BWA算法简介: BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安装: # installing BWA .tar.bz2 -C /opt/biosoft/ cd /opt/biosoft/bwa-/ make echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/bwa-0.7.10' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc BWA使用步骤: 使用BWA构建参考基因组的index数据库 BWA-MEM比对(BWA-SW 和 BWA-backtrack

一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am

名词解释 De novo:拉丁文,从头开始的意思,de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序,然后将测得的序列进行拼接.组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱. 重测序概念:重测序是全基因组重新测序的简称,是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析.(没有组装的短的Reads序列) . . Reads:即我们通常说的读长的意思,它是指高通量测序平台直接产生的DNA序列. Contig:是指Reads基于Overl

1.需求 ①make ②gcc 4.7以上 ③python2.7 应用于Linux/Unix 或者OS X 系统 2.安装 ①减压缩 ②git clone http://github.com/ad3002/Cookiecutter.git cd Cookiecutter/src make sudo make install 没有root 用以下: PREFIX=/my/dir make install 下图,,详细 3.如何使用 ①remove 给Kmer库,输出没有匹配上Kmer的reads

名称    bwa –   Burrows-Wheeler  Alignment Tool 内容摘要描述命令行与选项SAM 比对格式短序列比对注意事项  比对精确性  估计插入大小分布  内存需求  速度Bwa-0.6中的改变其他作者引用与授权历史 摘要 b w a   i n d e x   r e f . f ab w a   m e m   r e f . f a   r e a d s . f q   >   a l n - s e . s a mb w a   m e m   r e

原本打算写有关 SSIS Package 中的事务控制过程的,但是发现很多基本的概念还是需要有 SQL Server 事务和事务的隔离级别做基础铺垫.所以花了点时间,把 SQL Server 数据库中的事务概念,ACID 原则,事务中常见的问题,问题造成的原因和事务隔离级别等这些方面的知识好好的整理了一下. 其实有关 SQL Server 中的事务,说实话因为内容太多, 话题太广,稍微力度控制不好就超过了我目前知识能力范围,就不是三言两语能够讲清楚的.所以希望大家能够指出其中总结的不足之处,对我

现在BWA大家基本上只用其mem算法了,无论是二代还是三代比对到参考基因组上,BWA应用得最多的就是在重测序方面. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv:1303.3997v2 摘要 BWA-MEM is a new alignment algorithm for aligning sequence reads or assembly contigs against a

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File    bwa index -a bwtsw reference.fabwa index 指令更多的用法及 options,通过以下的

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make2.Samtools的安装a.下载Samtools (download from Samtools Source Forge ) ht

bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File    bwa index -a bwtsw reference.fa bwa index 指令更多的用法及 options,通过以

作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件. 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵.参考:生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索,求平均值,方差. 看看一些生物学意义特殊的基因表现如何,比如GAPDH,β-ACTIN等等. [1]安装计数软件:htseq-count # conda安装 $ conda install -c bioconda

RNAseq测序reads定位 发表评论 3,210 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 获得RNA-seq的原始数据后,首先需要将所有测序读段通过序列映射(mapping)定位到参考基因组上,这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前,有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理. 例如,过滤掉测序质量较差的读段,对miRNA测序读段数据去除接头序列等. 高通量测序的海量数据对计算机算法的运行时间提出了很高的要求.针对诸如Illumina/Solexa等测序平台

原本打算写有关 SSIS Package 中的事务控制过程的,但是发现很多基本的概念还是需要有 SQL Server 事务和事务的隔离级别做基础铺垫.所以花了点时间,把 SQL Server 数据库中的事务概念,ACID 原则,事务中常见的问题,问题造成的原因和事务隔离级别等这些方面的知识好好的整理了一下. 其实有关 SQL Server 中的事务,说实话因为内容太多, 话题太广,稍微力度控制不好就超过了我目前知识能力范围,就不是三言两语能够讲清楚的.所以希望大家能够指出其中总结的不足之处,对我

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools 1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make 2.Samtools的安装a.下载Samtools (download from Samtools Source Forge )

http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml http://www.plob.org/?p=25 bwa的使用需要两中输入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File bwa

(组装方面):SOAPdenovo ,因为采用de Bruijn graph algorithm算法和stepwise strategy ,所以排错能力高,所以我们获得高质量数据. de Bruijn graph algorithm算法???? reads到contig :多个reads比对,比对后reads之间有重叠(overlap)区,拼接获得的序列称为Contig. contig到scaffold:把mate-pair得到的用于确立位置的短reads和insert组合,将原本孤立的cont

Netty官网:https://netty.io/ Netty is an asynchronous event-driven network application framework for rapid development of maintainable high performance protocol servers & clients. Java技术栈方向的朋友应该或多或少都听说过Netty是对Java中nio ( Non Blocking IO )的封装,让我们能快速开发出性能更

问题描述: iPhone越狱了,之后在Cydia中安装Anywhere虚拟定位,但是打开app提示:后台服务未启动,请重新安装应用后使用. 程序无法正常使用... 解决方法: 打开Cydia-已安装,找到依赖文件“Cydia Substrate”,重新安装,然后再打开Anywhere虚拟定位就不会提示且正常使用. 如果还不能解决你的问题或者有其他有关Anywhere虚拟定位的问题,可加群527720308(Anywhere虚拟定位)一起讨论.

1.安装mysql workbench,提示未安装软件包 libpng12-0 下载了MySQL Workbench 6.3.8   在安装的时候报错: -1ubu1604-amd64.deb 提示:未安装软件包 libpng12-0. 然而使用sudo apt-get -f install后还是报错,后来找到下载libpng12-0的地址并安装. 2.下载安装libpng12-0 下载libpng12-0地址:https://packages.debian.org/zh-cn/wheezy/a

1)javascript让页面标题滚动效果 代码如下: <title>您好,欢迎访问我的博客</title> <script type="text/javascript"> function scroll() { //获取title信息. var titleInfo = document.title; //获取title第一个字符(数字.字母). //注释:字符串中第一个字符的下标是 0.如果参数 index 不在 0 与 string.length