Cytascape做网络图

2026-09-18

利用cytoscape做网络图

首先做出下面的基因间相互关系图 1.准备sif文件 data.sif 网络数据文件 gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 node.txt 网络属性文件 gene expgene1 0.2gene2 0.3gene3 0.7gene4 0.3gene5 0.9gene6 0.7gene7 0.3gene8 0.1gene9 0.5 2.将两个文件分别导入cytoscape File --> Import -->Netw

Python生成gexf文件并导入gephi做网络图分析

Gephi是一款优秀的复杂网络分析软件,支持导入多种格式的文件.gexf格式是Gephi 推荐的格式,基于 XML.本文是一个用python写的简单Demo,示例如何生成一个典型的gexf格式文件.代码基于pygexf包(下载地址:https://github.com/paulgirard/pygexf). 代码很简单不做解释. Python 代码: import sys,pprint from gexf import Gexf # test helloworld.gexf gexf = Gex

R画网络图

R 画网络图目的:用R做生信分析,画基因样本的网络图,从中观察样本的致病性情况. 一.所用到的包 library(tidyr) library(ggplot2) library(reshape2) library(readr) library(network) library(dplyr) library(plyr) library(sna) library(GGally) library(ggnetwork) library(tidygraph)# tidy graph analysis

怎么用MindManager2019去做一个好的网络图

大家知道网络图吗?是由作业(箭线).事件(又称节点)和路线三个因素组成的.它是一种图解模型,形状如同网络,故称为网络图.运用网络图能够使步骤简洁明了,今天我我们就说一说网络图软件MindManager与怎么运用MindManager去做一个好的网络图. 小编这里用的是MindManager2019版本(win10系统),以一场考试为例,来给大家演示如何运用网络图软件去做好网络图. 首先我们点击右上角文件两个小字,在点击新建,就可以找到MindManager软件"模板主页"里面的&quo

Cytoscape画图初探

Cytoscape是一个做网络图的js插件.用起来非常方便,并且非常强大.这是它的站点:点击打开链接使用它须要导入两个文件,一个是js文件,一个是css文件.官网上下载. 这里实现了一个功能.即从后台数据库中检索数据,然后返回到前端,生成网络图. 后台action就不写了,总之返回到前端的是一个struts2的<s:iterator value="userlist" >.首先用div显示出来: <div id="hidden"> <s

单细胞分析实录(19): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (下篇)

在上一篇帖子中,我介绍了CellPhoneDB的原理.实际操作,以及一些值得注意的地方.这一篇继续细胞通讯分析的可视化. 公众号后台回复20210723获取本次演示的测试数据,以及主要的可视化代码. 所有的数据和结果文件均已打包,下载后直接就能跑下面的代码画图. 下面的代码可以绘制对称热图 (如果你不清楚为啥热图要沿着对角线对称,可以看一下之前的推文) library(tidyverse) library(RColorBrewer) library(scales) pvalues=read.ta

R 网络图 nodes,edges属性计算

前面提到了用R画网络图,免不了要对网络图nodes和edges的特征做一些统计.分享下我的代码: ########## nodes edges的统计########### # ####nodes的度有三种:点度中心度(degree),接近中心度(closeness),中间中心度(centrality) routes_tidy <-routes_tidy %>% activate(nodes) %>% mutate(degree = centrality_degree()) #degree

从PMP培训归来，跟大家聊聊做项目的套路

管理也是一些套路的传承,很多人说不去学专门的管理,照样把工作做得很好.是的,不是散打乱打就不能赢,只是会吃点亏而已.如果你有了套路在心中,那么必定会让自己车到山前开路,让事情更好办. 所以,我去学了几招套路.回来后,真的发现,公司原来真的满满的套路,哈哈,一下看清了他们的把戏!也许有时没用,但是也许,下一次,你就用上了呢! 首先理解重要的一点,项目经理不是官,大部分情况下也只是我们基层同学,不要误会误会! 凭着个人对整本书的理解,写一些目前觉得有用的东西,也不枉白跑一趟pmp课堂(妈蛋,考试还不

关系网络数据可视化：1. 关系网络图&Gephi

1.关系网络图如何来表示两个对象之间的关系? 把对象变成点,点的大小.颜色可以是它的两个参数,两个点之间的关系可以用连线来表示.连线分为无向(只是连接的导向,一些简单的关系很容易体现)和有向(复杂网络,连接+方向,线本身的方向代表了连接的关系同时线的粗线也可以表示线的连接强度). 这个图有点杂乱,看不出哪个点之间连接了,看不出点之间的特征. 导向分为3类: 力导向布局.空间导向布局.规则导向布局 1.1 力导向布局它除了点与点之间的联系外,还分为空间聚集的聚类,反应出不同团队.不同聚类之间

扩增子图表解读8网络图：节点OTU或类Venn比较

网络图 Network 网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步.那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要性. 因此我要举一个网络分析重要的例子,大家都知道2012年诺贝尔奖得主Yamanaka提出的诱导干细胞的四因子,其时在之前已经有多篇网络分析文章提出了这四因子,只是Yamanaka是第一实验验证的.值得一提的是这篇获得诺奖的Cell文章只有一个一作和一个通讯,据説是当时这课题没人看好,也没

个人永久性免费-Excel催化剂功能第102波-批量上传本地图片至网络图床（外网可访问）

自我突破,在100+功能后,再做有质量的功能,非常不易,相对录制视频这些轻松活,还是按捺不住去写代码,此功能虽小,但功课也做了不少,希望对真正有需要的群体带来一些惊喜. 背景介绍图床的使用,一般是写博客之类的需求,特别是Markdown写作风格的,将图片上传到网络上,才能够在这些文章中展现. 单单满足这样的需求,其实没有太大必要性在Excel上操作,市面上大量基于浏览器.系统层面的插件操作友好度更佳. 需要批量操作的场景,可能更多地落在数据分析群体里,如分析商品的畅滞销分析,需要拿到图片来做展

用php做注册审核

做注册审核就像前面讲的注册登录一样,也是要连接数据库首先在数据库内要做这样一张表: 表名为users表里面的列名分别为用户名,密码,姓名,性别,生日,账户的状态,照片然后就可以写代码了,要注册的话,先来做一个简单注册页面: <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd&qu

我们是怎么做Code Review的

前几天看了<Code Review 程序员的寄望与哀伤>,想到我们团队开展Code Review也有2年了,结果还算比较满意,有些经验应该可以和大家一起分享.探讨.我们为什么要推行Code Review呢?我们当时面临着代码混乱.Bug频出的状况.当时我觉得要有所改变,希望能提高产品的代码质量,改善开发团队面临的困境.并且我个人在开发上有很多经验,也希望这些知识能够在团队内传播.各种考虑后,我们最后认为推行Code Review能改善或解决我们面临的很多问题. 这篇文章的目的不是告诉大家怎么在

传播正能量——做一个快乐的程序员

引子今天在博客园看到施瓦小辛格的文章我们搞开发的为什么会感觉到累,顿时有感而发.自己本来不擅长写文章,更不擅长写这种非技术性的文章,但是在思绪喷薄之际,还是止不住有很多话要说.针对从客观上说"搞开发的很累"这种说法,我也来发表一下我的看法. 我们的累我们搞开发的为什么会感觉到累,文中已经说了很多,简单的讲,主要是担心和紧张感以及加班的劳累. 明天项目上线,通宵改BUG,好累. 需求变来变去,这个项目什么时候是个头,好累现有的技术将要过时,面临淘汰,一堆的新技术要学,好累每天上下

为什么做java的web开发我们会使用struts2，springMVC和spring这样的框架?

今年我一直在思考web开发里的前后端分离的问题,到了现在也颇有点心得了,随着这个问题的深入,再加以现在公司很多web项目的控制层的技术框架由struts2迁移到springMVC,我突然有了一个新的疑问无法得到正确的解释,为什么我们现在做java的web开发,会选择struts2或者springMVC这样的框架,而不是使用servlet加jsp这样的技术呢?特别是现在我们web的前端页面都是使用velocity这样的模板语言进行开发,抛弃了jsp,这样的选择又会给我们java的web开发带来什么

调用AJAX做登陆和注册

先建立一个页面来检测一下我们建立的用户名能不能用,看一下有没有已经存在的用户名吗可以通过ajax提示一下 $("#uid").blur(function(){ //取用户名 var uid = $(this).val(); //查数据库,调ajax $.ajax({ url:"testchuli.php",//处理页面的地址 data:{u:uid},//要传递的数据 type:"POST",//提交方式 dataType:"TEXT

WPF做12306验证码点击效果

一.效果和12306是一样的,运行一张图上点击多个位置,横线以上和左边框还有有边框位置不允许点击,点击按钮输出坐标集合,也就是12306登陆的时候,需要向后台传递的参数. 二.实现思路 1.获取验证码图片首先,我们看12306登陆页面,F12,通过如图的位置,我们可以观察到,验证码的请求URL是“https://kyfw.12306.cn/otn/passcodeNew/getPassCodeNew?module=login&rand=sjrand&0.8291445260649148

使用 JavaScript 和 canvas 做精确的像素碰撞检测

原文地址:Pixel accurate collision detection with Javascript and Canvas 译者:nzbin 我正在开发一个需要再次使用碰撞检测的游戏.我通常会使用简单高效的盒模型碰撞检测.盒子模型的主要原则就是把所有的物体都抽象成正方形,如果两个正方形有重叠,就认为是一次碰撞.这通常是一个简单的游戏所需要的.但是因为这种模型我之前用过多次,我想尝试一些更深刻更准确的方法. 我选择从像素级层面来看是否发生了碰撞.首先我要了解“像素是什么”.我测试的元素透

做一个gulp+webpack+vue的单页应用开发架子

1.目标最近项目上的事情不多,根据我自己的开发习惯,决定开发一些简单的开发架子,方便以后事情多的时候直接套用.本文讲的一个gulp+webpack+vue的单页应用架子,想要达到的目的: 可以通过命令打包开发chunk,并支持热替换可以通过命令打包可发布的chunk 支持路由路由中的代码实现按需加载用CommonJs的风格组织代码代码结构尽量清晰易懂尽我所能先做出一个满足以上特点的架子吧,最近看完ES6,准备再去看看flux和reduce,看过之后再来思考下前端数据如何管理比较科学规

UWP开发之ORM实践：如何使用Entity Framework Core做SQLite数据持久层？

选择SQLite的理由在做UWP开发的时候我们首选的本地数据库一般都是Sqlite,我以前也不知道为啥?后来仔细研究了一下也是有原因的: 1,微软做的UWP应用大部分也是用Sqlite.或者说是微软推荐使用Sqlite吧! 2,简单!就只有一个类库没有多余的参照什么的.不像其他数据库还得做复杂配置什么的麻烦! 3,不需要数据库服务,数据服务和客户都在同一个进程里面.如下图: 4,作为存储系统它只支持一个用户一个数据实体. 5,跨平台跨结构,这个好! Sqlite主要使用内容如果想充分使用好S

Cytascape做网络图

热门专题