来源: http://blog.sciencenet.cn/blog-479412-434990.html   在处理fMRI数据时,使用空间ICA的方法.将一个四维的fMRI数据分解为空间pattern与时间序列的乘积. 其中每一pattern的时间序列是该pattern中强度(z-score值)最大的voxel的时间序列.该pattern中剩余voxel的时间序列与最大voxel的时间序列的相关性逐渐降低.对应在pattern中就是剩余voxel的z-score值降低. 因此pattern其

原文地址:http://www.cnblogs.com/minks/p/4889497.html 近年来,血氧水平依赖性磁共振脑功能成像(Blood oxygenation level-dependent functional magnetic resonance imaging, BOLD-fMRI)技术得到极快的发展,除了与扫描硬件.扫描技术的进步有关外,更得力于以图形图像等计算机科学为核心的相关学科的支持:图像数据的后处理技术成为fMRI中的关键环节 一.功能图像数据的性质 功能磁共振数据

来源: 整理文件的时候翻到的,来源已经找不到了囧感觉写得还是不错,贴在这里保存. 近年来,血氧水平依赖性磁共振脑功能成像(Blood oxygenation level-dependent functional magnetic resonance imaging, BOLD-fMRI)技术得到极快的发展,除了与扫描硬件.扫描技术的进步有关外,更得力于以图形图像等计算机科学为核心的相关学科的支持:图像数据的后处理技术成为fMRI中的关键环节 一.功能图像数据的性质 功能磁共振数据包括解剖(结构)

fMRI数据分析处理原理及方法 来源: 整理文件的时候翻到的,来源已经找不到了囧感觉写得还是不错,贴在这里保存. 近年来,血氧水平依赖性磁共振脑功能成像(Blood oxygenation level-dependent functional magnetic resonance imaging, BOLD-fMRI)技术得到极快的发展,除了与扫描硬件.扫描技术的进步有关外,更得力于以图形图像等计算机科学为核心的相关学科的支持:图像数据的后处理技术成为fMRI中的关键环节 一.功能图像数据的性质

一.利用ica进行fmri数据分解时,在得到相互独立的成分后,这些成分的后续处理,其实是有很多文章可以做的.比如,对这些成分进行排序和选择.如果能够提出某种方法,能够自动地制造特征,并将这些特征与分解后的独立成分的特征进行比对,确定相应的结果.比如,激活与否.这也可以算做是fmri信号的盲分离算法. 二.tca分析,就是进行成分的特征提取与判别的. 这种方法的假设是:一个被试在一次run中,大概会得到150多个timepoint的数据.将大脑在这150多个时间点的峰值信号值提取出来,然后得到一个

A kernel machine-based fMRI physiological noise removal method 关于,fmri研究中,生理噪声去除的价值:一.现在随着技术的提升,高场fmri越来越得到应用.高场能够提高图像的信噪比,但是生理噪声却也会提升.所以在高场成像分析中,生理噪声的去除会成为一个不可忽略的因素.二.在静息态fmri中,功能网络的检测依赖于低频的大脑自发信号.这些信号和生理噪声,在频率上,是有着类似的特征.为了提高静息态分析的准确性,去除生理噪声,是必须的操作.

 引言 Introduction 需要特别说明,spm是每一个体素为单位,计算统计量,进行t检验. 1.分别在每个体素上做方差分析; 2.对每个体素的方差分析结果,计算t检验统计量; 3.计算等同于t检验统计量的z值; 4.绘制一副t检验统计量map,或者z值map; 5.利用随机场理论,纠正统计检验结果的显著性水平. 命名说明 Naming of parts observation = a voxel value, in the voxel we are analysing, for one

首先,ica是一种探索性的方法,属于数据驱动的范畴. ica计算量很大,一般都是离线式计算. ica基于的猜想是,世界是加性的.在我们所研究的脑科学中,所采集到的BOLD信号,是由一些源信号所构成,更准确地说,是由这些源信号叠加而成的.也就是说,假设我们以每个体素为研究对象,那么每个体素的BOLD信号在每个时间点的数值,都是由很多个独立的源信号所组成.注意,在这里,我们对于ica的要求就是分离出的源信号是独立的. 那么,源信号来自于哪里呢? 来自于某个体素,来自于某个脑区,来自于分散在大脑皮层各

本文简单整理了以下内容: (一)维数灾难 (二)特征提取--线性方法 1. 主成分分析PCA 2. 独立成分分析ICA 3. 线性判别分析LDA (一)维数灾难(Curse of dimensionality) 维数灾难就是说当样本的维数增加时,若要保持与低维情形下相同的样本密度,所需要的样本数指数型增长.从下面的图可以直观体会一下.当维度很大样本数量少时,无法通过它们学习到有价值的知识:所以需要降维,一方面在损失的信息量可以接受的情况下获得数据的低维表示,增加样本的密度:另一方面也可以达到去噪

其实topographic independent component analysis 早在1999年由ICA的发明人等人就提出了,所以不算是个新技术,ICA是在1982年首先在一个神经生理学的背景下提出的,而且在1980年前后大家都在忙着研究BP,所以对ICA研究的人都不多,在1990年前后才大量的爆发关于ICA的研究,现在ICA已经较为成熟和完善了.ICA的开始是假设成分间互相独立,但是却有些的确不独立,所以还是需要对这些成分进行分析,现在发现这个是因为在eccv 12年中看到有人用这个,

机器学习(8) -- 降维 核心思想:将数据沿方差最大方向投影,数据更易于区分 简而言之:PCA算法其表现形式是降维,同时也是一种特征融合算法. 对于正交属性空间(对2维空间即为直角坐标系)中的样本点,如何用一个超平面(直线/平面的高维推广)对所有样本进行恰当的表达? 事实上,若存在这样的超平面,那么它大概应具有这样的性质: 最近重构性 : 样本点到这个超平面的距离都足够近: 最大可分性:样本点在这个超平面上的投影能尽可能分开. 一般的,将特征量从n维降到k维: 以最近重构性为目标,PCA的目标

介绍 独立成分分析(ICA,Independent Component Correlation Algorithm)简介 X=AS X为n维观测信号矢量,S为独立的m(m<=n)维未知源信号矢量,矩阵A被称为混合矩阵. ICA的目的就是寻找解混矩阵W(A的逆矩阵),然后对X进行线性变换,得到输出向量U. U=WX=WAS 过程 编辑 (1)对输入数据进行中心化和白化预处理 X*=X-u 经过白化变换后的样本数据为 Z=Wz X* (2)从白化样本中求解出解混矩阵W 通过优化目标函数的方法得到W

ICA又称盲源分离(Blind source separation, BSS) 它假设观察到的随机信号x服从模型,其中s为未知源信号,其分量相互独立,A为一未知混合矩阵. ICA的目的是通过且仅通过观察x来估计混合矩阵A以及源信号s. 大多数ICA的算法需要进行“数据预处理”(data preprocessing):先用PCA得到y,再把y的各个分量标准化(即让各分量除以自身的标准差)得到z.预处理后得到的z满足下面性质: z的各个分量不相关: z的各个分量的方差都为1. “ICA基本定理”:

独立成分分析(Independent component analysis) 前言 独立成分分析ICA是一个在多领域被应用的基础算法.ICA是一个不定问题,没有确定解,所以存在各种不同先验假定下的求解算法.相比其他技术,ICA的开源代码不是很多,且存在黑魔法–有些步骤并没有在论文里提到,但没有这些步骤是无法得到正确结果的. 本文给出一个ICA最大似然解法的推导,以及FastICA的python实现,限于时间和实际需求,没有对黑魔法部分完全解读,只保证FastICA实现能得到正确结果. 有兴趣的童

本笔记是ESL14.7节图14.42的模拟过程.第一部分将以ProDenICA法为例试图介绍ICA的整个计算过程:第二部分将比较ProDenICA.FastICA以及KernelICA这种方法,试图重现图14.42. ICA的模拟过程 生成数据 首先我们得有一组独立(ICA的前提条件)分布的数据\(S\)(未知),然后经过矩阵\(A_0\)混合之后得到实际的观测值\(X\),即 \[ X= SA_0 \] 也可以写成 \[ S=XA_0^{-1} \] 用鸡尾酒酒会的例子来说就是,来自不同个体的

作者:桂. 时间:2017-05-22 12:12:43 链接:http://www.cnblogs.com/xingshansi/p/6884273.html 前言 今天群里冒出这样一个问题:群里谁有INFORMAX语音分离源程序?看到要程序的就头大,这是一个盲源分离问题,之前没有推导过,借此过一遍思路. 一.问题描述 经典的鸡尾酒宴会问题(cocktail party problem).假设在party中有n个人,他们可以同时说话,我们也在房间中一些角落里共放置了n个声音接收器(Microp

基于下面这份ppt:Comparing SPM and FSL, by lChris Rorden fsl & spm都是免费的,都很受欢迎.spm更受欢迎. 两者的区别在于何时利用normalise 归一化操作. 二者的头动矫正算法是不同的: spm是基于variance指标,fsl是基于normalised correlation 指标.spm的头动,包含非刚体变换unwarp操作.fsl的会将头动参数传递给feat的统计模型中.spm的头动矫正,sophisticated(好,但是复杂),

在肖柯的硕士毕业论文中<基于CCA的fMRI时空模型数据处理方法的研究>,他的总体思路是利用cca提取出fmri图像在时间和空间上两个相关系数,也就是两个特征,然后利用pca,对这两个特征进行融合,得的一个综合的相关系数,然后利用这个综合的相关系数进行选取阈值,然后判别激活与否. 首先,他没有降噪. 其次,他有一个假设,就是信号发生体素具有空间局部性和时间局部性.所以,我们才有这样的假设,就是如果一个体素的时间cca系数较高,或者空间cca系数较高,那么,再或者空间-时间两者系数都较高,那么我

1.pca 抛开fmri研究这个范畴,我们有一个超长向量,这个超长向量在fmri研究中,就是体素数据.向量中的每个数值,都代表在相应坐标轴下的坐标值.这些坐标轴所组成的坐标系,其实是标准单位坐标系.向量如果乘以另外一个转换矩阵,我们可以得到这个向量在新坐标系下的坐标值.变换之后,新的向量维数就变了,一般是降低了,如果我们是以降维为考虑目标.如果把向量进行推广,成为矩阵,那么这个矩阵的每一列都代表一个向量,在具体的研究中,也就是一次采样数据.矩阵有多少列,就代表有多少次采样.在fmri研究中,如果

关于fmri数据分析的两大类,四种方法: 数据驱动: tca:其实这种方法,主要是提取时间维的特征.如果用它来进行数据的分析,则必须要利用其他的数据方法,比如结合ICA. ica:作为pca的一般化实现.是一种结构化的方法,就像和小波.傅立叶类似.只不过,比他们要更一般化.小波和傅立叶主要是在频率域做分析,而ica提取出的成分是统计独立的.这些成分,可以理解为本质上有是独立的成分.这就已经超越了频域相同的范畴,更加一般化了. 聚类:什么意思呢.先找指标,特征.然后,剩余的方法,就完全和老冯的属性