[转]Fst指数 转载自 http://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/71513099 与 http://blog.sina.com.cn/s/blog_4ab0b3390102viol.html 群体遗传学--Fst指数,即群体间分化指数,用于群体间分化分析. 群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种,最常用的就是Fst指数.Fst指数,由F统计量演变而来.F统计量(FIS,FIT,FST)主要有三种.Fst是针对一对等位基因,如果基因座

下列所用到的数据均为千人基因组数据库 1.通过vcftools计算FST 命令行如下: ./vcftools --vcf input_data.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out pop1_vs_pop2 其中,input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的格式如下: population_2.txt的格式同population_1.txt,只有一

摘要:Wright’s F‑statistics, and especially FST, provide important insights into the evolutionary processes that influence the structure of genetic variation within and among populations, and they are among the most widely used descriptive statistics in

群体遗传学--Fst指数,即群体间分化指数,用于群体间分化分析. 群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种,最常用的就是Fst指数.Fst指数,由F统计量演变而来.F统计量(FIS,FIT,FST)主要有三种.Fst是针对一对等位基因,如果基因座上存在复等位基因,则需要用Gst衡量,基因差异分化系数(gene differentiation coefficient,Gst).   从配子间亲缘关系角度分析,FST和FIT分别相当于地方群体和整个群体中携带的一对等位基因是同源的概率,而FST是

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

:或者1.简单介绍 固定指数(FST)是一种由遗传结构决定的种群分化指标.它通常是由遗传多态性数据,如单核苷酸多态性(SNP)或微卫星估计.作为莱特f统计的一个特例,它是种群遗传学中最常用的统计方法之一. 2.Definition 两个最常用的FST定义是基于群体间等位基因频率的方差,以及由血统决定身份的概率. 或者 p ¯ {\displaystyle {\bar {p}}} is the average frequency of an allele in the total populati

文章地址:https://academic.oup.com/gbe/article/10/2/458/4810442#supplementary-data Abstract 在自然生态系统和管理生态系统中,Apis mellifera都是极具影响力的传粉者.在北美,这一物种已经从欧洲和非洲的各种不同来源的种群中被多次引入.从那时起,野生动物种群已经扩展到许多不同的环境,跨越了它们广泛的引进范围.在这里,我们使用了历史博物馆标本和来自美国加利福尼亚州的新收集的现代种群进行了全基因组测序,来分析群体

目录 材料与方法 结果分析 本文利用99085个高质量SNP 通过STRUCTURE,PCA和neighbour-joining tree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群,这些亚群表现出地理上的遗传分化.利用纬度相差10°的两个位置(北京.武汉)收集的表型数据,鉴定了17个与开花时间性状相关的SNP(TAS),包括一个稳定的基因位点Chr12:5914898和以前未检测到的在开花基因E1和E2附近的候选基因.利用与地方种收集地点相关的已公布数据,鉴定出与三个生物气候学变量(温度,日长和降水)

目录 一.来源 二.结果 扁豆的染色体水平高质量组装 扁豆相关农艺性状的QTL定位 直系/旁系同源的演化和物种形成事件 与农艺性状相关基因的直系同源物 群体结构分析揭示扁豆遗传簇 豆荚发育过程中的基因表达 一.来源 Comprehensive genomic resources related to domestication and crop improvement traits in Lima bean. Nature Communications volume 12, Article nu

数据预处理(DNA genotyping.Quality control.Imputation) QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成 2. 表型数据统计分析 逻辑回归(表型数据为二元) 线性回归(表型数据为连续性变量) 表型数据正态分析(如果不是正态分布,需转换处理为正态分布) 表型数据均值.中值.最大值.最小值 影响因子对表型的影响分析 3.画曼哈顿图(GWAS)和QQ plot图 (一).准备plink文件 (1).准备PED文件 PED文件有六列

全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接.组装,获得该物种的基因组序列图谱,从而推进该物种的后续研究.基因组重测序 是对有参考基因组物种的不同个体进行的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析. 基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs).拷贝数变异(CNV).插入/缺失(I

原文地址:http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/asi.23134/abstract 黄色背景是我认为比较重要的,红色字体是我自己的话. 动态主题监测与跟踪:HDP.共词与共引分析方法的比较 Introduction 主题监测与跟踪在文献计量学.数据挖掘以及其他多个领域中都发挥重要作用.主题监测旨在从文档集合中识别重要主题,而主题跟踪旨在对一个已经识别到的主题演化过程进行跟踪.识别主题及其内在模式对于理解主题来说至关重要. 共引分析和共词分析是文献

Snapman主页:http://www.snapman.xyz 原文链接地址:http://www.snapman.xyz/newsitem/277785310​   feiren工作室主要研究人类意识原理.智能提高以及减少团队合作中资源.意识损耗的方法和工具.意识研究表明: 1.人的意识在物质层面构造上不存在差异性,人在表层表现出来的天资差异只是由于物质中嘎嘎效态下组合的意因子的不同 2.意因子的构造决定了人的意模型,意模型决定了人对内(表层意识.内层生理循环).对外(人.环境)的一切改造能

抱歉这么久才写出一篇文章,最近进度有点慢.这么慢是有原因的,我在想如何改进能让大家看系列文章的时候更方便一些,现在这个问题有了答案,在以后的推送中,我将尽量把例题和相关知识点在同一天推出,其次在代码分享方面,我也做了改进,对应当加入注释的地方略微加了注释. 先介绍一下今天分享的题目 题目简述:有 n 个人,其中存在很多对朋友关系(不排除有的人没有朋友),这种朋友关系满足对称.传递性质(是否是自反关系对这道题没有影响),即 如果A 和 B 是朋友,就有 B 和 A 是朋友: 如果 A 和 B 是朋

当教育遇上互联网,非常多传统教育机构都卡在了技术这道门槛上. 一位教育机构创始人曾这样感叹说:"技术须要文化基因.氛围.教育行业不知道技术这帮兄弟须要什么样的文化,什么样的工作氛围,怎么管理,怎么用他们的语言和他们沟通. 我最大的感受是,教育公司转型互联网,非常多公司最后会死在产品和技术上." 有猎头表示.教育机构都希望从百度.阿里.腾讯挖技术人才.但程序猿跳槽教育行业的意愿并不强,个中原因颇为复杂. 程序猿为什么不愿意到教育机构上班? 他们内心最基本的诉求是什么? 有这样一位有海归背

无线一键通功能,POC(PTT Over Cellular)也称PTT(Push To Talk)功能.PTT:一键通(Push-to-Talk)功能是一种全新的移动技术,可以快速地进行"一对一"或者"一对多"通话,就像使用对讲通话机一样.这一功能适合需要频繁中间联系的小型和中型企业以及需要同朋友和家人聊天的个人用户. ●手机要求:普通手机无法使用PTT功能.但一部分支持高通BREW的手机将来可以通过软件升级来支持PTT技术. ●使用:手机开通PTT以后,只要按一下

上节课复习:    1.总结        可变/不可变:            可变类型:list,dict            不可变类型:int,float,str,tuple         存值的个数:             存一个值:int,float,str             存多个值:list,dict,tuple         访问方式:             只能通过变量名直接访问:int,float             可以通过索引访问(有序/序列):st

网络图 Network 网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步.那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要性.   因此我要举一个网络分析重要的例子,大家都知道2012年诺贝尔奖得主Yamanaka提出的诱导干细胞的四因子,其时在之前已经有多篇网络分析文章提出了这四因子,只是Yamanaka是第一实验验证的.值得一提的是这篇获得诺奖的Cell文章只有一个一作和一个通讯,据説是当时这课题没人看好,也没

数据挖掘与CRM 现在的数据挖掘项目多数都是游击战,这边挖一挖那边挖一挖,挖到最后还是一场空,还落了个"忽悠"绰号:回想数据挖掘的一个标准流程,那只是一个数据挖掘类项目的标杆而已,那对商业问题有没有标杆可言呢? 商业问题的产生多数是源于需求,需求源于客户or消费者,换句话说多数都是在围绕"如何让上帝更上帝"展开的,所以我感觉如果数据挖掘类的项目如果能和CRM结合的话,效果会更好: CRM有什么价值? CRM的应用价值体现在以下几个方面: 1.增加新客户的同时,减少老

我所说的,都是错的. To C产品设计和To B产品设计对一个优秀的产品经理的洞察能力.架构能力有共通的要求. 实际产品设计过程中,To C产品往往是从商业思维思考,侧重用户研究,思考用户心智,由产品经理构建一个虚拟的世界观. To B产品往往在现实过程总已经存在实际的交易逻辑,线上化的工作需要侧重于利用架构能力和系统性思维,提升线下业务的效率,降低线下业务的成本. 关于To B产品设计,我总结了一篇文章,点击跳转查看. 沙漏哟:To B产品技术标准化(全网独家) 那么To C产品经理,是怎样设