1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F -o 解析选项:解析序列标识并且建立目录[T/F],default = F -l 自定义log文件命令defa

目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列.Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至

局部敏感哈希(Locality Sensitive Hashing,LSH)算法是我在前一段时间找工作时接触到的一种衡量文本相似度的算法.局部敏感哈希是近似最近邻搜索算法中最流行的一种,它有坚实的理论依据并且在高维数据空间中表现优异.它的主要作用就是从海量的数据中挖掘出相似的数据,可以具体应用到文本相似度检测.网页搜索等领域. 1. 基本思想 局部敏感哈希的基本思想类似于一种空间域转换思想,LSH算法基于一个假设,如果两个文本在原有的数据空间是相似的,那么分别经过哈希函数转换以后的它们也具有很高

     本文主要介绍了Lattice CPLD/FPGA集成开发环境的使用方法,并通过点亮开发板(Mach XO2 Breakout Board)上位号为D2的LED这一实例来演示其开发流程. 1.开发工具 Lattice CPLD/FPGA采用Diamond Design Environment,其初始化界面如下图所示, 2.新建工程 (1)在菜单栏中选择"File--New--Project",弹出一个新建工程向导选项卡,单击"Next". (2)在弹出的对话

Diamond则是淘宝开源的一种分布式配置管理服务的实现 disconf是来自百度的分布式配置管理平台,包括百度.滴滴出行.银联.网易.拉勾网.苏宁易购.顺丰科技 等知名互联网公司正在使用! 对比项目 diamond disconf 配置存储 存储在mysql上 存储在mysql上 推拉模型 拉模型,每隔15s拉一次全量数据 基于Zookeeper的推模型,实时推送 配置读写 支持实例对配置读写.支持某台实例写配置数据,并广播到其它实例上 只支持实例对配置读.通过在disconf-web上更新配

一.背景描述                     Diamond是淘宝内部使用的一个管理持久配置的系统,它的特点是简单.可靠.易用,目前淘宝内部绝大多数系统的配置,由diamond来进行统一管理. 像钻石一样,提供稳定的配置访问.最大特性是能够保证在任何情况下,客户机一定可以启动起来. 二.开发环境如何使用Diamond配置服务       1.新增配置信息       登录开发环境Diamond服务的控制台,账号/密码向平台研发部申请.登录后的页面如图1所示:        <ignore

 (转自 http://blog.csdn.net/zh_winer/article/details/50395024) 一.概况 diamond是淘宝内部使用的一个管理持久配置的系统,它的特点是简单.可靠.易用,目前淘宝内部绝大多数系统的配置,由diamond来进行统一管理. diamond为应用系统提供了获取配置的服务,应用不仅可以在启动时从diamond获取相关的配置,而且可以在运行中对配置数据的变化进行感知并获取变化后的配置数据. 持久配置是指配置数据会持久化到磁盘和数据库中. diam

一.前言 最近工作不忙闲来无事,仔细分析了公司整个项目架构,发现用到了很多阿里巴巴集团开源的框架,今天要介绍的是中间件diamond. 二.diamond学习笔记 1.diamond简介 diamond是一个管理持久配置(持久配置是指配置数据会持久化到磁盘和数据库中)的系统.无可厚非,淘宝内部正在使用diamond,在淘宝内部的绝大多数系统的配置都是由diamond统一管理的.diamond最大的特点就是简单.可靠.易用.diamond的简单是指diamond整体结构非常简单,从而减少了出错的可

错误定位 当时并没有弄明白为什么会出错,一脸懵逼相 解决办法: 将source compatibility和target compatibility都改为1.7,重新build就ok了. 错误原因: 官方解释 You can replace the type arguments required to invoke the constructor of a generic class with an empty set of type parameters (<>) as long as th

在新建工程以及完成代码的输入之后.则就要进行编译,并检测错误. 一. Generate Hierarchy(产生层次结构). 1. 点击Generate Hierarchy 图标或者Design -->Generate Hierarchy, 编译之后就会生成响应的层次视图.同时点击双击实例则可以查看RTL视图. 二.运行BKM检查. 1.  点击Design-->Run BKM Check 或者BKM Check.图标. 运行BKM检查之后,您可能会遇到警告和错误消息.错误和警告消息显示在输出

Lattice Diamond 和 ispLEVER.有一些不同,尤其是如何管理工程的不同,包括以下几点: 1.ispLEVER 有多种工程类型,不同的程序文件类型需要不同的类型的工程:但是Diamond只有一种工程类型, 可以包括不同的类型的程序文件. 2.Lattice Diamond  包括implementations (实体)和 strategies (策略).但是ispLEVER 却不包括. 3.当一个i工程被打开时,spLEVER会自动解析程序文件的层次,这会引起 存在混合的顶层文

Locality Sensitive Hash是一种常见的用于处理高维向量的索引办法.与其它基于Tree的数据结构,诸如KD-Tree.SR-Tree相比,它较好地克服了Curse of Dimension,能够将KNN的时间复杂度缩减到sub-linear.LSH多被用于文本.多媒体(图像.音频)的相似性判断.请看下图: 参考上图,如果我们要返回距离中心为r的点,LSH会返回给我们范围更远.更多的点,也就是说,LSH返回的结果会带有一定的false positive.我们或许需要使用linea

Kaiju: Fast and sensitive taxonomic classification for  metagenomics   问题描述:However, nucleotide comparison using a fixed k-mer length often lacks the sensitivity to overcome the evolutionary distance between sampled species and genomes in the referen

在mvn install编译的时候出现了,错误 diamond operator is not supported in -source 1.5 的错误信息: 解决方法:在pom.xml文件里面添加: <build> <plugins> <plugin> <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId> <artifactId>maven-war-plugin</artifactId>

大家好,今天开始为大家带来我们通用产品团队的产品 —— diamond的专题,本次为大家介绍diamond的概况和快速使用. 一.概况 diamond是淘宝内部使用的一个管理持久配置的系统,它的特点是简单.可靠.易用,目前淘宝内部绝大多数系统的配置,由diamond来进行统一管理. diamond为应用系统提供了获取配置的服务,应用不仅可以在启动时从diamond获取相关的配置,而且可以在运行中对配置数据的变化进行感知并获取变化后的配置数据. 持久配置是指配置数据会持久化到磁盘和数据库中. di

淘宝JAVA中间件Diamond详解(二)---原理介绍 大家好,通过第一篇的快速使用,大家已经对diamond有了一个基本的了解.本次为大家带来的是diamond核心原理的介绍,主要包括server集群的数据同步.client获取server地址.client从server获取数据.client运行时感知server的数据变化,这四部分. 一.server集群数据同步 diamond-server将数据存储在mysql和本地文件中,mysql是一个中心,diamond认为存储在mysql中的数

Diamond主要提供持久配置的发布和订阅服务,最大特点是结构简单,稳定可靠.Diamond的主要使用场景是用来进行动态数据库切换与扩容,进行一些业务系统运行时开关配置的推送.Diamond产品专注于高可用性,基于此在架构.容灾机制.数据获取模型上有一些与同类产品的不同之处. Diamond结构非常简单,也属于是无单点的架构模型,如图1-1所示.图1-1-Diamond架构模型 发布或者更新配置数据时,步骤如下: 写入MySql数据库 写本地磁盘 通知集群其他机器去数据库dump更新的数据 订阅

大家好,这次为大家带来的是diamond的架构,架构如下图所示: 对该图进行一些说明: 1.作为一个配置中心,diamond的功能分为发布和订阅两部分.因为diamond存放的是持久数据,这些数据的变化频率不会很高,甚至很低,所以发布采用手工的形式,通过diamond后台管理界面发布:订阅是diamond的核心功能,订阅通过diamond-client的API进行. 2.diamond服务端采用mysql加本地文件的形式存放配置数据.发布数据时,数据先写到mysql,再写到本地文件:订阅数据时,

大家好,本次为大家带来diamond的容灾机制. diamond之所以表现的稳定可靠,除了架构简单之外,另一个重要原因是diamond具有一套完备的容灾机制,容灾机制涉及到client和server两部分,主要包括以下几个方面: 1.server存储数据的方式. server存储数据是“数据库 + 本地文件”的方式,集群间的数据同步我们在之前的文章中讲过(请参考专题二的原理部分),client订阅数据时,访问的是本地文件,不查询数据库,这样即使数据库出问题了,仍然不影响client的订阅. 2.

1.下载:到Lattice官网 http://www.latticesemi.com/ 注册一个lattice的账号后就可以去下载Diamond,登陆后如下图,根据自己系统情况选择对应的版本,我用的是32位win8 . Diamond软件安装包和Lattice的软核IP,当然如果用不到IP可不下. 我安装的时候是根据这份安装指南安装的. 2.安装:按照官方安装手册 Diamond3.2 Installation Guide for Windows一步一步安装,只需完成下图2个红框内的安装就行,第