一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am

提高OC代码质量的小心机 一.OC特性 OC 为 C 语言添加了面向对象特性,是其超集; OC 使用动态绑定的消息结构,也就是,在运行时才会检查对象类型; 接收一条消息后,究竟应执行何种代码,由运行期环境来决定,而非编译器;ps:理解C语言的核心概念有助于写好OC程序,尤其要掌握内存模型与指针. 二.在类头文件中尽量少引入其他头文件 除非有必要,否则不要引入头文件.一般来说,应在某个类的头文件中使用 向前声明@class MEPerson;来提及别的类,并在实现文件中引入那些类的头文件.这样做可

提高PHP开发质量的36个方法 林涛 发表于:2016-3-25 0:00 分类:26点 标签: 62次 1.不要使用相对路径 常常会看到: require_once('../../lib/some_class.php'); 该方法有很多缺点: 它首先查找指定的php包含路径, 然后查找当前目录. 因此会检查过多路径. 如果该脚本被另一目录的脚本包含, 它的基本目录变成了另一脚本所在的目录. 另一问题, 当定时任务运行该脚本, 它的上级目录可能就不是工作目录了. 因此最佳选择是使用绝对路径: d

提高Java代码质量的Eclipse插件之Checkstyle的使用详解 CheckStyle是SourceForge下的一个项目,提供了一个帮助JAVA开发人员遵守某些编码规范的工具.它能够自动化代码规范检查过程,从而使得开发人员从这项重要但是枯燥的任务中解脱出来. CheckStyle检验的主要内容 ·Javadoc注释 ·命名约定 ·标题 ·Import语句 ·体积大小 ·空白 ·修饰符 ·块 ·代码问题 ·类设计 ·混合检查(包活一些有用的比如非必须的System.out和printst

利用sourceinsight宏(Quicker.em)提高编码效率和质量Marco是sourceinsight软件一个强大的功能,用户可以通过编写宏来实现自定义功能.这里有个比较流行的宏文件quicker.em,原作者貌似是原Huawei公司的员工编写整理的,基本功能比较全,可以满足一般的需求,个人也可以根据这个为基础进行更个性化的改写. 通过如下配置:1.运行SI,打开Base工程,将Quicker.em加入到工程中:2.安装触发热键和菜单,打开SI的Options的Key Assignme

在这篇文章中,我将通过不同的自动化工具如CheckStyle,FindBugs,PMD以及Android Lint来介绍(如何)提高你的安卓代码质量.通过自动化的方式检查你的代码非常有用,尤其当你在一个团队中工作,为了在你的代码中保持严格的语法格式以及避免很多坏习惯和错误.我将仔细地介绍如何在你空闲的时候直接运用这些工具通过Gradle构建脚本以及如何配置它们. Fork该示例 我强烈建议你拷贝下这个项目工程,尽管我将介绍的案例都是来自它.与此同时,你将能够测试下自己对这些工具的了解情况. 关于

.net中gdi+绘制的图形质量很少,原因是gdi+使用的是256色的. 为了提高绘制图片的质量,可以使用是“Octree“ 算法.“Octree“ 算法允许我们插入自己的算法来量子化我们的图像. 一个好的“颜色量子化”算法“应该考虑在两个像素颗粒之间填充与这两个像素颜色相近的过渡颜色,提供更多可视颜色空间. Morgan Skinner提供了很好的“Octree“ 算法代码,大家可以下载参考使用. 使用OctreeQuantizer很方便: public byte[] Draw()      

随着富 Web 前端应用的出现,开发人员不得不重新审视并重视 JavaScript 语言的能力和使用,抛弃过去那种只靠“复制 / 粘贴”常用脚本完成简单前端任务的模式.JavaScript 语言本身是一种弱类型脚本语言,具有相对于 C++ 或 Java 语言更为松散的限制,一切以函数为中心的函数式编程思想也为开发人员提供了更加灵活的语法实现.然而,这种灵活性在带来高效的同时,也成为初学或者经验不足的 JavaScript 开发人员的噩梦.形式各异的代码风格.隐含错误的代码行为,严重影响了整体代码

CheckStyle是SourceForge下的一个项目,提供了一个帮助JAVA开发者遵守某些编码规范的工具.它可以自己主动化代码规范检查过程.从而使得开发者从这项重要可是枯燥的任务中解脱出来. CheckStyle检验的主要内容  ·Javadoc凝视  ·命名约定  ·标题  ·Import语句  ·体积大小  ·空白  ·修饰符  ·块  ·代码问题  ·类设计  ·混合检查(包活一些实用的比方非必须的System.out和printstackTrace) 从上面能够看出,CheckSty

1.不要使用相对路径 常常会看到: require_once('../../lib/some_class.php'); 该方法有很多缺点: 它首先查找指定的php包含路径, 然后查找当前目录. 因此会检查过多路径. 如果该脚本被另一目录的脚本包含, 它的基本目录变成了另一脚本所在的目录. 另一问题, 当定时任务运行该脚本, 它的上级目录可能就不是工作目录了. 因此最佳选择是使用绝对路径: define('ROOT' , '/var/www/project/'); require_once(ROO

[规范习惯]命名规范1-命名空间 使用<Company>.<Component>2-程序集不必与命名空间同名3-命名空间使用附复数4-避免与FCL的类型重名5-类型名称用名词6-接口名称用形容词,以I做前缀7-派生类命名用基类名做后缀8-泛型参数以T做前缀9-枚举名称用复数,枚举元素用单数10-公开元素命名用PascalCasing法[属性/字段/方法]11-私有元素命名用camelCasing法[变量/参数名/私有字段]12-使用类名作为属性名13-有条件使用前缀(不建议)14-

一.分析  常量的声明是每一个项目中不可或缺的,在Java1.5之前,我们只有两种方式的声明:类常量和接口常量.不过,在1.5版之后有了改进,即新增了一种常量声明方式,枚举常量.代码如下: enum Season{ Spring,Summer,Autumn,Winter; } 二.场景  那么枚举常量与我们的经常使用的类常量和静态常量比有什么优势呢?  1.枚举常量更简单  先把Season枚举翻译成接口,代码如下: interface Season{ int Sprint = 0; int S

1.不要使用相对路径 常常会看到: ? 1 require_once('../../lib/some_class.php'); 该方法有很多缺点: 它首先查找指定的php包含路径, 然后查找当前目录. 因此会检查过多路径. 如果该脚本被另一目录的脚本包含, 它的基本目录变成了另一脚本所在的目录. 另一问题, 当定时任务运行该脚本, 它的上级目录可能就不是工作目录了. 因此最佳选择是使用绝对路径: ? 1 2 3 4 define('ROOT' , '/var/www/project/'); re

通过SetStretchMode(STRETCH_HALFTONE)实现,同时注意重新设置画刷起点 LRESULT CMainDlg::OnPaint(UINT uMsg, WPARAM wParam, LPARAM /*lParam*/, BOOL& bHandled) { CPaintDC dc(m_hWnd); CDC memDC; memDC.CreateCompatibleDC(dc); memDC.SelectBitmap((HBITMAP)m_cap_pic); dc.SetStr

先看一段代码: public class Test{ public static void main(String[] args){ System.)); } } public static String toNumberCase(int n){ String str = ""; switch(n){ : str = "我是0"; : str = "我是1"; : str = "我是2"; : str = "我是3&

先看一个例子: package com.test; public class AutoIncrement { public static void main(String[] args) { int a=7; System.out.println(++a); System.out.println(a); int b=7; System.out.println(b++); System.out.println(b); } } 结果也如预期的一样: 是不是回忆起大学老师讲的规则:自增有两种方式,分别

先看一个例子: package com.test; public class TernaryOperator { public static void main(String[] args) { int temp = 80; String s1 = String.valueOf(temp<100?90:100); String s2 = String.valueOf(temp<100?90:100.0); System.out.println(s1); System.out.println(s

取余判断原则:取余用偶判断,不要用奇判断 先看一个 程序: package com.test; import java.util.Scanner; public class t1 { public static void main(String[] args) { //接收键盘输入 Scanner in = new Scanner(System.in); while(in.hasNextInt()){ int i = in.nextInt(); System.out.println(i%2==1

脚本语言的3大特征: 1.灵活:脚本语言一般是动态类型,可以不声明变量类型直接使用,也可以在运行期改变类型:2.便捷:脚本语言是解释性语言,在运行期变更非常方便,而不用重启服务3.简单:脚本语言语法比较简单,易学 另外:java6以上默认支持JavaScript Java SE6加入了对JSR223的实现, JSR223旨在定义一个统一的规范,使得java应用程序可以通过一套固定的接口定义与各个脚本引擎交互,从而达到java平台上调用各个脚本语言的目的. 接口定义在javax.script下面.

http://www.cnblogs.com/52php/p/5658031.html 不要直接使用 $_SESSION 变量 某些简单例子: $_SESSION['username'] = $username; $username = $_SESSION['username']; 这会导致某些问题. 如果在同个域名中运行了多个应用, session 变量可能会冲突. 两个不同的应用可能使用同一个session key. 例如, 一个前端门户, 和一个后台管理系统使用同一域名. 从现在开始, 使

如何编写可维护的JavaScript代码 代码风格及规范 构建检查工具 jshint配置 http://jshint.com/docs/options/ http://www.cnblogs.com/code/articles/4103070.html http://www.iteye.com/news/28028-JavaScript-code-style-guide https://github.com/fouber/fis-lint-jshint https://github.com/al