三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了,而是换成了hdf5 格式,在做三代数据的分析之前,有必要先搞清楚hdf5 这种文件格式; 官网的链接如下:https://support.hdfgroup.org/HDF5/ HDF5 是一种灵活的文件储存格式,它相对其他的文件格式,肯定是有很多的优点,这里就不一一列举了,最值得我们关注的是,在这种格式中,数据是如何储存的. 对于hdf5 文件中的数据存储,有两个核心概念: 1)group 和 dataset dataset 代表数据集,一个文件当中

一.简介 HDF5(Hierarchical Data Formal)是用于存储大规模数值数据的较为理想的存储格式,文件后缀名为h5,存储读取速度非常快,且可在文件内部按照明确的层次存储数据,同一个HDF5可以看做一个高度整合的文件夹,其内部可存放不同类型的数据.在Python中操纵HDF5文件的方式主要有两种,一是利用pandas中内建的一系列HDF5文件操作相关的方法来将pandas中的数据结构保存在HDF5文件中,二是利用h5py模块来完成从Python原生数据结构向HDF5格式的保存,本

hive文件存储格式 1.textfile textfile为默认格式   存储方式:行存储   磁盘开销大 数据解析开销大   压缩的text文件 hive无法进行合并和拆分 2.sequencefile 二进制文件,以<key,value>的形式序列化到文件中 存储方式:行存储可分割 压缩一般选择block压缩, 优势是文件和Hadoop api中的mapfile是相互兼容的. 3.rcfile 存储方式:数据按行分块 每块按照列存储 压缩快 快速列存取 读记录尽量涉及到的block最少

一个HDF5文件是一种存放两类对象的容器:dataset和group. Dataset是类似于数组的数据集,而group是类似文件夹一样的容器,存放dataset和其他group.在使用h5py的时候需要牢记一句话:groups类比词典,dataset类比Numpy中的数组. HDF5的dataset虽然与Numpy的数组在接口上很相近,但是支持更多对外透明的存储特征,如数据压缩,误差检测,分块传输. 深度学习中也常用HDF5存储模型文件或数据集 import h5py  #导入工具包   im

本文在Hive-ORC文件存储格式的理论基础上,进一步分析一个实际的Hive ORC表中的数据存储形式. 一.表结构 库名+表名:fileformat.test_orc 字段 类型 category_id string product_id int brand_id int price double category_id_2 string 在hive中命令desc formatted fileformat.test_orc;的结果如下图: 根据上图中的location信息,查看在HDFS上的文

ORC文件格式是从Hive-0.11版本开始的.关于ORC文件格式的官方文档,以及基于官方文档的翻译内容这里就不赘述了,有兴趣的可以仔细研究了解一下.本文接下来根据论文<Major Technical Advancements in Apache Hive>中的内容进行深入的研究. 一.ORC文件格式 ORC的全称是(Optimized Record Columnar),使用ORC文件格式可以提高hive读.写和处理数据的能力.ORC在RCFile的基础上进行了一定的改进,所以与RCFile相

问题描述: 在拿到一个hdf5文件,想用c++去读取文件中的字符串,但是会报错:read failed ps: c++读取hdf5的字符串方法见:https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/examples/misc-examples/stratt.cpp 具体错误信息如下: HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.16) thread 140492203562816: #000: ../../../src/H5Dio.c l

摘自:https://blog.csdn.net/xueyao0201/article/details/79103973 引申阅读原理篇: 大数据:Hive - ORC 文件存储格式 大数据:Parquet文件存储格式

1.orc列式存储概念 a)列式存储:orc并不是纯粹的列式存储,也是先基于行对数据表进行分组(行组),然后对行组进行列式存储. b)查询数据的时候不需要扫描全部数据(磁盘IO),只需查询指定列即可. c)orc对每一列提供了常规统计信息(min . max . sum等),加速查询.例如过滤条件f>10,如果当前分片的max小于10,则直接过滤掉这个分片. d)每一列的数据都是同构的,因此压缩效率更高. e)读写orc文件需要压缩.解压,需要消耗额外的cpu资源. 以上是orc文件格式的优劣点

HDF(Hierarchical Data Format)指一种为存储和处理大容量科学数据设计的文件格式及相应库文件.HDF 最早由美国国家超级计算应用中心 NCSA 开发,目前在非盈利组织 HDF 小组维护下继续发展.当前流行的版本是 HDF5.HDF5 拥有一系列的优异特性,使其特别适合进行大量科学数据的存储和操作,如它支持非常多的数据类型,灵活,通用,跨平台,可扩展,高效的 I/O 性能,支持几乎无限量(高达 EB)的单文件存储等. HDF5文件层次化的存储两类对象: dataset:数据

一.Parquet的组成 Parquet仅仅是一种存储格式,它是语言.平台无关的,并且不需要和任何一种数据处理框架绑定,目前能够和Parquet适配的组件包括下面这些,可以看出基本上通常使用的查询引擎和计算框架都已适配,并且可以很方便的将其它序列化工具生成的数据转换成Parquet格式. 查询引擎: Hive, Impala, Pig, Presto, Drill, Tajo, HAWQ, IBM Big SQL 计算框架: MapReduce, Spark, Cascading, Crunch

一.ORC File文件结构 ORC的全称是(Optimized Row Columnar),ORC文件格式是一种Hadoop生态圈中的列式存储格式,它的产生早在2013年初,最初产生自Apache Hive,用于降低Hadoop数据存储空间和加速Hive查询速度.和Parquet类似,它并不是一个单纯的列式存储格式,仍然是首先根据行组分割整个表,在每一个行组内进行按列存储.ORC文件是自描述的,它的元数据使用Protocol Buffers序列化,并且文件中的数据尽可能的压缩以降低存储空间的消

一.ORC File文件结构 ORC的全称是(Optimized Row Columnar),ORC文件格式是一种Hadoop生态圈中的列式存储格式,它的产生早在2013年初,最初产生自Apache Hive,用于降低Hadoop数据存储空间和加速Hive查询速度.和Parquet类似,它并不是一个单纯的列式存储格式,仍然是首先根据行组分割整个表,在每一个行组内进行按列存储.ORC文件是自描述的,它的元数据使用Protocol Buffers序列化,并且文件中的数据尽可能的压缩以降低存储空间的消

一.Parquet的组成 Parquet仅仅是一种存储格式,它是语言.平台无关的,并且不需要和任何一种数据处理框架绑定,目前能够和Parquet适配的组件包括下面这些,可以看出基本上通常使用的查询引擎和计算框架都已适配,并且可以很方便的将其它序列化工具生成的数据转换成Parquet格式. 查询引擎: Hive, Impala, Pig, Presto, Drill, Tajo, HAWQ, IBM Big SQL 计算框架: MapReduce, Spark, Cascading, Crunch

一.存储格式行存储和列存储 二.Hive文件存储格式 三.创建语句和压缩 一.存储格式行存储和列存储 行存储可以理解为一条记录存储一行,通过条件能够查询一整行数据. 列存储,以字段聚集存储,可以理解为相同的字段存储在一起. 二.Hive文件存储格式 TEXTFILE, Hive数据表的默认格式,存储方式:行存储. 可以使用Gzip压缩算法,但压缩后的文件不支持split 在反序列化过程中,必须逐个字符判断是不是分隔符和行结束符,因此反序列化开销会比SequenceFile高几十倍. SEQUEN

HDF(Hiearchical Data Format)是一种针对大量数据进行组织和存储的文件格式,可以存储不同类型的图像和数码数据的文件格式,并且可以在不同类型的机器上传输. HDF是美国国家高级计算应用中心(National Center for Supercomputing Application,NCSA)为了满足各种领域研究需求而研制的一种能高效存储和分发科学数据的新型数据格式.它的通用性比较强,许多数据类型都可以被嵌入在一个HDF文件里.例如符号.数字和图形数据可以同时存储在一个HD

合理使用文件存储格式 建表时,尽量使用 orc.parquet 这些列式存储格式,因为列式存储的表,每一列的数据在物理上是存储在一起的,Hive查询时会只遍历需要列数据,大大减少处理的数据量. 采用合适的文件压缩 Hive最终是转为 MapReduce 程序来执行的,而 MapReduce 的性能瓶颈在于网络 IO 和 磁盘 IO,要解决性能瓶颈,最主要的是减少数据量,对数据进行压缩是个好的方式.压缩虽然是减少了数据量,但是压缩过程要消耗CPU的,但是在Hadoop中, 往往性能瓶颈不在于CPU

import random from PIL import Image import numpy as np import os import h5py from PIL import Image LIST_FILE = ['list_train.txt', 'list_test.txt']###################### HDF5_LIST = 'HDF5/list_hdf5.txt'############## print '\nplease wait...' #write Ph

HDF Hierarchical Data Format,又称HDF5 在深度学习中,通常会使用巨量的数据或图片来训练网络.对于如此大的数据集,如果对于每张图片都单独从硬盘读取.预处理.之后再送入网络进行训练.验证或是测试,这样效率太低.如果将这些图片都放入一个文件中再进行处理效率会更高.有多种数据模型和库可完成这种操作,如HDF5和TFRecord. 一个HDF5文件是一种存放两类对象的容器:dataset和group. Dataset是类似于数组的数据集,而group是类似文件夹一样的容器,

hive 存储格式有很多,但常用的一般是 TextFile.ORC.Parquet 格式,在我们单位最多的也是这三种 hive 默认的文件存储格式是 TextFile. 除 TextFile 外的其他格式的表不能直接从本地文件导入数据,要先导入到 TextFile 格式的表中,再从表中用 insert 导入到其他格式的表中. 一.TextFile TextFile 是行式存储. 建表时无需指定,一般默认这种格式,以这种格式存储的文件,可以直接在 HDFS 上 cat 查看数据. 可以用任意分隔符

由于需要对h5(hdf5)格式的dem数据进行拼接,但是arcgis不能识别h5的地理参考信息,所以先将h5文件转为带地理参考的tif文件,然后再进行拼接. 工具:arcgis+envi 1.用arcgis add data添加数据,然后右击数据,export data ,输出类型选择tiff,假设输出文件名为data1.tif: 2.用envi打开data1.tif,然后打开与dem对应的影像,根据影像的Map Info去编辑data1.tif的地理参考信息: 3.使用ENVI File==>