Gene Ontology (GO) 注释  Posted on 2017-06-11 |  In 生信 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同,将极大限制学术的交流.而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果. 所谓的 GO,是生物学功能注释的一个标准词汇表术语(GO term),将基因的功能分为三部分:

当开发者使用 CodeFirst 开发模式,编写了大量的实体类,在代码中编写了完整的类型注释和属性注释,并自动生成数据库后,往往需要把实体类型和实体属性上的注释同时生成到对应的数据库表及字段上.这样,即方便在查看数据库时能清晰地看到每一个表及字段的含义,也方便使用一些第三方的工具(如 PowerDesigner 等)为数据库生成较为全面的文档. 使用方法 在为数据库生成注释之前,需要保证数据库已经全部生成成功(即和实体保持一致).否则更新字段的注释时,可能因为字段不存在而导致执行失败. 需要在编

16S基因作为mark gene在微生物群落结构的研究中发挥中重要作用, 但是候选的mark gene 肯定不止16S 一种,最新比较火热的功能基因,也可以作为mark gene.利用功能基因作为mark  gene, 相比16S有什么优势呢? 在功能基因的文献中指出了两点: 1) 不同物种的16S基因序列可能完全相同,尤其是在二代测序中,我们通常指扩增16S的部分序列,这样不同物种扩增出来的序列完全相同的概率大大增加,这样不同有效的区分物种,所以说利用16S基因做的species 水平的注释,

我们在用EF从数据库生成模型的时候,默认实体类是没有注释的,但是我们已经在数据库字段添加说明了,能不能自动把注释也拿过来? 答案是:能. 那么我们开始 首先随便开一个ASP.NET   MVC项目,我们添加ADO实体数据模型.添加完成后我们打开userinfo.cs(这里我的模型名称为userinfo)如图: 双击打开后发现现在是没有注释的. 然后下载此文件:GetSummery.ttinclude (这个文件没有放下载链接,可以去网上找找,也可以给我留言评论我来给你) 嗯,现在下载完文件后把他

网上有一个解决方法如下: http://www.cnblogs.com/stone_w/archive/2012/10/25/2738345.html 不过我试了下没解决太麻烦了 而且一旦EF要重新生成又的重新弄. 后来我查询 了一下资料,可以运用T4模板来解决这个问题. 1.  下载文件GetSummery.ttinclude,这里我提供了,大家去下载:下载 2.  把我们下载下来的文件解压,将解压出来的文件放入解决方案中 3. 修改下app.config,添加一个连接字符串: <add na

注释 /* 多行注释 */ # 单行注释 -- 单行注释(注意:两个但横线后面必须加空格) 数据类型 1.整形 ​ tinyint.smallint.mediumint.int.bigint ​ 小整数值 大整数值 大整数值 大整数值 极大整数值 2.浮点型 ​ float.double 3.小数型 ​ decimal (常用:保证数据不丢失) ​ 如:100.32----->decimal(5,2) 4.字符型 1.char 2.varchar 3.text 4.blob 5.enum 枚举

1. 下载文件GetSummery.ttinclude2. 把我们下载下来的文件解压,将解压出来的文件放入解决方案中3. 修改下app.config,添加一个连接字符串: <add name="MyConn" connectionString="data source=.;initial catalog=db;user id=sa;password=xxx;" providerName="System.Data.SqlClient" /&g

前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系

使用PowerDesigner默认配置逆向工程是没有注释(name列为英文,comment列是空的),这样的不方便查看字段具体是什么意义,将注释一同导出,方便查看字段具体的意义,如下图 注释列导出步骤 1.新建脚本DBMS,选择菜单:Tools→Resources→DBMS 弹出List Of DBMS对话框,选择新建 弹出新建对话框,填写名称为“My Microsoft SQL Server 2008”(这个名称可以自己定义),选择“Microsoft SQL Server 2008”,点击O

http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxwy.html 一 COG简介 COG,即Clusters of Orthologous Groups of proteins.构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是orthologs或者是paralogs.Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能.Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组

PHI是一个致病菌的数据库,截止到2017年8月1号为止,最新的版本是4.3,数据库中收录了实验验证过的致病菌的信息,其中有176个来自动物的致病菌,227个来自植物的致病菌,3个来自真菌的致病菌; 4.3版本中数据库的具体信息如下: 共收录了4775个基因, 相互作用有8610条, 致病菌有264种, 宿主有173种,疾病有428种,References 参考文献有2330种 数据库网址如下: http://www.phi-base.org/index.jsp 在数据库的记录中,包含以下几个比

https://github.com/Wy2160640/cruzdb UCSC基因组数据库是注释,调节和变异以及越来越多的分类群的各种数据的重要资源. 该库旨在简化数据的利用,以便我们可以进行复杂的分析,而无需采用易于操作,容易出错的操作. 作为动机,以下是一些功能的示例: >>> from cruzdb import Genome >>> g = Genome(db="hg18") >>> muc5b = g.refGene.f

1.安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub) ##获取数据库library(BiocFileCache) ##依赖包

我们有时候需要做mysql数据库的注释,可是备份出来的是乱码,怎么办呢? 本工具软件来帮你的忙. 将GBK库备份后的文本文件中夹带的UTF8乱码转换为GBK编码,就不再乱码了. http://download.csdn.net/detail/steven2088/9550154 下载链接

表是Oracle数据库中最基本的对象之一.万丈高楼从平地起,这个基础对象对于数据库来说,非常重要.因为其设计是否合理,直接跟数据库的性能相关.从Oracle数据库菜鸟到数据库专家这个过程中,在表设计与管理上,或多或少,会犯一些错误.笔者今天就谈谈自己在这方面的经验与教训,或许能够给大家一些警示作用. 表是Oracle数据库中最基本的对象之一.万丈高楼从平地起,这个基础对象对于数据库来说,非常重要.因为其设计是否合理,直接跟数据库的性能相关.从Oracle数据库菜鸟到数据库专家这个过程中,在表设计

CSDN.NET   这几年来, NoSQL数据库凭借其易扩展.高性能.高可用.数据模型灵活等特色吸引到了大量新兴互联网公司的青睐,包括国内的淘宝.新浪.京东商城.360.搜狗等都已经在局部尝试NoSQL解决方案. 广州巨杉数据库是一家专注于新型 NoSQL分布式数据库研发的创业公司,目前已经获得首轮天使投资,核心产品是SequoiaDB.巨杉数据库的创始团队成员多来自于IBM北美实验室, 长期从事关系型数据库DB2的研发工作.SequoiaDB 1.3于2013年4月正式发布(最新版本为1.5

创建数据库 CREATE DATABASE 语句用于在 MySQL 中创建数据库. 语法 CREATE DATABASE database_name 为了让 PHP 执行上面的语句,我们必须使用 mysql_query() 函数.此函数用于向 MySQL 连接发送查询或命令. 例子 在下面的例子中,我们创建了一个名为 "my_db" 的数据库: <?php $con = mysql_connect("localhost","peter",&

1.创建数据库:create database --数据库名,不能中文,不能数字开头,不能符号开头 2.删除数据库:drop database-- 数据库名 use student--使用数据库 3.注释:一段 /* */ 一行 -- 4.创建表: create table 表名            create table 表名            (              列名 数据类型,               ...               ...           

删除数据库架构注意事项 要删除的架构不能包含任何对象. 如果架构包含对象,则 DROP 语句将失败. 可以在 sys.schemas 目录视图中查看有关架构的信息. 要求对架构具有 CONTROL 权限,或者对数据库具有 ALTER ANY SCHEMA 权限. 使用SSMS数据库管理工具删除数据库架构 1.连接服务器->展开数据库文件夹->选择数据库并展开->展开安全性文件夹->展开架构文件夹->选择要删除的数据库架构右键点击->选择删除. 2.在删除对象弹出框-&g

创建数据库架构注意事项 包含 CREATE SCHEMA AUTHORIZATION 但未指定名称的语句仅允许用于向后兼容性. 该语句未引起错误,但未创建一个架构. CREATE SCHEMA 可以在单条语句中创建架构以及该架构所包含的表和视图,并授予对任何安全对象的 GRANT.REVOKE 或 DENY 权限. 此语句必须作为一个单独的批处理执行. CREATE SCHEMA 语句所创建的对象将在要创建的架构内进行创建. CREATE SCHEMA 事务是原子级的. 如果 CREATE SC