GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化. 软件安装 1 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.5.0/gatk-4.1.5.0.zip 2 unzip gatk-4.1.5.0.zip GATK 简单说明 1 ## 帮助信息 2 gat --help 3 4 ## 列出所有的工具 5 gatk --list 6 7 ## 工具的说明,比如以VariantAnnotator 为例

linux安装svn其实很容易,个人觉得难就难在配置上,反复配置,琢磨,查找相关资料,总算是成功了.. 安装: 安装svn,一般情况下,选择yum方式安装还是比较简单的. ? 1 2 [root@moshi ~]# yum -y install mod_dav_svn #会自动安装mod_dav_svn及其依赖包:mod_dav_svn-1.6.11-9,neon-0.29.3-2,pakchois-0.4-3.2,subversion-1.6.11-9 直接安装这个就能把svn服务器直接KO了

第一步,更新源,并通过yum下载安装svn [root@virde ~]# yum update [root@virde ~]# yum -y install subversion 安装过程中,全部选择同意(y)即可. 安装完成会提示complete! 安装httpd [root@virde ~]# yum -y install httpd 创建SVN仓库 # 可以任意指定你喜欢的目录 [root@virde ~]# mkdir -p /home/svn/repos1 #仓库1 [root@vi

转载:http://www.cnblogs.com/kaituorensheng/archive/2012/08/20/2648209.html 先看代码instance: >>> a="123abc456" >>> import re >>> print(re.search("([0-9]*)([a-z]*)([0-9]*)", a).group(0)) 123abc456 >>> print

排查AG配置 本文主要用来帮助排查在AG配置时出现的问题,包括,AG功能被禁用,账号配置不正确,数据库镜像endpoint不存在,endpoint不能访问. Section Description AlwaysOn Availability Groups Is Not Enabled 如果实例没有启动AG特性,实例就不支持任何AG相关的功能 Accounts 在SQL Server在运行的情况下,正确的账号配置 Endpoints 诊断关于实例的镜像endpoint问题. System name

以nginx 为例1.toptop -b -n 1 |grep nginx|awk '{print "VIRT:"$5,"RES:"$6,"cpu:"$9"%","mem:"$10"%"}' 或者简单的top -p 进程id. 2. ps aux | grep nginxVSZ -- 虚拟地址空间大小  --> 与top 的 VIRT 对应RSS -- 实际物理内存大小  --&g

与用户相关的系统配置文件主要有/etc/passwd 和/etc/shadow,其中/etc/shadow是用户资讯的加密文件,比如用户的密码口令的加密保存等: /etc/passwd 和/etc/shadow 文件是互补的: /etc/passwd 是系统识别用户的一个文件,系统所有的用户都在这里有登录记载:当我们以beinan 这个账号登录时,系统首先会查阅 /etc/passwd文件,看是否有beinan 这个账号,然后确定beinan的UID,通过UID 来确认用户和身份,如果存在则读取

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

一．       什么是freelists 本文在于探讨Freelists和Freelist Groups的作用,存取机制,争用诊断和优化方法,同时通过理论和测试来推翻一些存在了很久的错误观点.本文的读者应该具有较深入的Oracle知识,对于一般的开发人员这篇文章可能并没有太多的帮助. 我们知道Oracle数据库的读取单位是数据块(Block),而一个Block是否允许被写入数据是基于一定的空闲度,这就是大家知道的pctfree和pctused存储参数设置. 假设pctfree=10, pctu

•/etc/passwd文件用于存放用户账户信息,每行代表一个账户,每个账户的各项信息用冒号分割,例如: root:x:::root:/root:/bin/bash username:password:uid:gid:allname:homedir:shell .用户名. .密码,“x”代表密码存储在/etc/shadow中:当该值为其他任意非“x”值时,可以通过root用户切换(不需要密码),但是都无法通过非root用户切换到相应用户,因为无法获得起密码了. .uid,用户id,-499保留给

oracle中imp命令具体解释 Oracle的导入有用程序(Import utility)同意从数据库提取数据,而且将数据写入操作系统文件.imp使用的基本格式:imp[username[/password[@service]]],下面例举imp经常使用用法. 1. 获取帮助 imp help=y 2. 导入一个完整数据库 imp system/manager file=bible_db log=dible_db full=y ignore=y 3. 导入一个或一组指定用户所属的所有表.索引和

以前看的国外的一篇文章,用代码解释word2vec训练过程,觉得写的不错,转过来了 原文链接 http://nbviewer.jupyter.org/github/dolaameng/tutorials/blob/master/word2vec-abc/poc/pyword2vec_anatomy.ipynb Hashed Vocabulary In the C implementation, the vocab is a combination of hashed vocabulary and

oracle在imp订单具体解释 Oracle导入实用程序(Import utility)同意从数据库中提取数据,和写入数据到一个操作系统文件项目.imp所用的基本格式:imp[username[/password[@service]]],下面的例子imp经常使用法. 1. 获取帮助 imp help=y 2. 导入一个完整数据库 imp system/manager file=bible_db log=dible_db full=y ignore=y 3. 导入一个或一组指定用户所属的所有表.

schema教程 XML Schema是以XML语言为基础的,它用于可替代DTD.一份XML schema文件描写叙述了XML文档的结构XML Schema语言也被称为XML Schema Definition (XSD)(XML Schema定义).在本章教程你将学习怎样读取和建立XML Schemas,以及为什么XML Schemas比DTDs的功能更为强大,还有怎样在你的程序中使用XML Schema语言XML Schema 參考资料 你能够找到完整的有效的XML Schema元素 XML

spec文件是整个RPM包建立过程的中心,它的作用就如同编译程序时的Makefile文件. 1.Spec文件參数 spec文件包括建立一个RPM包必需的信息,包括哪些文件是包的一部分以及它们安装在哪个文件夹下.这个文件一般分为例如以下的几节: (1) Preamle(序言) 序言包括用户请求包的信息时所显示的内容.它能够包括包的功能描写叙述.包的软件版本号.版权信息和所属的包组等.Summary 是一行关于该软件包的描写叙述,Name 是该软件包的基名,Version 是该软件的版本号号,Rel

http://support.smartbear.com/viewarticle/55773/ 这个Article中介绍了一个新工具,TestComplete,把其中涉及到性能计数器的部分摘抄出来了.分三部分 1, Windows Performance Counters Describes counters that the test engine retrieves from applications and computers running under a Windows operati

In a string S of lowercase letters, these letters form consecutive groups of the same character. For example, a string like S = "abbxxxxzyy"has the groups "a", "bb", "xxxx", "z"and "yy". Call a g

You are given an array A of strings. Two strings S and T are special-equivalent if after any number of moves, S == T. A move consists of choosing two indices i and j with i % 2 == j % 2, and swapping S[i] with S[j]. Now, a group of special-equivalent

在CAP理论中, 对partition tolerance分区容错性的解释一般指的是分布式网络中部分网络不可用时, 系统依然正常对外提供服务, 而传统的系统设计中往往将这个放在最后一位. 这篇文章对这个此进行了分析和重新定义, 并说明了在不同规模分布式系统中的重要性. The ‘CAP’ theorem is a hot topic in the design of distributed data storage systems. However, it’s often widely misu

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018fyw.html GATK (全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件,里面包含了很多有用的工具. 网址:http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Home_Page 前段时间刚发布了2.x版本的,最近几天都在不断更新,网址也搬迁到 http://www.br

引言 本文档參考最新(截止2014年7月16日)的官方Ref Guide.Developer API编写. 全部代码均基于"hbase 0.96.2-hadoop2"版本号编写.均实測通过. 概述 对于建表,和RDBMS类似,HBase也有namespace的概念,能够指定表空间创建表,也能够直接创建表.进入default表空间. 对于数据操作.HBase支持四类基本的数据操作.各自是: Put:添加一行,改动一行: Delete:删除一行.删除指定列族.删除指定column的多个版本