就是指唯一比对的reads 现在人们已经开始避免使用unique mapped reads这个概念了,而转向使用mapq值来保留高质量的比对结果.因为mapq值反应了一组比对结果发生的可能性,MapQ = -10 log10(P), 比如结果为10,那就是1/10的概率会出现这个比对结果,如果我们认为0.05%是一个小概率的话,那个mapq值为15就可以用于筛选了, 如果认为0.01%是个小概率的话,mapq值为20就可以用于筛选了.但是人们往往从30这个值开始试起(1/1000的概率),如果它

unique reads:在参考组上只有一个匹配点 multi-mapping reads:在参考组上有多个匹配点 下面是tophat的一个结果案例: Reads: Input : Mapped : (96.2% of input) of these: ( have >) 96.2% overall read mapping rate. the quantity of unique reads  :25159791-1027691= the quantity of multi-mapping r

参考地址: https://www.biostars.org/p/56246/ -q INT only include reads with mapping quality >= INT [0] Like for getting the unique reads (a single read mapping at one best position) 命令如下,也有文献报告使用的-q 2 samtools view -bq 1 file.bam > unique.bam

来源:STARmanual.pdf 来源:Calling variants in RNAseq PART0 准备工作 #STAR 安装前的依赖的工具 #Red Hat, CentOS, Fedora. sudo yum update sudo yum install make sudo yum install gcc-c++ sudo yum install glibc-static PART1 Quick start #STAR Basic workflow ###1. Generating

今天开头我想叨叨几句,我个人最近的感受.在这个信息爆炸,互联网的时代里.我的周遭总是充斥者着各种让人能产生焦虑的信息, 我不知道有没有小伙伴和我一样,看到各种神通广大.游戏人生的大侠,低头看看自己当前的处境和生活,默默的叹了口气. 我很长一段时间都处于被信息轰炸的焦虑中,感觉自己没有什么值得称赞的成就,自己再努力也追赶不上.就像那种要做的事情太多,无从下手,索性就随他去了, 但是什么都不做导致要做的事情越来越多,从而会更加焦虑.这样的状态持续 2 个月,偶然的机会下我发现然了一个缓解这种压力的办

9.7 模拟实现微信的彩蛋动画 大家在玩微信的时候有没有发现节日的时候发一些节日问候语句如“情人节快乐”,这时候会出现很多爱心形状从屏幕上面飘落下来,我们这小节就是要模拟实现这样的一种动画效果.可能微信里面实现的动画效果都是采用固定的小图片来最为动画的对象,但是我们这小节要对该动画效果增加一些改进,也就是要实现的彩蛋动画的针对的图形形状是动态随机生成的,所以看到从屏幕上面飘落的图形都是形状不太一样的.下面来看一下如何实现星星飘落动画. 9.7.1 实现的思路 首先,我们来分析一下星星飘落动画的实

该文章完全摘自转自:北大青鸟[Android新手区] SQLite 操作详解--SQL语法  :http://home.bdqn.cn/thread-49363-1-1.html SQLite库可以解析大部分标准SQL语言.但它也省去了一些特性并且加入了一些自己的新特性.这篇文档就是试图描述那些SQLite支持/不支持的SQL语法的.查看关键字列表. 如下语法表格中,纯文本用蓝色粗体显示.非终极符号为斜体红色.作为语法一部分的运算符用黑色Roman字体表示. 这篇文档只是对SQLite实现的SQ

SQLite库可以解析大部分标准SQL语言.但它也省去了一些特性并且加入了一些自己的新特性.这篇文档就是试图描述那些SQLite支持/不支持的SQL语法的.查看关键字列表. 如下语法表格中,纯文本用蓝色粗体显示.非终极符号为斜体红色.作为语法一部分的运算符用黑色Roman字体表示. 这篇文档只是对SQLite实现的SQL语法的综述,有所忽略.想要得到更详细的信息,参考源代码和语法文件“parse.y”. SQLite执行如下的语法: ALTER TABLE ANALYZE ATTACH DATA

这篇博客侧重于了解OkHttp的网络部分,包括Socket的创建.连接,连接池等要点.OkHttp对Socket的流操作使用了Okio进行了封装,本篇博客不做介绍,想了解的朋友可以参考拆轮子系列:拆Okio. OkHttp中关于网络的几个概念 下面的主要翻译自OkHttp的官方文档,查看原文. URL URLs(比如https://github.com/square/okhttp)是HTTP和网络的基础,不止指定了Web上的资源,还指定了如何获取该资源. Address Address(比如gi

通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了.我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析. fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] 常用选项: -f --format:输入文件格式.[bam,sam,fastq文件格式] -o --outdir:输出文件夹指定 -t --thr

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

REF https://www.plob.org/article/5987.html 解压后,查看html格式的结果报告.结果分为如下几项: 结果分为绿色的"PASS",黄色的"WARN"和红色的"FAIL". 1 Basic statistics如下面例子所示: 2 Per base sequence qualityquality就是Fred值,-10*log10(p),p为测错的概率.所以一条reads某位置出错概率为0.01时,其quali

cmd清除命令:cls 之后查阅了其它博客,发现这位大神同样也在做JVM,并且我很希望用它的10进制转16进制类来测试一下该解析的10进制是否对应着Object的16进制呢? 这位大神的10进制转16进制代码: import java.io.BufferedReader; import java.io.File; import java.io.FileReader; public class Test { public static String txt2String(File file){ S

NGS的duplicate的问题   duplicate的三个问题: 一.什么是duplicate? 二.duplicate来源? 三.既然PCR将1个reads复制得到成百上千copies,那为什么二代数据duplicate rate 一般才10+%? 什么是 duplicate? 摘自罗俊峰博士,阅尔基因研发总监陈云地博士,阅尔基因CTO  http://www.biotrainee.com/thread-1382-1-1.html 一.什么是Duplicated Reads1谈到NGS数据

用FastQC检查二代测序原始数据的质量 2013-01-28 21:28:10|  分类: Bioinformatics |  标签:bioinformatics  deep-seq   |举报 |字号大中小 订阅 用微信  “扫一扫” 将文章分享到朋友圈. 用易信  “扫一扫” 将文章分享到朋友圈. 下载LOFTER 我的照片书  |     当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量.常用的工具就是fastqc (http://www.bioinformat

参考<<Boost程序库完全开放指南>> shared_ptr  类摘要(只列出了常用的部分)和相关说明 template <class T> class shared_ptr { public: typedef T element_type; shared_ptr(); template<class Y> explicit shared_ptr(Y * p); template<class Y, class D> shared_ptr(Y *

SQLite的SQL语法 SQLite库可以解析大部分标准SQL语言.但它也省去了一些特性并且加入了一些自己的新特性.这篇文档就是试图描述那些SQLite支持/不支持的SQL语法的.查看关键字列表. 如下语法表格中,纯文本用蓝色粗体显示.非终极符号为斜体红色.作为语法一部分的运算符用黑色Roman字体表示. 这篇文档只是对SQLite实现的SQL语法的综述,有所忽略.想要得到更详细的信息,参考源代码和语法文件“parse.y”. SQLite执行如下的语法: ALTER TABLE ANALYZ

SQLite,是一款轻型的数据库,是遵守ACID的关联式数据库管理系统,它的设计目标是嵌入式的,而且目前已经在很多嵌入式产品中使用了它,它占用资源非常的低,在嵌入式设备中,可能只需要几百K的内存就够了.它能够支持Windows/Linux/Unix等等主流的操作系统,同时能够跟很多程序语言相结合,比如Tcl.C#.PHP.Java等,还有ODBC接口,同样比起Mysql.PostgreSQL这两款开源世界著名的数据库管理系统来讲,它的处理速度比他们都快.SQLite第一个Alpha版本诞生于20

一.定时器 <!DOCTYPE html> <html lang="zh-CN"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>Title</title> </head> <body> <input type="text" id="i1"> <input type="butt

常用模块: time: 分为三种格式: 1.时间戳:从1970年1月1日0点0分0秒到现在经过的秒数 用于时间间隔的计算 import time print(time.time()) 2.字符串显示时间 用于展示时间,更符合人类认知 print(time.strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S %p')) # 2020-08-11 19:45:05 PM print(time.strftime('%Y-%m-%d %X')) # 2020-08-11 21:18:19 print