GO是一个同源蛋白的数据库,按照三大类别BP(生物学过程), MF(分子功能), CC(细胞组分) 对基因的产物-蛋白质进行了分类: 在GO数据库中,本质上是一个有向无环图的数据结构,在三大类别之下,又有小的分类层级,一层一层的分类下去: 对于某个具体的GO号来说,代表了一组同源蛋白,拥有相似的结构和功能,在数据库中,有上层分类的GO,也可能在这个GO下面,还有其他的GO 为了直观的展示某个GO号的分类,利用数据库提供的go-basic.obo 文件得到不同GO之间的层级关系,然后用Graphv

最近读易中天<先秦诸子百家>,一边读一边在纸上画出逻辑关系,图越来越复杂,趁中午休息索性就把图用Graphviz重新绘制了一下;由于Graphviz主动承担了绘图排版的职责,我只需要关注内容即可. 绘制出来的效果图如下,点小见大(无损图链接 http://www.cnblogs.com/me-sa/gallery/image/146547.html): 上图的源代码为: digraph show { // node //rankdir = LR; node[shape="box&qu

凝视说明非常具体.不再详述. digraph G{ //dot 是一种画图语言,它能够方便你採用图形的方式高速.直观地表达一些想法, //比方描写叙述某个问题的解决方式,构思一个程序的流程,澄清一堆貌似散乱无章的事物之间的联系--等等. //总之,当你打算使用铅笔在纸上乱画一些圈圈框框并用一些带箭头的线将它们联系起来的时候. //最好还是考虑一下使用 dot 来完毕这个工作. //digraph 是 dot 用于定义有向图的命令,在这里它定义了一幅名为 G 的有向图, //花括号里所包括的内容即

说明:在很多情况下,需要将复杂且有些规律的代码整理成逻辑片段,这个时候就需要画图,很多时候图比代码更加直观 Graphviz是一个比较好的绘图工具,可以通过简单的代码绘制出复杂的逻辑图,且其代码就像平时说话的语言一样直观 案例中是我在开发中整理的一个复杂的sql中的表依赖关系: 代码: digraph sbjob{graph [fontname=Arial, nodesep=0.125, ranksep=0.25];node [fontcolor=black, fontname=Arial, h

架构图: 1.依赖调用关系.(类似文献引用关系, graphviz 自动将每一次调用升一次层级) 2.依赖调用可能是上下层级调用,也可能是同层级引用. 需人工去梳理出这些关系 3. 引用多的用颜色标识出来 4. 读来写,读来透传(phoenix), 读来组合(加上 uid 的帐户层) ,读来通知(支付模块) 产品考虑的是以人为对象的算法. 架构师要考虑各个细节流程内部的算法. 比如分润规则的 n 个规则匹配,用策略模式. 5. 架构的另外一个本质是封装变和不变. 变的东西有几个层面: 1.抽象为

作为一名linux系统下的C语言开发,日常工作中经常遇到两个问题: 一是分析代码过程中,各种数据结构互相关联,只通过代码很难理清系统中所有结构体的整体架构,影响代码消化的效率; 二是多层头文件嵌套包含,在新增需要被多处引用的结构体或者函数接口时,难以找到合适的地方放置结构体和函数接口的定义. 为解决这两个问题,用python分别写了两个脚本: 第一个脚本用于绘制关键数据结构的关联关系图,协助快速理解组织架构,加速理解代码逻辑: 第二个脚本用于分析指定目录下的头文件包含关系,协助新增结构体或者函数

转自 http://www.cnblogs.com/CoolJie/archive/2012/07/17/graphviz.html

1. Graphviz介绍 Graphviz是大名鼎鼎的贝尔实验室的几位牛人开发的一个画图工具. 它的理念和一般的“所见即所得”的画图工具不一样,是“所想即所得”. Graphviz提供了dot语言来编写绘图脚本.什么?!画个图也需要一个语言!! 不要急,dot语言是非常简单地,只要看了下面几个列子,就能使用了. mac 平台并没有 gvedit.app . 只能用Graphviz.app打开dot 格式的文件. 2. Graphviz的几个例子 下面的几个例子都来自于官方文档.详情请见:Gra

前言 日常开发或者编写课程论文时,除了代码文档的编写,其中一个很重要的部分就是需要绘制流程图.示意图 绘制流程图有很多工具,一般常见的就有如下几种: Word.PPT等办公软件 Viso以及开源的Dia 画图(MSPaint).PS.AI PicPicke 在线流程图绘制(eg. www.processon.com) 对于这些软件无论功能强大与否,适合与否,方便与否,都具有一个特点--所见即所得.你制作过程中看到的就是最终得到的结果.图中形式.布局在制作过程中都由自己设置,其实还有一类绘图系统的

一.Graphviz + CodeViz简单介绍 CodeViz是<Understanding The Linux Virtual Memory Manager>的作者 Mel Gorman 写的一款分析C/C++源代码中函数调用关系的open source工具(类似的open source软件有 egypt.ncc).其基本原理是给 GCC 打个补丁(如果你的gcc版本不符合它的要求还得先下载正确的gcc版本),让它在编译每个源文件时 dump 出其中函数的 call graph,然后用 P

CodeViz是<Understanding The Linux Virtual Memory Manager>(at Amazon,下载地址在页尾)的作者 Mel Gorman 写的一款分析C/C++源代码中函数调用关系的open source工具(类似的open source软件有egypt.ncc).其基本原理是给 GCC 打个补丁,让它在编译时每个源文件时 dump 出其中函数的 call graph,然后用 Perl 脚本收集并整理调用关系,转交给Graphviz绘制图形. Code

我们浏览网页时,经常看到一些图片上会出现特别的超链接,即在一张图片上有多个局部区域和不同的网页链接,比如地图链接. 这就是映射图像(Image Map),它是指一幅根据链接对象不同而被人为划分为若干指向不同链接的区域或"热点"(Hotspots)的相应图像区域,当点击设置好的"热点"时,会弹出链接的相应页面. Dreamweaver制作映射图像--热点图像区域 现在就利用Dreamweaver CS5的图像热点功能制作一个地图链接的实例. 1. 在 Dreamwea

mac下的Graphviz安装及使用 2017年10月13日 13:30:07 阅读数:7495 一.安装 Graphviz http://www.graphviz.org/ mac用户建议直接用homebrew来安装,官网上版本比较旧 1.安装homebrew 打开终端复制.粘贴以下命令: ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)" 1 2.安装Gr

程序分析是以某种语言书写的程序为对象,对其内部的运作流程进行分析.程序分析的目的主要有三点:一是通过程序内部各个模块之间的调用关系,整体上把握程序的运行流程,从而更好地理解程序,从中汲取有价值的内容.二是以系统优化为目的,通过对程序中关键函数的跟踪或者运行时信息的统计,找到系统性能的瓶颈,从而采取进一步行动对程序进行优化.最后一点,程序分析也有可能用于系统测试和程序调试中.当系统跟踪起来比较复杂,而某个BUG又比较难找时,可以通过一些特殊的数据构造一个测试用例,然后将分析到的函数调用关系和运行时

一.安装过程   1.CodeViz的安装 0).确认你已经安装Graphviz[ http://www.graphviz.org/] 1).下载CodeViz.[ http://www.csn.ul.ie/~mel/projects/codeviz/] 具体过程如下: 比如:我下载的是最新的一个版本:codeviz-1.0.11.tar.gz 下面的${CODEVIZ}指的是该文件解压后的目录. a).tar xzvf codeviz-1.0.11.tar.gz b).cd ${CODEVIZ

运行环境:虚拟机下的Ubuntu 11.04 结合Graphviz工具,使用CodeViz可以生成直观和漂亮的C/C++程序函数之间的调用关系图. 1.安装graphviz 在安装CodeViz之前,必须先安装它所依赖的工具dot,否则将无法完成./configure操作并提示以下错误信息: checking for dot...not found FATAL: The program dot was not in your path. This is probably available fo

本例中的二叉树图是使用Graphviz绘制的(Graphviz官网),在Ubuntu Linux下可以使用apt-get命令安装它: sudo apt-get install graphviz 表达式"1+2*3"和"1*2+3"的Dot代码如下: # exp1_3.dot digraph G{ "+" -> "*" } # exp2_4.dot digraph G{ "+" -> "

提到流程图和图表设计,自然会想到微软出品的Office Visio,它是一款强大的流程图设计工具.Visio并不在Office标准套装中,需要额外付费购买,这可能会带来某些不便.一方面,并不是所有人都负担得起,另外,如果是应急之需,临时购买恐怕也来不及了. 今天我们介绍几款免费的Visio替代软件,也许你对某些软件的名字感到陌生,现在我们逐一简要了解一下. 1.DIA Diagram Editor Dia主界面 Dia被我们列在头一名,不仅是因为它功能强大和跨平台特性,也源于它原生支持简体中文界

5款替代微软Visio的开源免费软件 提到流程图和图表设计,自然会想到微软出品的Office Visio,它是一款强大的流程图设计工具.Visio并不在Office标准套装中,需要额外付费购买,这可能会带来某些不便.一方面,并不是所有人都 负担得起,另外,如果是应急之需,临时购买恐怕也来不及了. 今天我们介绍几款免费的Visio替代软件,也许你对某些软件的名字感到陌生,现在我们逐一简要了解一下. 1.DIA Diagram Editor Dia主界面 Dia被我们列在头一名,不仅是因为它功能强大

1.gprof 很有名了,google下很多教程 g++ -pg -g  -o test test.cc ./test   //会生成gmon.out gprof ./test > prof.log 看一下对于我前面提到的huffman编码压缩+解码解压缩全部过程的一个程序 对于生成的prof.log ,wow, 很有用处的但是看起来有点累,不是吗:) Code Flat profile: Each sample counts as 0.01 seconds. %   cumulative  

废话不多说,直接上代码 ,手动滑稽.o(╯□╰)o   如果已解决您的问题,请在文章底部点击下关注,非常感谢. 下面是LINUX命令行 $ wget http://pecl.php.net/get/xhprof-0.9.4.tgz $ tar -zxvf xhprof-0.9.4.tgz $ cd xhprof-0.9.4 $ cd extension/ $ phpize $ ./configure --with-php-config=/usr/local/php/bin/php-config