clusterProfiler注释

2026-09-29

AnnotationHub, clusterProfiler 进行GO，KEGG注释

️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顾名思义,就是注释信息的中装站.通过它,能找到了几乎所有的注释资源.如果没有,你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建. 1. 加载AnnotationHub library(AnnotationHub) ##获取数据库 ah = AnnotationHub() 2. 搜索自己所需数据库并下载 res <- query(ah,"Spinacia oleracea") spinach_org <

15、使用ggtree实现进化树的可视化和注释（转载）

本文作者:余光创,目前就读于香港大学公共卫生系,开发过多个R/Bioconductor包,包括ChIPseeker, clusterProfiler, DOSE,ggtree,GOSemSim和ReactomePA. 进化树看起来和层次聚类很像.有必要解释一下两者的一些区别. 层次聚类的侧重点在于分类,把距离近的聚在一起.而进化树的构建虽然也可以说是一个聚类过程,但侧重点在于推测进化关系和进化距离(evolutionary distance). 层次聚类的输入是距离,比如euclidean或ma

【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

前言关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel

R包对植物进行GO，KEGG注释

1.安装,加载所用到到R包用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub) ##获取数据库library(BiocFileCache) ##依赖包

shell注释

sh里没有多行注释,只能每一行加一个#号.只能像这样: #-------------------------------------------- # 这是一个自动打ipa的脚本,基于webfrogs的ipa-build书写: # https://github.com/webfrogs/xcode_shell/blob/master/ipa-build # 功能:自动为etao ios app打包,产出物为14个渠道的ipa包 # 特色:全自动打包,不需要输入任何参数 #------------

浅谈JSP注释

HTML注释 JSP文件是由HTML尿急和嵌入的Java程序片段组成的,所以在HTML中的注释同样可以在JSP文件中使用.注释格式:  <table><tr><td>欢迎访问!</td></tr></table> 使用该方法注释的内容在客户端浏览器中是看不到的,但是可以通过查看页面源代码看到注释内容.查看源代码如下: <head> <met

注释生成Api文档

1.开发背景最近一直在写dubbo接口,以前总是用word文档写接口描述然后发给别人.现在太多了,而且跟别人对接联调的人家急着用,根本没时间去写word文档.那就想想怎么用doc文档注释自动生成接口文档了.本来以前对这一块有点印象,但是并不熟悉,加上没有很强烈的要去使用的意图,所以一直没有弄.今天要感谢公司的大神,大家都叫他欧神,神一样的男人.让我用文档注释.然后就知道怎么弄了,以下是生成的流程. 2.生成方法先说生成的方法吧,免得一开始将注释规范可能读者觉得比较繁琐,而且注释规范基本上

grep 查找bash脚本中的注释代码

出于安全性的考虑,不建议在bash脚本中注释掉不使用的代码.也就是说如果某段代码不使用了,那么应该删除掉,而不是简单地注释掉.假如你突然意识到这一点,而以前并没有遵从这个原则,现在需要找出脚本中的注释性代码,这可能是一个不小的工作量,让我们写一个脚本来帮助你吧,准确性无法达到百分之百,但是能够提升效率. 1.找出注释性代码的特点. 因为是bash脚本,注释行必然包含# grep "#" 2.判断其是普通注释还是代码注释这是重点,也是难点,如何判断一个注释行是普通注释还是对代码的注释呢

在C#里面给PPT添加注释

平常开会或者做总结报告的时候我们通常都会用到PowerPoint演示文稿,我们可以在单个幻灯片或者全部幻灯片里面添加注释,这样观众可以从注释内容里面获取更多的相关信息. 有些朋友不清楚如何在幻灯片里面添加注释,下面我跟大家分享一下如何在C#里面为幻灯片添加注释. 在这里我使用了一个免费控件——Free Spire.Presentation,有兴趣的朋友可以下载使用. 需要添加的命名空间: using Spire.Presentation; using System.Drawing; 详细步骤和代

设置eclipse中自动添加get,set的注释为字段属性的注释

一:说明首先具体来看一下是什么效果,上图可能会更清楚一点就是在get/set中自动加上属性的注释,那我们要怎么配置呢? 二:配置 2.1:下载附件下载附件 2.2:替换class 原生的eclipse是无法达到这个效果的,需要我们去修改里面的jar包才行. 我们找到eclipse的目录,然后用windows自带的搜索工具,搜索org.eclipse.jdt.ui_*.jar,*代表的是版本号. 我们先复制一份,备份出来,避免修改失败. 关闭eclipse. 用压缩软件打开这个jar,找到o

go语言注释

Go语言注释实例代码教程 - Go支持C语言风格的/* */块注释,也支持C++风格的//行注释. 当然,行注释更通用,块注释主要用于针对包的详细说明或者屏蔽大块的代码. 每个包都应有一个包注解,即 package 前的块注解.对多个文件的包,包注解只需出现在一个文件中,随便哪个.包注解应该介绍此包,并作为一个整体提供此包的对应信息.它首先出现在 godoc 页面,来安排好后续的详细文档. 注解不需多余排版如星星横幅等.生成的结果呈现时可能不是等宽字体,所以不要靠空格对齐, godoc,类似 g

代码的坏味道（13）——过多的注释(Comments)

坏味道--过多的注释(Comments) 特征注释本身并不是坏事.但是常常有这样的情况:一段代码中出现长长的注释,而它之所以存在,是因为代码很糟糕. 问题原因注释的作者意识到自己的代码不直观或不明显,所以想使用注释来说明自己的意图.这种情况下,注释就像是烂代码的除臭剂. 最好的注释是为函数或类起一个恰当的名字. 如果你觉得一个代码片段没有注释就无法理解,请先尝试重构,试着让所有注释都变得多余. 解决方法如果一个注释是为了解释一个复杂的表达式,可以运用提炼变量(Extract Variab

Rafy 框架 - 为数据库生成注释

当开发者使用 CodeFirst 开发模式,编写了大量的实体类,在代码中编写了完整的类型注释和属性注释,并自动生成数据库后,往往需要把实体类型和实体属性上的注释同时生成到对应的数据库表及字段上.这样,即方便在查看数据库时能清晰地看到每一个表及字段的含义,也方便使用一些第三方的工具(如 PowerDesigner 等)为数据库生成较为全面的文档. 使用方法在为数据库生成注释之前,需要保证数据库已经全部生成成功(即和实体保持一致).否则更新字段的注释时,可能因为字段不存在而导致执行失败. 需要在编

python学习笔记（基础二：注释、用户输入、格式化输出）

注释单行:# 多行:上下各用3个连续单引号或双引号 3个引号除了多行注释,还可以打印多行举例: msg = ''' name = "Alex Li" name2 = name print ("My name is",name,name2) ''' # print(msg) 运行结果第二个print就是打印3行字符串. 如果单行,用引号即可:msg = "Alex Li" python中,单引号和双引号相同,除了单套双或双套单. 例: msg

PowerDesigner从Sqlserver中反转为带注释的字典及快捷键操作

PowerDesigner的操作经常忘记,所以把常用的功能记录下来备忘. 1.修改反转过来的字段 PowerDesigner从数据库反转的时候,默认不带注释,需要先进行修改. 输入如下脚本: {OWNER, TABLE, S, COLUMN, DTTPCODE, LENGTH, SIZE, PREC, COMPUTE, NOTNULL, IDENTITY, DOMAIN, DEFAULT, COMMENT, ExtIdentityIncrement, ExtIdentitySeed} selec

java文档注释--javadoc的用法

1.前言 Java中有三种注释方式.前两种分别是 // 和 /* */,主要用于代码的注释,以此来方便代码的可读性.第三种被称作说明注释或文档注释,它以 /** 开始,以 */结束,文档注释允许你在程序中嵌入关于程序的信息,有了这个注释就可以使用 javadoc 工具软件来生成信息,并输出到HTML文件中. 2.文档注释的格式 /*** .........* .........*/ 在开始的 /** 之后,第一行或几行是关于类.变量和方法的主要描述. 之后,你可以包含一个或多个各种各样的 @ 标

MySql 修改列的注释信息的方法

1. 问题已经有很多数据的按照业务逻辑分表的一系列表修改一个字段(类型,如-1:默认值,1:表示'人员id',2:表示'公司id')的注释2. 解决方法 1> 使用alter table方法ALTER TABLE table_name MODIFY COLUMN column_name TINYINT(tinyint表示column类型) COMMENT '-1:默认值,1:人员id,2:公司id';这种方法会重建表,如果数据量大,一个表100w数据,执行1min,如果分表数

php注释规范

注释在写代码的过程中非常重要,好的注释能让你的代码读起来更轻松,在写代码的时候一定要注意注释的规范.(李昌辉) php里面常见的几种注释方式: 1.文件头的注释,介绍文件名,功能以及作者版本号等信息 /** *文件名简单介绍 * *文件功能. * @author alvin 作者 * @version 1.0 版本号 */ 2.函数的注释,函数作用,参数介绍及返回类型 /** * 函数的含义说明 * * @access public * @param mixed $arg1 参数一的说明 * @

SAP CRM BOL编程基础，代码+详细注释

网络上可以找到一些使用BOL查询.维护数据的DEMO,但几乎都是单纯的代码,缺乏说明,难以理解.本文除了代码外,还给出了详细的注释,有助于理解BOL编程中的一些基本概念. 这是一篇翻译的文章,你可能会发现部分内容不是很明确,这时可以直接阅读原文. 原文所在的sapcrmwebui.com是一个不错的博客,里面有较为完整的Web UI入门教程,然而网站不是很稳定,偶尔会连接不上,建议使用Internet Archive访问. 如果你访问不了Internet Archive,说明你需要一点过墙的手段

python快速生成注释文档的方法

python快速生成注释文档的方法今天将告诉大家一个简单平时只要注意的小细节,就可以轻松生成注释文档,也可以检查我们写的类方法引用名称是否重复有问题等.一看别人专业的大牛们写的文档多牛多羡慕,不用担心我们可以让python为我们生成基本满足的说明文档,一来可以提高代码整体阅读性,二来可以将代码的整体结构看着也更清晰,这样在交接的时候可以省很多麻烦,其它同事在接手你工作的时候也不会一行行去问你这是什么那是什么的,因为注释已经很直观的表述了,在整合的时候可当说明文档给客户简单说明(主要是给你BOS

clusterProfiler注释

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