在分析数据时,经常会有许多机械重复的命令带入,作为一个半路出家的程序猿,我曾经对这种工作束手无策.不像一个熟手那样举重若轻的分析,感觉自己的生信分析完全是个体力活.为了打开这样的局面,我开始学习如何批量处理这些文件名格式差不多的文件. work_dir=/home/genomics/data/rice/variantcalling reference=/home/genomics/data/rice/ref-database/***** bwa_dir=$work_dir/resourses/a

bash shell 脚本的方法有多种,现在作个小结.假设我们编写好的shell脚本的文件名为hello.sh,文件位置在/data/shell目录中并已有执行权限. 方法一:切换到shell脚本所在的目录(此时,称为工作目录)执行shell脚本: 复制代码 代码如下: cd /data/shell ./hello.sh ./的意思是说在当前的工作目录下执行hello.sh.如果不加上./,bash可能会响应找到不到hello.sh的错误信息.因为目前的工作目录(/data/shell)可能不在

bash shell 脚本的方法有多种,现在作个小结.假设我们编写好的shell脚本的文件名为hello.sh,文件位置在/data/shell目录中并已有执行权限. 方法一:切换到shell脚本所在的目录(此时,称为工作目录)执行shell脚本: 复制代码 代码如下: cd /data/shell ./hello.sh ./的意思是说在当前的工作目录下执行hello.sh.如果不加上./,bash可能会响应找到不到hello.sh的错误信息.因为目前的工作目录(/data/shell)可能不在

执行shell脚本的几种方法及区别 http://blog.csdn.net/lanxinju/article/details/6032368 (认真看) 注意:如果涉及到脚本之间的调用一定要用 . 来执行shell脚本. [root@bogon ~]# cat a.sh #!/bin/bashTang=Freddy[root@bogon ~]# sh a.sh [root@bogon ~]# echo $Tang [root@bogon ~]# . a.sh [root@bogon ~]# e

前言 此程序需要ganymed-ssh2-build210.jar包(下载地址:http://www.ganymed.ethz.ch/ssh2/) 为了调试方便,可以将\ganymed-ssh2-build210\src下的代码直接拷贝到工程里, 此源码的好处就是没有依赖很多其他的包,拷贝过来干干净净. 简介 目的:是执行远程机器上的Shell脚本;远程机器IP:***.**.**.***用户名:sshapp密码:sshapp登录后用pwd命令,显示当前目录为:/sshapp.在/sshapp/

1.java远程执行shell脚本类 package com.test.common.utility; import java.io.IOException; import java.io.InputStream; import java.io.UnsupportedEncodingException; import java.nio.charset.Charset; import org.apache.commons.io.IOUtils; import org.apache.commons.

假设shell脚本文件为hello.sh放在/root目录下.下面介绍几种在终端执行shell脚本的方法: [root@localhost home]# cd /root/ [root@localhost ~]#vim hello.sh #!  /bin/bash cd /tmp echo "hello guys!" echo "welcome to my Blog:linuxboy.org!" 1.切换到shell脚本所在的目录,执行: [root@localho

原文地址:http://www.open-open.com/lib/view/open1384351384024.html 1. SSH简介         SSH是Secure Shell的缩写,一种建立在应用层和传输层基础上的安全协议.SSH在连接和传送过程中会加密所有数据,可以用来在不同系统或者服务器之间进行安全连接.SSH提供两种的安全验证方式:基于密码的认证和基于密匙的认证.其中,基于密码的认证比较简单,只要知道远程主机的用户名和密码,就可以进行登录.基于密匙的认证比较麻烦,而且连接比

bash shell 脚本的方法有多种,现在作个小结.假设我们编写好的shell脚本的文件名为hello.sh,文件位置在/data/shell目录中并已有执行权限. 方法一:切换到shell脚本所在的目录(此时,称为工作目录)执行shell脚本:此种方法为阿里云推荐 cd /data/shell ./hello.sh ./的意思是说在当前的工作目录下执行hello.sh.如果不加上./,bash可能会响应找到不到hello.sh的错误信息.因为目前的工作目录(/data/shell)可能不在执

SQL Server 数据库中除了能执行基本的SQL语句外,也可以执行Shell脚本.默认安装后,SQL中的Shell脚本的功能是关闭的,需要手动打开, 执行以下脚本即可打开该功能. -- 允许配置高级选项(1:允许 0:禁止) GO -- 重新配置 RECONFIGURE GO -- 启用xp_cmdshell(1:启用 0:禁用) GO --重新配置 RECONFIGURE GO 在本地系统C盘根目录下常见一个测试文件,123.txt,内容为:你好,我好,大家好. 在SQL Server查询

最近工作需求中 有遇到这个情况  在web端获取配置文件内容 及 往shell 脚本中动态传入参数 执行shell脚本这个有多种方法   最后还是选择了subprocess这个python标准库 subprocess这个模块可以非常方便的启动一个子进程,并且控制其输入和输出 Class Popen(args,bufsize = 0,executable=None,            stdin =None,stdout =None,stderr =None,            preex

Scala进阶之路-进程控制之执行shell脚本 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 废话不多说,我这里直接放一个案例. /* @author :yinzhengjie Blog:http://www.cnblogs.com/yinzhengjie/tag/Scala%E8%BF%9B%E9%98%B6%E4%B9%8B%E8%B7%AF/ EMAIL:y1053419035@qq.com */ package cn.org.yinzhengjie.shell ob

原文网址:https://www.jb51.net/article/53924.htm 这篇文章主要介绍了Linux中执行shell脚本的4种方法,即总结在Linux中运行shell脚本的4种方法. 前提:bash shell 脚本的方法有多种,现在作个小结.假设我们编写好的shell脚本的文件名为hello.sh,文件位置在/data/shell目录中并已有执行权限. 1. 方法一:./hello.sh cd /data/shell ./hello.sh ./ 的意思是说在当前的工作目录下执行

做自动化的时候,有时候避免不了要和服务器有互动,刚巧碰上一个项目,需要执行命令才能完成本次测试. 昨天遇到的是秘钥形式的,只有秘钥和用户名,百度找了许久也没有思路,(能账号密码登录服务器的还简单些),后来看到一篇博文,受到启发,把他的代码改了又改,结果还真行了 代码如下: import com.jcraft.jsch.*; import org.slf4j.LoggerFactory; import java.io.BufferedReader; import java.io.IOExcepti

原文:http://blog.csdn.net/this_capslock/article/details/17415409 今天在Linux尝试搭建dynamips的工作环境,在执行shell脚本时遇到个小问题 有一个名为start.sh的脚本文件,内容如下: #!/bin/bash ./dynamips.bin -H 7200 & 在终端执行shell脚本后,出现问题如下: [root]# ./start.sh bash: ./start.sh: 权限不够 解决方法是先使用chmod命令对s

1. SSH简介         SSH是Secure Shell的缩写,一种建立在应用层和传输层基础上的安全协议.SSH在连接和传送过程中会加密所有数据,可以用来在不同系统或者服务器之间进行安全连接.SSH提供两种的安全验证方式:基于密码的认证和基于密匙的认证.其中,基于密码的认证比较简单,只要知道远程主机的用户名和密码,就可以进行登录.基于密匙的认证比较麻烦,而且连接比较耗时,这里不详细介绍.         有很多基于SSH协议的客户端,例如:PuTTY.OpenSSH.Xshell 4等

执行shell脚本时提示bad interpreter:No such file or directory的解决办法 故障现象:在终端直接cd /var正常,在shell脚本中执行则报错.原因是脚本是在windows平台下写的,换行符与Linux不同,造成脚本不能正确执行 出现bad interpreter:No such file or directory(没有那个文件或目录)的原因,是文件格式的问题.这个文件是在Windows下编写的.换行的方式与Unix不一样,但是在vim下面如果不Set

转一篇博客,之前搞这个东西搞了好久,结果今天晚上看到了一篇救命博客,瞬间开心了...转载转载 利用sudo来赋予Apache的用户root的执行权限,下面记录一下: 利用PHP利用root权限执行shell脚本必须进行以下几个步骤:(所有步骤都是我亲自实验,若有不妥可指出,谢谢!) 1. 确定一下你的Apache的执行用户是谁.注:不一定就是nobody,我自行安装的httpd,我的Apache的用户就是daemon 2. 利用visudo为你的Apache执行用户赋予root执行权限,当然还有

实际生产案例 生产机房自建PPTP客户端通过拨号连接到生产机房,但是一旦客户端网络是意外断线再重新拨号 会产生IP冲突,于是写了一个脚本监控PPTP的IP是否有多个(一般冲突以后会生成2个IP) #!/bin/bash #author Liuyueming . /etc/profile #开始没有加这个环境变量 for i in {10..35} do n=`ifconfig|grep 10.13.0.${i}|wc -l` #循环取ip并计数 # echo `ifconfig|grep 10.

Linux下你可以有两种方式执行Shell脚本: 1.用shell程序执行脚本:根据你的shell脚本的类型,选择shell程序,常用的有sh,bash,tcsh等(一般来说第一行#!/bin/bash里面指明了shell类型的,比如#!/bin/bash指明是bash,#!/bin/sh则是sh):然后输入命令(其中bash为shell的名称,myshell.sh则为你要执行的代码): bash myshell.sh 2.直接执行脚本: 不过首先的加上可执行权限(也许要root权限,4情况而定

原文地址: http://www.jb51.net/article/66824.htm 执行shell脚本有以下几种方式 ###1.相对路径方式,需先cd到脚本路径下 [root@banking tmp]# cd /tmp [root@banking tmp]# ./ceshi.sh ####脚本执行成功 ###2.绝对路径方式 [root@banking tmp]# /tmp/ceshi.sh ####脚本执行成功 ###3.bash命令调用 [root@banking /]# bash /t