在二代测序仪上测出的数据,通常都会表现出测序深度与GC 含量的相关性,称为GC bias. GC bias校正 为了后续生物信息分析更加准确,通常需要做GC bias的校正. 2010 年 steven Quake 在Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by shotgun sequencing DNA from maternal blood提出将GC content画出bin,并算出每个GC bin里的tags number的平均值, 然后将同一

GC偏好 测序中的GC偏好指的是基因组上GC含量在50%左右的区域更容易被测到,产生的reads更多,这些区域的覆盖度更高, 在高GC或者低GC区域,不容易被测到,产生较少的reads,这些区域的覆盖度更少. 用基因组单位长度的bin中的GC含量作为横坐标,覆盖度作为纵坐标作图,可以明显的看到该趋势.这种趋势在100kb为单位的bin中依然存在.如图A中可以看出随着GC含量的增加,counts是先增加后减少,bin的大小为10kb.图C可以看出大部分片断的GC含量0.4到0.6之间. GC偏好也

10X Genomics已经广泛应用于单细胞测序.组装领域,现在也是火的不行. 10X Genomics原理 通过将来自相同DNA片段(10-100kb)的reads加上相同的barcode,然后在illumina平台上进行测序,从而实现长片段的测序.其基本原理是同一长片段的reads会具有同样的标签,称为linked-reads,利用这些barcode的信息,可将短reads拼接为长reads.这样的linked-reads可进行结构变异检测及单倍型定相的分析. 总结:10X Genomics

对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域,还是会有很多的区域覆盖不到,而这些区域正是发挥调控功能的非编码基因区域,近年来,非编码功能的研究越来越多,如果拼接出来的基因组上缺少这部分序列,无法进行后续的研究: 而且由于测序读长的限制和拼接算法的原因,对于重复序列,GC异常区域,会存在组装错误,甚至组装不出来: 三代测序,其长读长和无GC偏好性

第七章 并发gc Java 8提供两种并发gc,CMS和G1 Concurrent Mark Sweep (CMS) Collector This collector is for applications that prefer shorter garbage collection pauses and can afford to share processor resources with the garbage collection. CMS GC适用于偏好尽可能短的gc时间(因为gc会造

运用jvm自带的命令可以方便的在生产监控和打印堆栈的日志信息帮忙我们来定位问题!虽然jvm调优成熟的工具已经有很多:jconsole.大名鼎鼎的VisualVM,IBM的Memory Analyzer等等,但是在生产环境出现问题的时候,一方面工具的使用会有所限制,另一方面喜欢装X的我们,总喜欢在出现问题的时候在终端输入一些命令来解决.所有的工具几乎都是依赖于jdk的接口和底层的这些命令,研究这些命令的使用也让我们更能了解jvm构成和特性. Sun JDK监控和故障处理命令有jps jstat j

本PPT从JVM体系结构概述.GC算法.Hotspot内存管理.Hotspot垃圾回收器.调优和监控工具六大方面进行讲述.(内嵌iframe,建议使用电脑浏览) 好东西当然要分享,PPT已上传可供下载(点此下载),另外良心推荐阅读<深入理解Java虚拟机JVM高级特性与最佳实践.pdf>(点此下载).

今天继续来 带大家讲解CoreCLR之GC,首先我们继续看这个GCSample,这篇文章是上一篇文章的继续,如果有不清楚的,还请翻到我写的上一篇随笔.下面我们继续: // Initialize free object methodtable. The GC uses a special array-like methodtable as placeholder // for collected free space. // //初始化释放器(对象方法表),<-不知道翻译得对不对. //GC使用一

有几天没写GC相关的文章了哈,今天我讲GC的方式是通过一个小的Sample来讲解,这个小的示例代码只有全部Build成功了才会有.地址为D:\coreclr2\coreclr\bin\obj\Windows_NT.x64.Debug\src\gc\sample,前缀路径大家替换成自己的路径就OK了. 首先我们还是从main函数来入手吧.首先是初始化GC. int __cdecl main(int argc, char* argv[]) { // // Initialize system info

首先谢谢 @dudu 和 @张善友 这2位大神能订阅我,本来在写这个系列以前,我一直对写一些核心而且底层的知识持怀疑态度,我为什么持怀疑态度呢?因为一般写高层语言的人99%都不会碰底层,其实说句实话,我以前也不看这些东西,只是因为自己觉得对C++感兴趣,索性乱写点东西,如果有写得不好的地方,还请上面2位大神指出. 其实我现在虽然写的是C++,但是我打算在后面把C++和.NET的一些基础类库融合起来,我发现写CLR的文章特别少,不知道什么原因.反正,废话不多,开始今天的写作吧,今天依然是把重点集中

一直是.NET程序员,但是.NET的核心其实还是C++,所以我准备花 一点时间来研究CoreCLR和CoreFX.希望这个系列的文章能给大家带来 帮助. GC的代码有很多很多,而且结构层次对于一个初学者来说,很难很快或者很慢掌握,所以我的建议是,抓住一段功能,到实际当中去看.本来想从开头 跟大家讲的,但是看 开头也是乱的,反正也没有多少经验,索性随便讲. //返回第二个参数seg的直接前驱节点 heap_segment* heap_segment_prev (heap_segment* begi

从诞生至今,20多年过去,Java至今仍是使用最为广泛的语言.这仰赖于Java提供的各种技术和特性,让开发人员能优雅的编写高效的程序.今天我们就来说说Java的一项基本但非常重要的技术内存管理 了解C语言的同学都知道,在C语言中内存的开辟和释放都是由我们自己来管理的,每一个new操作都要对于一个delete操作,否则就会参数内存泄漏和溢出的问题,导致非常槽糕的后果.但在Java开发过程中,则完全不需要担心这个问题.因为jvm提供了自动内存管理的机制.内存管理的工作由jvm帮我们完成.这样我们就不

Mono 3.2.7已经发布,带来了很多新特性,如改进的JIT.新的面向LINQ的解释器以及使用了64位原生指令等等. 这是一次主要特性发布,累积了大约5个月的开发工作.看上去大部分改进都是底层的性能改进.优化以及更好的兼容性.以下是一些值得重点强调的特性: 对ARM上的HardFP ABI(Application Binary Interface,应用程序二进制接口)提供了初步支持.这就使得Mono可以应用于更新的Linux版本上,同时可以针对这些目标平台生成更好的代码.要进一步了解,可以阅读

前言: 刚开始写这篇文章的时候选了一个很土的题目...<Unity3D优化全解析>.因为这是一篇临时起意才写的文章,而且陈述的都是既有的事实,因而给自己“文(dou)学(bi)”加工留下的余地就少了很多.但又觉得这块是不得不提的一个地方,平时见到很多人对此处也给予了忽略了事,需要时才去网上扒一些只言片语的资料.也恰逢年前,寻思着周末认真写点东西遇到节假日没准也没什么人读,所以索性就写了这篇临时的文章.题目很土,因为用了指向性很明确的“Unity3D”,让人少了遐(瞎)想的空间,同时用了“高大全

引言 GC 作为CLR的垃圾回收器,让程序员可以把更多的关注度放在业务上而不是垃圾回收(内存回收)上.其实很多语言也有类似的东东, 如Java也有JIT 等等 GC基本概念 垃圾回收机制的算法有好多种,GC为Mark-Sweep算法. GC中分为三代,来优化管理不同生命周期的对象. 大部分的对象在Gen0就死掉了. Gen0 和Gen 1 又叫作ephemeral generations (短命代,个人翻译意见 ) 大于85,000bytes的对象会被直接分配到Large object heap

GC.Collect() GC.WaitForPendingFinallizers() GC.KeepAlive 尽量不要new很大的Object 不要频繁的new生命周期很短的Object,这样会导致很多内存碎片引起频繁的压缩

俗话说,自己写的代码,6个月后也是别人的代码……复习!复习!复习!涉及到的知识点总结如下: 一些JVM的跟踪参数的设置 Java堆的分配参数 -Xmx 和 –Xms 应该保持一个什么关系,可以让系统的性能尽可能的好呢?是不是虚拟机内存越大越好? Java 7之前和Java 8的堆内存结构 Java栈的分配参数 GC算法思想介绍 –GC ROOT可达性算法 –标记清除 –标记压缩 –复制算法 可触及性含义和在Java中的体现 finalize方法理解 Java的强引用,软引用,弱引用,虚引用 GC

GC算法 垃圾收集器 概述 垃圾收集 Garbage Collection 通常被称为“GC”,它诞生于1960年 MIT 的 Lisp 语言,经过半个多世纪,目前已经十分成熟了. jvm 中,程序计数器.虚拟机栈.本地方法栈都是随线程而生随线程而灭,栈帧随着方法的进入和退出做入栈和出栈操作,实现了自动的内存清理,因此,我们的内存垃圾回收主要集中于 java 堆和方法区中,在程序运行期间,这部分内存的分配和使用都是动态的. 对象存活判断 判断对象是否存活一般有两种方式: 引用计数:每个对象有一个

性能测试排查定位问题,分析调优过程中,会遇到要分析gc日志,人肉分析gc日志有时比较困难,相关图形化或命令行工具可以有效地帮助辅助分析. Gc日志参数 通过在tomcat启动脚本中添加相关参数生成gc日志 -verbose.gc开关可显示GC的操作内容.打开它,可以显示最忙和最空闲收集行为发生的时间.收集前后的内存大小.收集需要的时间等. 打开-xx:+ printGCdetails开关,可以详细了解GC中的变化. 打开-XX: + PrintGCTimeStamps开关,可以了解这些垃圾收集发

距离上次写Gc.Db框架已经有一段时间了,最近默默对框架代码已经做了不少优化和功能,且已经提交至nuget,大家如果想使用此框架,可以通过nuget搜索:Gc.Db进行下载和安装包. 本篇文章主要是介绍现目前为止,Gc.Db框架功能特性和演示代码,后期会完善此框架帮助文档,同时将也会将代码在git上进行开源,请大家多多指教. Gc.Db是一套基于ADO.Net数据库快速开发框架和轻量级半ORM框架.特点如下: 1.支持数据库有MSSql.MySql.Oracle.Access. 2.对各数据库操