1)blast产生背景 双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch(NW)和Smith-Waterman algorithm(SW)算法,虽然精度高,但计算消耗大.当与数据库比对的时候,该算法就显得不切实际.因此TASTA,blast采用启发式算法使得通过大幅度丢失灵敏度来减少运行时间.与FASTA软件相比,blast通过把搜索限制在狭隘的矩阵对角线条带上,来改进FASTA进行数据库搜索的速度. 2)blast的大致原理 blast 程序首先查询query序列的所有子

这算是第二讲了,前面一讲是:Edit Distance编辑距离(NM tag)- sam/bam格式解读进阶 MD是mismatch位置的字符串的表示形式,貌似在call SNP和indel的时候会用到. 当然我这里要说的只是利用它来计算mismatch的个数 MD = line.get_tag('MD') pat = "[0-9]+[ATGC]+" MD_list = re.findall(pat,MD) for i in MD_list: for j in i: if j == '

实验内容:非IMU模式下DML语句产生的REDO日志内容格式解读 最详细的解读是UPDATE的. 实验环境准备 11G中默认是开启IMU特性的,做此实验需要关闭此特性. alter system set "_in_memory_undo"=false; alter system set "_in_memory_undo"=true;  --实验结束后使用此语句改回使用IMU特性. 修改参数完成后,重启数据库: shutdown immediate; startup;

创世区块配置文件genesis.json的格式解读 中文网站上关于genesis 的解析大多数都来自于这个Gist:Ethereum private network configuration guide. (github.com),但实际上genesis 中的配置项还有一些其他内容. 首先,genesis.json 是Geth 工具用来创建创世区块以及区块链的配置文件,genesis.json 并不是创世区块本身. 查阅Geth 文档,在Using Geth/ Connecting To Th

sam格式很精炼,几乎包含了比对的所有信息,我们平常用到的信息很少,但特殊情况下,我们会用到一些较为生僻的信息,关于这些信息sam官方文档的介绍比较精简,直接看估计很难看懂. 今天要介绍的是如何通过bam文件统计比对的indel和mismatch信息 首先要介绍一个非常重要的概念--编辑距离 定义:从字符串a变到字符串b,所需要的最少的操作步骤(插入,删除,更改)为两个字符串之间的编辑距离. (2016年11月17日:增加,有点误导,如果一个插入有两个字符,那编辑距离变了几呢?1还是2?我又验证

本文介绍 wav 文件格式,主要关注该类格式的结构. 参考: [1] 以一个wav文件为实例分析wav文件格式 ( 2017.04.11 CSDN ) [2] WAV ( Wikipedia ) [3] Ubuntu Linux 查看.编辑.比较二进制文件 ( 2014.4.24 ChinaUnix ) [4] wav文件格式分析与详解 ( 2017.10.12 cnblog ) [5] WAV文件格式解析 ( 2017.04.16 CSDN ) [6] wav音频文件格式解析 ( 2016.0

1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas

先看一下语言模型的输出格式 \data\ ngram = ngram = ngram = \-grams: -5.24036 'cause -0.2084827 -4.675221 'em -0.221857 -4.989297 'n -0.05809768 -5.365303 'til -0.1855581 -2.111539 </s> 0.0 - <s> -0.7736475 -1.128404 <unk> -0.8049794 -2.271447 a -0.616

1)Sam (Sequence Alignment/Map) ------------------------------------------------- 1) SAM 文件产生背景 随着Illumina/Solexa, AB/SOLiD and Roche/454测序技术不断的进步,各种比对工具产生,被用来高效的将reads比对到参考基因组.因为这些比对工具产生不同格式的文件,导致下游分析比较困难,因此一个通用的格式可以提供一个很好的接口用于链接比对与下游分析(组装,变异等,基因分型等)

1)  产生背景---------------------------------------------------2002年的时候,随着人类基因组项目不断推进,需要将大量ESTs(300万) 及mouse基因组的reads (130万)比对到人类基因组来进行注释,而这项任务需要在2周内完成 (90 CPU  Linux 集群),因为blast工具速度相对偏慢,结果也不易处理,无法提供intron 的信息等,因此一款新的比对软件的开发迫在眉睫.为了完成这项任务,W.James Kent(UCS

MemoryMXBean package cn.zno.outofmomery; import java.lang.management.ManagementFactory; import java.lang.management.MemoryMXBean; import java.util.ArrayList; import java.util.List; public class Test { MemoryMXBean memoryMXBean; { memoryMXBean = Manag

TCP/IP协议栈是一系列网络协议的总和,是构成网络通信的核心骨架,它定义了电子设备如何连入因特网,以及数据如何在它们之间进行传输.TCP/IP协议采用4层结构,分别是应用层.传输层.网络层和链路层,每一层都呼叫它的下一层所提供的协议来完成自己的需求.由于我们大部分时间都工作在应用层,下层的事情不用我们操心:其次网络协议体系本身就很复杂庞大,入门门槛高,因此很难搞清楚TCP/IP的工作原理,通俗一点讲就是,一个主机的数据要经过哪些过程才能发送到对方的主机上. 那我们就来探索一下这个过程: 0.物

二进制数组(ArrayBuffer对象.TypedArray视图和DataView视图)是JavaScript操作二进制数据的一个接口.这些对象早就存在,属于独立的规格(2011年2月发布),ES6将它们纳入了ECMAScript规格,并且增加了新的方法. 这个接口的原始设计目的,与WebGL项目有关.所谓WebGL,就是指浏览器与显卡之间的通信接口,为了满足JavaScript与显卡之间大量的.实时的数据交换,它们之间的数据通信必须是二进制的,而不能是传统的文本格式.文本格式传递一个32位整数

文章转自:https://www.cnblogs.com/onepixel/p/7092302.html TCP/IP 协议栈是一系列网络协议的总和,是构成网络通信的核心骨架,它定义了电子设备如何连入因特网,以及数据如何在它们之间进行传输.TCP/IP 协议采用4层结构,分别是应用层.传输层.网络层和链路层,每一层都呼叫它的下一层所提供的协议来完成自己的需求.由于我们大部分时间都工作在应用层,下层的事情不用我们操心:其次网络协议体系本身就很复杂庞大,入门门槛高,因此很难搞清楚TCP/IP的工作原

TCP/IP 协议栈是一系列网络协议的总和,是构成网络通信的核心骨架,它定义了电子设备如何连入因特网,以及数据如何在它们之间进行传输.TCP/IP 协议采用4层结构,分别是应用层.传输层.网络层和链路层,每一层都呼叫它的下一层所提供的协议来完成自己的需求.由于我们大部分时间都工作在应用层,下层的事情不用我们操心:其次网络协议体系本身就很复杂庞大,入门门槛高,因此很难搞清楚TCP/IP的工作原理,通俗一点讲就是,一个主机的数据要经过哪些过程才能发送到对方的主机上. 那我们就来探索一下这个过程: 0

前言概述  本文旨在讲解class文件的整体结构信息,阅读本文后应该可以完整的了解class文件的格式以及各个部分的逻辑组成含义   class文件包含了java虚拟机指令集 和  符号表   以及若干其他辅助信息.   class文件是一组以8位字节为基础单位的二进制字节流 各个数据项按照顺序紧凑的排列在Class文件中,中间没有任何分隔符号  class文件采用类似 c结构体的格式存储数据 数据类型只有两种 无符号数  和 类c结构体的 表  表是由无符号数或者其他的表构成的   整个cla

JavaScript 运算符,也叫操作符 对一个或者多个值进行运算,都是会返回结果的. 比如: typeof    返回一个值的类型,返回值类型是字符串. 隐式类型转换: 任意值 = 任意值 + "";    // 就能转换成字符串 任意值 = 任意值 - 0;    // 就能转换成Number 任意值 = +任意值;    // 就能转换成 Number,更简洁 任意值 = !!任意值;    // 即可将 任意值 转换成布尔类型的值 算术运算符, 不会对等号右边的值产生影响: 对

1. 基础快捷键使用 ctrl + c:停止进程 ctrl + l:清屏 ctrl + r:搜索历史命令 ctrl + q:退出 2.常用目录或文件夹命令 说明:安装linux时,创建一个itcast用户,然后使用root用户登陆系统 1.进入到用户根目录 cd ~ 或 cd 2.查看当前所在目录 pwd 3.进入到itcast用户根目录 cd ~itcast 4.返回到原来目录 cd - 5.返回到上一级目录 cd .. 6.查看itcast用户根目录下的所有文件 -a是显式隐藏文件 -l是以

日常操作命令 查看当前所在的工作目录的全路径 pwd 12 [root@localhost ~]# pwd/root 查看当前系统的时间 date 12345678 [root@localhost ~]# date +%Y-%m-%d2016-07-26 date +%Y-%m-%d --date="-1 day" #加减也可以 month | year2016-07-25 [root@localhost ~]# date -s "2016-07-28 16:12:00&qu

一.liunx目录结构: (1)/bin中 - 用户二进制文件 包含二进制可执行文件. 在单用户模式下,你需要使用的常见Linux命令都位于此目录下.系统的所有用户使用的命令都设在这里. (2)/sbin目录 - 系统二进制文件 就像/bin,/sbin同样也包含二进制可执行文件. 但是,在这个目录下的linux命令通常由系统管理员使用,对系统进行维护.例如:iptables.reboot.fdisk.ifconfig.swapon命令 (3)/etc - 配置文件 包含所有程序所需的配置文件.