高通量测序数据下机后的原始fastq文件,包含4行,其中一行为质量值,另外一行则为对应序列,我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制,这些过程包括去接头.过滤低质量reads.去除低质量的3'和5'端,去除N较多的reads等,而针对高通量测序数据的质控软件也有很多,在这里给大家介绍一款"老牌子"的质控工具fastx_toolkit,它是一个软件包,包含了多个质控命令,下面我们就逐个讲解其参数及使用: 1. fastq_quality_converter [-h] [-a] [-n

Caffe+CUDA7.5+CuDNNv3+OpenCV3.0+Ubuntu14.04  配置参考文献 ---- Wang Xiao Warning: Please make sure the cuda is installed correctly, before you reboot your PC, or  you may stucked and can not open your system. Check in your terminal: nvidia-smi If it shown

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]

IEEE参考文献格式 由于国外期刊参考文献与国内参考文献的格式有很大区别,其中最常用的参考文献为会议论文.书籍.期刊文献,所以特别在此记录说明,方便以后使用. 会议论文(Published Conference Proceedings style) [1]     作者,“文章名字,”会议名称,地点,年份,页码 [1]     S. P. Bingulac, “On the compatibility of adaptive controllers ,” in Proc. 4th Annu. A

最近在写硕士论文,样式中没有符合要求的,于是就自己来编辑下样式文件,下文是网上搜集的关于自定义参考文献的一篇教程,可以参考. 一.分隔符|和连接符*的使用 (1)连接符 * 主要作用是“建立依赖关系”,当在两个字段之间插入“连接符”时,插入连接符前后的两个字段将建立相互依赖的关系:另处一个作用是代替空格,如果在一地方是要固定地输出空格的话,就可以用连接符(*)代替空格,例如 *版本*ed.*城市中,版本和它前面的字段要有一个固定的空格,那么我们就可以用连接符(*)代替( )来实现,同样的道理,城

&1 制作ref.bib文件 在必应学术或者谷歌学术中搜索文章,这里以我硕士的老板和师兄的一篇文章为例: 两种搜索引擎几乎都差不多,一丢丢区别在下面会讲,点击上图中被引数的旁边那个“引用”按钮,会出来以下对话框: 点击上图下方导入链接旁边的"BibTex"按钮,会出来下面的latex参考文献文件项,这里huang2010the是自己起的参考文献名字,方便自己引用的,可以自行修改: 新建一个文本文档,将名字和后缀一起重新命名为:ref.bib:将上面的内容复制到文件中: 重复上面

endnote参考文献格式调整: 在office word 2010中加载了endnote x7插件之后,使用过程中发现格式有点乱,不该斜的地方斜体显示,该加方框[]的地方却没有方框,因此从网路上找资料,终于让我发现了点道道,所以特在此分享. 在edit->output styles->edit 'Numbered'->就能看到可以修改的地方了. 在bibliography中的templates(模板)中就是在论文中显示的格式了.你可以在右侧的reference type中选择需要修改的

文章写到现在,最后一步就要大功告成了!reference,let's go! 一.用Google来做Latex的bib文件 1. 打开scholar.google.com 2. 定制   Scholar Preferences->Bibliography Manager ->Show links to import citations int o BibTeX (选中这个) 3. search something like “multicast” in the scholar.google.c

又到了继春节后的又一个投稿高峰,在Latex中写参考文献时经常会出现这样那样的问题,而且出版社不同比如IEEE与Elaver,需要引入的包也有不同.在search解决方案时,发现一篇有用的博文,转载一下,方便下次使用~~ 如何在paper同一处用\cite命令同时引用多篇文献?1.我用\cite{bibtex1}\cite{bibtex2}\cite{bibtex3},则编译以后的正文引用处显示的是[1][2][3]:而我用\cite{bibtex1,bibtex2,bibtex3},则编译以后

那个莫名其妙不能选中,相信你也遇到.如果是这样,可能那个是尾注分隔符.你可以按照本文的方法解决.当然啦,这个也是按照网上的方法整理参考文献会留下的直线 Office Word2010 方法/步骤   打开要修改的文件(用Word2010),点击上面的“视图”,直接点“草稿”   然后在“注脚”那一类里面的那里点击“显示备注”就可以看到上下两栏,   点击中间“所有尾注”然后点击选择“尾注分隔符”,你就发现原本顽固的尾注现在可以选择了,然后就可以删除了.   如果你的参考文献有几页,那么每页开头都

1. 以尾注的方式插入第一个参考文献. 将光标定位于word文档中将要插入参考文献的位置,按“插入/引用/脚注和尾注”.出现一菜单,选择“尾注”,“文档结尾”,编号格式为“1,2,3”.按“插入”按钮,就在该处就插入了一个上标“1”,而光标自动跳到文档最后,一个上标“1”的地方,这就是输入第一个参考文献的地方.然后按照排版格式要求输入参考文献. 注意:给文档中间的尾注编号添加方括号,选择   编辑——替换,输入查找内容为   ^e ,替换内容为   [^&].就OK了. 2. 文档结尾的参考文献

1 利用endnote下载参考文献 1.1在CNKI中查找文献，在前面打钩，这里显示已经选中两篇文献了。 然后选择导出文献——选择Endnote——导出并保存text文件 打开Endnote——import File，选中txt文件，Endnote Import 导入后我们可以看到 对于中文文献我们只能手动的attach file关联文献。 1.2在Sciencedirect中查找英文文献 同样选中多个文献，然后选择export citation 再点击Export之前，要先打开endnote

如何在latex中以Bibtex文件方式引用参考文献? 以IEEEtran模板为例: 1.制作bibtex参考文献库.方法如下: ①建立myreference.bib文件: ②在Google scholar上找到某一篇文献的bibtex格式,如下图: ③复制该内容到myreference.bib文件中,类似的操作,直至制作好参考文献库. 2.在需要生成参考文献的地方插入“引用样式”和“文件名称”的代码 \bibliographystyle{IEEEtran} \bibliography{myre

BibTeX 是一种用来规范参考文献列表的一种文献管理软件,定义了一种比较通用的管理文献的格式, 用于协调LaTeX的参考文献处理. BibTeX 使用数据库的的方式来管理参考文献. BibTeX 文件的后缀名为 .bib . 先来看一个例子 @article{label1,author = {作者, 多个作者用 and 连接},title = {标题},journal = {期刊名},volume = {卷20},number = {页码},year = {年份},abstract = {摘要

注意:版权所有,转载请注明出处 使用LaTeX写作,很重要的一个部分就是参考文献的制作,LaTeX使用bibtex管理文章的参考文献,bibtex即是一种工具,又是一种格式的代表,它要求使用*.bib格式的文件,你可以把自己用到的参考文献按照特定的格式写到bib文件中,大概写出来样子如下图: 这些文件都是普通的文本文件,可以用手一个一个输入,但是显然有点麻烦的.所以最好还是使用工具,推荐一款免费工具,JabRef,可以满足使用要求. 1.关于多个作者的姓名如何正确分开 一般来说,如果一篇文章有多

当你用LaTeX来写文档,在管理参考文献时,你可能会用到bibtex, 也许你会嫌麻烦,会选择用 \begin{thebibliography}{10} \bibitem xxxx \bibitem xxxx \end{thebibliography} 的方式来处理参考文献,然后\cite{}来引用. 但我要说的是,如果你只是偶尔用下参考文献(一次管理,一次使用),那么就不需要去用bibtex来管理参考文献了,如果经常使用,还是选择用bibtex来管理你的参考文献比较多(一次管理,终身使用) b

1.如何使连续的参考文献能够中间用破折号连起来?比如[6,7,8,9]变成[6-9]? 方法:在文档开始前加上下面的语句命令 \usepackage[numbers,sort&compress]{natbib} 不但可以压缩参考文献标号,还可以进行排序,即无论正文里面的顺序怎样,显示出来都是先后顺序. 在elsevier模板中,natbib包已经默认引用了,无需重新引用,改一下natbib的选项即可,设置方法如下: \biboptions{numbers,sort&compress} 以下

很多国内的期刊杂志都只能使用word模板,导致插入参考文献成了件麻烦事,这时特别怀念Latex的便捷.于是找到一篇介绍word2007里插入参考文献的好方法,就是利用尾注的方法使文章的参考文献标号可以随插入位置变化而自动调整,这使我对word模板稍有安慰. 原文转自: http://blog.sina.com.cn/s/blog_4abcabeb01014pjh.html 非常感谢!O(∩_∩)O 使用尾注: 1．光标移到要插入参考文献的地方,菜单中引用--脚注(大框框)--右下角的箭头--设置

EndNote是一款着名的参考文献管理软件,我们可以通过该软件创建个人参考文献库,此外对公司DCC.法务和专 利部门十分的有用,甚至对我们写SOP 也有些帮忙,并且该软件可以在其中加入文本.图像.表格和方程式及链接等数据.但对于实效使用的新手们来讲刚用时对其操作还有点不知其所然的感觉的.     Endnote X4 在期盼中出世,解决了很多过去强烈要求的功能需求,结合了很多软件中的优势,比如quosa软件的批量导入pdf功能,zotero在浏览器的插件嵌入抓取网页功能,noteexpress的

使用Word中尾注的功能可以很好地解决论文中参考文献的排序问题.方法如下: 1．光标移到要插入参考文献的地方,菜单中“插入”——“引用”——“脚注和尾注”. 2．对话框中选择“尾注”,编号方式选“自动编号”,所在位置选“节的结尾”. 3．如“自动编号”后不是阿拉伯数字,选右下角的“选项”,在编号格式中选中阿拉伯数字. 4．确定后在该处就插入了一个上标“1”,而光标自动跳到文章最后,前面就是一个上标“1”,这就是输入第一个参考文献的地方. 5．将文章最后的上标“1”的格式改成正常(记住是改格式,而