pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下机数据,对于RS 测序系统而言,会产生一个 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件为例,看一下有下机数据中保存了那些信息 h5dump 工具可以用来查看h5 文件的内容: 我从HGAP的wiki 页面下载了一个测试用的h5文件,文件名为 m120729_040044_42134_c100384402550000001523033010171256_s1_p0.bas.h5 运行下面命令: h5dump -n m120729_040044_421

文章转载于 Original 2017-07-06 Jolvii 生信百科 介绍一下如何理解 FastQC 各模块的结果 FastQC 的使用 FastQC的安装介绍请看这里.FastQC 支持 fastq.gzip 压缩的 fastq.SAM.BAM 等格式,在不指定文件类型的情况下,FastQC 会根据文件的名字来推测文件的类型: 以 .sam 或者 .bam 结尾的文件会被当作 SAM/BAM 文件来打开,并统计 mapped 和 unmapped reads 在内的所有 reads:其它

之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里给出工具地址:https://github.com/sharkLoc/skrTools usage: Program: skr Usage: skr <command> [options] fq2fa translate fastq file to fasta fqstat summary sta

面向对象编程基于三个基本概念:数据抽象.继承和动态绑定.//动态绑定使编译器能够在运行时决定是使用基类中定义的函数还是派生类中定义的函数. 面向对象编程的关键思想是多态性(polymorphism).在 C++ 中,多态性仅用于通过继承而相关联的类型的引用或指针. 继承 我们经常称因继承而相关联的类为构成了一个继承层次.其中有一个类称为根,所以其他类直接或间接继承根类.在书店例子中,我们将定义一个基类,命名为 Item_base,从基类继承的类命名为 Bulk_item,表示带数量折扣销售的书.

之前我们说过 Yii2 中大多数类都继承自 yii\base\Object,今天就让我们来看一下这个类. Object 是一个基础类,实现了属性的功能,其基本内容如下: <?php namespace yii\base; use Yii; /** * Object 是一个基础类,实现了属性的功能 * Yii最基础的类,大多数类都继承了该类 */ class Object implements Configurable { /** * 获取静态方法调用的类名.返回类的名称,如果不是在类中调用则返回

Per Base Sequence Content对所有reads的每一个位置,统计ATCG四种碱基(正常情况)的分布: 横轴为位置,纵轴为百分比. 正常情况下四种碱基的出现频率应该是接近的,而且没有位置差异.因此好的样本中四条线应该平行且接近.当部分位置碱基的比例出现bias时,即四条线在某些位置纷乱交织,往往提示我们有overrepresented sequence的污染.当所有位置的碱基比例一致的表现出bias时,即四条线平行但分开,往往代表文库有bias (建库过程或本身特点),或者是测

从图片中我们可以看到,这里在语义上有一定的重复,当然这是谷歌的原始设计.这个问题在博客上进行共享从表面上来看着实没有什么太大的意义,不过由于Android4.3在锁屏功能上比起老版本做了很大的改动,而且通过常规方法(Strings.xml中字符串)对该问题的定位会有很大的难度,拿这个界面来说,EMERGENCY CALL并不是Strings中值,而是  <string name="lockscreen_emergency_call">Emergency call</s

The Task: Events, Asynchronous Calls, Async and Await Almost any software application today will likely contain a long-running process. “Long-running” may be a relative term but in the Windows Runtime it is specifically anything that could take longe

UVA10518 - How Many Calls?(矩阵高速幂) 题目链接 题目大意:给你fibonacci数列怎么求的.然后问你求f(n) = f(n - 1) + f(n - 2)须要多少次调用,而且这个数非常大,取模一个进制的数. 解题思路:要发现F(n) = 2 *f(n) - 1这个规律.预计要非常熟系fibonacci数列,我明明推出了好多项后可是一点也没有发现规律. 然后要用矩阵高速幂来求fibonacci.由于n非常大. 构造这种矩阵 1, 1 (2*2矩阵) *  f(n -

说明说得很明白,就是等侍num_closures 为零的时候回调done_closure,代码也很简单,不加详述 #ifndef BASE_BARRIER_CLOSURE_H_ #define BASE_BARRIER_CLOSURE_H_   #include "base/base_export.h" #include "base/callback_forward.h"   namespace base {   // BarrierClosure executes

The Android kernel is a powerful ally to the reverse engineer. While regular Android apps are hopelessly restricted and sandboxed, you - the reverser - can customize and alter the behavior of the operating system and kernel any way you wish. This giv

I am disassembling some C# applications and I am trying to reconstruct the source code. I am disassembling the application along with the required DLLs.I keep coming across this line base..ctor(); which gives me an error. The line occurs in some void

As with many aspects of the tidyverse, its non-standard evaluation (NSE) implementation is not something entirely new, but built on top of base R. What makes this one so challenging to get your mind around, is that the Honorable Doctor Sir Lord Gener

A technique is provided for generating stubs. A processing circuit receives a call to a called function. The processing circuit retrieves a called function property of the called function. The processing circuit generates a stub for the called functi

When you use the new modifier to hide a base class method, it will still be called by objects whose type is the base class. Objects whose type is the derived class will call the new method in the derived class. Dog kirby = ); // Calls Dog.Bark kirby.

从图片中我们能够看到,这里在语义上有一定的反复,当然这是谷歌的原始设计.这个问题在博客上进行共享从表面上来看着实没有什么太大的意义,只是因为Android4.3在锁屏功能上比起老版本号做了非常大的修改,并且通过常规方法(Strings.xml中字符串)对该问题的定位会有非常大的难度,拿这个界面来说,EMERGENCY CALL并非Strings中值,而是  <string name="lockscreen_emergency_call">Emergency call<

为什么,要写这篇论文? 是因为,目前科研的我,正值研三,致力于网络安全.大数据.机器学习.人工智能.区域链研究领域! 论文方向的需要,同时不局限于真实物理环境机器实验室的攻防环境.也不局限于真实物理机器环境实验室的大数据集群平台.在此,为了需要的博友们,能在自己虚拟机里(我这里是CentOS6.5)来搭建部署snort+barnyard2+base的入侵检测系统.分享与交流是进步的阶梯! 同时,本人还尝试过在Ubuntu14.04里搭建这入侵检测系统的环境.同时,还尝试过在win7\win10里

刚入手的MacBook想着学点东西,本汪还是决定玩玩CentOS服务器,安装好了VirtualBox + CentOS. 打开一看,懵逼了!命令行! 行吧,先装个图形界面: $sudo yum groupinstall "GNOME Desktop" "Graphical Administration Tools" 哒哒哒- 命令一敲,来事儿了 Cannot find a valid baseurl for repo: base/7/x86_6 连不上网啊,大爷!找

事务 事务的定义: 事务(Transaction)是由一系列对系统中数据进行访问与更新的操作所组成的一个程序执行逻辑单元(Unit),狭义上的事务特指数据库事务. 事务的作用: 当多个应用程序并发访问数据库时,事务可以在这些应用程序之间提供一个隔离方法,以防止彼此的操作相互干扰. 事务为数据库操作序列提供了一个从失败中恢复到正常状态的方法,同时提供了数据库即使在异常状态下仍能保持数据一致性的方法. 事务具有四个特性,分别是原子性(Atomicity).一致性(Consistency).隔离性(I

------------父类   public class Person   {       public Person(string name,int age)    {       this.Name=name;    this.Age=age;    }   } ---------------------------子类    public class Chinese:Person {  public Chinese(string name,int age ,Gender sex):bas

使用WinForm实现了图片base64编码解码的 效果图: 示例base 64编码字符串: /9j/4AAQSkZJRgABAQEAYABgAAD/2wBDAAgGBgcGBQgHBwcJCQgKDBQNDAsLDBkSEw8UHRofHh0aHBwgJC4nICIsIxwcKDcpLDAxNDQ0Hyc5PTgyPC4zNDL/2wBDAQkJCQwLDBgNDRgyIRwhMjIyMjIyMjIyMjIyMjIyMjIyMjIyMjIyMjIyMjIyMjIyMjIyMjIyMjIyMjI