BWA算法简介: BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安装: # installing BWA .tar.bz2 -C /opt/biosoft/ cd /opt/biosoft/bwa-/ make echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/bwa-0.7.10' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc BWA使用步骤: 使用BWA构建参考基因组的index数据库 BWA-MEM比对(BWA-SW 和 BWA-backtrack

1. Velvet的安装 Velvet用于基因组的de novo组装,支持各种原始数据,包括Illumina的short reads和454的long reads. 首先下载velvet的安装包,直接使用make命令来编译,即可获得可执行主程序velveth和velvetg.安装如下: $ wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.2.10.tgz $ tar zxf velvet_1.2.10.tgz $ cd velvet_1.2.

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 本文摘自<Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean> Variation

import java.lang.reflect.Field;import java.lang.reflect.InvocationTargetException;import java.lang.reflect.Method;import java.sql.Date;import java.util.ArrayList;import java.util.List; import org.apache.poi.ss.usermodel.Cell;import org.apache.poi.ss.

现在BWA大家基本上只用其mem算法了,无论是二代还是三代比对到参考基因组上,BWA应用得最多的就是在重测序方面. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv:1303.3997v2 摘要 BWA-MEM is a new alignment algorithm for aligning sequence reads or assembly contigs against a

mysqldump导出不包含存储过程 mysqldump -u 数据库用户名 -p -n -t -d -R --triggers=false 数据库名 > 文件名 这样单独把存储过程和函数导出 然后导入之前 进mysql 设置下 set global log_bin_trust_function_creators=TRUE; 否则报错 ERROR 1418 (HY000) at line 31: This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, o

下面是导出存储过程的代码 1 # mysqldump -u 数据库用户名 -p -n -t -d -R 数据库名 > 文件名 其中,-d 表示--no-create-db, -n表示--no-data, -t表示--no-create-info, -R表示导出function和procedure.所以上述代码表示仅仅导出函数和存储过程,不导出表结构和数据.但是,这样导出的内容里,包含了 trigger.再往mysql中导入时就会出问题,错误如下: ERROR 1235 (42000) at li

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File    bwa index -a bwtsw reference.fabwa index 指令更多的用法及 options,通过以下的

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make2.Samtools的安装a.下载Samtools (download from Samtools Source Forge ) ht

sheetToExcel.java 1 package tree; 2 import java.io.BufferedInputStream; 3 import java.io.File; 4 import java.io.FileInputStream; 5 import java.io.FileOutputStream; 6 import java.io.IOException; 7 import java.io.InputStream; 8 import java.io.OutputStr

上一篇文章提过,HSSF的用户模式会导致读取海量数据时很慢,所以我们采用的是事件驱动模式.这个模式类似于xml的sax解析.需要实现一个接口,HSSFListener接口. 原理:根据excel底层存储(07以版本采用xml存储,以下版本采用二进制)标签决定事件出发点. 目标:在解析完一行(row)数据时进行触发. 优点:读取大数据时,不会导致内存溢出 缺点:用户在解析数据时比较困难.读取数据时速度不快的,因为读取数据的同时根据每个标签进行事件触发. HSSF事件驱动读取文件的封装类解析. 主要

bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File    bwa index -a bwtsw reference.fa bwa index 指令更多的用法及 options,通过以

sysfs - _The_ filesystem for exporting kernel objects.sysfs - 用于导出内核对象(kobject)的文件系统Patrick Mochel <mochel@osdl.org>翻译 : tekkamanninja <tekkamanninja@163.com>10 January 20032003年1月10日翻译时间:2007年12月29日What it is: 简介:~~~~~~~~~~~sysfs is a ram-bas

需求介绍:将mongodb中的数据以文件的方式导出:json或cvs格式 mongo 提供了mongoexport的工具,可以实现将库中的数据以json或cvs的格式输出到文件中.mongoexport位于mongo安装位置中的bin/目录下. mongoexport具体用法如下所示: 1. 使用help查看参数说明 E:\data λ mongoexport --help Usage: mongoexport <options> Export data from MongoDB in CSV

资源: <include/linux/moudule.h> --. #ifndef MODULE_SYMBOL_PREFIX #define MODULE_SYMBOL_PREFIX "" #endif --. struct kernel_symbol       //内核符号结构 { unsignedlong value;  //该符号在内存地址中的地址 constchar *name;     //该符号的名称 }; -- #define __EXPORT_SYMBOL

WebStorm :是jetbrains公司旗下一款JavaScript 开发工具.被广大中国JS开发者誉为“Web前端开发神器”.“最强大的HTML5编辑器”.“最智能的JavaScript IDE”等.与IntelliJ IDEliJ IDEA同源,继承了IntelA强大的JS部分的功能. 下面是我个人在使用这个软件的时候遇到的问题: 一:怎么改变字体大小 新建Scheme + 修改字体 ctrl+alt+s打开Settings界面,Editor > Colors&Fonts >

注:以某某公司为例,每日签到时间为8点整   每日签退时间为17点30分 规则:公司签到签退时间在OA平台中可以视实际情况调整,当天有请假并通过工作流审批通过为有效,当天因公外出并通过工作流审批通过为有效. 根据考勤机记录的打卡数据,判断当日员工的工作状态,并统计员工共打卡多少次,每一次打卡的时间. 并可以选择某月的数据导出员工考勤表格(包括本月每日签到.签退时间及状态,工作状态,本月共迟到多少次,早退多少次,外出多少次,请假多少次等信息). 代码中有详细注释!!! 效果如下图: /** * 方

一.mysql造数据脚本     DELIMITER $$ DROP PROCEDURE IF EXISTS `test3`$$ CREATE     /*[DEFINER = { user | CURRENT_USER }]*/              PROCEDURE `test`.`test3`()     /*LANGUAGE SQL     | [NOT] DETERMINISTIC     | { CONTAINS SQL | NO SQL | READS SQL DATA |

RNAseq测序reads定位 发表评论 3,210 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 获得RNA-seq的原始数据后,首先需要将所有测序读段通过序列映射(mapping)定位到参考基因组上,这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前,有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理. 例如,过滤掉测序质量较差的读段,对miRNA测序读段数据去除接头序列等. 高通量测序的海量数据对计算机算法的运行时间提出了很高的要求.针对诸如Illumina/Solexa等测序平台

paired-end reads的拼接 发表于2012 年 8 月 13 日 Velvet中paired-end reads的拼接 文件格式 要将两头测序(paired-end)的reads放到同一个文件当中,fastq格式,必须成对的依次放置reads [interleaved],velvet是成对读取的,另外Velvet假设来自两头read是反向互补的,如果不是,需要用反向互补序列来代替第一个read.Fastq格式中paired-end reads的编号相同,但是其有/1或者/2的后缀,通