1.在linux中安装好R 2.准备好画曼哈顿图的R脚本即manhattan.r,manhattan.r内容如下: #!/usr/bin/Rscript #example : Rscript plot_manhatom.r XXX.assoc XXX.pdf argv <- commandArgs() #define the function to plot the manhatton and quantitle-quantitle plot plot_manhatton<-function(

欢迎来到"bio生物信息"的世界 BMC Bioinformatics前几天发布了一个画曼哈顿图的工具Manhattan++, 这个名字很好理解,Manhattan的升级版. 这个工具与之前画曼哈顿图的工具有什么区别呢. 最大的特点是能将显著的位点以及注释信息显示在曼哈顿图上. 可视化很漂亮,特别有高级感. 好了,以下进入主题,讲讲怎么画这个图. 1 准备需要的输入文件 需要的输入文件有三个,分别是infile, configfile, snpfile infile的文件格式如下: i

如何利用R包qqman画曼哈顿图? 2017-07-10 lili 生信人 众多周知,R语言提供了各种各样的包,方便实现我们的目的,下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包:qqman install.packages(“qqman”)  # 安装包 library(“qqman”)  #加载包 data(package=“qqman”)  # 查看qqman包中的测试数据,此包中包含gwasResults snpsOfInterest 两个测试数据 View(gwasResults)  #查

用R画地图数据 首先,从这里下载中国地图的GIS数据,这是一个压缩包,完全解压后包含三个文件(bou2_4p.dbf.bou2_4p.shp和bou2_4p.shx),将这三个文件解压到同一个目录下. 用R绘制地图比较简单.比如画一下全国范围的区域,可以用如下代码: library(maptools) mydat = readShapePoly("china-province-border-data.tar/china/bou2_4p.shp") #地图包位置,根据自己的角标位置设置

R  画网络图 目的:用R做生信分析,画基因样本的网络图,从中观察样本的致病性情况. 一.所用到的包 library(tidyr) library(ggplot2) library(reshape2) library(readr) library(network) library(dplyr) library(plyr) library(sna) library(GGally) library(ggnetwork) library(tidygraph)# tidy graph analysis

工作中遇到话流程图的项目,需要画带箭头的直线,经过摸索,解决:思路如下: (1) 两个点(p1,p2)确定一个直线,以直线的一个端点(假设p2)为原点,设定一个角度 (2)以P2为原点得到向量P2P1(P),向量P旋转theta角得到向量P1,向量P旋转-theta角得到向量P2 (3)伸缩向量至制定长度,平移变量到直线的末端 (4)现在已经有3个点了,画线就可 具体代码如下: void CworkflowDlg::DrawLine(CPoint p1, CPoint p2) { CClient

--------------------------数据库带实例名连接2008-------------------------------------<property name="url"   value="jdbc:sqlserver://127.0.0.1;instanceName=EQMIS;DatabaseName=lhwebsite">  </property>

datasets(R自带数据包) 作者:王彦博 作品来源:百度百科 precip #长度为70的命名向量 euro #欧元汇率,长度为11,每个元素都有命名 landmasses #48个陆地的面积,每个都有命名 rivers #北美141条河流长度 state.abb #美国50个州的双字母缩写 state.area #美国50个州的面积 state.name #美国50个州的全称 因子 state.division #美国50个州的分类,9个类别 state.region #美国50个州的地

取文件名 ExtractFileName(FileName); 取文件扩展名: ExtractFileExt(filename); 取文件名,不带扩展名: 方法一:   Function ExtractFileNameNoExt(FileString: String): String;   Var   FileWithExtString: String;   FileExtString: String;   LenExt: Integer;   LenNameWithExt: Integer;

版本:4.1 带参数名的情况 HttpClient httpClient = new DefaultHttpClient(); HttpPost httpPost = new HttpPost(url); // httpPost.setHeader("Accept-Encoding", "gzip,deflate");//表示返回的数据是压缩的zip格式 String postParam = "";//请求的参数内容 List<NameVa

手上的电脑已经用了将近三年了,想入手一台Surface Pro,所以计划着把电脑上的资料整理下,部分资料打算发到博客上来,资料有同事.也有自己的.也有来自网络的,来源途径太多,也没法详细注明,请见谅! 要素标注: 在Engine中,有一个很好的接口IGraphicsContainer,这个接口就是desktop中的临时图层,所以,要是完成一个标注功能的系统,这个接口就非常有用了.可以通过IMap.IActiveView等接口得到IGraphicsContainer,通过 IGraphicsCon

用 R 画中国分省市地图 (2010-11-18 16:25:34) 转载▼ 标签: 中国地图 营销 杂谈 分类: 数据分析 用R 也可以做出漂亮的依参数变化的中国地图. 主要参考(http://cos.name/author/yixuanq/) library(maptools) axx<-readShapePoly("bou2_4p.shp", proj4string=CRS("+proj=longlat +ellps=clrk66")) x=axx #p

javascript实现: top.location.href 顶级窗口的地址this.location.href 当前窗口的地址 PHP实现 #测试网址: http://localhost/blog/testurl.php?id=5 //获取域名或主机地址 echo $_SERVER['HTTP_HOST']."<br>"; #localhost //获取网页地址 echo $_SERVER['PHP_SELF']."<br>"; #/bl

1.获取不带扩展名的文件名方法,利用ChangeFileExt函数修改传入参数的扩展为空,并不会对文件本身产生变更. ChangeFileExt(ExtractFileName('D:\KK\Test\123.txt'),''); //返回 123 2.获取上级文件夹路径的方法. ExtractFileDir('D:\KK\Test\')+'..'; //返回 D:\KK\ 3.获取完整文件或文件夹路径中的驱动器. ExtractFileDrive('D:\KK\Test\'); //返回 D:

1.生存曲线 基础包survival+扩展包survminer. survival包内置肺癌数据集lung. library(survival) library(survminer) str(lung) #拟合模型 fit <- survfit(Surv(time,status)~sex,data=lung) #绘制生存曲线 ggsurvplot(fit, pval = TRUE, #添加log rank检验的p值 conf.int = TRUE, #添加置信区间 risk.table = TR

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

曼哈顿图 Manhattan Plot 曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点.它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图). 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合分类学结果,采用Manhattan plot展示有非常好的效果,倍受推崇.   曼哈顿图优点 大数据中,即展示数据全貌,又能快速找到目标基因或OTU,同时可知目标的具体位置和分类.显著程度等信息.绝对高端大气,而且还有内涵.   数据坐标轴介绍 以上

画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”,简约方便.下面具体介绍以下. 一.画曼哈顿图 install.packages("qqman") library(qqman) 1.准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults(如果没有zscore可以不用管),如下所示: 2.上代码,如下所示: manhattan(gwasResults) 如果觉得不够美观,考虑添加一下参数: manhattan(gwasResults, main = "Manhat

R语言画图教程之盒形图 我们之前有分享过一系列的R语言画图代码(PCA图.Pathway图.火山图.RDA图.热图),今天再来补充一个盒形图(箱形图)的代码. 以下代码只是示例,不能直接搬来用哦,注意看注释. --------------代码开始了------------- setwd("E:/") #改变工作目录 data=read.table("data.txt",header=T) #读取数据,"header=T"第一行为表头 mycolo

目录 问题 解决一 解决二 问题 这个问题应该很常见吧.R中输出数据框时,想要把行名和列名都输出.如果直接输出的话,输出的结果列名会往前移动一位,这显然不是我们想要的. 直接上例子: > a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3])) > a A B C A 1 4 7 B 2 5 8 C 3 6 9 直接保存: write.table(a,"a.txt",ro