1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas

FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式.为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码.最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基质量分数的,现在已成为存储Illumina Genome Analyzer(Illumina基因组分析仪)等高通量测序仪的标准输出格式. FASTQ文件格式 第1行,以“@” 字符开头,后面跟着一个序列标识符和一个可选的描述

fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的.现在几乎是高通量测序的标准格式.NCBI Short Read Archive也是这格式,多了一些描述性词汇而已. 基本格式 包含四行,第一行由'@'开始,后面跟着序列的描述信息,这点跟FASTA格式是一样的: 第二行是序列: 第三行由'+'开始,后面也可以跟着序列的描述信息: 第四行是第二行序列的质量评价(quality values,注:应该是测序的质量评价),字符数跟

DOM Document Object Model 文档对象模型 DOM的官方定义:W3C的DOM,可以使程序或者脚本(JS或AS\JScript),动态的访问或者操作文档的内容.结构.样式. DOM只是一个标准,操作网页的标准.而这个标准(模型)在浏览器中,以"对象"的方式实现. DOM的分类:核心DOM.HTMLDOM.XMLDOM.EventDOM.CSSDOM.(5大类) 1.核心DOM:提供了操作HTML文档(显示数据)或XML文档(存储数据)的公共的属性和方法. 2.HTM

在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时,就变的很慢: 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件,用C写的, 速度很快: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/parsefastq.shtml 自己试了一下, 在这个基础上添加个小功能, 命名为parse.c: #include

输入文件: fastq格式 输出结果: kmer的频数和对应的kmer类型 系统环境Ubuntu单机版17.01 spark版本2.7 此次测试主要用到了RDD的函数foreach和zipWithIndex,zipWithIndex这个函数是可以直接对gz文件进行操作的 python的主要通过lambda函数来进行操作 测试代码如下 fastq='/home/yueyao/Spark/00.data/reads.left.fq.gz' fq_rdd = sc.textFile(fastq) fq

准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX

将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < input.fa cat Rmh.fasta | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%2==1?"\n"

LRESULT CALLBACK WindowProc( HWND hwnd, UINT uMsg, WPARAM wParam, LPARAM lParam ); Parameters wParam This parameter is not used. lParam This parameter is not used. Delphi里去掉句柄之后重定义: TWMPaint = packed record Msg: Cardinal; DC: HDC; Unused: Longint; Re

因为在网上找了好久才找到正确的接法,所以专门记载了下来,因为stm32芯片这几个功能引脚会内置上拉电阻,所以不需要再外接电阻了.

seqtk 的 GitHub 官网 https://github.com/lh3/seqtk 安装 git clone https://github.com/lh3/seqtk.git cd seqtk make The only library dependency is zlib.

测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好用,运行速度快,检查的项目也多.有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析,那么这个时候这些小工具就不能胜任了,需要我们自己写程序(脚本)来处理.本人目前才疏学浅,因此只有一下三种方案: 1.完全自己写脚本,读取每一行,手动解析,然后实现个性化分析.(显然这个比较慢,相当于重造了一个转速很慢的轮子)

DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategyDART:使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器 Abstract Motivation(动机): 近年来,大规模并行cDNA测序(RNA-Seq)技术已成为提供高分辨率测量表达和检测低丰度转录本的高灵敏度的强大工具. 但是,RNA-seq数据需要大量的计算量. 最根本和关键的步骤是将每个序列片段与参考基因组进行比对.近年来已经开发了各种从头拼接的RNA

高通量测序数据下机后的原始fastq文件,包含4行,其中一行为质量值,另外一行则为对应序列,我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制,这些过程包括去接头.过滤低质量reads.去除低质量的3'和5'端,去除N较多的reads等,而针对高通量测序数据的质控软件也有很多,在这里给大家介绍一款"老牌子"的质控工具fastx_toolkit,它是一个软件包,包含了多个质控命令,下面我们就逐个讲解其参数及使用: 1. fastq_quality_converter [-h] [-a] [-n

最近为了对html文件进行源码处理,需要进行正则查找并替换.于是借着这个机会把正则系统地学一下,虽然以前也用过正则,但每次都是临时学一下混过关的.在学习的过程中还是遇到不少问题的,特别是零宽断言(这里还要吐槽下,网上到处都是都复制粘贴的内容,遇到个问题查看了不少重复的东西,汗!!!),所以在这里把自己的理解写下来,方便以后查阅! 零宽度正预测先行断言是什么呢,看msdn上的官方解释定义 (?= 子表达式) (零宽度正预测先行断言.)仅当子表达式在此位置的右侧匹配时才继续匹配.例如,\w+(?=\

标准JSON格式定义与解析注意点 在JS.IOS.Android中都内置了JSON的序列化.反序列化SDK.JEE中也可以使用第三方的JSON解析库,如GSON.虽然在JSON格式被定义出来的时候并没有特殊的格式要求,但是在实践过程中,JSON的定义格式有了大家都比较认可的格式: 1.定义 JSON格式的定义一般遵循如下格式: { “status”: // 接口访问成功或者失败的状态码 “message”:// 接口访问错误的时候返回的错误提示文字,访问成功的时候为空字符串 “data”:{  

Cesium中文网:http://cesiumcn.org/ | 国内快速访问:http://cesium.coinidea.com/ 在当前的1.70版本中,CesiumJS现在附带了正式的TypeScript类型定义! TypeScript定义是一个长期以来被要求的特性.虽然社区已经完成了一项支持各种手动方式的工作,其中最受欢迎的是@types/cesium,但是cesium代码库的庞大规模和不断发展的特性使得手工维护成为一项永无止境的任务.官方定义文件Cesium.d.ts的数据量超过42

Author:Maddock Date:2015.04.22 转载请注明出处:http://www.cnblogs.com/adong7639/p/4446828.html DNG格式基本概念 DNG格式是在TIFF的基础上扩展出来的,要了解DNG,需要清楚TIFF, TIFF/EP, DNG,RAW之间的关系. TIFF/EP TIFF是一个灵活适应性强的文件格式.通过在文件标头中使用"标签",它能够在一个文件中处理多幅图像和数据.标签能够标明图像的如图像大小这样的基本几何尺寸,或者

相关学习资料 http://hi.baidu.com/hucyuansheng/item/bf2bfddefd1ee70ad68ed04d http://en.wikipedia.org/wiki/Instant_Messaging_and_Presence_Protocol https://www.trillian.im/impp/ http://en.wap.wikipedia.org/wiki/Presence_and_Instant_Messaging http://zh.wikiped

疑虑: 图片存储为web格式,该用什么格式保存呢?png?jpg?压缩比例该为多大?css spript的优劣?有时候我们可能会因为一张格式不正确的图片而导致设计品质的下降以及页面性能的降低.了解图片格式的特性就是为解答这些困惑从而让我们设计的产品更好.更快. 文章转载自淘宝UED,原文地址:http://ued.taobao.com/blog/2010/12/jpg_png/  作者:平四 ====================================================