featureCounts真的很厉害. 常见的参数(没什么好说的,毕竟是固定的): -a -o input_file1 -F -t -g -Q -T 关键是以下几个参数怎么设置: -f # Perform read counting at feature level -O # Assign reads to all their overlapping meta-features -M # Multi-mapping reads will also be counted. --primary #

ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | grep gene_biotype | sed -e 's/\"//g' | sed -e 's/\;//g' | cut -f2,6,8 -d" " | sort | uniq > GRCh38.feature.info ENSG00000000003 TS

关于如何在eclipse.myeclipse导入本地注释文件 [xxx.xml]   请看操作方式 下面是code templates文件的内容 注意  把文件中的 @@@@@@@@@@@@@@@  替换为  作者名称即可   各注释详细可在eclipse工具中修改 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?><templates><template a

后记: cufflinks安装: 下载安装包, 不要下载source code ,直接下载binary.    Source code    Linux x86_64 binary http://cufflinks.cbcb.umd.edu/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz 下载好后解压,解压后将cuff* 复制到/usr/local/bin中即可. 步骤: 第一步: 产生各自的gtf文件 cufflinks -p 30 -o ROOT

GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注.怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列).而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置(coordinate),并且还标注了这一段区间的其他信息. GTF文件我一般喜欢去ensembl下载,gencode也可以. 这里给出链接: ftp://ftp.ensembl.org/pub/r

类注释: 如下图所示

CONTENTS *_annoTable.txt (ANNOVAR) *_annoTable.txt (SnpEff) *_genelist.txt (ANNOVAR & SnpEff) dbNSFP Information We provide here detailed Description about the files outputted from the somatic mutation annotators via ANNOVAR and SnpEff. *_annoTable.t

hg19有哪些染色体? chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chrX chrY chrM 其实还有其他“染色体”,只是我们的研究一般用不到,所以就没有合并进来.比如做同源分析,找变异什么的,还是要选好基因组. gene_type有哪些? cat gencode.v27.annotation

原创文章,欢迎转载.转载请注明:关东升的博客 前面说到Swift注释的语法有两种:单行注释(//)和多行注释(/*...*/).这里来介绍一下他们的使用规范. 1.文件注释 文件注释就在每一个文件开头添加注释,文件注释通常包括如下信息:版权信息.文件名.所在模块.作者信息.历史版本信息.文件内容和作用等. 下面看一个文件注释的示例: /* Copyright (C) 2015 Eorient Inc. All Rights Reserved. See LICENSE.txt for this s

featuresCounts 软件用于定量,不仅可以支持gene的定量,也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量: 官网 : http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/ 只需要输入reads的比对情况,就是BAM 文件,再输入一个你感兴趣的区间的注释(通常是基因或者转录本的注释gtf 文件,就可以了),所以不论是DNA seq 还是RNA seq, 这个软件都是可以定量的. fea

Tika常见格式文件抽取内容并做预处理 作者 白宁超 2016年3月30日18:57:08 摘要:本文主要针对自然语言处理(NLP)过程中,重要基础部分抽取文本内容的预处理.首先我们要意识到预处理的重要性.在大数据的背景下,越来越多的非结构化半结构化文本.如何从海量文本中抽取我们需要的有价值的知识显得尤为重要.另外文本格式常常不一,诸如:pdf,word,excl,xml,ppt,txt等常见文件类型你或许经过一番周折还是有办法处理的.倘若遇到database,html,邮件,RTF,图像,语音

当开发者使用 CodeFirst 开发模式,编写了大量的实体类,在代码中编写了完整的类型注释和属性注释,并自动生成数据库后,往往需要把实体类型和实体属性上的注释同时生成到对应的数据库表及字段上.这样,即方便在查看数据库时能清晰地看到每一个表及字段的含义,也方便使用一些第三方的工具(如 PowerDesigner 等)为数据库生成较为全面的文档. 使用方法 在为数据库生成注释之前,需要保证数据库已经全部生成成功(即和实体保持一致).否则更新字段的注释时,可能因为字段不存在而导致执行失败. 需要在编

一.修改进入路径: Window->Preference->Java->Code Style->Code Template->Comments 二:编辑自定义注释 文件 (Files) 注释标签: /**    * @工程名 : ${project_name}   * @文件名 : ${file_name}   * @工具包名:${package_name}   * @功能描述: ${todo}   * @创建人 :陈泽俊   * @创建时间:${date} ${time} 

GFF3是GFF注释文件的新标准.文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开. 依次是: 1. reference sequence:参照序列 指出注释的对象.如一个染色体,克隆或片段.可以有多个参照序列. 该id的取名不能以’>’开头,不能包含空格. 2. source :来源 注释的来源.如果未知,则用点(.)代替. 3. type      :类型 属性的类型.建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology,参看[[Sequence Ontology Proje

由于最近需要把以前的一个项目写一个文档,但一时又不知道写成怎样的,又恰好发现了可以生成chm的工具,于是乎我就研究了下,感觉还不错,所以也给大家分享下.好了,不多废话,下面就来实现一下吧. 生成前的准备 在开始做之前,还是要补充说明一点:我们是通过C#文档注释生成的XML文件来生成帮助文档的.因此,第一步就是生成XML文档: 具体步骤:打开VS->随意创建一个项目(这里我用的是控制台项目),然后添加如下内容: /// <summary> /// 人类 /// </summary&g

文件注释 文件注释位于文件的最前面,应包括文件的以下信息:概要说明及版本(必须)项目地址(开源组件必须)版权声明(必须)开源协议(开源组件必须)版本号(必须)修改时间(必须),以ISO格式表示(可使用Sublime Text的InsertDate插件插入)文件注释必须全部以英文字符表示,并存在于文件的开发版本与生产版本中.例如: /*!  * jRaiser 2 Javascript Library  * waterfall - v1.0.0 (2013-03-15T14:55:51+0800)

由于最近需要把以前的一个项目写一个文档,但一时又不知道写成怎样的,又恰好发现了可以生成chm的工具,于是乎我就研究了下,感觉还不错,所以也给大家分享下.好了,不多废话,下面就来实现一下吧. 生成前的准备 在开始做之前,还是要补充说明一点:我们是通过C#文档注释生成的XML文件来生成帮助文档的.因此,第一步就是生成XML文档: 具体步骤:打开VS->随意创建一个项目(这里我用的是控制台项目),然后添加如下内容: /// <summary> /// 人类 /// </summary&g

对于ecshop新手来说,这篇总结值得关注. 对于没有web编程基础的同学来说,ecshop模板里面有两个文件特别重要, 但是这两个文件同时也很不好理解,分别是index.dwt和style.css. 而且网络上很难找到这两个文件的详细说明,经过好多天摸索,把我的经验和认识记录下来, 不一定完全正确,希望更有经验的同学能出来指导. <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http:/

一.自动生成注释代码        添加一个快捷键,生成 注释代码        ThisService 下载连接:http://wafflesoftware.net/thisservice/          Doxygen.rb 下载连接:http://www.brokenrul.es/blog/wp-content/uploads/2011/03/Doxygen.rb_.zip   1.打开ThisService,进行以下配置 Name:右键菜单中的名字 Script:将Doxygen.r

apache目录下bin,conf,htdocs,logs,modules讲解    bin:        ab  压力测试工具        apachectl  启动命令        apxs  安装扩展模块的工具        htcapacheclean  清理磁盘缓冲区命令        htpasswd  建立和更新基本认证文件        httpd  控制命令程序,apachectl执行时会调用        rotatelogs  日志轮询工具,会用cronolog替代