最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要

目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3.安装可用pip: pip install jcvi ##或开发版 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git pip可能会安装很慢.建议还是用conda,要快很多,最好新建环境. conda

后记: ************************************************************************ 在使用cufflinks和cuffmerge中 我使用的都是gff3, 海宝说最好用gtf, 无论怎么样gtf一定是可以用的. 由gff3转化为gtf用gffread: 命令: gffread Osativa_204_gene.gff3 -T -o Osativa_204_gene.gtf 转化后gff3文件中的信息都会被保留. 虽然featu

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di

1)gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点.基因.外显子.内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析.gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式. GFF(general feature format):这种格式主要是用来注释基因组. 现大部分利用的是第三版,即gff3. GTF(gene transfer format):主要是用来对基因进行注释.当前所广泛使用的gtf格式为第二版,即gtf2

Gff文件格式 gff格式是Sanger研究所定义,是一种简单的.方便的对于DNA.RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式,已经成为序列注释的通用格式,比如基因组的基因预测,许多软件都支持输入或者输出gff格式.前格式定义的最新版本是版本3.原始定义见SONG websitegff是存文本文件,由tab键隔开的9列组成,以下是各列的说明: Column 1: “seqid”序列的编号,编号的有效字符[a-zA-Z0-9.:^*$@!+_?-|]Column 2: “source”注释信

原文地址 序列图主要用于展示对象之间交互的顺序. 序列图将交互关系表示为一个二维图.纵向是时间轴,时间沿竖线向下延伸.横向轴代表了在协作中各独立对象的类元角色.类元角色用生命线表示.当对象存在时,角色用一条虚线表示,当对象的过程处于激活状态时,生命线是一个双道线. 消息用从一个对象的生命线到另一个对象生命线的箭头表示.箭头以时间顺序在图中从上到下排列. 序列图中涉及的元素: 1. 生命线: 生命线名称可带下划线.当使用下划线时,意味着序列图中的生命线代表一个类的特定实例. 2. 同步消息 发送人

阅读目录: 概述 DeviceFamily-Type文件夹 DeviceFamily-Type扩展 InitializeComponent重载 结论 概述 Windows10-UWP(Universal Windows Platform)增加一个新特性设备序列(DeviceFamily)特定视图,它允许开发者为指定的设备序列定义指定的XAML显示,(Desktop.Mobile.tablet.Iot等). 如果你想为不同的设备序列显示较多不一样的UI时,它是非常有用的.当然,使用Relative

俗话说,自己写的代码,6个月后也是别人的代码……复习!复习!复习! 软件工程的一般开发过程:愿景分析.业务建模,需求分析,健壮性设计,关键设计,最终设计,实现…… 时序图也叫序列图(交互图),属于软件工程里的第二步——业务建模阶段里的图,业务建模要求我们把视角从系统转向组织,要站在客户的角度看问题,以达到清晰准确地“知彼”,术语就是从组织的角度来定位系统的价值,从而避免软件项目的失败,因为大量软件项目失败的原因都是一个——最终实现和用户需求不一致!故业务建模也叫组织建模,切记在业务建模和需求分析

初识python备忘: 序列:列表,字符串,元组len(d),d[id],del d[id],data in d函数:cmp(x,y),len(seq),list(seq)根据字符串创建列表,max(args),min(args),reversed(seq),sorted(seq),tuple(seq)列表方法:append()末尾添加对象,count()对象计数,extend()末尾添加列表,index()第一个匹配对象的位置,insert()插入对象,pop()移除对象,默认为末尾,remo

1251: 序列终结者 Time Limit: 20 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 3778  Solved: 1583[Submit][Status][Discuss] Description 网上有许多题,就是给定一个序列,要你支持几种操作:A.B.C.D.一看另一道题,又是一个序列 要支持几种操作:D.C.B.A.尤其是我们这里的某人,出模拟试题,居然还出了一道这样的,真是没技术含量……这样 我也出一道题,我出这一道的目的是为了让大家以后做这种题目有一个

显然n方算法在比赛中是没有什么用的(不会这么容易就过的),所以nlogn的算法尤为重要. 分析: 开2个数组,一个a记原数,f[k]表示长度为f的不下降子序列末尾元素的最小值,tot表示当前已知的最长子序列的长度 考虑进来一个数a[i], 1.如果a[i]>=f[tot],那么接上去即可 2.如果这个元素小于f[tot]呢?说明它不能接在最后一个后面了.那我们就看一下它该接在谁后面. 准确的说,并不是接在谁后面.而是替换掉谁.因为它接在前面的谁后面都是没有意义的,再接也超不过最长的tot,所以是

Check whether the original sequence org can be uniquely reconstructed from the sequences in seqs. The org sequence is a permutation of the integers from 1 to n, with 1 ≤ n ≤ 104. Reconstruction means building a shortest common supersequence of the se

Given a binary tree, find the length of the longest consecutive sequence path. The path refers to any sequence of nodes from some starting node to any node in the tree along the parent-child connections. The longest consecutive path need to be from p

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq

Given an unsorted array of integers, find the length of the longest consecutive elements sequence. For example, Given [100, 4, 200, 1, 3, 2], The longest consecutive elements sequence is [1, 2, 3, 4]. Return its length: 4. Your algorithm should run i

The set [1,2,3,…,n] contains a total of n! unique permutations. By listing and labeling all of the permutations in order,We get the following sequence (ie, for n = 3): "123" "132" "213" "231" "312" "3

create sequence name increment by x //x为增长间隔 start with x //x为初始值 maxvalue x //x为最大值 minvalue x //x为最小值 cycle //循环使用,到达最大值或者最小值时,从新建立对象 cache x //制定存入缓存(也就是内存)序列值的个数 序列是一数据库对象,利用它可生成唯一的整数.一般使用序列自动地生成主码值.一个序列的值是由特别的Oracle程序自动生成.如果不设定cycle循环的话,每一个序列号是唯

题目描述 Description "神州"载人飞船的发射成功让小可可非常激动,他立志长大后要成为一名宇航员假期一始,他就报名参加了"小小宇航员夏令营",在这里小可可不仅学到了丰富的宇航知识,还参与解决了一些模拟飞行中发现的问题,今天指导老师交给他一个任务,在这次模拟飞行的路线上有N个行星,暂且称它们为一个行星序列,并将他们从1至n标号,在宇宙未知力量的作用下这N个行星的质量是不断变化的,所以他们对飞船产生的引力也会不断变化,小可可的任务就是在飞行途中计算这个行星序列

//给定N个整数序列{A1,A2,A3...An},求函数f(i,j)=(k=i~j)Ak的求和 # include<stdio.h> void main() { ,sum1; ]={,-,,,,,-,,,-};//数组要定义的时候直接全部赋值 //int a[10];!!!!! // a[10]={1,-2,3,4,5,6, //给定N个整数序列{A1,A2,A3...An},求函数f(i,j)=(k=i~j)Ak的求和 # include<stdio.h> void main(