bam转换bigwig

2024-10-31

5、bam格式转为bigwig格式

1.Bam2bigwig(工具) https://www.researchgate.net/publication/301292288_Bam2bigwig_a_tool_to_convert_bam_files_into_bigwig_for_UCSC_Genome_Browser tutor file: http://files.cnblogs.com/files/renping/bam2bigwig.pdf 2.通过chip-seq 流程有涉及 http://blog.csdn.net/q

SAM/BAM文件处理

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

UCSC genome browser 个人track 安装

处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box ,简称GBIB),genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, big

jbrowse 的配置与使用gff, vcf, fa, bed, bam

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di

SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

[怪毛匠子整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

JavaScript数组&类数组转换

一.数组在JavaScript中数组可以容纳任何类型的值,可以是数字.字符串.对象.甚至其他数组(多为数组) var a = [1,'2',[3]]; a.length;//3 a[0];//1 a[2];//[3] a[2][0];//3 使用delete运算符可以将单元从数组中删除,但是单元删除后,数组的length属性并不会发生变化 var a = [1,2,'3']; delete a[0];//返回ture //此时数组变成[empty,2,'3']; a[0];//返回undefi

文件格式——Sam&bam文件

Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成:而map结果是类似

bam文件格式说明

bam文件说明 bam文件和sam文件内容其实是一样的,只是bam是二进制的压缩文件,需要通过特定的软件来进行查看,bam文件通常可以理解为12个字段组成 BAM格式分为header section(头部分,注释信息,以@开头,可有可无)和alignment section(比对结果)两个部分. alignment section由11个字段组成 1 序列的名字,也就是reads的名称 2 是一个标记的数字,是有需要转换成二进制才能知道代表的意思,各个数字分别代表 `1. 序列是一对序列中的一个

javascript中的Array对象 —— 数组的合并、转换、迭代、排序、堆栈

Array 是javascript中经常用到的数据类型.javascript 的数组其他语言中数组的最大的区别是其每个数组项都可以保存任何类型的数据.本文主要讨论javascript中数组的声明.转换.排序.合并.迭代等等基本操作. 原文:http://www.cnblogs.com/kelsen/p/4850274.html 创建数组和数组检测 1.使用Array构造函数创建数组. //创建一个空数组 var cars = new Array(); //创建一个指定长度的数组 var car

opencv中Mat与IplImage,CVMat类型之间转换

opencv中对图像的处理是最基本的操作,一般的图像类型为IplImage类型,但是当我们对图像进行处理的时候,多数都是对像素矩阵进行处理,所以这三个类型之间的转换会对我们的工作带来便利. Mat类型较CvMat和IplImage有更强的矩阵运算能力,支持常见的矩阵运算(参照Matlab中的各种矩阵运算),所以将IplImage类型和CvMat类型转换为Mat类型更易于数据处理. Mat类型可用于直接存储图像信息,通过函数imread.imwrite.imshow等实现(与Matlab中的函数相

ASP.NET_各个币种之间的汇率转换（实时）使用Yahoo汇率。

近期开发支付平台的时候有运用到各国的实时汇率之间的转换问题,于是在往上找了很多相关资料,以下就是一些参考网址: 1.提供API接口的网站:https://www.showapi.com:这个网站有提供API的接口,本人换算了下与中国人民银行的汇算率相差不大.1万的换算率相差几块钱.(例:CNY(人民币)-->AUD(澳币)): 该网站提供的汇率换算结果是:1万人民币=1987.5579澳元: 中国人民银行换算结果是:1万人民币=1980.0100澳元: (这个换算率是比较准确的,我是比较强烈的推

Taurus.MVC 2.2 开源发布：WebAPI 功能增强（请求跨域及Json转换）

背景: 1:有用户反馈了关于跨域请求的问题. 2:有用户反馈了参数获取的问题. 3:JsonHelper的增强. 在综合上面的条件下,有了2.2版本的更新,也因此写了此文. 开源地址: https://github.com/cyq1162/taurus.mvc 下面对增强的功能进行介绍: 1:跨域请求除了常规的的JsonP跨域,Html5开始支持增强跨域,则变得更为方便,只需要服务端请求头输出: if (context.Request.UrlReferrer != null && con

XStream将java对象转换为xml时，对象字段中的下划线“_”，转换后变成了两个的解决办法

在前几天的一个项目中,由于数据库字段的命名原因其中有两项:一项叫做"市场价格"一项叫做"商店价格" 为了便于区分,遂分别将其命名为market_price和shop_price.对应的实体类命名于此相似.可是在后台使用Xstream将数据读出转换为对xml对象时,前台使用Extjs的ajax请求,所有其他的属性在前台都可以被解析,唯独此二者不可解析,仔细检查了一遍也没有发现是什么原因.后来将生产的xml文件粘贴到NotePad 放大后才发现原有得

Android中手机录屏并转换GIF的两种方式

之前在博文中为了更好的给大家演示APP的实现效果,本人了解学习了几种给手机录屏的方法,今天就给大家介绍两种我个人用的比较舒服的两种方法: (1)配置adb环境后,使用cmd命令将手机界面操作演示存为视频文件 (2)使用Google浏览器(Google Chrome)提供的扩展程序Vysor将手机界面演示在电脑上(几乎没有延时) 下面我们具体介绍两种方法的使用步骤: 一.使用cmd命令录屏 (1)SDK下载网上有各种SDK下载的方法,个人认为安装AndroidStudio后连接自己的手机,根据手

React的使用与JSX的转换

前置技能:Chrome浏览器一.拿糖:React的使用 React v0.14 RC 发布,主要更新项目: 两个包: React 和 React DOM DOM node refs 无状态的功能组件弃用 react-tools 编译器优化吃糖:开门见山,上代码. <!DOCTYPE html> <html> <head> <title>zqz_JSX_demo</title> <script type="text/j

WebForm获取GET或者POST参数到实体的转换，ADO.NET数据集自动转换实体

最近在修改维护以前的webform项目(维护别人开发的.....)整个aspx没有用到任何的控件,这个我也比较喜欢不用控件所以在提交信息的时候需要自己手动的去Request.QueryString[]或者Request.Form[]去获取,转型,判定等等觉得这样子的代码写多了不甚其烦,就在想能不能自动获取,解析这些参数成我需要的数据实体呢,当然是可以的这里我用反射根据参数的Key与实体的PropertyName进行对比,类型转换赋值给实体 public static T NameValues2E

DataTable 转换成 Json的3种方法

在web开发中,我们可能会有这样的需求,为了便于前台的JS的处理,我们需要将查询出的数据源格式比如:List<T>.DataTable转换为Json格式.特别在使用Extjs框架的时候,Ajax异步请求的数据格式就是Json.鉴于此,我今天来分享将DataTable 转换成 Json的3种方法.换句话说如何在ASP.NET将一个DataTable序列化为 Json数组.或者如何从一个DataTable返回一个Json字符串.这篇文章将采用StringBuilder,JavaScriptSeri

Oracle学习之路-- 案例分析实现行列转换的几种方式

注:本文使用的数据库表为oracle自带scott用户下的emp,dept等表结构. 通过一个例子来说明行列转换: 需求:查询每个部门中各个职位的总工资按我们最原始的思路可能会这么写: 这种结果虽然也能满足要求,但是极难阅读,我们使用oracle中的decode()函数进行改写: 这样的话就实现了需求要求的功能,其实这就是一种行列转换的方式,这是通过decode()函数实现的,是oracle独有的一个函数,如果使用通用的sql语句,那么该如何实现上面的查询结果呢?当然我们可以通过嵌

微信小程序中利用时间选择器和js无计算实现定时器（将字符串或秒数转换成倒计时）

转载注明出处改成了一个单独的js文件,并修改代码增加了通用性,点击这里查看今天写小程序,有一个需求就是用户选择时间,然后我这边就要开始倒计时. 因为小程序的限制,所以直接选用时间选择器作为选择定时器的小时和分钟.唯一的缺点就是不能选择秒. 一开始的想法是选择的到一个字符串以后,截取字符串转换成数字然后和以前一样不停的计算.什么计算秒数,换算成分数啊之类的想想虽然不难但还是太麻烦了.就想有没有简单易懂的实现方法. 首先想到的就是js中的Date() 因为这个函数可以传字符串获取毫秒数,传毫秒

CSS 3 学习——transform 3D转换渲染

以下内容根据官方规范翻译,没有翻译关于SVG变换的内容和关于矩阵计算的内容. 一般情况下,元素在一个无景深无立体感的平面(flat plane)上渲染,这个平面就是其包含块所处的平面.同时,页面上的其他元素也共享这个平面.2D变换函数虽然能改变元素的表现,但是这个被改变的元素仍然是在其包含块所处的平面内被渲染. 3D变换会产生一个变换矩阵,该变换矩阵在Z轴上的分量不为0.结果是把元素渲染到一个不同于其包含块所处的平面内.这将影响到通常情况下的"后来居上"的渲染规则:变换元素可能会和其相

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