bam文件说明 bam文件和sam文件内容其实是一样的,只是bam是二进制的压缩文件,需要通过特定的软件来进行查看,bam文件通常可以理解为12个字段组成 BAM格式分为header section(头部分,注释信息,以@开头,可有可无)和alignment section(比对结果)两个部分. alignment section由11个字段组成 1 序列的名字,也就是reads的名称 2 是一个标记的数字,是有需要转换成二进制才能知道代表的意思,各个数字分别代表 `1. 序列是一对序列中的一个

1)Sam (Sequence Alignment/Map) ------------------------------------------------- 1) SAM 文件产生背景 随着Illumina/Solexa, AB/SOLiD and Roche/454测序技术不断的进步,各种比对工具产生,被用来高效的将reads比对到参考基因组.因为这些比对工具产生不同格式的文件,导致下游分析比较困难,因此一个通用的格式可以提供一个很好的接口用于链接比对与下游分析(组装,变异等,基因分型等)

这算是第二讲了,前面一讲是:Edit Distance编辑距离(NM tag)- sam/bam格式解读进阶 MD是mismatch位置的字符串的表示形式,貌似在call SNP和indel的时候会用到. 当然我这里要说的只是利用它来计算mismatch的个数 MD = line.get_tag('MD') pat = "[0-9]+[ATGC]+" MD_list = re.findall(pat,MD) for i in MD_list: for j in i: if j == '

sam格式很精炼,几乎包含了比对的所有信息,我们平常用到的信息很少,但特殊情况下,我们会用到一些较为生僻的信息,关于这些信息sam官方文档的介绍比较精简,直接看估计很难看懂. 今天要介绍的是如何通过bam文件统计比对的indel和mismatch信息 首先要介绍一个非常重要的概念--编辑距离 定义:从字符串a变到字符串b,所需要的最少的操作步骤(插入,删除,更改)为两个字符串之间的编辑距离. (2016年11月17日:增加,有点误导,如果一个插入有两个字符,那编辑距离变了几呢?1还是2?我又验证

原文地址:  http://www.cnblogs.com/hujunzheng/p/6018505.html RestTemplate发送请求并携带header信息   v1.使用restTemplate的postForObject方法 注:目前没有发现发送携带header信息的getForObject方法. HttpHeaders headers = new HttpHeaders(); Enumeration<String> headerNames = request.getHeader

今天做公司产品的时候遇到了如题问题,困扰我很长时间,用尽各种办法不能解决,究其原因不知为何,自定义cell低端有view划线的时候,划线一般的显示1像素,而贴着section的显示很少 顶多0.3像素,这个问题很头疼,后来 想到了一个非常好的办法解决: UIImageView *separatorLine = [[UIImageViewalloc]initWithFrame:CGRectMake(20.0f*SizeScaleX,30*SizeScaleY -1.0f, cell.frame.s

1.Bam2bigwig(工具) https://www.researchgate.net/publication/301292288_Bam2bigwig_a_tool_to_convert_bam_files_into_bigwig_for_UCSC_Genome_Browser tutor file: http://files.cnblogs.com/files/renping/bam2bigwig.pdf 2.通过chip-seq 流程有涉及 http://blog.csdn.net/q

本质上就是二进制压缩的SAM文件,大部分生物信息学流程都需要这个格式,为了节省存储空间以及方便索引. # BiocInstaller::biocLite('Rsamtools') library(Rsamtools) test_bam_file <- 'data/CHIP-seq.bam' #fileter bam filter <- FilterRules(list(MinWidth = function(x) width(x$seq) > 35)) res <- scanBam

在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能,能在编程时非常灵活的处理bam和bcf文件. 以下主要介绍pysam的安装和使用方

pysam 模块介绍!!!! http://pysam.readthedocs.io/en/latest/index.html 在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1

结构元素不具有任何样式,只是使页面元素的的语义更加明确. header元素 header元素是一种具有引导和导航作用的的结构元素,该元素可以包含所有通常放在页面头部的内容.header元素通常用来放置整个页面或页面内的一个内容区块的标题,也可以包含网站Logo图片.搜索表单或者其他相关内容. <header> <h1>网页主题</h1> </header> 一个网页中可以使用多个header元素,也可以为每一个内容块添加header元素. nav元素 nav

1)背景 伴随着大规模的基因分型及测序工程的产生(例如1000 Genomes Project),之前的信息贮存格式例如gff文件它记录了每一个基因的详细信息,其中许多基因信息在基因组之间是共享的,而我们需要记录的仅仅是不同基因组之间变异的地方,因此这些格式会显得格外冗余.这就迫切需要一种新的格式来记录高效的记录这些变异信息.VCF(Variant Call Format)就是这样一种用来贮存基因序列变异信息的文本文件(通常是压缩格式). 2)VCF格式简介 VCF 格式文件包含有2部分:1)

案例背景与需求介绍 之前做过一个美国的医疗保险的项目,保险提供商有大量的文件需要发送给比如像银行,医疗协会,第三方服务商等.比如像与银行交互的 ACH 文件,传送给协会的 ACH Credit 等文件.这些文件格式在美国都是开放的,通用的,可以直接到相关网站下载.也就是说像银行,协会等他们接受这种固定格式的文件,读取数据,读取公司编号进行业务来往或者记录.我当时就是直接在网上搜索到一个 PDF 格式的文件说明,大概有10来页,就是告诉你这个格式是如何定义,应该如何来处理的. 那么这种文件并非像我

原文链接 https://www.jianshu.com/p/386f520e5de1 The SAM Format Specification(sam格式说明) 1 The SAM Format Specification sam是一种序列比对后的输出格式,以tab作为分隔符,包括头部信息和比对信息.其中头部信息必须在比对信息之前.头部信息的开头是@,但是比对行不是.每一个比对行有11个重要的比对信息元素,如果比对位置和校准信息等. 1.1 An example FCC0YG3ACXX:2:1

php header()函数的具体作用是向客户端发送一个原始 HTTP 标头[Http Header]到客户端. 标头 (header) 是服务器以 HTTP 协义传 HTML 资料到浏览器前所送出的字串,在标头与 HTML 文件之间尚需空一行分隔.在任何实际的输出被发送之前调用 header() 函数(在 PHP 4 以及更高的版本中,您可以使用输出缓存来解决此问题). 下面举一些比较常见的header用法示例: (1)使用header实现重定向(等价于代替用户在地址栏输入url). 查看代码

Status of This Memo This document specifies an Internet standards track protocol for the   Internet community, and requests discussion and suggestions for   improvements.  Please refer to the current edition of the "Internet   Official Protocol Stand

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

转载自 RSA(三) 密钥的格式 https://www.shangyang.me/2017/05/24/encrypt-rsa-keyformat/#%E5%89%8D%E8%A8%80 PEM 和 DER 首先我们来看看什么是 PEM 和 DER 什么是 DER 格式 DER 是密钥的二进制表述格式: http://fileformats.archiveteam.org/wiki/DER Distinguished Encoding Rules (DER) is a binary seria

版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. https://blog.csdn.net/Romantic_Energy/article/details/50508332本文需要读者对H.264流有一定的了解才可以理解2种格式差异.        首先要理解的是没有标准的H.264基本流格式.文档中的确包含了一个Annex,特别是描述了一种可能的格式Annex B格式,但是这个并不是一个必须要求的格式.标准文档中指定了视频怎样编码成独立的包,但是这些包是怎样存储和传输的却是开放的. 一.

MySQL binlog格式解析   binlog想必大家都不陌生,在主从复制或者某些情况下的数据恢复会用到.由于binlog是二进制数据,要查看一般都借助mysqlbinlog工具.这篇笔记分析了binlog格式,希望能够了解下mysqlbinlog工具背后所做的事情. 1.什么时候写binlog 在说明什么时候写binlog前,先简单介绍下binlog的用途.binlog是二进制日志文件,用于记录mysql的数据更新或者潜在更新(比如DELETE语句执行删除而实际并没有符合条件的数据),在m