1.什么是BWT 压缩技术主要的工作方式就是找到重复的模式,进行紧密的编码. BWT(Burrows–Wheeler_transform)将原来的文本转换为一个相似的文本,转换后使得相同的字符位置连续或者相邻,之后可以使用其他技术如:Move-to-front transform 和 游程编码 进行文本压缩. 2.BWT原理 2.1 BWT编码 (1)首先,BWT先对需要转换的文本块,进行循环右移,每次循环一位.可以知道长度为n的文本块,循环n次后重复,这样就得到看n个长度为n的字符串.如下图中

题目链接:http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=4644 题意:给出一个串,按照下面的步骤得到一个新串: (1)首先将其后面增加一个美元符号: (2)将每个后缀写下,并将前面的补在后面: (3)排序: (4)取下最后一列,得到新串. 现在给出新串.再给出一些串,问这些串是不是原串的子串. 思路:首先,我们要做的就是还原原串.下面是题解给出的还原的方法: 乍看上去是O(n^2logn)的!!其实有O(n)还原的方法.不过也是借助于上面的思路.对于上面得

编程作业五 作业链接:Burrows-Wheeler Data Compression & Checklist 我的代码:MoveToFront.java & CircularSuffixArray.java & BurrowsWheeler.java 问题简介 Burrows-Wheeler 数据压缩算法包括三个部分:Burrows-Wheeler transform,Move-to-front encoding 和 Huffman compression,前面两个部分把文本转换

1.什么是MTF MTF(move-to-front)是一种数据编码方式,用于提高数据压缩技术效果. 在数据压缩算法中,MTF可以作为一个额外的步骤.也就是说 ,可以先进行MTF编码,在进行数据压缩. 2.MTF基本原理 主要使用的是数据的”空间局部性“,也就是最近出现过的字符很可能在接下来的文本附近再次出现. MTF的主要思想是: (1)维护一个文本字符集大小的栈,“recently used symbols”(最近访问过的字符),其中每个不同的字符在其中占一个位置,位置从0开始编号. (2)

BWT (Burrows–Wheeler_transform)数据转换算法 MTF(Move-to-front transform)数据转换 基于统计的压缩算法:游程编码 良心PPT: bwt_based_compression_verbin.ppt BWT Idea: 压缩技术主要的工作方式就是找到重复的模式,进行紧密的编码. BWT(Burrows–Wheeler_transform)将原来的文本转换为一个相似的文本,转换后使得相同的字符位置连续或者相邻: 之后可以使用其他技术如:Move-

软件地址: http://www.htslib.org/ 功能三大版块 : Samtools Reading/writing/editing/indexing/viewing SAM/BAM/CRAM format BCFtools Reading/writing BCF2/VCF/gVCF files and calling/filtering/summarising SNP and short indel sequence variants HTSlib A C library for re

DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategyDART:使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器 Abstract Motivation(动机): 近年来,大规模并行cDNA测序(RNA-Seq)技术已成为提供高分辨率测量表达和检测低丰度转录本的高灵敏度的强大工具. 但是,RNA-seq数据需要大量的计算量. 最根本和关键的步骤是将每个序列片段与参考基因组进行比对.近年来已经开发了各种从头拼接的RNA

版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字. 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Library of Bioinformatics 转载地址:https://www.plob.org/article/11698.html WGS数据分析的目的是准确检测出每个样本(这里特指人)基因组中的变异集合,也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列.我把整个分析过程按照它们实际要完成的功能,将其分成了三个大的

4.NGS中的reads mapping 顾名思义,就是将测序的得到的DNA定位在基因组上. 因为二代测序的得到的序列是较短的,reads mapping很好地解决了这个问题. 本质上reads mapping是一个双序列比对问题,但和之前讲的NW和SW的不一样,后者适用于两者长度相差不大的. 现在问题有几个特征: 1.reads和ref的长度有着跨数量级的差异,reads长度通常不超过100bp,而ref基因组通常在上百Mb. 2.数据量,NGS测序产生的数据量达到几百Gb,相当于几十个人的人

参考: BWT (Burrows–Wheeler_transform)数据转换算法 压缩技术主要的工作方式就是找到重复的模式,进行紧密的编码. BWT(Burrows–Wheeler_transform)将原来的文本转换为一个相似的文本,转换后使得相同的字符位置连续或者相邻,之后可以使用其他技术如:Move-to-front transform 和 游程编码 进行文本压缩. 1 BWT编码 (1)首先,BWT先对需要转换的文本块,进行循环右移,每次循环一位.可以知道长度为n的文本块,循环n次后重

CSS3系列已经学习了一段时间了,第一篇文章写了一些css3的奇技淫巧,原文戳这里,还获得了较多网友的支持,在此谢过各位,你们的支持是我写文章最大的动力^_^. 那么这一篇文章呢,主要是通过一个3D立方体的效果实例来深入了解css3的transform属性,下面是这个实例的截图,加上动画还能旋转起来哟,是不是很酷炫?换上你喜欢的女生的照片,就可以大胆的撩妹了,哈哈!想要查看demo,请点击这里,3D transform立方体效果 初识transform 顾名思义:变换.就可以想到它可以做很多很多

Transform流特性 在开发中直接接触Transform流的情况不是很多,往往是使用相对成熟的模块或者封装的API来完成流的处理,最为特殊的莫过于through2模块和gulp流操作.那么,Transform流到底有什么特点呢? 从名称上说,Transform意为处理,类似于生产流水线上的每一道工序,每道工序针对到来的产品作相应的处理:从结构上看,Transform是一个双工流,通俗的解释它既可以作为可读流,也可作为可写流.但是,node却对Transform流针对其特性做了更为特殊的定制,

以下内容根据官方规范翻译,没有翻译关于SVG变换的内容和关于矩阵计算的内容. 一般情况下,元素在一个无景深无立体感的平面(flat plane)上渲染,这个平面就是其包含块所处的平面.同时,页面上的其他元素也共享这个平面.2D变换函数虽然能改变元素的表现,但是这个被改变的元素仍然是在其包含块所处的平面内被渲染. 3D变换会产生一个变换矩阵,该变换矩阵在Z轴上的分量不为0.结果是把元素渲染到一个不同于其包含块所处的平面内.这将影响到通常情况下的"后来居上"的渲染规则:变换元素可能会和其相

首先声明一点,transform属性不为none的元素是它的定位子元素(绝对定位和固定定位)的包含块,而且对内创建一个新的层叠上下文. 注意:可以通过 transform-box 属性指定元素的那个盒子发生了变换,该属性的默认值是"border-box",查MDN只有Firefox支持该属性(我试的没效果). CSS 3 中2D转换的实现用到两个属性: 属性 描述 CSS transform 向元素应用 2D 或 3D 转换. 3 transform-origin 指定变换的基点的位置

在我们正式开始讲解Hilbert-Huang Transform之前,不妨先来了解一下这一伟大算法的两位发明人和这一算法的应用领域 Section I 人物简介 希尔伯特:公认的数学界“无冕之王”,1943年去世于瑞士苏黎世.除此之外,自不必过多介绍. 黄锷:1937年出生于湖北省:1975年进入NASA(美国国家宇航局):美国国家工程院院士. Section II Hilbert-Huang的应用领域 医学领域:探测心率不齐.登革热的扩散.血压的变化 交通领域:探测公路桥梁安全 安全领域:辨识

前言:之前我有写过CSS3的transform这一这特性,对于它的用法,还不是很透彻,今天补充补充,呵呵 你懂的,小司机准备开车了. a)再提一提transform的四个属性 ①旋转--->rotate(参数a),单位deg,表示旋转角度,正数顺时针,负数逆时针. ②缩放--->scale(参数a),单位1,也就是"没有单位",赤裸裸的0-1之间的数字就行,表示为缩放比例. ③倾斜--->skew(参数a,参数b),单位deg,两个参数分别表示x,y方向上的倾斜角度,

在javascript中,WebkitTransform 大概相当于 transform .transform 为标准,WebkitTransform 适用于Webkit浏览器.js中的WebkitTransform在css对应于-webkit-transform属性. 在css中transform 属性向元素应用 2D 或 3D 转换.该属性允许我们对元素进行旋转.缩放.移动或倾斜. 先看一段没有移动div的代码: <style> #hovertreetf { border: 1px sol

先来与View比较一下 View:transform -> CGAffineTransformRotate... layer:transform -> CATransform3DRotate...    有三维的效果,3D即3个坐标轴 x,y,z轴 // 旋转 /** 参数1 自己的transform 参数2 旋转的角度 参数 3/4/5 代表在对应轴上的值! -> 有它们确定一个点!点向圆心连线,组成对应的旋转的轴! */ _redLayer.transform = CATransfo

欢迎指导与讨论:) 前言 本文是笔者翻译 RxJS 5.X 官网各类operation操作系列的的第一篇 -- transform转换.如有错漏,希望大家指出提醒O(∩_∩)O.更详细的资料尽在rxjs官网 [http://reactivex.io/rxjs/manual/overview.htm]与带有demo例子的网站[http://xgrommx.github.io/rx-book/content/observable]. 本文有关于transform操作的内容:buffer.buffer

原文地址:http://ghx0x0.github.io/2014/12/30/NDT-match/ By GH 发表于 12月 30 2014 目前三维配准中用的较多的是ICP迭代算法,需要提供一个较好的初值,同时由于算法本身缺陷,最终迭代结果可能会陷入局部最优.本文介绍的是另一种比较好的配准算法,NDT配准.这个配准算法耗时稳定,跟初值相关不大,初值误差大时,也能很好的纠正过来. 绪论: 采样: 3d点云数据在离相机近处点云密度大,远处密度小,所以在下采样时采用统一的采样方法还是会保留密度不