推荐关注微信公众号:AIPuFuBio,和使用免费生物信息学资源和工具AIPuFu:http://www.aipufu.com. [Circular RNA的产生机制] Circular RNA,缩写为circRNA,中文名为环状RNA,属于非编码RNA,是近年的一个重要研究热点. CircRNA主要是通过backsplicing的方式产生,明显不同于线性RNA(linear RNA)经典的5′–3′的模式.因此,circRNA不含有线性RNA的经典结构,如5′端加帽,3′端有poly A尾巴等

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

Java中primite type,如char,integer,bool之类的,它们的读写操作都是atomic的,但是有几个例外: long和double类型不是atomic的,因为long和double都是8字节的,而在32位的CPU上,其机器字长为32位,操作8个字节需要多个指令操作. ++i或者i++,因为要先读后写,也是多步操作. 这些情况下,需要使用AutomicInteger,AutomicLong. 同时,java中的reference的读写也是automic的,虽然referen

王家林亲授<DT大数据梦工厂>大数据实战视频 Scala 深入浅出实战经典(1-64讲)完整视频.PPT.代码下载: 百度云盘:http://pan.baidu.com/s/1c0noOt6 腾讯微云:http://url.cn/TnGbdC 360云盘:http://yunpan.cn/cQ4c2UALDjSKy 访问密码 45e2土豆:http://www.tudou.com/programs/view/9JKSqMiQuBE/优酷:http://v.youku.com/v_show/id

Struts2 中result type属性说明 首先看一下在struts-default.xml中对于result-type的定义: <result-types><result-type name="chain" class="com.opensymphony.xwork2.ActionChainResult"/><result-type name="dispatcher" class="org.apac

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ios 中Value Type 和 Class Type 有哪些异同点,这个问题是在微信的公共帐号中看到的,觉得挺有意思,这里梳理一下. 1.swift 中为什么要设置值类型? 值类型在参数传递.赋值的过程中采用的是Copy的过程,copy的"值"是该值所在的内存块,相比于class类型,copy更直接,没有对象中方法调用(饮用计数.copy方法等),因此效率更高.猜测swift引入的值类型主要是为了提高效率. 2.swift 存在哪些值类型 swift中常见的值类型有 struct,

背景: 之前也读过一些关于django的一些书,看过别人写的一些博客系统.但是总有一种看别人的都会,但自己写不出来的感觉,于是为了加深对django的学习就开始动手学习了. 环境搭建: 环境:使用python2.7(x64)+django1.11.5+mysql5.7.17 win7x64环境下,ide使用pycharm(个人破解版本) 1)新建一个myblog的django项目,同时定一个blog的app,新建成功后,修改myblog工程下settings.py配置(把数据库从默认的sqlit

通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了.我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析. fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] 常用选项: -f --format:输入文件格式.[bam,sam,fastq文件格式] -o --outdir:输出文件夹指定 -t --thr

在一次的优化过程中,由于没有关注执行计划中type列,仅看key列来查看"使用到的索引",导致优化过程走了不少弯路. 以下面SQL为例: SELECT wave_no, SUM(IF(picking_qty IS NULL, , picking_qty)) AS PICKED_QTY, SUM(IF(differ_qty IS NULL, , differ_qty)) AS PICKED_DIFFER_QTY, SUM(IF(relocate_qty IS NULL, , reloca

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT

//php中的数组数据格式 Array ( [all] => Array ( [title] => ALL [room_promotion_id] => all ) [best_available_rate] => Array ( [title] => Best Available Rate [room_promotion_id] => best_available_rate ) [30] => Array ( [room_promotion_id] =>

参考: http://www.cnblogs.com/shuilangyizu/p/6019561.html JSON数据如下: { "total": 1, "rows": [ { "id": "1", "type": "1" }, { "id": "2", "type": "2" }, ] } 想要从上面的

sra文件转换为fastq格式 1 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略.如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开.如果还出现了第三个文件,就意味着这个文件本身是未成配对的部分.可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下,所以有一部分数据被删除了.   --gzip 输出文件压缩成gzip格式(通常gzip仅用来压缩单个文件.多个文件的压缩归档通常是首先将这些文件合并成一个

1.问题描述 首先,需要解析的Json数据类似于下面的格式,但是包含了Java关键字abstract: { ret: 0, msg: "normal return.", news: [ { id: "NEW2016062800875700", from: "腾讯新闻客户端", qqnews_download_url: "http://inews.qq.com/m?refer=openapi_for_xiaotiancai",

oracle 中的%type,%rowtype1.使用%TYPE 在许多情况下,PL/SQL变量可以用来存储在数据库表中的数据.在这种情况下,变量应该拥有与表列相同的类型.例如,students表的first_name列的类型为VARCHAR2(20),我们可以按照下述方式声明一个变量DECLARE        v_FirstName VARCHAR2(20); 但是如果first_name列的定义改变了会发生什么(比如说表改变了,first_name现在的类型变为VARCHAR2(25))?

前端的界面中,我想通过ajax来调用写好的json数据,并调用add(data)方法进行解析,请求如下: json数据如下: { “type”:"qqq", "lat":[ [11.5563, 0 ], [11.7598, 1 ], [11.963 , 2 ] ], "lon":[ [11.5563, 0 ],[11.7598, 1 ],[11.963 , 2 ] ] } $.ajax({ type:"GET", url:&q

sra文件转换为fastq格式 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略.如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开.如果还出现了第三个文件,就意味着这个文件本身是未成配对的部分.可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下,所以有一部分数据被删除了.   --gzip 输出文件压缩成gzip格式(通常gzip仅用来压缩单个文件.多个文件的压缩归档通常是首先将这些文件合并成一个ta

主要知识点 理解es中的type数据类型     一.type的理解 type是一个index中用来区分类似的数据的,但是可能有不同的fields,而且有不同的属性来控制索引建立.分词器.field的value值在底层的lucene中建立索引的时候,全部是opaque bytes类型,不区分类型的.lucene是没有type的概念的,在document中,实际上将type作为一个document的field来存储,即_type,es通过_type来进行type的过滤和筛选.一个index中的多个