ALK FISH探针是FDA批准的用于检测肺癌患者中ALK重排的方法,这些患者可能受益于ALK激酶抑制剂.FISH测定在技术上可能具有挑战性并且难以解释.已经有研究者提出以ALK免疫组织化学和下一代测序作为替代方法.在本研究中,我们比较了各种ALK-FISH模式与下一代测序(NGS)针对基因融合的检测效果,以及ALK免疫组织化学(IHC)和肿瘤对克唑替尼的反应.在2116例肺腺癌样本中,72例(4%)是ALK-FISH阳性,其中28个ALK-FISH阳性病例用于研究,包括15个分裂信号(54%)

导读: ALK融合是非小细胞肺癌的关键驱动机制之一,在NSCLC患者中发生的频率约为3-7%.针对ALK融合的抑制剂克唑替尼.色瑞替尼以及Alectinib在治疗ALK融合阳性的NSCLC患者中都取得了巨大成功,而ALK融合检测是靶向ALK治疗的前提. 1．传统ALK检测技术的特点及不足之处 目前对ALK融合的检出方法包括传统的荧光原位杂交(FISH),基于PCR扩增技术(RACE-PCR或RT-PCR联合测序技术.qRT-PCR等)和免疫组织化学法(IHC),这些传统方法各有其优缺点(表1).

Illumina的SNP芯片原理 Illumina的SNP生物芯片的优势在于: 第1,它的检测通量很大,一次可以检测几十万到几百万个SNP位点 第2,它的检测准确性很高,它的准确性可以达到99.9%以上 第3,它的检测的费用相对低廉,大约一个90万位点的芯片(每个样本的)检测费用在一.两千人民币 Illumina的生物芯片系统,主要是由:芯片.扫描仪.和分析软件组成. Illumina的生物芯片,由2部分组成:第1是玻璃基片,第2是微珠. 这个玻璃基片,它的大小和一张普通的载玻片差不多大小,它起

文章来源:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4562064.html VCF文件示例(VCFv4.2) ##fileformat=VCFv4.2 ##fileDate=20090805 ##source=myImputationProgramV3.1 ##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta ##contig=<ID=20,length=62435964,assembly=B3

circRNA 最初研究的很少,只有很小一部分基因有检测到circRNA, 当时都认为是剪切错误形成的,对于其功能也没人去研究:学者对人类的成纤维细胞进行转录组测序,构建去核糖体文库, 同时采用了RNase酶消化线性RNA 和 不消化线性RNA的两种文库,同时检测circRNA , 最终检测到了25000 多种circRNA ,这些circRNA 来源于exon 区, 叫做 ecircRNA, 保守估计,有14%的基因都产生了circRNA. 利用同样的方法,在小鼠睾丸组织中,鉴定到了69种和人

引用自https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247484662&idx=1&sn=194668553f954e231f4526f5c944a195&chksm=fdf84cb4ca8fc5a2c0e8355377f9d6abdc4fa36b304aa8c533b5e82e49de30d443366ff3346a&mpshare=1&scene=1&srcid=09097IKbsc

摘要 分型是计算生物学的一个新兴领域,在临床决策和生物医学科学中有着重要的应用. 虽然机器学习技术在许多生物医学应用中显示出巨大的潜力,但它们在分型中的用途尚未完全理解. 在本文中,我们研究了基于聚类的多倍体生物的阶段化技术的发展,其中在所研究的生物的细胞中每个染色体存在两个以上的拷贝. 我们基于相关聚类的概念,开发了一个称为PolyCluster(多集群)的新框架,然后使用一个有效的聚类合并机制来最小化驻留在每个集群中的短读之间的不一致量. 我们首先引入一个图形模型来量化每对DNA读数之间的相

Vcf文件格式是GATK钟爱的表示遗传变异的一种文件格式. 就拿GATK给出的vcf例子说明吧,下面这个文件只表示了一个完整vcf文件的前几个SNP. 看上去确实有点复杂,那就把它分为两部分看吧,第一部分把他归为说明文件,就是每一列最前面有2个#符号的那些列所提到的就是为了解释下面“正文”INFO列中可能要出现的一些tags和和FORMAT列中对基因型的表示.第二部分可以归为下面的内容: #CHROM  POS ID      REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FO

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018fyw.html GATK (全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件,里面包含了很多有用的工具. 网址:http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Home_Page 前段时间刚发布了2.x版本的,最近几天都在不断更新,网址也搬迁到 http://www.br

vcf格式示例 ##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER=<ID=LowQual,Description=”Low quality”> ##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description=”Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed”> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Descripti

业务运维并不是一个新概念,针对传统信息架构提出的业务服务管理就是把以业务为核心的IT系统与IT基础设施性能进行整合运维的解决方案.然而随着互联网+转型的不断推进,基础设施的智能化和广泛云化成为IT发展的"新常态",只关注IT基础设施.系统与应用软件的稳定性与性能状况的传统运维手段,越来越难以满足企业业务高速发展的需求. 互联网+时代的业务运维是IT运维与互联网深度融合的产物,是运维管理在云计算.大数据技术推动下的必然结果.业务运维是以用户体验为核心,以业务价值为导向,严格遵循业务运维监

云端融合真的来了?快听CTO们怎么讲云端融合下,技术创新怎么破? 快听CTO箴言  云喊了很多年,对于很多普通的技术人,心中有很多疑问:云端融合到底意味着什么,对公司的技术体系有什么影响,未来又会走向何方,有哪些技术上的创新机会正在发生和将要发生?在2016AppCan移动开发者大会上,5位奋战在技术和用户需求第一线的CTO和CEO们,进行了一场深入的对话,将云端融合的前世今生,娓娓道来. 近9千字分享,相信会给你一些启发: 独立CIO.<移动平台>主编 陈其伟开场白:我们在座的,有做移动开发

SkylineGlobe将于近日推出6.5 系列产品.该系列产品提供从产业链上游影像处理.中游二三维展示分析.下游具体业务应用等覆盖整个三维空间地理信息产业链的一体化.一站式产品与服务. Skyline 6.5新特性一览表如下: TerraBuilder的新功能 1. City Builder:City Builder提供一种全新的模型处理机制,可以提高读取三维模型的速度.它可以将传统的.X模型和PhotoMesh生成的三维城市模型,连同模型的属性图层进行融合,导出一个流方式的.多分辨率(LOD

李哲 - MAY 13, 2015 语言本身 Ruby语言支持语法级别的系统,框架,甚至语言本身的方法复写,一般叫做元编程(meta programming), 此基础之上还有一些术语为mixin,方法的动态定义,运行时类改写等等,这些技术和机制可以让语言本身就能实 现其他语言需要字节码才能实现的功能,例如探针需要hook HttpRequest中的request方法,就可以通过下面的方式实现: class HttpRequest def request_new puts 'before req

    Src Pixesl: 源像素 : 指的是当前光栅化产生的值     Dst Pixels 目标像素.指的是先前渲染存储在RT中的值     可以用来实现那些效果,诸如水,玻璃 以及其他的,(后面在说)     在光栅化ij 像素的时候,如果没有开启混合,那么新值将覆盖旧值(深度测试通过),如果开始混合,那么将通过D3D11_BLEND_DESC 的设置来融合新值和旧值,然后将融合后的值写入,让我们来看下这个DESC typedef struct D3D11_BLEND_DESC { B

spine动画融合与动画叠加 一.动画融合setMix 1.概述:两个动作之间的平滑过渡 参数duration为需要多少时间从fromAnimation过渡到toAnimation,过渡时间为动画重叠时间. 下图为动作切换时的情况(setAnimation),左红线为切换动作时刻,两个红线之间为动作切换时间,这之间动画播放为A与B的混合,A和B所占的权重是不断变化的,从A占的权重从100到0,B占的权重从0到100.右红线之后为动作B完全播放. 图1 下图是A动作后有B动作的情况(addAnim

1.使用场景 假设我们有训练好的模型A,B,C,我们希望使用A,B,C中的部分或者全部变量,合成为一个模型D,用于初始化或其他目的,就需要融合多个模型的方法 2.如何实现 我们可以先声明模型D,再创建多个Saver实例,分别从模型A,B,C的保存文件(checkpoint文件)中读取所需的变量值,来达成这一目的,下面是示例代码: 首先创建一个只包含w1,w2两个变量的模型,初始化后保存: def train_model1(): w1 = tf.get_variable("w1", sh

王洋:猫眼电影商品业务线技术负责人.技术专家.主导了猫眼商品供应链和交易体系从0到1的建设,并在猫眼与美团拆分.与点评电影业务融合过程中,从技术层面保障了商品业务的平稳切换,同时也是美团点评<领域驱动设计>课程的讲师.在加入猫眼电影之前,曾就职于蚂蚁金服,参与了阿里网商银行从0到1的建设,以及支付宝钱包.花呗等产品的研发. 导读:互联网电影行业在2016年经历了较大的变动,其中包括猫眼电影和原美团的拆分,以及猫眼电影和点评电影业务的融合.业务发生大的变化时,技术通常也会做出较大的重构,猫眼后台

2018年1月13号中国双态运维用户大会上,优云软件总裁刘东海接受了36Kr记者的专访,期间谈到了新时代下的企业运维模式,新兴技术和传统运维的融合以及优云未来的发展方向等问题.以下为访谈实录: 优云软件总裁刘东海 运维是一件“常老常新”的事.从出现IT这个词开始,IT运维的角色也开始逐步登场了.云计算大数据时代来临,服务器从几十几百台突然增加到成千上万台时,IT运维则站在了越来越重要的舞台上. 云时代之前的运维大部分需要靠流程驱动.人工完成工作,随着云计算.容器.大数据等技术架构的逐步应用,企业

前几天做了6050原始数据的串口输出和上位机波形的查看.这篇博客我们来看一下对原始数据的处理. 任务:利用STC89C52RC对MPU6050原始数据进行滤波与姿态融合. 首先我摘抄了一段别人在昨晚这个实验的写的最后总结.1.尽量不要用MPU6050内置的LPF滤波.虽然相比于原始加速度计输出,该LPF可以平滑输出,但是在FFT频谱上的表现相当差劲.2.广泛使用的窗口平均滑动滤波无论在FFT还是RMSE表现上都有不错的表现,所以一般基础应用(低速运动或四轴初学者)采用窗口平均滤波是比较明智的选择

数据融合(data fusion)原理与方法 数据融合(data fusion)最早被应用于军事领域.     现在数据融合的主要应用领域有:多源影像复合.机器人和智能仪器系统.战场和无人驾驶飞机.图像分析与理解.目标检测与跟踪.自动目标识别等等.在遥感中,数据融合属于一种属性融合,它是将同一地区的多源遥感影像数据加以智能化合成,产生比单一信息源更精确.更完全.更可靠的估计和判断......一. 数据融合基本涵义      数据融合(data fusion)最早被应用于军事领域.     现在数