工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff

后记: cufflinks安装: 下载安装包, 不要下载source code ,直接下载binary.    Source code    Linux x86_64 binary http://cufflinks.cbcb.umd.edu/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz 下载好后解压,解压后将cuff* 复制到/usr/local/bin中即可. 步骤: 第一步: 产生各自的gtf文件 cufflinks -p 30 -o ROOT

目录 流程使用 问题 记录下braker2的使用要点,以备忘记. 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组.转录组.蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装,大多数都含有以上三类数据吧,因此可选择如下流程,用公共数据库OrthoDB中的直系同源蛋白,根据自己的物种选择,有动物植物微生物等,如我选择植物就有300多万条序列. 作者指出,braker2并非证据越多越

GFF3是GFF注释文件的新标准.文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开. 依次是: 1. reference sequence:参照序列 指出注释的对象.如一个染色体,克隆或片段.可以有多个参照序列. 该id的取名不能以’>’开头,不能包含空格. 2. source :来源 注释的来源.如果未知,则用点(.)代替. 3. type      :类型 属性的类型.建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology,参看[[Sequence Ontology Proje

GFF3是GFF注释文件的新标准.文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开. 依次是: 1. reference sequence:参照序列 指出注释的对象.如一个染色体,克隆或片段.可以有多个参照序列. 该id的取名不能以'>'开头,不能包含空格. 2. source :来源 注释的来源.如果未知,则用点(.)代替. 3. type      :类型 属性的类型.建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology,参看[[Sequence Ontology Proje

后记: ************************************************************************ 在使用cufflinks和cuffmerge中 我使用的都是gff3, 海宝说最好用gtf, 无论怎么样gtf一定是可以用的. 由gff3转化为gtf用gffread: 命令: gffread Osativa_204_gene.gff3 -T -o Osativa_204_gene.gtf 转化后gff3文件中的信息都会被保留. 虽然featu

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di

参考: GFF格式说明 Generic Feature Format Version 3 (GFF3) 先下载一个 gtf 文件浏览一下 1 havana gene 11869 14409 . + . gene_id "; 1 havana transcript 11869 14409 . + . gene_id "; 有一个 R 的版本,可以看一看:R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 另外,看看 Bioconducto

1)gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点.基因.外显子.内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析.gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式. GFF(general feature format):这种格式主要是用来注释基因组. 现大部分利用的是第三版,即gff3. GTF(gene transfer format):主要是用来对基因进行注释.当前所广泛使用的gtf格式为第二版,即gtf2

我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件.他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组. GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释. 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成,这两种文件的前8列都是相同的(一些小的差别) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 reference sequence name

using System.Web.Script.Serialization; /// <summary> /// 内部类,保存jsonData /// </summary> public class JsonData { private string _userName; private string _userPassword; public bool IsStoreUserName { get; set; } public bool IsStoreUserPassword {

转:http://www.codeceo.com/article/javascript-pinyin.html 前言 网上关于JS实现汉字和拼音互转的文章很多,但是比较杂乱,都是互相抄来抄去,而且有的不支持多音字,有的不支持声调,有的字典文件太大,还比如有时候我仅仅是需要获取汉字拼音首字母却要引入200kb的字典文件,无法根据实际需要满足需求. 综上,我精心整理并修改了网上几种常见的字典文件并简单封装了一下可以直接拿来用的工具库. 代码和DEMO演示 github项目地址:https://git

现象描述:网卡选用的桥接模式,IP地址在同一个网段,虚拟机内部可以正常上网,但是Guest OS和Host OS无法互ping! 原因:虚拟机里的防火墙没有关闭,导致禁用ping功能. 解决方法:关闭虚拟机里的防火墙,如果还不行,最好也关闭Host OS里的防火墙.

前言 网上关于JS实现汉字和拼音互转的文章很多,但是比较杂乱,都是互相抄来抄去,而且有的不支持多音字,有的不支持声调,有的字典文件太大,还比如有时候我仅仅是需要获取汉字拼音首字母却要引入200kb的字典文件,无法根据实际需要满足需求. 综上,我精心整理并修改了网上几种常见的字典文件并简单封装了一下可以直接拿来用的工具库. 这篇文章差不多一个月前就写好了大部分了,但是就差拼音输入法这一块一直没时间去弄(与其说是没时间,还不如说是本人太懒),所以一直拖到今天才发表. 代码和DEMO演示 github

王宝强离婚风波还未完全结束,一波未平一波又起,新片又引来话题爆点,其自导自演的电影<大闹天竺>陷P2P平台集资的新闻占据各大媒体头条. 该P2P平台为湖北武汉一家P2P互联网金融理财平台"京金联",本月15日,有媒体曝出京金联以电影<大闹天竺>的名义进行影视众筹,而募集的资金却已无法兑付.据报导京金联向投资者称资金投向了<大闹天竺>联合出品方之一的上海盟米文化传播有限公司,而电影出品方和盟米文化均否认了与京金联产品有关联.目前,京金练联合创始人王灿已

json.javaBean.xml互转的几种工具介绍 转载至:http://blog.csdn.net/sdyy321/article/details/7024236 工作中经常要用到Json.JavaBean.Xml之间的相互转换,用到了很多种方式,这里做下总结,以供参考. 现在主流的转换工具有json-lib.jackson.fastjson等,我为大家一一做简单介绍,主要还是以代码形式贴出如何简单应用这些工具的,更多高级功能还需大家深入研究. 首先是json-lib,算是很早的转换工具了,

借助CLR,首先实现字符串的互转,然后使用存储过程实现JSON2table     public class JsonFunction    {        /// <summary>        /// XML转JSON        /// </summary>        /// <param name="xml"></param>        /// <returns></returns>     

转自:http://yangzhongfei.blog.163.com/blog/static/4610987520103141050918/ 为了进行系统维护操作,有时需要再windows和linux或Unix系统之间互传文件,虽然有很多工具可以实现该功能,但我还是觉得命令行来的方便快捷,起初使用linux的scp命令,总是不成功,网上也没有相关介绍,经过几次努力之后,终于成功的摸索出了scp命令在写windows的路径时的写法,于是马上下了出来,与大家分享: 从linux系统复制文件到win

      计算描述:计算规则指的是和其它“参与者类型成员”的之间的计算,必须求解处理人不为空的情况下才进行规则计算,各个“参与者类型成员”按序号顺序执行. 计算算法:并集(权重最低),交集(权重中),互拆(权重最高,且是独占式) 规则要点: 按序号顺序执行计算结果 参与者处理人不为空才参与成员间计算 权重 示例讲解 以上图图示为例,总共有三个参与者类型成员:SQL参与者,指定用户参与者,角色参与者. 那么我们用示例来解释一下规则里面的描述要点: 1.  按序号顺序执行计算结果 参与者前面都有一

/******************************************************************** created: 2014/03/16 22:56 filename: main.cpp author: Justme0 (http://blog.csdn.net/justme0) purpose: C++ 中数串互转.进制转换的类 **************************************************************