DNA拷贝数变异CNV检测——基础概念篇   一.CNV 简介 拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是属于基因组结构变异(structural variation),根据大小可分为两个层次:显 微水平(microscopic)和亚显微水平(submicroscopic).显微水平 的基因组结构变异主要是指显微镜下可见的染色体畸变, 包括 整倍体或非整倍体.缺失.插入.倒位.易位.脆性位点等结构变 异.亚微水平的基因组结构变异是指 DNA 片 段 长 度 在 1K

当我们想研究不同sample的某个变量A之间的差异时,往往会因为其它一些变量B对该变量的固有影响,而影响不同sample变量A的比较,这个时候需要对sample变量A进行标准化之后才能进行比较.标准化的方法是对sample 的 A变量和B变量进行loess回归,拟合变量A关于变量B的函数 f(b),f(b)则表示在B的影响下A的理论取值,A-f(B)(A对f(b)残差)就可以去掉B变量对A变量的影响,此时残差值就可以作为标准化的A值在不同sample之间进行比较. Loess局部加权多项式回归

CNV: 人类主要是二倍体.如果有些区域出现3个.4个拷贝,那就是扩增了,如果只出现1个拷贝,就是缺失.所以CNV分析是依靠特定位置的测序深度来估算的,先在染色体上划窗,然后看每个窗口的平均测序深度,如果连续多个窗口的测序深度在样品/对照中都有差异,那么就判断为CNV,标准是拷贝数相除,然后取log2,log2Ratio小于-1或大于0.6即视为出现拷贝数变异,对应的ratio就是小于二分之一或者三分之二,也就是至少增加或减少一个拷贝 CNV:注释 library(biomaRt)mart <-

 上次课我们简单介绍了奥威Power-BI的智能分析报告,并展示了报告与图表相结合的应用场景.图文分析报表的意义不只在于美观,更重要的是固定框架下的灵活性和追根究底的动态分析,有着很强的实用性.上节课浅讲,这节课深化,单独讲智能分析报告的使用与应用. 本期分享的内容: <奥威Power-BI智能分析报告制作方法> 时间:2016年12月07日 课程主讲人:古金莹 现担任珠海奥威软件科技有限公司数据分析师一职,从事多年数据分析相关工作,专业性强,逻辑思维能力强:曾参与国家级.国际级数学建模竞赛,

        前几天跟我一个做报表的哥们聊天,听着他一茬一茬地诉苦:“每天做报表做到想吐,老板看报表时还是不给一个好脸色.”我也只能搬出那一套“过程大于结果”的内心疗程赠与他,没想到他反而怒了:“做报表的目的不就是看报表吗?过程大于结果这套不管用!”我竟无言以对.然而你认为我什么都没说了吗,作为好基友的我怎么能看着哥们有难而不帮,于是我默默送了他一个课程——奥威公开课.          上节课老师教了图文并茂的报表制作方法,看过课程的同学就知道这节课要讲什么内容啦.上节课只是浅浅地讲了智能分

分析图合并 一.分析图合并原理 选择view->merge graphs,弹出如图1所示对话框 图1(设置合并图) 1.选择要合并的图.选择一个要与当前活动图合并的图,注意这里只能选择X轴度量单位相同的图. 2.选择合并类型. 1)叠加:查看共用同一X轴的两个图的内容.合并图左侧的Y轴显示当前图的Y轴值,右边的Y轴显示合并进来的图的Y轴值,如图2所示 图2(叠加合并分析图) 2)平铺:在平铺布局查看,共用同一个X轴,合并进来的图显示在当前图的上方,如图3所示 图3(平铺合并分析图) 3)关联:合

原文地址:http://www.javatang.com 前一段时间上线的系统升级之后,出现了严重的高CPU的问题,于是开始了一系列的优化处理之中,现在将这个过程做成一个系列的文章. 基本概念 在对Java内存泄漏进行分析的时候,需要对jvm运行期间的内存占用.线程执行等情况进行记录的dump文件,常用的主要有thread dump和heap dump. thread dump 主要记录JVM在某一时刻各个线程执行的情况,以栈的形式显示,是一个文本文件.通过对thread dump文件可以分析出

原因总结 产生的原因一句话总结就是:等待磁盘I/O完成的进程过多,导致进程队列长度过大,但是cpu运行的进程却很少,这样就体现到负载过大了,cpu使用率低. 下面内容是具体的原理分析:在分析负载为什么高之前先介绍下什么是负载.多任务操作系统.进程调度等相关概念. 什么是负载 什么是负载:负载就是cpu在一段时间内正在处理以及等待cpu处理的进程数之和的统计信息,也就是cpu使用队列的长度统计信息,这个数字越小越好(如果超过CPU核心*0.7就是不正常) 负载分为两大部分:CPU负载.IO负载 例

目录 1 前言  2 datetime.pyi源码分步解析 2.1 头部定义源码分析 2.2 tzinfo类源码分析 2.3 date类源码分析 2.4 time类源码分析 2.5 timedelta类源码分析 2.6 datetime类源码分析 2.7 格式化字符串 3 time模块time.pyi源码解析 1 前言 最近工作需求上对于datetime模块中的方法调用比较多,有时还要返回指定的格式,以及大小比较等情况.发现使用Python自带的datetime模块可以很好地实现相关需求,但是对

一.前言当我们要对某一条sql的性能进行分析时,可以使用它. Profiling是从 mysql5.0.3版本以后才开放的.启动profile之后,所有查询包括错误的语句都会记录在内.关闭会话或者set profiling=0 就关闭了.(如果将profiling_history_size参数设置为0,同样具有关闭MySQL的profiling效果.) 此工具可用来查询SQL执行状态,System lock和Table lock 花多少时间等等, 对定位一条语句的I/O消耗和CPU消耗 非常重要

前面几篇博客,我们依次介绍了local和remote的一些内容,其实再分析cluster就会简单很多,后面关于cluster的源码分析,能够省略的地方,就不再贴源码而是一句话带过了,如果有不理解的地方,希望多翻翻之前的博客. 在使用cluster时,配置文件中的akka.actor.provider值是cluster,所以ActorSystem对应的provider就是akka.cluster.ClusterActorRefProvider. /** * INTERNAL API * * The

一:背景 1. 讲故事 上个月有个老朋友找到我,说他的站点晚高峰 CPU 会突然爆高,发了两份 dump 文件过来,如下图: 又是经典的 CPU 爆高问题,到目前为止,对这种我还是有一些经验可循的. 抓 2-3 个 dump 第一个:有利于算两份 dump 中的线程时间差,从而推算最耗时线程. 第二个:有时候你抓的dump刚好线程都处理完了,cpu 还未真实回落,所以分析这种dump意义不大,我是吃了不少亏. 优先推测是否为 GC 捣鬼 现在的码农都精怪精怪的,基本不会傻傻的写出个死循环,绝大部

PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因组测序应该是PacBio的拿手好戏,因为它这么贵(貌似是二代的10倍),但它的核心优势就是长,还有无偏向性:这在科研上可就立马变成香饽饽了,现在用纯二代技术根本就发不了基因组的文章了,稍微高端点的分析都会用上三代的技术. Fully characterize g

文献名:Integration and analysis of CPTAC proteomics data in the context of cancer genomics in the cBioPortal 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 作者: Pamela Wu1,2,3, Zachary J Heins4, James T Muller3, Lizabeth Katsnelson3, Ino de Br

一.产品简介 1.产品背景 1.您曾经遇到过下面的问题和烦恼吗?2.当网站上线以后,如何实时的了解网站的运行状况?3.当网站访问速度慢,是升级服务器?还是升级带宽?还是优化网站代码?4.当网站新上线一个栏目,如何快速评估效果?5.当网站被黑客攻击时,如何快速的发现并解决?6.当网站做了推广,如何评估推广的效果?7.... ... 2.产品概述 iNeedle™系列产品是北京鼎震科技自主研发的专门针对Web服务的全新数据分析产品,可以让管理者全面了解自己的网站.通过对访问网站的所有数据进行实时分析

接着上一篇,mindmap更新如下内容. 3.背包.队列和栈 这节主要讲述了这三种数据结构(Bag.Queue.Stack)的API.实现以及链表.Queue和Stack还含有删除元素的方法.并引出了泛型,也就是可以用它来存储任何类型的数据.在API中,类class Bag<Item> implements Iterable<Item>的表示就将Item定义为一个类型参数.在创建数据结构时,我们就可以用任何类型代替Item了.有了泛型,我们就只需要一份API来处理所有类型的数据了.

教学目标:1.使学生了解JAVA课程的性质.定位.作用:为什么要学习JAVA?让学生知道如何学好JAVA: 教学内容: 一.        问几个问题 1.             你们到这里来干什么的? 来学习JAVA程序设计 为什么要来学习JAVA呢? 找个好工作,拿到高薪水 2.             怎么样才能达到你们的目标呢? 有的同学说学好JAVA就可以了,但是如何才能学好呢? 学好JAVA的几个关键 1.             认认真真上课 2.             按时按

这次打算写几篇关于脚本方面的博客,主要是记录一下 Gradle 脚本和批处理脚本的一些写法,方便后续查阅. 前言 平常开发过程中,一些较为重复的手工性工作,如果能让脚本来帮忙处理,自然是最好的,刚好之前有些工作有点过于重复且都是手工性去完成,所以就想着能否写个脚本来处理. 因为我还是用的 windows 开发,所以最开始想到的就是批处理脚本,但写完后发现,重复性工作是可以交给脚本去处理了,但每次要执行这个脚本文件还得打开脚本所在的文件夹找到脚本点击去执行. emmm,因为我是开发 Android

Human Motion Analysis with Wearable Inertial Sensors——阅读 博主认为对于做室内定位和导航的人这是一篇很很棒的文章,不是他的技术很牛,而是这是一篇医学博士的论文.上帝带你从另一角度去看事物,你会看到更多美好.为了避免全文阅读的困境让人乏味.博主将文章一些有意思的东西在这里分享给大家. 人体运动分析这个已经在多领域熟知的东西却并不被室内定位的研究人员重视,原因很多.其牵涉的应用领域太多了,例如游戏影视的制作.运动训练.健康状况诊断等.人口老龄化是

 一.Jmap 1.查看整个LVM 内存状态jmap -heap pid 2.查看JVM堆中对象详细占用情况jmap -histo [pid] 3.导出整个JVM 中内存信息jmap -dump:format=b,file=文件名 [pid] 二.Jstack 4.JVM 调优 jstack 可以看到JVM 中线程的运行状况 所有堆栈信息:top -cjstack [pid] 在对Java内存泄漏进行分析的时候,需要对jvm运行期间的内存占用.线程执行等情况进行记录的dump文件,常用的主要有t