http://www.cnblogs.com/jiangzhengjun/p/4292407.html 输出到PDF打印 列表屏幕(List Screen) 生成列表屏幕 在START-OF-SELECTION事件处理块中,用WRITE语句向列表缓冲区(List Buffer

<?php /* MySQL_5.5中文参考手册 587开始 与GROUP BY子句同时使用的函数和修改程序 12.10.1. GROUP BY(聚合)函数 12.10.2. GROUP BY修改程序 12.10.3. 具有隐含字段的GROUP BY 12.10.1. GROUP BY(聚合)函数 本章论述了用于一组数值操作的 group (集合)函数.除非另作说明, group 函数会忽略 NULL 值. 假如你在一个不包含 ROUP BY子句的语句中使用一个 group函数,它相当于对所有行

早上到公司,发现邮箱内有报警信息显示CPU和IO使用都已超标.报警内容如下:主机: test-server-192.168.1.18 时间: 2015.11.15 15:25:17状态: PROBLEM 级别:Warning报警原因: Processor load is too high on test-server内容: Processor load (1 min average per core):value=52.53原始事件ID: 30605 主机: test-server-192.16

http://www.aboutyun.com/thread-6217-1-1.html   1.Hive架构与基本组成     下面是Hive的架构图. 图1.1 Hive体系结构     Hive的体系结构可以分为以下几部分:     (1)用户接口主要有三个:CLI,Client 和 WUI.其中最常用的是CLI,Cli启动的时候,会同时启动一个Hive副本.Client是Hive的客户端,用户连接至Hive Server.在启动 Client模式的时候,需要指出Hive Server所在

前言: Linux系统出现问题时,我们不仅需要查看系统日志信息,而且还要使用大量的性能监测工具来判断究竟是哪一部分(内存.CPU.硬盘……)出了问题.在Linux系统中,所有的运行参数保存在虚拟目录/proc中,换句话说,我们使用的性能监控工具取到的数据值实际上就是源自于这个目录,当涉及到系统高估时,我们就可以修改/proc目录中的相关参数了,当然有些是不能乱改的.下面就让我们了解一下这些常用的性能监控工具. 1.uptimeuptime命令用于查看服务器运行了多长时间以及有多少个用户登录,快速