浅谈多重检验校正FDR Posted: 四月 12, 2017  Under: Basic  By Kai  no Comments 例如,在我们对鉴定到的差异蛋白做GO功能注释后,通常会计算一个p值.当某个蛋白的p值小于0.05(5%)时,我们通常认为这个蛋白在两个样本中的表达是有差异的.但是仍旧有5%的概率,这个蛋白并不是差异蛋白.那么我们就错误地否认了原假设(在两个样本中没有差异表达),导致了假阳性的产生(犯错的概率为5%). 如果检验一次,犯错的概率是5%:检测10000次,犯错的次数就

p值还是 FDR ? 差异分析 如何筛选显著性差异基因,p value, FDR 如何选 经常有同学询问如何筛选差异的基因(蛋白).已经计算了表达量和p value值,差异的基因(蛋白)太多了,如何筛选.其中最为关键的是需要对p value进行校正. 基本概念: 零假设:在随机条件下的分布. p值:在零假设下,观测到某一特定实验结果的概率称为p值. 假阳性:得到了阳性结果,但这个阳性结果是假的. 假阴性:得到了阴性结果,但这个阴性结果是假的. 单次检验: 针对单个基因(蛋白),采用统计检验,假设

转自:https://baike.baidu.com/item/FDR/16312044?fr=aladdin  https://blog.csdn.net/taojiea1014/article/details/79681249 http://www.360doc.com/content/18/0914/21/19913717_786724085.shtml   https://www.sohu.com/a/165109778_785442 https://www.jianshu.com/p/

总结起来就三句话: (1)当同一个数据集有n次(n>=2)假设检验时,要做多重假设检验校正 (2)对于Bonferroni校正,是将p-value的cutoff除以n做校正,这样差异基因筛选的p-value cutoff就更小了,从而使得结果更加严谨 (3)FDR校正是对每个p-value做校正,转换为q-value.q=p*n/rank,其中rank是指p-value从小到大排序后的次序. 举一个具体的实例: 我们测量了M个基因在A,B,C,D,E一共5个时间点的表达量,求其中的差异基因,具体

MD5工具类,提供字符串MD5加密(校验).文件MD5值获取(校验)功能 : package com.yzu.utils; import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.IOException; import java.nio.ByteBuffer; import java.nio.channels.FileChannel; import java.security.MessageDigest; impor

连续型变量的推断性分析方法主要有t检验和方差分析两种,这两种方法可以解决一些实际的分析问题,下面我们分别来介绍一下这两种方法 一.t检验(Student's t test) t检验也称student t检验(Student's t test),由Gosset提出,主要用于样本含量较小(例如n<30),总体标准差σ未知的正态分布资料.我们在介绍连续变量分布时讲过t分布,t检验是用t分布理论来推论差异发生的概率,从而比较两个平均数的差异是否显著. 介绍t检验之前,先说一下Z检验,假设我们已知一个样本

当我们对一个较为复杂的模型(例如神经网络)使用梯度下降算法时,可能会存在一些不容易察觉的错误,意味着,虽然代价看上去在不断减小,但最终的结果可能并不是最优解.为了避免这样的问题,我们采取一种叫做梯度的数值检验(Numerical Gradient Checking)方法.这种方法的思想是通过估计梯度值来检验我们计算的导数值是否真的是我们要求的. 对梯度的估计采用的方法是在代价函数上沿着切线的方向选择离两个非常近的点然后计算两个点的平均值用以估计梯度.即对于某个特定的

转自:https://blog.csdn.net/m0_37777649/article/details/74937242 1.什么是T检验? T检验是假设检验的一种,又叫student t检验(Student’s t test),主要用于样本含量较小(例如n<30),总体标准差σ未知的正态分布资料. T检验用于检验两个总体的均值差异是否显著. 2.单总体t检验例子 “超级引擎”工厂是一家专门生产汽车引擎的工厂,根据政府发布的新排放要求,引擎排放平均值应低于20ppm,如何证明生产的引擎是否达标

教你如何破解IC卡的校验值   版权声明:本文为博主原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明. 本文链接:https://blog.csdn.net/weixin_44237551/article/details/98874705 大一的时候,学校的洗澡卡和水卡是IC卡:有一次听室友说有人用白卡洗澡,就抱着试一试的心态买了一个acr-122,然后很轻松的破解了一个室友洗澡卡(当时就他一个买了洗澡卡,包括我在内的其他五个人嫌费用太贵没舍得买),提取了里面的数据

本节内容 1. 函数基本语法及特性 2. 参数与局部变量 3. 返回值 嵌套函数 4.递归 5.匿名函数 6.函数式编程介绍 7.高阶函数 8.内置函数 温故知新 1. 集合 主要作用: 去重 关系测试, 交集＼差集＼并集＼反向(对称)差集 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 >>> a = {1,2,3,4} >>> b ={3,4,5,6} >>> a {1, 2, 3, 4} &g

一,了解一些基础 package com.ohs.demo; /** * * 一.需求是:停止相同的key值,覆盖效果,将重复的value值,叠加起来. * * 二.hash? 什么是hash? * 简单的说说hashmap,我们都知道, * 1.他提供的PUT 方法在,hashmap中 添加新的元素 * 2.GET 方法可以获得 key值 对应的 value 值. * * map 前面 是 hash,那么什么又是hash呢? * 学过数据结构的同学,应该知道,hash是一种数据结构,我们来看一

Z检验 statsmodels.stats.weightstats.ztest() import statsmodels.stats.weightstats as sw 参数详解: x1:待检验数据集: x2:待检验数据集:默认为None,双样本检验时不为None: value:在一个样本中,value是原假设下x1的均值.在两个样本中,value为原假设下x1均值与x2均值之差: alternative:str,默认为'two-sided',双尾检验:右尾检验,'larger';左尾检验,'s

非原创 参考资料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能.参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能.途径或者细胞定位. Pathway Pathway指代谢通路,对差异基因进行pathway分析,可以了解实

持续更新~ 散点图 条形图 文氏图 饼图 盒型图 频率直方图 热图 PCA图 3D图 火山图 分面图 分面制作小多组图 地图 练习数据: year count china Ame jap '12 2.800000 1.500000 4.500000 2.500000 '13 2.941956 1.587559 5.342547 2.814862 '14 3.508838 1.648075 5.429438 2.701108 '15 4.011208 1.533966 5.419301 2.660

点这里进入ABP系列文章总目录 基于DDD的现代ASP.NET开发框架--ABP系列之17.ABP应用层——参数有效性验证 ABP是“ASP.NET Boilerplate Project (ASP.NET样板项目)”的简称. ABP的官方网站:http://www.aspnetboilerplate.com ABP在Github上的开源项目:https://github.com/aspnetboilerplate 应用程序的输入数据首先应该被检验是否有效.输入的数据能被用户或其他应用程序提交.

有很多小伙伴不知道eclipse在哪里下载以及怎么安装的,那我来给大家做个演示吧. 学习java比较常用的软件就是eclipse,而eclipse安装后并不能马上使用,还需要安装jdk并搭建环境.下面就来完整的介绍下eclipse从安装到使用的整个过程. eclipse安装   1 下载eclipse,建议官网下载(完全免费),进入官网选择"Eclipse IDE for Java EE Developers",根据自己电脑情况选择32位或者64位 2 点击"download

1.元祖允许重复数据.只读元组,列表,元祖没有增删改查,比如身份证列表,不允许修改,就存成 元祖. 2. 字典 key-value对 特性: 无顺序 去重 查询速度快,比列表快多了 比list占用内存多 为什么会查询速度会快呢?因为他是hash类型的,那什么是hash呢? 哈希算法将任意长度的二进制值映射为较短的固定长度的二进制值,这个小的二进制值称为哈希值.哈希值是一段数据唯一且极其紧凑的数值表示形式.如果散列一段明文而且哪怕只更改该段落的一个字母,随后的哈希都将产生不同的值.要找到散列为同一

目录 环境准备 创建hadoop用户 更新apt 配置SSH免密登陆 安装配置Java环境 安装Hadoop Hadoop单机/伪分布配置 单机Hadoop 伪分布Hadoop 启动Hadoop 停止Hadoop 作者: vincent_zh时间:2016-10-16 出处:http://www.cnblogs.com/vincentzh/p/5967274.html 声明:本文以学习.研究和分享为主,如需转载,标明作者和出处,非商业用途! 环境准备 此处准备的环境是Virtual Box虚拟机

本次学习内容: 字典查询快的原因 字符编码 函数定义 局部变量.全局变量 返回值 嵌套函数 递归(二分查找) 三元运算 map lamba 函数式编程 高阶函数 内置函数 字典查询快的原因: 字典占用内存比列表多,但是查询速度比列表快的多 为什么会查询速度会快呢?因为他是hash类型的,那什么是hash呢? 哈希算法将任意长度的二进制值映射为较短的固定长度的二进制值,这个小的二进制值称为哈希值.哈希值是一段数据唯一且极其紧凑的数值表示形式.如果散列一段明文而且哪怕只更改该段落的一个字母,随后的哈

1. 集合 主要作用: 去重 关系测试, 交集＼差集＼并集＼反向(对称)差集   2. 元组 只读列表,只有count, index 2 个方法 作用:如果一些数据不想被人修改, 可以存成元组,比如身份证列表 3. 字典 key-value对 特性: 无顺序 去重 查询速度快,比列表快多了 比list占用内存多   为什么会查询速度会快呢?因为他是hash类型的,那什么是hash呢? 哈希算法将任意长度的二进制值映射为较短的固定长度的二进制值,这个小的二进制值称为哈希值.哈希值是一段数据唯一且极