全基因组选择(Genomic selection, GS)是一种利用覆盖全基因组的高密度标记进行选择育种的新方法,可通过早期选择缩短世代间隔,提高育种值(Genomic Estimated Breeding Value, GEBV)估计准确性等加快遗传进展,尤其对低遗传力.难测定的复杂性状具有较好的预测效果,真正实现了基因组技术指导育种实践. 原理 常规育种手段主要利用性状记录值.基于系谱计算的个体间亲缘关系,通过最佳线性无偏估计(best linear unbiased predication

目录 1.GWAS模型 1.1卡方检验 1.2 相关性系数的t检验 1.3 一般线性模型GLM 1.4 混合线性模型MLM 1.5 压缩混合线性模型CMLM 1.6 SUPER 1.7 FarmCPU 1.8 Blink 2.GS模型 2.1 MAS 2.2 GBLUP 2.3 GBLUP的扩展(ssBLUP,sBLUP,cBLUP) 2.4 rrBLUP 2.5 rrBLUP的扩展(Bayes类) 2.6 BLUP vs Bayes 3.GWAS和GS模型比较 最近看了不少统计基因组方面的资料

目录 1. 前言 2. BLUP方法 ABLUP GBLUP ssGBLUP RRBLUP 3. 贝叶斯方法 BayesA BayesB BayesC/Cπ/Dπ Bayesian Lasso 4. 机器学习 支持向量机 集成学习 深度学习 5. 其他模型 RKHS GWAS-assisted GS 非加性效应 多变量模型 多组学 6. 小结 参考资料 1. 前言 在介绍GS模型之前,我们有必要先来了解一下混合线性模型(Mixed Linear Model,MLM).混合线性模型是一种方差分量模

目录 1. 免费开源包/库 1.1 R包 1.2 Python库 2. 成熟软件 3. WEB/GUI工具 前面我们已经介绍了基因组选择的各类模型,今天主要来了解一下做GS有哪些可用的软件和工具.基因组选择处在热门研究阶段,每年都有不少新工具开发出来,可分析的软件非常之多,为了便于大家更加清晰地了解,这里我将它们分为免费开源包/库.成熟软件.WEB/GUI工具三类,用户使用难度依次降低. 1. 免费开源包/库 R和Python语言作为开源软件的代表,在数据分析领域有着不可替代的优势.近几年大部分

中国农业大学等多家单位2017年合作发表在<遗传>杂志上的综述,笔记之. 作者中还有李宁院士,不胜唏嘘. 1.概述 GS的两大难题:基因组分型的成本,基因组育种值(genomic estimted breeding value, GEBV)的准确性. 基于个体的基因组估计育种值GEBV比传统基于系谱的估计育种值(estimted breeding value, EBV)准确性更高. GS实施示意图: 基于单点SNP标记的GEBV估计方法 一类基于估计等位基因效应来计算GEBV: ①最小二乘法

目录 1.GS研究 2.数量遗传发展 GS应用主要在国外大型动物和种企,国内仍以学术为主.近期整理相关学术文献,了解到一些相关研究人员,记录下备忘查询,但不可能全面. 1.GS研究 Theo Meuwissen(挪威生命科学大学) GS概念提出者,号称"基因组选择之父",贝叶斯方法为主,但是做动物的,所以可略过. https://www.researchgate.net/scientific-contributions/Theo-H-E-Meuwissen-2120554457 Ign

目录 1. GS概况 2. GS模型 1)直接法 GBLUP 直接法的模型改进 ①单随机效应 ②多随机效应 2)间接法 间接法模型 基于间接法的模型改进 3. GS模型比较 模型比较结论 4.问题及展望 文献来源: 尹立林, 马云龙, 项韬, 朱猛进, 余梅, 李新云, 刘小磊, 赵书红. 全基因组选择模型研究进展及展望[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(2): 233-242. 华中农大赵书红老师于2019年发表在< 畜牧兽医学报>上的综述,主要针对动物. 1. GS概况 2009年

Windows 安全机制 漏洞的万源之本在于冯诺依曼设计的计算机模型没有将代码和数据进行区分——病毒.加壳脱壳.shellcode.跨站脚本攻击.SQL注入等都是因为计算机把数据和代码混淆这一天然缺陷而造成的. Windows XP SP2 之前的系统致力于系统稳定性,忽略安全性:之后的 Windows 系统系统加入了独特的安全性设计: 1. GS 编译技术:函数返回地址之前加入了 Security Cookie,返回之前首先检测 cookie 是否正确,栈溢出难度增加. 2. 增加了对 S.E

今天本来打算根据自己的计划进行前端自动化的学习的,无奈早上接到一个任务需求需要新增一个页面.自从因为工作需要转前端之后,自己的主要注意力几 乎都放在JavaScript上面了,对CSS和HTML这方面其实基础真的很差,今天在写页面的时候就被浮动啊.内外边距啊这些耽误了不少时间. 反思一下,自己确实在这些基础方面的不足很多,所以今后的学习笔记主要是我在工作中遇到的一些问题和他们的解决方法.其中可能中会有JS.CSS.HTML各方面的,我会把自己每一天学到的内容都记录一下,辅助自己打好基础. 今天在

32位汇编第一讲x86和8086的区别,以及OllyDbg调试器的使用 一丶32位(x86也称为80386)与8086(16位)汇编的区别 1.寄存器的改变 AX 变为 EAX  可以这样想,16位通用寄存器前边都加个E开头 例如: EAX EBX ECX EDX ESI EDI ESP EDP ;八位寄存器 EIP EFLAGES ;特殊寄存器CS ES SS DS GS FS ;其中GS FS是新增加的寄存器,这些段寄存器,并不是4个字节(32位的)还是以前16位的 注意在32位下没有分段的

GWAS研究中,表型分两种.第一种是线性的表型,如果身高.体重.智力等:第二种是二元的表型,比如患病和未患病,即通常所说的case和control.对于表型是线性的样本来说,是不存在case和control比例不平衡的情况的,但是对于表型是二元的样本,比如疾病和对照组(健康人群),case和control比例失衡,可能会出现N多的假阳性结果.具体看看下面的例子. 例子1:case和control比例在稍微正常的情况下,比如冠心病(coronaryartery disease,case:contr

原文出处:http://www.blogjava.net/xcp/archive/2009/10/29/coding2.html 最近老为编码问题而烦燥,下定决心一定要将其弄明白!本文主要总结网上一些朋友提供的 ascii,ISO-8859-1,unicode, utf8,gb2312,big5,gbk,gb18030等几种常区别. 1. ASCII码    目前计算机中用得最广泛的字符集及其编码,是由美国国家标准局(ANSI)制定的ASCII码(American Standard Code f

C#语法——泛型的多种应用   本篇文章主要介绍泛型的应用. 泛型是.NET Framework 2.0 版类库就已经提供的语法,主要用于提高代码的可重用性.类型安全性和效率. 泛型的定义 下面定义了一个普通类和一个泛型类,我们可以明确看到泛型类和普通类最大的区别就是多了一个<T>. 所以,这个<T>就标记了,这个类是泛型类.其中这个T,也可以写成A,B,C,D或其他字符. 1 2 3 4 public class Generic {     public String Name;

参考: Hail Hail - Tutorial  windows也可以安装:Spark在Windows下的环境搭建 spark-2.2.0-bin-hadoop2.7 - Hail依赖的平台,并行处理 google cloud platform - 云平台 Broad's data cluster set-up tool 对Google cloud SDK的一个简单的wrap,方便操作. cloudtools is a small collection of command line tool

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

wParam与lParam的区别 lParam 和 wParam 是宏定义,一般在消息函数中带这两个类型的参数,通常用来存储窗口消息的参数. LRESULT CALLBACK WindowProc(HWND hwnd, UINT uMsg, WPARAM wParam, LPARAM lParam);wParam 通常用来存储小段信息,如,标志lParam 通常用于存储消息所需的对象LRESULT CALLBACK WindowProc(HWND hwnd, UINT uMsg, WPARAM

20155306 白皎 0day漏洞--漏洞利用原理之GS 一.GS安全编译选项的保护原理 1.1 GS的提出 在第二篇博客(栈溢出利用)中,我们可以通过覆盖函数的返回地址来进行攻击,面对这个重灾区,Windows在VS 7.0(Visual Studio 2003)及以后版本的Visual Studio中默认启动了一个安全编译选项--GS(针对缓冲区溢出时覆盖函数返回地址这一特征),来增加栈溢出的难度. 1.2 GS的工作原理 GS编译选项为每个函数调用增加了一些额外的数据和操作,用以检测栈中

原文:http://servers.pconline.com.cn/gc/1202/2679853_1.html 大型机.小型机.x86服务器的区别 首先来讲x86服务器,与平常人们所接触的台式机笔记本类似,采用CISC架构处理器.随着英特尔至强处理器的性能不断提升,业内有种说法是x86服务器有抢占小型机市场的趋势. x86服务器 Intel推出至强7500系列处理器(例如Nehalem-EX),将至强平台的可靠性.可用性和可维护性(RAS)带到新的高度,此外将原本只为RISC架构专属的诸如机器

Javascript的数据类型 在JavaScript中,有三种住数据类型.两种复合数据类型和两种特殊数据类型. 1.主数据类型(基元数据类型) 字符串 String数据类型: 字符串值是一个由零个或者多个Unicode字符组成的链表.使用字符串数据类型表示JavaScript中的文本.在脚本中包含字符串,方法是使用单引号或者双引号将其括起来.被单引号引起的字符串内可以包含双引号,而被双引号引起的字符串可以包括单引号.z在JavaScript中没有表示单个字符的类型.若要表示JavaScript

GWAS Catalog The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release on 2019-09-24 4220 publications 107486 SNPs 157336 associations Genome assembly GRCh38.p12 dbSNP Build 151 Ense

相关文章: A Unified Framework for Association Analysis with Multiple Related Phenotypes 太重要了,不得不单独拿出来分析一下.本review高度总结了GWAS这10年的成绩.以及现在的局限性.每个搞统计遗传的都必须要好好看看. 第一篇GWAS是什么时候?谁提出的?The first successful GWAS published in 2002 studied myocardial infarction. Ozak