一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

http://blog.sciencenet.cn/blog-1469385-819498.html 文章目录 一.准备工作 二.流程概览 三.流程 首先说说GATK可以做什么.它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling,包括SNP.INDEL.比如现在风行的exome sequencing找variant,一般通过BWA+GATK的pipeline进行数据分析. 要run GATK,首先得了解它的网站(http://www.broadinstitute.org/

J.Watson的近照: 人们公认,揭秘生命体的遗传奥秘(DNA)是二十世纪最伟大的科技成果之中的一个,或许就是人类最伟大的科技进步(而不是"之中的一个"). 上世纪是人类做出伟大发明的一个世纪.比方:无穷小分析.相对论.量子理论和分子生物学.1953年,J.Watson发现遗传物质DNA结构的奥秘.年仅25岁,算是我们如今的"90后"小毛头.此刻.我不知道在北京大学校园里面有没有这种"90后"小毛头,不论男女. 如今一般人觉得.薛定格倡导的&q

--------------------安装Samtools----------------------------------------------------------------------------------- 1) 下载 http://www.htslib.org/download/ 2) tar -jxvf samtools-1.9.tar.bz2 3)cd samtools-1.9 4)make 5) make prefix=/home/jxdong/biosoft/sam

Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent population haplotypes. Don't know alternate contig from alternate dimension? Spend five minutes now to review terminology in our Dictionary entryReferenc

用GATK跑了很久的流程,但还是不知道它的原理,现在项目要深入,没有流程可用,一切都要手动,所以必须开始着手了解GATK运行的原理,必须要知道需要输入什么,基本的算法,输出是什么. 参见: GATK使用(一) [原创]GATK使用方法详解(包含bwa使用)第一部分

微软研究院AI头条 https://mp.weixin.qq.com/s/SAz5eiSOLhsdz7nlSJ1xdA 预见未来丨机器学习:未来十年研究热点 机器学习组 微软研究院AI头条 昨天 编者按:自1998年成立以来,微软亚洲研究院一直致力于推动计算机科学领域的前沿技术发展.在建院20周年之际,我们特别邀请微软亚洲研究院不同领域的专家共同撰写“预见未来”系列文章,以各自领域的前瞻视角,从机器学习.计算机视觉.系统架构.图形学.自然语言处理等多个方向出发,试图描绘一幅未来科技蓝图. 本文中

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018jik.html Change Logs: 13/01/12: 增加了一篇文献,外加一些无聊的修改.12/08/20: 修正了一个代码错误:增加了对-rf(Read filters)参数的说明.12/08/14: 补充了2.x版本有改动的一些地方.12/08/10: 更正一个错误.12/11/06:因为后面一直都没什么时间,同时也觉得没有什么好讲的了就一直搁置了,在这边再补充说明一下,其实GATK毕竟只

一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am

基于本地存储的kvm虚拟机在线迁移 kvm虚拟机迁移分为4种(1)热迁移基于共享存储(2)热迁移基于本地存储(3)冷迁移基于共享存储(4)冷迁移基于本地存储 这里介绍的是基于本地存储的热迁移 动态块迁移版本要求qemu版本要求  大于或等于0.12.1(centos6.7或以上都没问题)rpm -qa|grep qemuqemu-kvm-0.12.1.2-2.491.el6_8.1.x86_64qemu-kvm-tools-0.12.1.2-2.491.el6_8.1.x86_64 目标宿主机:

汇总篇:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#tsql 今天在数据迁移的时候因为手贱遇到一个坑爹问题,发来大家乐乐,也传授新手点经验 迁移惯用就是临时表或者新库,经常用的语法有很多,这次主要说的是这个:select * into 数据库名..表名 from xxx 先不扯了,先看错误: 赶紧看看是不是数据重复~事实证明,木有重复数据... 有人会问,你怎么这样求count?...额,我会的是最基本的方法,常见的两种其实性能一样的,对比图:(

之前本人在用MVC4+EF5+MYSQL搭建自己的博客.地址:www.seesharply.com;遇到一个问题,就是采用ef的codefirst模式来编写程序,我们一般会在程序开发初期直接在global.asax里面加上 System.Data.Entity.Database.SetInitializer(new System.Data.Entity.DropCreateDatabaseIfModelChanges<Farm.Models.FarmContext>());//每次在模型更改的

本文由ilanniweb提供友情赞助,首发于烂泥行天下 想要获得更多的文章,可以关注我的微信ilanniweb confluence是一个专业的企业知识管理与协同软件,可以用于构建企业wiki.通过它可以实现团队成员之间的协作和知识共享. 网上有关confluence的教程比较多,在此我们以confluence5.6.6版本为例进行相关的实验. 一.环境准备 confluence的运行是依赖java环境的,也就是说需要安装jdk并且要是1.7以上版本,如下: java -version 除此之外

主要更新: 1:增加子目录部署支持. 2:增加Taurus.MVC支持. 3:优化及Bug修复. 1:增加子目录部署支持: 其实在重写Aries框架的时候,我是去掉了目录部署功能的,主要是为了加快Aries开发的速度. 不过最新有用户反馈,需要部署在子目录下,所以就顺势把子目录部署这块功能给增加上了. 2:增加Taurus.MVC支持: Aries  2.0的目录结构是这样的:原来的Aries.Logic下的Handler变更到Aries.Controllers下,其它变化不大. 在我整个设计的

一.写在最前 由于本人的技术水平有限,难免会出现错误.本文对任何一个人有帮助都是我莫大的荣幸,任何一个大神对我的点拨,我都会感激不尽. 二.技术选型 在2013年8月低的时候,公司中了XXX市场监督局肉品配送车辆监控的项目.整个系统软件部分需要实现的功能不难,最大的难点就是服务器的系统要求是Linux的,其次就是10月底系统能够初步成型.由于之前做的车辆监控系统都基于Windows的,要在短时间内完成这个项目,于是Mono就成了我的首选.张善友的博客,也成了我经常光顾的地方,后来通过跟张哥的一番

How to migrate a .NET Windows Service application to Linux using mono? 写在最前:之所以用要把windows程序迁移到Linux上,主要是由于一些成本问题,这个就不多解释了. 如何把之前用.net写的windows服务程序迁移到linux上运行.答案是有很多种的,今天我只提一下mono(我只实验了mono,呵呵). 如何在Linux部署mono,并成功的运行.net程序,还请大家多多查询吧,我在这方面也只是搭建成功了,遇到的问

博客园是一个十分好的写作平台,不过个人比较喜欢倒腾,所以将文章都做了搬迁. 博客已经迁移至 http://barretlee.com/entry/,感谢一直以来的关注和支持. 博客订阅地址: http://barretlee.com/rss2.xml

1.EF Code First创建数据库 新建控制台应用程序Portal,通过程序包管理器控制台添加EntityFramework. 在程序包管理器控制台中执行以下语句,安装EntityFramework. PM> Install-Package EntityFramework 安装成功后,界面提示如下图: 在新建的Portal控制台应用程序中添加两个实体类,代码结构如下: 其中,类文件PortalContext.cs的代码如下: using System; using System.Colle

工具与环境介绍 1.开发环境为vs 2015 2.mysql EF Core支持采用  Pomelo.EntityFrameworkCore.MySql   源代码地址(https://github.com/PomeloFoundation/Pomelo.EntityFrameworkCore.MySql) 场景 设计两张表 用户表(user)和发帖表(user) 一个用户对应多个用户 Coding Begin 1.新建项目(新建一个空console项目) 2.添加Nuget.config 增加

前端资源迁移     目前公司的前端资源托管在svn服务器上,由于团队的逐渐扩大,svn的分支管控越来越不灵活,而且对于以后前端流程一体化的处理支持不是很好,因此决定在版本控制上转向git.git的好处不用多说:多分支并行开发,自动化构建,持续集成等等,这也是促使我们转向它的原因. 具体操作中的问题     首先尝试使用gitlab提供的web hooks进行触发脚本控制.web hooks发出的post请求我们的php文件,在php中执行相关shell脚本,完成一体化构建.但是shell中的提