bowtie:短序列比对的新工具(转) (2014-11-17 22:15:24) 转载▼ 标签: 转载   原文地址:bowtie:短序列比对的新工具(转)作者:玉琪星兆 Bowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具.它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度. Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等.它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去.它最长能读取1024个碱基的片段.换言之,bowtie非常适合下一代测序技术. 在

题目链接: http://www.lintcode.com/zh-cn/problem/binary-tree-zigzag-level-order-traversal/ 二叉树的锯齿形层次遍历 给出一棵二叉树,返回其节点值的锯齿形层次遍历(先从左往右,下一层再从右往左,层与层之间交替进行) 样例 给出一棵二叉树 {3,9,20,#,#,15,7}, 3 / \ 9 20 / \ 15 7 返回其锯齿形的层次遍历为: [ [3], [20,9], [15,7] ] 思路: 我们用双端队列模拟一下

题目链接:http://www.lintcode.com/zh-cn/problem/sliding-window-maximum/# 滑动窗口的最大值 给出一个可能包含重复的整数数组,和一个大小为 k 的滑动窗口, 从左到右在数组中滑动这个窗口,找到数组中每个窗口内的最大值. 样例 给出数组 [1,2,7,7,8], 滑动窗口大小为 k = 3. 返回 [7,7,8]. 解释: 最开始,窗口的状态如下: [|1, 2 ,7| ,7 , 8], 最大值为 7; 然后窗口向右移动一位: [1, |

//================================================= // File Name : LinkQueue_demo //------------------------------------------------------------------------------ // Author : Common //类名:FirstLastList //属性: //方法: class FirstLastList_long{ private Lin

Deque是一种优化了的.对序列两端元素进行添加和删除操作的基本序列容器.它允许较为快速地随机访问,但它不像vector 把所有的对象保存在一块连续的内存块,而是采用多个连续的存储块,并且在一个映射结构中保存对这些块及其顺序的跟踪.向deque 两端添加或删除元素的开销很小.它不需要重新分配空间,所以向末端增加元素比vector 更有效. 其内部结构如下图所示: deque和vector很类似,也是采用动态数组来管理元素. 使用deque之前需包含头文件: #include <deque> 它

题目链接: Basic Data Structure Time Limit: 7000/3500 MS (Java/Others)    Memory Limit: 65536/65536 K (Java/Others)Total Submission(s): 207    Accepted Submission(s): 41 Problem Description Mr. Frog learned a basic data structure recently, which is called

题意:有一串数字,两个指针,然后一些添加,删除,反转,以及移动操作,最后输出序列. 解法:可以splay做,但是其实双端队列更简便. 维护三个双端队列LE,MI,RI分别表示[L,R]序列左边,[L,R]这段区间的值和[L,R]右边的值.然后维护一个revd标记表示[L,R]内的数是否被翻转了,翻转了的话改变一下一些操作就行了.自己写一个pop_Front()和pop_Back()函数,分别取队首和队尾元素,然后队首或队尾pop掉. 代码: #include <iostream> #inclu

单链表: insertFirst:在表头插入一个新的链接点,时间复杂度为O(1) deleteFirst:删除表头的链接点,时间复杂度为O(1) 有了这两个方法,就可以用单链表来实现一个栈了,见http://blog.csdn.net/a19881029/article/details/22579759 find:查找包含指定关键字的链接点,由于需要遍历查找,平均需要查找N/2次,即O(N) remove:删除包含指定关键字的链接点,由于需要遍历查找,平均需要查找N/2次,即O(N) publi

Sliding Window Time Limit: 12000MS   Memory Limit: 65536K Total Submissions: 41844   Accepted: 12384 Case Time Limit: 5000MS Description An array of size n ≤ 106 is given to you. There is a sliding window of size k which is moving from the very left

点击查看 Java 集合框架深入理解 系列, - ( ゜- ゜)つロ 乾杯~ 什么是 Deque Deque 是 Double ended queue (双端队列) 的缩写,读音和 deck 一样,蛋壳. Deque 继承自 Queue,直接实现了它的有 LinkedList, ArayDeque, ConcurrentLinkedDeque 等. Deque 支持容量受限的双端队列,也支持大小不固定的.一般双端队列大小不确定. Deque 接口定义了一些从头部和尾部访问元素的方法.比如分别在头

[问题描述] Sherry现在碰到了一个棘手的问题,有N个整数需要排序.  Sherry手头能用的工具就是若干个双端队列.        她需要依次处理这N个数,对于每个数,Sherry能做以下两件事: 1．新建一个双端队列,并将当前数作为这个队列中的唯一的数: 2．将当前数放入已有的队列的头之前或者尾之后.   对所有的数处理完成之后,Sherry将这些队列排序后就可以得到一个非降的序列.   [问题分析] 加粗的字...必须要看清啊!! 因为将队列排序就可以得到一个有序的序列,所以:1.队列

/** * 双端链表的实现 */ class LinkA { public long dData; public LinkA next; public LinkA(long d) { dData = d; } public String toString() { return "[" + dData + "]"; } public void displayLink() { System.out.println(toString()); } } class First

简介 ForkJoinPool管理着ForkJoinWorkerThread线程,ForkJoinWorkerThread线程内部有一个双端队列,这个双端队列主要由一个数组queue.数组下标queueBase.数组上标queueTop三个值保证. ForkJoinTask<?>[] queue:数组的大小必须是2的n次方,方便将取模转换为移位运算: int queueTop:标识下一个被push或者pop的位置,这个值只会被当前线程修改,因些没有加volatile修饰: volatile i

2457: [BeiJing2011]双端队列 Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 128 MBSubmit: 209  Solved: 95[Submit][Status][Discuss] Description          Sherry现在碰到了一个棘手的问题,有N个整数需要排序.        Sherry手头能用的工具就是若干个双端队列.        她需要依次处理这N个数,对于每个数,Sherry能做以下两件事: 1．新建一个双端队列,并将当前

双端队列: 函数 描述 c.assign(beg,end)c.assign(n,elem)  将[beg; end)区间中的数据赋值给c.将n个elem的拷贝赋值给c. c.at(idx)  传回索引idx所指的数据,如果idx越界,抛出out_of_range. c.back()  传回最后一个数据,不检查这个数据是否存在. c.begin()  传回迭代器重的可一个数据. c.clear()  移除容器中所有数据. deque<Elem> cdeque<Elem> c1(c2)

deque与vector很相似,不仅能够在尾部插入和删除元素,还能够在头部插入和删除. 只是当考虑到容器元素的内存分配策略和操作性能时.deque相对vector较为有优势. 头文件 #include<deque> 创建deque对象 1)deque();//创建一个没有不论什么元素的deque对象. deque<int> d 2)deque(size_typen);//创建一个具有n个元素的deque对象.每一个元素採用它的类型下的默认值. deque<int> d(

设dp[t][x][y]表示处理完前t个时间段,钢琴停留在(x,y)处,最多可以走多少个格子 转移时只需逆着当前倾斜的方向统计len个格子(len为时间区间的长度,len=t-s+1),如果遇到障碍就中断 转移过程可以用单调非递增的双端队列优化 #include <cstdio> #include <cstring> #include <algorithm> ; const int inf=0x3f3f3f3f; ][maxN][maxN]; char map[maxN

题意:有N个点和N层..一层有X个点(0<=X<=N).两邻两层间有一条路花费C.还有M条小路在两个点之间.问从第一个点走到第N个点最短路是多少... 可以考虑在每一层增加一个点,这个点到上下层的距离是C,与本层的距离是0: T的很惨,不太明白为什么,翻了一下大神的博客,发现这个要把每层拆成两个点来算的,要是只拆成一个点那么本层到本层的点都会是0了 //////////////////////////////////////////////////// 时间卡的很恶心,还需要双端队列,如果新加

对于计算机专业的学生来说,他们一定会很熟悉一句话:程序设计 = 算法 + 数据结构.而根据笔者的理解,所谓程序设计其实就是为了编程解决实际问题,所谓算法是一种解决问题某种思维的方法,但是思维需要得到编程实践,这就需要基于数据结构.一个好的数据结构能够让我们更快更高效得处理数据,有些模拟性.数学背景并不深厚的的问题,仅仅基于高效的数据结构就可以解决.那么这一章节,我们就单独将队列.栈.双端队列拿出来,结合具体的题目,看看它们是如何灵活的运用到解题策略当中的. 考虑到笔者在<入门经典>和<啊

目录: 前言 1:栈 1.1:栈的实现 1.2:栈的应用: 1.2.1:检验数学表达式的括号匹配 1.2.2:将十进制数转化为任意进制 1.2.3:后置表达式的生成及其计算 2:队列 2.1:队列的实现 2.2:队列的应用之囚徒问题 3:双端队列 3.1:双端队列的实现 3.2:双端队列的应用之回文检测 4:列表 3.1:链表的实现 前言 线性数据结构有四种:栈(stack),队列(queue),双端队列(deque),列表(list) 线性数据结构就是一群数据的集合,数据的位置和其加入的先后顺

PS:双端链表(持有对最后一个节点的引用,允许表尾操作与表头操作等效的功能) public class DoubleLinkedList { //节点类 static class Node { public Object data; public Node next; public Node(Object dd) { data = dd; } @Override public String toString() { return String.valueOf(data); } } public