1.基因系列中的data索引 2.基因ID之间的转换 对于生信,依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,况且开发者水平也参差不齐,理解原理才能让你来去自如. 今天主要记录几个ID转换的方式: 以果蝇为例 详细的了解阅读下面:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README 1.从NCBI下载基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Inverte

package com.xwolf.stat.util; import com.alibaba.druid.util.StringUtils; import com.alibaba.fastjson.JSON; import com.google.common.collect.Lists; import com.google.common.collect.Maps; import lombok.extern.slf4j.Slf4j; import org.apache.commons.compr

在java(JDK)中我们可以使用ZipOutputStream去创建zip压缩文件,(参考我之前写的文章 使用java API进行zip递归压缩文件夹以及解压 ),也可以使用GZIPOutputStream去创建gzip(gz)压缩文件,但是java中没有一种官方的API可以去创建tar.gz文件.所以我们需要使用到第三方库Apache Commons Compress去创建.tar.gz文件. 在pom.xml中,我们可以通过如下的maven坐标引入commons-compress. <de

http://www.chengzhier.com <a href="http://www.chengzhier.com">橙汁儿网</a> 1. date  显示系统里面的时间  这里有一个特别要注意的地方,当你需要格式化时间的时候要在%Y%m%d 加一个加号'+' date -r info.php +%Y-%m-%d  查看info.php最后的修改时间 2.  chgrp :改变档案所属群组  chang group 缩写, 用法 chgrp admin

Linux压缩文件的读取 *.Z       compress 程序压缩的档案: *.bz2     bzip2 程序压缩的档案: *.gz      gzip 程序压缩的档案: *.tar     tar 程序打包的数据,并没有压缩过: *.tar.gz  tar 程序打包的档案,其中并且经过 gzip 的压缩! *.zip     zip 程序压缩文件 *.rar     rar 程序压缩文件 Compress压缩文件 [root@test /root]# cp /etc/man.confi

1.Stream (流) Stream有四种流类型 1.Readable - 可读操作 2.Writable - 可写操作 3.Duplex - 可读可写操作 4.Transform - 操作被写入数据,然后读出结果 所有的Stream对象都是EventEmitter的实例, 常用的事件: 1.data - 当有数据可读时触发, 2.end - 没有更多的数据可读时触发 3.error - 在接收和写入的过程中发生错误时触发 4.finish - 所有数据已被写入到底层系统时触发 一.从流中读取

linux中压缩与备份命令总结一.压缩与解压缩 1.compress [-rcv] 文件或目录 <==压缩 uncompress 文件.Z <==解压缩 -r:可以连同目录下的文件也同时进行压缩 -c:将压缩数据输出成standard output(输出到屏幕) -v:可以显示出压缩后的文件信息以及压缩过程中的一些文件名变化 (这个命令是非常老旧的一款) 2.gzip [-cdtv#] 文件名 -c:将压缩的数据输出到屏幕上,可通过数据流重定向来处理 -d:解压缩的参数 -t:可以用来检验一个

压缩:gzip  -v  文件名 1:压缩后成  文件名.gz 的压缩文件,原文件消失 2:压缩的文件可以直接使用zcat  文件名.gz 读取里面的内容 解压缩: gunzip   文件名.gz 替代  gzip 的方案    bzip2   -v 文件名 1:压缩后成    文件名.bz2  的压缩文件,原文件消失 2:压缩的文件可以直接使用 bzcat  文件名.bz2 读取里面的内容 打包  tar tar -zxvf    test.tar.gz z:通过 gzip 的支持进行压缩/解

www网站利用文件压缩技术进行数据传输,提升网络带宽. 压缩命令gzip与显示zcat.zmore.zless.zgrep -c将压缩的数据显示到屏幕上 -d解压缩 -v显示原文件/压缩文件的压缩比等信息 -#压缩等级,1最快9最慢 例如压缩(默认不保留原文件):gzip -v service[文件] 解压缩:gzip -d service.gz 压缩并保留原文件:gzip -9 -c service > service.gz 查找压缩文件里http字段所在的行:zgrep -n 'http'

path.sh主要设定路径等 export KALDI_ROOT=`pwd`/../../.. [ -f $KALDI_ROOT/tools/env.sh ] && . $KALDI_ROOT/tools/env.sh export PATH=$PWD/utils/:$KALDI_ROOT/tools/openfst/bin:$PWD:$PATH [ ! -f $KALDI_ROOT/tools/config/common_path.sh ] && echo >&am

 1)外部数据源 val distFile1 = sc.textFile("data.txt") //本地当前目录下文件 val distFile2 =sc.textFile("hdfs://192.168.121.12:8020/input/data.txt") //HDFS文件 val distFile3 =sc.textFile("file:/input/data.txt") //本地指定目录下文件 val distFile4 =sc.t

1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

Linux压缩文件的读取 ·    *.Z       compress 程序压缩的档案: ·    *.bz2     bzip2 程序压缩的档案: ·    *.gz      gzip 程序压缩的档案: ·    *.tar     tar 程序打包的数据,并没有压缩过: ·    *.tar.gz  tar 程序打包的档案,其中并且经过 gzip 的压缩! ·    *.zip     zip 程序压缩文件 ·    *.rar     rar 程序压缩文件 Compress压缩文件 [

Centos7 命令 # 查询正运行的java进程,建议使用jps,使用ps会将tail也显示出来 jps -lvm | grep '/home/chencye/tomcat/apache-tomcat-8.5.23' ps -ef | grep -v 'grep' | grep '/home/chencye/tomcat/apache-tomcat-8.5.23' # 查看端口是否被占用 netstat -na | grep 8080 # 查看磁盘空间使用情况 df -lh # 统计当前目录下

本文由 Luzhuo 编写,转发请保留该信息. 原文: http://blog.csdn.net/Rozol/article/details/72672703 以下代码以Python3.6.1为例 Less is more! 文件的归档 (各种格式的压缩 / 解压缩) 实际使用中仅需要使用shutil模块的压缩和解压函数就可以了, 如果想尝试其他功能, zipfile(暴力破解), tarfile(命令行)也是值得推荐的 #!/usr/bin/env python # coding=utf-8

spark 1.5.1是支持直接读取gz格式的压缩包的,和普通文件没有什么区别: 使用spark-shell进入spark shell 交互界面: 输入命令: sc.textFile("\huawei\mr\20161120\880873\*.gz").foreach(println) 回车后是可以看到该目下很多个gz压缩包文件都被打印出来了. 参考文章: http://blog.csdn.net/xuyaoqiaoyaoge/article/details/52943606

背景: 搜索引擎在build全量时,会产生数G的xml的中间文件,我需要去查询这些中间文件中,是否有某个特殊的字符.xml文件有很多,每个都有几百M,存储在hdfs上,而且是以gz结尾的文本格式的文件. 查找时,我是写了一个实现Tool接口,继承自Configured类的MapReduce,这样就可以传入自定义的参数给我的MapReduce程序了.需要在文件里Grep的内容,就是以参数的形式传入的. 写完代码调试时,问题来了,会报这个异常: 14/10/17 12:06:33 INFO mapr

spark 1.5.1是支持直接读取gz格式的压缩包的,和普通文件没有什么区别: 使用spark-shell进入spark shell 交互界面: 输入命令: sc.textFile("\huawei\mr\20161120\880873\*.gz").foreach(println) 回车后是可以看到该目下很多个gz压缩包文件都被打印出来了. 单文件 gzip zzz.dat # 压缩 源文件被删除 生成zzz.dat.gz gzip -d  zzz.dat.gz  解压,源文件被珊

没找到打开gz压缩文件的标准库,暂时调用系统命令打开gz压缩文件(参考:https://dlang.org/phobos/std_process.html#.Redirect.stdoutToStderr). 缺点是文件全部会读入内存处理,对于大文件不太友好. 1 import std.stdio; 2 import std.process; 3 import std.string; 4 5 void main(string[] args){ 6 string fileName = args[1

1.表达式 在命令行输入  node回车后,可以在后边输入相应的表达式,进行运算操作   2.阻塞文件读取 var data=fs.readFileSync('input.txt', 'utf-8');   3.非阻塞文件读取 fs.readFile('input.txt',function(err,data){ if(err){ console.log(err); }else{ console.log(data.toString()); } });   4.将文件写入缓冲区 var buf=n