如何利用R包qqman画曼哈顿图? 2017-07-10 lili 生信人 众多周知,R语言提供了各种各样的包,方便实现我们的目的,下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包:qqman install.packages(“qqman”)  # 安装包 library(“qqman”)  #加载包 data(package=“qqman”)  # 查看qqman包中的测试数据,此包中包含gwasResults snpsOfInterest 两个测试数据 View(gwasResults)  #查

0.查看R的系统帮助文档 标度 scale breaks, labels, limits, labs dose <- c(20, 30, 40, 45,60) drugA <- c(16, 20, 27, 40, 60) drugB <- c(15, 18, 25, 31, 40) # 数据准备 opar <- par(no.readonly=T) # 保存画图环境 par(lwd=2, cex=1.5, font.lab=2) # 设置画图环境 plot(dose, drugA,

1.What is ggplot2 ggplot2基本要素 数据(Data)和映射(Mapping) 几何对象(Geometric) 标尺(Scale) 统计变换(Statistics) 坐标系统(Coordinante) 图层(Layer) 分面(Facet) 这里将从这些基本要素对ggplot2进行介绍. 2.数据(Data)和映射(Mapping) 以R自带的钻石的数据为例,由于样本量十分巨大,我们随机取一个子集来画图.参考:https://www.plob.org/article/726

ggplot2简介: 在2005年开始出现,吸取了基础绘图系统和lattice绘图系统的优点,并利用一个强大的模型来对其进行改进,这一模型基于之前所述的一系列准则, 能够创建任意类型的统计图形 1.导入包 library(maps) library(maptools) library(rgdal) library(plyr) library(MASS) library(dplyr) library(ggplot2) 案例1:钻石数据集 采用ggplot2自带的钻石数据集. 数据集变量简介 ##

安装:install.packages("ggplot2") 加载:library(ggplot2) Plot(图)= data(数据集)+ Aesthetics(美学映射)+ Geometry(几何对象) 其中: data: 数据集,主要是data frame: Aesthetics: 美学映射,比如将变量映射给x,y坐标轴,或者映射给颜色.大小.形状等图形属性: Geometry: 几何对象,比如柱形图.直方图.散点图.线图.密度图等. 在ggplot2中有两个主要绘图函数:qpl

参考:Add P-values and Significance Levels toggplots 多组比较,挑选感兴趣的显示显著性. data("ToothGrowth") head(ToothGrowth) library(ggpubr) my_comparisons <- list( c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2&q

折线图-ggplot2  http://blog.163.com/yugao1986@126/blog/static/6922850820131161531421/http://blog.sina.com.cn/s/blog_7cffd1400101f50v.html <R Graphics Cookbook-By Winston Chang> #======================折线图library(ggplot2)  #作图library(gcookbook)  #案例数据lib

目录: 原始图样 如何去除饼图中心的杂点 如何去除饼图旁边的标签 如何去掉左上角多出来的一横线 如何去掉图例的标题,并将图例放到上面 如何对图例的标签加上百分比 如何让饼图的小块按顺时针从大到小的顺序显示 如何去掉白色外框上的数字 如何在图中加百分比 如何生成饼环 (更多内容请见:R.ggplot2.shiny 汇总) 原始图样: library(ggplot2) dt = data.frame(A = c(2, 7, 4, 10, 1), B = c('B','A','C','D','E'))

我们说Excel有难度的图表,可以考虑ggplot2是否更方便,本帖的例子就是用ggplot做玫瑰图. Excel做玫瑰图有一定难度,可以使用雷达图或圆环图来构建,我的博客上曾有多个帖子讨论这个,见 1.已被sohu隐藏 2.已被sohu隐藏 3.圆环图做南丁格尔玫瑰图:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6bc5205e0101jk0r.html 但在ggplot2中做这个图表类型却是非常的简单方便. #读入你的数据.还是使用以前例子的数据,如下图: rose <-

ggplot {ggplot2} R Documentation Create a new ggplot Description ggplot() initializes a ggplot object. It can be used to declare the input data frame for a graphic and to specify the set of plot aesthetics intended to be common throughout all subsequ

还是优达学院的第七课 数据:https://s3.amazonaws.com/content.udacity-data.com/courses/ud359/hr_by_team_year_sf_la.csv ggplot: gp = pandas.read_csv(hr_by_team_year_sf_la_csv) gg = ggplot(gp,aes('yearID','HR',color = 'teamID')) + geom_point() + geom_line() + ggtitle

数据分析中应用到python中的ggplot库,可以用来画图 数据之类的用优达学院中课程七中的数据为例 数据是:https://s3.amazonaws.com/content.udacity-data.com/courses/ud359/hr_year.csv 散点图: gp=pandas.read_csv(hr_year_csv) gg=ggplot(gp,aes('yearID','HR'))+geom_point(color='red')+ggtitle(u'Total Hr by ye

今天开会谈了半天自己的研究结果,同事皱着眉头,第一好像她没大听懂,第二感觉眼前一亮,但不知怎么落地.落地这个事情,交给时间吧,我想练熟我的分析. 今天搞了个简单的,条形图. 就是EXCEL里面经常玩的柱状图.对比了一下boxplot和ggplot,还是ggplot功能更强大一些,做出的图也更好看. 详细的解释下面这条命令吧. ggplot(data = ls, mapping = aes(x = dim_province_name, y = ratio)) +geom_bar(stat = 'i

例一 Michaelis-Menten动力学方程 这个例子中采用出自文献中的一组有关于浮萍氮摄取的数据,共2两个变量8个观测值,其中底物浓度与浮萍的氮取速率之间可以通过M-M动力学方程来进行描述.在这个例子中首先通过nls()根据M-M动力学方程进行模型拟合,然后用预测值进行了ggplot2绘图,主要采用了R里面的数学表示方法plotmath在图中展示了公式,并通过ggplot2种的theme对图像进行了修饰.需要注意的在geom_text()并不能直接使用expression,需要开启pars

qplot()函数 一年前就听说过ggplot,很多人都说ggplot强大,ggplot无所不能,从今天开始就让我们一起来见证一下这个神奇的R包. 首先要加载ggplot2: 1 if(!suppressWarnings(require('ggplot2'))){ 2 install.packages('ggplot2') 3 require('ggplot2') 4 } 先简单介绍一下diamonds数据集,diamonds数据集包含了约54000颗钻石的价格和质量信息.有 克拉重量(cara

df<-data.frame( x=c(3,1,5), y=c(2,4,6), label=c("a","b","c"))p<-ggplot(df,aes(x,y))+xlab(NULL)+ylab(NULL)p+geom_point()+labs(title="geom_point")p+geom_bar(stat="identity")+labs(title="geom_bar(s

1.数据集相加符号 %+% 2.图形属性映射 aesc()函数 aes(x=mpg,y=wt)  把mpg属性映射为x,wt属性映射为y 图层图形属性可以添加.修改和删除映射. 如 3.位置调整参数 4.条件筛选函数 big_cities<-subset(us.cities,pop>500000) 筛选出数据集中,特征变量pop大于500000的数据集 5.固定标度的定义域 limits:固定标度的定义域.限制定义域可以帮助我们移除不想在图形上展示的数据(即设置比数据的完整范围更小的limit

安装: 命令行:pip install ggplot 1. 杂项 NameError: name 'ggsave' is not defined. Python ggplot- ggsave function not defined 解决方法,直接使用 ggplot() (p = ggplot())函数的返回值的 save 成员函数(p.save()):

首先用library函数加载ggplot2包 library(ggplot2) library(dplyr) library(tidyr) library(splines) 接下来,进行数据准备: df <- data.frame( var=LETTERS[1:3], id=1:3, a=c(0.25,0,35,0,4), stringsAsFactors = F #不转换为因子 ) 我们已经有了一个一维数组,而data.frame是将这个数组转换为二维,print的结果是这样的: var id

ggplot绘图之基本语法 2018年09月03日 22:29:56 一个人旅行*-* 阅读数 4332更多 分类专栏: R语言   1.ggplot2图形之基本语法: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离,数据相关的绘图与数据无关的绘图分离.按图层作图,保有命令式作图的调整函数,使其更具灵活性,并将常见的统计变换融入到了绘图中.ggplot的绘图有以下几个特点:第一,有明确的起始(以ggplot函数开始)与终止(一句语句一幅图):其二,图层之间的叠加是靠“+”号实现的,越后面其图层越高.

上一篇说了qplot函数,现在说一下ggplot函数 本身不能实现,需要添加层才可以.ggplot2的核心函数 library(ggplot2) ggplot(airquality,aes(Wind,Temp)) + geom_point(col="steelblue",alpha=0.4,size=5) #做散点图,半透明蓝色大小为5.使用了两层. ggplot(airquality,aes(Wind,Temp)) + geom_point(aes(color=factor(Mont