操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

原文:linux一次性解压多个.gz或者.tar.gz文件 解压多个压缩包 对于解压多个.gz文件的,用此命令: for gz in *.gz; do gunzip $gz; done 对于解压多个.tar.gz文件的,用下面命令: for tar in *.tar.gz; do tar xvf $tar; done 扩展:tar命令 tar [-] A --catenate --concatenate | c --create | d --diff --compare | --delete |

对于解压多个.gz文件的,用此命令: for gz in *.gz; do gunzip $gz; done 对于解压多个.tar.gz文件的,用下面命令: for tar in *.tar.gz; do tar xvf $tar; done

// java批量解压文件夹下的所有压缩文件(.rar..zip..gz..tar.gz) 新建工具类: package com.mobile.utils; import com.github.junrar.Archive;import com.github.junrar.rarfile.FileHeader;import org.apache.tools.tar.TarEntry;import org.apache.tools.tar.TarInputStream; import java.i

1. 根文件系统镜像ramdisk.image.gz和uramdisk.image.gz 通常需要将文件系统输入到Nand Flash当中时,一般可以将根文件系统打包成uramdisk.image.gz压缩镜像的格式,这样能够降低文件系统的大小,节约Flash的空间. 2. 修改uramdisk.image.gz文件内容 S1:将uramdisk.image.gz转换为ramdisk.image.gz文件. S2:将文件uramdisk.image.gz拷贝至共享文件夹下,按照如下流程处理(执行

foreach ($log['data'] as $k => &$value) { if ($value['token'] != 0) { $value['change_num'] = $value['token'] . ' [token]'; } else { $value['change_num'] = $value['money'] . ' [money]'; } unset($value['money']); unset($value['token']); } $info['logI

.tar 解包:tar -xvf FileName.tar 打包:tar -cvf FileName.tar DirName ——————————————— .gz 解压1:gunzip FileName.gz 解压2:gzip -d FileName.gz 压缩:gzip FileName ——————————————— .tar.gz 和 .tgz 解压:tar -zxvf FileName.tar.gz 压缩:tar -zcvf FileName.tar.gz DirName ——————

1..gz文件是linux下常见的压缩格式.使用 java.util.zip.GZIPInputStream即可,压缩是 java.util.zip.GZIPOutputStream public static void unGzipFile(String sourcedir) { String ouputfile = ""; try { //建立gzip压缩文件输入流 FileInputStream fin = new FileInputStream(sourcedir); //建立

linux压缩格式:.gz windows压缩格式:.zip .rar默认情况下,windows和linux都支持zip格式,都不需要安装额外软件. .zip格式 压缩zip /usr/bin/zip语法:zip [选项-r] [压缩后文件名] [文件或目录]-r 压缩目录,如果不加这个选项,只能压缩文件压缩后格式:.zip特点:保留原被压缩文件,压缩比不高 解压缩unzip .gz格式 压缩gzip /bin/gzip语法:gzip [文件]压缩后格式:.gz特点:gzip只能压缩文件,不可以

版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字. 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Library of Bioinformatics 转载地址:https://www.plob.org/article/11698.html WGS数据分析的目的是准确检测出每个样本(这里特指人)基因组中的变异集合,也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列.我把整个分析过程按照它们实际要完成的功能,将其分成了三个大的

改编: python ~/tools2assemble/run_fastuniq.py SHT-3K-1_1.fq.gz SHT-3K-1_2.fq.gz 好像不支持gz文件,要先解压 http://sourceforge.net/projects/fastuniq/ 下载: http://sourceforge.net/projects/fastuniq/files/FastUniq-1.1.tar.gz/download 如果下载下来文件名是download 改一下名字 这是个tar.gz文

默认参数: java -jar trimmomatic-0.30.jar PE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gzlane1_forward_paired.fq.gz lane1_forward_unpaired.fq.gz lane1_reverse_paired.fq.gzlane1_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3TRAILING:3 S

文章转载于 Original 2017-07-06 Jolvii 生信百科 介绍一下如何理解 FastQC 各模块的结果 FastQC 的使用 FastQC的安装介绍请看这里.FastQC 支持 fastq.gzip 压缩的 fastq.SAM.BAM 等格式,在不指定文件类型的情况下,FastQC 会根据文件的名字来推测文件的类型: 以 .sam 或者 .bam 结尾的文件会被当作 SAM/BAM 文件来打开,并统计 mapped 和 unmapped reads 在内的所有 reads:其它

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

1.SOAPDenovo配置文件示例 软件下载安装和使用:http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html asm.cfg #maximal read lengthmax_rd_len= [LIB] avg_ins=450 #if sequence needs to be reversed reverse_seq=0 #in which part(s) the reads are used asm_flags=3 #use only first 100 bp

1. 对原始下机fastq文件进行过滤和比对(mapping) 对于Illumina下机数据推荐使用bwa进行mapping. Bwa比对步骤大致如下: (1)对参考基因组构建索引: 例子:bwa index -a bwtsw hg19.fa.最后生成文件:hg19.fa.amb.hg19.fa.ann.hg19.fa.bwt.hg19.fa.pac和hg19.fa.sa. 构建索引时需要注意的问题:bwa构建索引有两种算法,两种算法都是基于BWT的,这两种算法通过参数-a is 和-a bwt

在生信处理流程中,从最初的fastq文件,经过分析处理后,会生成一堆的后续文件,如何在流程中合理的命名呢? 通常在批处理模式中,我们会得到多个样本*.fastq(或*.fq.*.fastq.gz.*.fq.gz)路径名文件sample.txt.如下所示: /home/yhwang/sample/sampe01_R1.trimmed.fastq.gz /home/yhwang/sample/sample01_R2.trimmed.fastq.gz /home/yhwang/sample/sampe

生信人的自我修养:Linux命令速查手册 简佐义 ​ 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许多人做生物信息学,要么不重视Linux,要么不知道怎么才能学好.翻开厚厚的一本教材,却不知道哪些是重点.Linux的核心知识有哪些,就像英语的核心词汇一样.这篇文章,给你答案. 只要几个小时,掌握生信所需的90%以上的Linux知识,让你一举攻克Linux难关.--生信老司机 man - 获得帮助 man ls # 许多Linux自带命令可以通过m

来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转录组数据. 在使用软件之前,有几点需要注意下 尽量提供高质量的基因组.目前随着三代测序价格下降,这一点问题不大. 基因组命名应该简单,最好就是">contig1"或">tig000001" 基因组需要屏蔽重复序列 默认参数通常表现效果就很好,但是也要根据物种

一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am

http://www.jb51.net/LINUXjishu/43356.html unrar x aa.rarunrar e aa.rarx参数 是解压到一个文件夹里 e参数是把所有文件解压到当前目录下 注意这个命令比较特殊参数之前不能加- 前提是有unrar程序 没有就根据你的发行版 自己安装相应软件 Linux下最常用的打包程序就是tar了,使用tar程序打出来的包我们常称为tar包,tar包文件的命令通常都是以.tar结尾的.生成tar包后,就可以用其它的程序来进 行压缩了,所以首先就来