文献:Sahraeian S M E, Mohiyuddin M, Sebra R, et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):59. 这是一篇在NC上发表的使用RNAseq工具对比的一篇文献,解读这篇文献对我们使用RNAseq

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,

HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件 2015年04月02日 11:35:47 夜丘 阅读数:8940 标签: 生物 更多 个人分类: 论文笔记   Bowtie 里的FM-index 简介 原文链接:http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481 最近看新发表的几篇RNA-seq比对,组装的软件,发现HISAT里面也用到了FM-index这个算法,所以就找了一下,原博文链接如上所示,说的很是透彻 另外S

转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装,当然也可用于转录本的定量.前者于2016年的 protocol上发表的转录组流程HISAT, StringTie and Ballgown后被广泛使用,后者则是老牌的RNA分析软件了.在算法上来说Stringtie使用的是流神经网络算法,Cufflinks则是吝啬算法:

可变剪接(alternative splicing),在真核生物中是一种非常基本的生物学事件.即基因转录后,先产生初始RNA或称作RNA前体,然后再通过可变剪接方式,选择性的把不同的外显子进行重连,从而产生不同的剪接异构体(isoform).这种方式,使得一个基因可产生多个不同的转录本,这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段,在不同的组织中有各自特异的表达和功能,从而极大地丰富了编码RNA和非编码RNA种类和数量,进而增加了转录组和蛋白质组的复杂性. 可变剪接主要有以下五种常见的形式: 1

参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组装.可改善基因表达定量结果,发现新的基因和转录异构体,鉴定可变剪切及基因融合现象. Google第一个就是官网介绍,可以立马理解Iso-Seq的字面意思了. Iso-Seq 就是 isoform sequencing,中文就是同源异构体测序,其实也是一种 RNA 测序技术. The challeng

参考: 转录组文章的常规套路 文章解读:<Science>小麦转录组研究文章 转录组数据饱和度评估方法 Paper这个东西是多么的诱人,可以毕业,可以评职称,可以拿绩效. 现在的文章都是有套路的,也不能说是水文,但大多是一个模式下的产物,真正有价值的好文其实是少之又少的. 大部分的Paper都是八股文,只需要填词就好了. Transcriptome analysis of leaves, roots and flowers of Panax notoginseng identifies gen

参考文章:http://weibo.com/p/23041883f77c940102vbkd?sudaref=passport.weibo.com 软件连接:https://github.com/alexdobin/STAR/ 因为不连续的转录本结构,相对短的片段长度,和测序技术持续增加的通量,高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题.当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率,低比对速度,片段长度限制和比对偏差.结果:为了比对我们的大量(> 800亿片段)ENCOD

特色 迅捷是一个功能强大的C/C++源代码分析软件.可以处理数百万行的源程序代码.支持标准及K&R风格的C/C++.对每一个打开的源代码工程,通过建立一个包含丰富交叉引用关系的数据库,显示其所含的各种信息:所有的源文件.所有的头文件.所有的代码文件.词汇索引.索引结果.文件包含关系.宏定义.数据结构和函数定义.可扩展的函数定义.函数调用关系.分文件夹的定义目录.构造层次.诊断性输出等.仅须按一键就可以非常方便地扩展各种类型的定义和调用关系.所有这些结合起来帮助用户快速地阅读.理解.研究和维护关键

中文名称:江中微型统计分析软件 英文名称: 项目名称:JXUTCMMSAS 项目地址:保密 在研究生最后历时1年的时间里,完成了江中微型统计分析软件V1.0,后续还在不断更新中,将自己的改进算法.机器学习中的常用算法全部集成到该软件中,并通过对外提供调用接口,提供可视化界面,立志让其成为一款普通人可用.机器学习算法研究者调用的软件,让算法研究者们,不需要再重新做重复工作,着眼于算法本身,在已有基础上研究. 1.开发环境 MCR——项目中调用到MATLAB2014A(32bite)的MCR环境的j

本文介绍一个自己做的码流分析软件:VideoEye.为什么要起这个名字呢?感觉这个软件的主要功能就是对"视频"进行"分析".而分析是要用眼睛来看的,因此取了"视频"和"分析"这两个词的英文,名之曰:VideoEye.这个软件是在自己毕业设计软件的基础上改的.能够对本地文件或者互联网视频流进行实时的码流分析.因为这个软件是自己一边学习视音频技术一边制作的,所以涵盖了比較全面的功能.在编写这个软件的过程中,自己也学会了非常多的视音

SAS是著名的统计分析软件,全称为Statistics Analysis System,最早由北卡罗来纳大学的两位生物统计学研究生编制,并于1976年成立了SAS软件研究所,正式推出了SAS软件. 转载自:http://www.hejizhan.com/html/xueke/110/x110_46.html 这里有几十个SAS学习教程,大家可以按需下载学习,当然了,可以的话,还是多支持正版为好!  现代统计学与SAS应用 胡良平主编.pdf 10.39 MB  SAS数据挖掘实战精简版.pdf

Druid 是什么 Druid 单词来源于西方古罗马的神话人物,中文常常翻译成德鲁伊.  本问介绍的Druid 是一个分布式的支持实时分析的数据存储系统(Data Store).美国广告技术公司MetaMarkets 于2011 年创建了Druid 项目,并且于2012 年晚期开源了Druid 项目.Druid 设计之初的想法就是为分析而生,它在处理数据的规模.数据处理的实时性方面,比传统的OLAP 系统有了显著的性能改进,而且拥抱主流的开源生态,包括Hadoop 等.多年以来,Druid 一直

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-seq基础入门传送门 资料:RNA-seq Data Analysis-A Practical Approach(2015) Bioinformatic Data Skill biostar handbook A survey of best practices for RNA-seq data an

在网上找了好几个日志分析软件,觉得这个是最简单.实用的,至少对我来说. 但这个软件有个缺点,就是日志比较大时,分析详细的会溢出,需要用到文本切割工具. 软件下载: iis日志分析软件 大文本切割软件 备注:文本切割后,有的日志显示不出来内容,是因为缺少iis头部标识,把第一个里面的复制进去即可,下面是iis的头文件. #Software: Microsoft Internet Information Services 6.0 #Version: 1.0 #Date: 2013-04-02 00:

转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学 转录组   1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file:   $ extract_splice_

HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件

转录组分析综述 转录组 文献解读 Trinity cufflinks 转录组研究综述文章解读 今天介绍下小编最近阅读的关于RNA-seq分析的文章,文章发在Genome Biology 上的A survey of best practices for RNA-seq data analysis .由于文章较长和枯燥,小编认为重要的信息,已经加粗加红,可以直接看重要信息.不要问我为啥这么好,请叫我雷锋. 摘要 现在RNA-seq数据使用广泛,但是没有一套流程可以解决所有的问题.我们重点关注RNA-

在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说明真的很费解,其实可以理解为“Reads Per Kilobase Per Million Reads”​,即“每一百万条Reads中,对基因的每1000个Base而言,比对到该1000个base的Reads数”,计算公式. FPKM:Fragments per Kilobase Million,F

Web 分析无非就是 Web 流量的测量.但它并不限于测量网络流量,还包括: 分析 数据采集 为了了解和优化网页而上报网络数据 Google Analytics是最广泛使用的基于云的网络分析服务.不过,你的数据已被锁定在Google的生态系统中.如果你想要100%的数据拥有权,请尝试以下开源网络分析软件来获取有关网站的访问者数量和页面浏览量的信息. 该信息对市场调研有用,并且有助于了解你网的站上的流行趋势. Tocy 翻译于 2天前 0人顶 顶 翻译得不错哦!   Web 日志分析软件究竟是什么