1.conda安装 在https://repo.continuum.io/miniconda/选择conda版本 wget "https://repo.continuum.io/archive/Miniconda2-4.5.12-Linux-x86_64.sh" bash Miniconda2-4.5.12-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc 2.添加镜像源 conda config --add channels conda-forge conda con

Anaconda安装第三方库 PIP使用命令 Anaconda命令 pip和conda 添加国内源 1:PIP相关命令 卸载 pip uninstall XXX 1.升级pip python -m pip install --upgrade pip 2.升级NumPy python -m pip install --upgrade numpy(此升级不稳定 建议下载最新版执行手动安装) 3: 带配置的升级 pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu

文章目录 pip和conda 添加国内清华镜像 1. pip源更改: 2. conda源更改: pip和conda 添加国内清华镜像 python模块安装,使用国内源可以提高下载速度. 1. pip源更改: pip源有好几个,我一直用的清华的pip源,它5分钟同步一次. 临时使用: pip 后加参数 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 例1: pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/si

在conda下,新添加一个python环境,如下再添加一个python3.6conda create --name py36 python=3.6然后通过source activate py36来激活环境activate py36

conda是一个非常好的python包管理软件,但是它的Minicoda是一个非常好的生信软件包管理软件,更多conda介绍多google. Miniconda简直就是生信人的福音,尤其是像我这种传统生物实验转生信的人.具体使用方法如下: 一.安装Miniconda    1.1下载 进入linux系统的目录下,从https://conda.io/miniconda.html下载Miniconda安装包. 下载命令:wget -c  https://repo.continuum.io/minic

作者:HELO 出处:http://www.cnblogs.com/HELO-K 欢迎转载, 转载时请保留此声明, 谢谢! 在这里整理一份全一点的 Conda 常用命令, 方便大家日常使用时参考, 一些命令也加入了一些针对初学者的更详细介绍, 大佬请忽略. 本文会不断更新, 记得使用页面搜索来找需要的命令哦, 对了, 网页端在某一行连续三击似乎可以选中当前行, 方便复制. 如果发现了错误, 欢迎指出, 我会尽快修改. # conda 添加国内源 # 添加国内源/通道, 默认源在国外, 国内访问较

来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转录组数据. 在使用软件之前,有几点需要注意下 尽量提供高质量的基因组.目前随着三代测序价格下降,这一点问题不大. 基因组命名应该简单,最好就是">contig1"或">tig000001" 基因组需要屏蔽重复序列 默认参数通常表现效果就很好,但是也要根据物种

pip清华镜像库 :pip install XXX -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pip阿里巴巴镜像库:pip install XXX -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ pip批量下载(requirements.txt里写有所有需要的库): pip install -r requirements.txt 更新pip:python -m pip install --upgrade pip

Anaconda完全入门指南(对python环境和原理,讲的比较透彻):https://www.jianshu.com/p/eaee1fadc1e9 用pip一个一个安装第三方库费时费力,还需要考虑兼容性. 我们推荐直接使用Anaconda,这是一个基于Python的数据处理和科学计算平台,它已经内置了许多非常有用的第三方库,我们装上Anaconda,就相当于把数十个第三方模块自动安装好了,非常简单易用. 简介 Conda是一个开源的包.环境管理器,可以用于在同一个机器上安装不同版本的软件包及其

参考链接 1. 找到合适自己的版本,下载安装Anaconda 点击跳转下载安装 Anaconda,双击下载好的 .exe 文件安装,只勾选第一个把 conda 添加到 PATH 路径.

1.安装docker # 安装工具 sudo yum install -y yum-utils # 添加yum仓库配置 sudo yum-config-manager --add-repo https://download.docker.com/linux/centos/docker-ce.repo sudo yum-config-manager --add-repo http://mirrors.aliyun.com/docker-ce/linux/centos/docker-ce.rep #

安装过程中出现以下问题:(历尽千辛万苦,终于才查到原来是清华源,腾讯源都不能用了)The remote server could not find the noarch directory for the requested channel with url: file:///C:/Miniconda36-x64/conda-bld As of conda 4.3, a valid channel must contain a `noarch/repodata.json` and associa

安装完Anaconda利用conda创建了虚拟环境,但是启动jupyter notebook之后却找不到虚拟环境. 实际上是由于在虚拟环境下缺少kernel.json文件,解决方法如下: 首先安装ipykernel:conda install ipykernel 在虚拟环境下创建kernel文件:conda install -n 环境名称 ipykernel 激活conda环境: source activate 环境名称 将环境写入notebook的kernel中 python -m ipyke

1.第一步,安装Python2的环境 首先,在安装anaconda的时候先选择一个Python安装,我先安装的是Python3 然后,在anaconda Prompt下创建Python2环境 现在,还没有安装关于Python2的包,所以输入下面命令,等待安装结束 然后在命令行中输入activate python27:然后进入python27的环境,然后输入jupyter notebook就可以进入基于Python2.7的notebook, 如果需要退出python2的环境,输入deactivat

1.  Bioconda是一个自动化管理生物信息软件的工具,就像APPstore.360软件管家一样. Bioconda的优点是安装简单,各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离,非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境 1.下载和安装miniconda bioconda的使用首先需要安装miniconda wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh 下载完成后,在终端键入bash命令进行安

更新conda源 各系统都可以通过修改用户目录下的 .condarc 文件: channels: - defaults show_channel_urls: true default_channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free - https://mirrors.tuna.tsinghua.

1.添加清华源 查看清华大学官方镜像源文档:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/ 本文基于Windows平台,首先用命令: conda config --set show_channel_urls yes 生成 .condarc 文件,然后找到该文件并修改. 查找该文件:① 推荐一款windows快速搜索文件的工具 Everything ② 使用命令:conda config --show-sources 查找配置文件的位置 按照

一.背景 需要学习mxnet,建一个conda虚拟软件环境. 二.步骤 1.下载anaconda安装文件:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh 2.安装: bash  Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh 3.验证c

添加清华源 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/an

anaconda/miniconda的安装 请点击查看我的博客 本教程全部命令操作均在CMD(win).terminal(win).终端(linux/Macos)中执行 使用前配置 因为anaconda默认更新源在国外,不使用众所周知的特殊方法很难获得较高的访问下载速度,我们可以通过使用国内的镜像站来解决. 我们以使用清华镜像站作为默认更新下载源. 修改方式是修改用户目录下的.condarc文件实现,Linux或macos系统可以直接使用终端修改,windows用户需要首先执行下面命令创建该文件