awk把多序列文件变成单序列

2024-11-10

【awk】用awk将Fasta文件序列变成一行

awk: awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' YourFile sed: sed -n '1{x;d;x};${H;x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};/^>/{x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};H' YourFile

大家知道Jquery中有serialize方法,可以将表单序列化为一个“&”连接的字符串,但却没有提供序列化为Json的方法.不过,我们可以写一个插件实现. 我在网上看到有人用替换的方法,先用serialize序列化后,将&替换成“:”.“‘”: /** * 重置form表单 * @param formId form的id */ function resetQuery(formId){ var fid = "#" + formId; var str = $(fid).

jQuery表单验证以及将表单序列化为json对象小练习

jquery表单验证(非实时验证),同时,将表单序列化为json对象提交表单. <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title></title> <link rel="stylesheet" href="../bootstrap-3.3.5/dist/css/boots

hadoop文本转换为序列文件

在以前使用hadoop的时候因为mahout里面很多都要求输入文件时序列文件,所以涉及到把文本文件转换为序列文件或者序列文件转为文本文件(因为当时要分析mahout的源码,所以就要看到它的输入文件是什么,文本比较好看其内容).一般这个有两种做法,其一:按照<hadoop权威指南>上面的方面直接读出序列文件然后写入一个文本:其二,编写一个job任务,直接设置输出文件的格式,这样也可以把序列文件读成文本(个人一般采用这样方法).时隔好久,今天又重新试了下,居然不行了?,比如,我要编写一个把文本转为

从细菌GFF文件提取CDS序列并转换为氨基酸序列

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要

[SequenceFile_1] Hadoop 序列文件

1. 关于 SequenceFile 对于日志文件来说,纯文本不适合记录二进制类型数据,通过 SequenceFile 为二进制键值对提供了持久的数据结构,将其作为日志文件的存储格式时,可自定义键(LongWritable)和值(Writeable的实现类)的类型. 多个小文件在进行计算时需要开启很多进程,所以采用容器文件 SequenceFile 按固定大小将多个小文件包装起来,使存储和处理更高效. 2. SequenceFile 说明 [SequenceFile 序列文件] 是由序列化 K-

将表单序列化为JSON对象

将表单序列化为JSON对象的工具方法: $(function() { //工具方法,可以将指定的表单中的输入项目序列化为JSON数据 $.fn.serializeJson = function() { var serializeObj = {}; var array = this.serializeArray(); $(array).each(function() { if (serializeObj[this.name]) { if ($.isArray(serializeObj[this.n

form表单序列化为json格式数据

在web开发过程中,经常遇到将form序列化不能格式的字符串提交到后台,下面就介绍怎样将form表单序列化为json字符串. 首先,是扩展的jquery序列化插件,依赖jquery.经测试,这段代码可以放在$(funciton(){})中,也可以放在外面,都可以实现效果. $.fn.serializeObject = function() { var o = {}; var a = this.serializeArray(); $.each(a, function() { if (o[this.

matlab下将图片序列转化为视频文件 && 将为视频文件转化图片序列

将图片序列转化为视频文件程序如下: framesPath = 'E:\img\';%图像序列所在路径,同时要保证图像大小相同 videoName = 'Bolt.avi';%表示将要创建的视频文件的名字 fps = 25; %帧率 startFrame = 1; %从哪一帧开始 endFrame = 350; %哪一帧结束 if(exist('videoName','file')) delete videoName.avi end %生成视频的参数设定 aviobj=VideoWriter(v

023-将表单序列化为json对象

使用jQuery将表单序列化为json对象,其中serializeJson方法的名字任意,serializeArray()这个jQuery提供的方法.this指的就是谁调用了这个方法. $.fn.serializeJson=function(){ var serializeObj={}; var array=this.serializeArray(); $(array).each(function(){ if(serializeObj[this.name]){ if($.isArray(seri

Linux内核实践之序列文件【转】

转自:http://blog.csdn.net/bullbat/article/details/7407194 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. 作者:bullbat seq_file机制提供了标准的例程,使得顺序文件的处理好不费力.小的文件系统中的文件,通常用户层是从头到尾读取的,其内容可能是遍历一些数据项创建的.Seq_file机制容许用最小代价实现此类文件,无论名称如何,但顺序文件是可以进行定为操作的,但其实现不怎么高效.顺序访问,即逐个访问读取数据项,显然是首选的访问

序列文件(seq_file)接口

转载:http://blog.csdn.net/gangyanliang/article/details/7244664 内容简介: 本文主要讲述序列文件(seq_file)接口的内核实现,如何使用它将Linux内核里面常用的数据结构通过文件(主要关注proc文件)导出到用户空间,最后定义了一些宏以便于编程,减少重复代码.在分析序列文件接口实现的过程中,还连带涉及到一些应用陷阱和避免手段. 序列文件接口: UNIX的世界里,文件是最普通的概念,所以用文件来作为内核和用户空间传递数据的接口也是再

leetcode动态规划笔记三---单序列型

单序列型DP 相比一维DP,这种类型状态转移与过去每个阶段的状态都有关. Longest Increasing Subsequence : 求最大最小值 Perfect Squares : 求某个规模值 Increasing Triplet Subsequence : 求是否存在 Coin Change : 求最大最小值 Integer Break : 求最大最小值 Largest Divisible Subset : 求最大最小值 Combination Sum IV : 求方法总数 Perf

Hairpin|Bulge|Loop|假结|共变化（进化）|单序列预测|snRNA|snoRNA|siRNA|microRNA|piRNA|LncRNA|antisense RNAs|cis-NATs|trans-NATs|假基因|环形RNA

生物信息学 GU也可以配对,即“wobble” pairing GU. Hairpin发夹结构,最少不能少于3个碱基.没有配对 Bulge 单侧配对 Loop双侧配对假结,游离的leading edge与hairpin相结合.大部分软件不考虑此结构. 表示RNA5种结构: 如果有假结,则环形图会有交叉: 颜色代表稳定性: 但是RNA序列较长则得到正确的预测比较困难,因为配对可能性上升.所以采用150bp以内的序列预测比较准确. 常用方法: 1.共变化(进化)方法,基于相似性比对. 2.单序列预

awk把多序列文件变成单序列

【awk】用awk将Fasta文件序列变成一行

Jquery 将表单序列化为Json对象

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在命令行获取标准输入序列的反互序列，pep序列和长度信息

『无为则无心』Python序列 — 24、Python序列的推导式

Swift处理堆栈问题——给定两组序列，其中一个序列表示栈的push 顺序，判断另一个序列有没有可能是对应的pop 顺序

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把一个序列转换成严格递增序列的最小花费 CF E - Sonya and Problem Wihtout a Legend

（栈）栈给定push序列，判断给定序列是否是pop序列

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