原文网址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2.官网:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml HISAT2安装 下载HISAT2-2.0.1,并解压: unzip hisat2-2.0.1-beta-Linux_x86_64

下载Maven仓库索引有两种方式: 一.手动下载 首先将索引下载到本地,下载地址:nexus-maven-repository-index.zip 解压索引压缩包,将里面内容全部拷贝   关闭当前Nexus私服,打开Nexus目录%Nexus_Home%\sonatype-work\nexus\indexer\central-ctx,首先删除当前目录里所有内容,然后粘贴所下载的索引,最后启动Nexus私服,索引生效.   二.自动下载 下载索引的步骤: 1.  打开Repositories标签,

解决nexus下载maven索引的问题 (2011-10-12 17:48:46) 转载▼ 标签: it 分类: java 转自 http://www.colorfuldays.org/program/fix_update_index_onnexus/   下载这个文件http://repo1.maven.org/maven2/.index/nexus-maven-repository-index.zip真困难啊,本地幸亏有apache 在上个周五在公司的一台服务器上用nexus搭建了maven

先下载 assembly summary files The assembly_summary files report metadata for the genome assemblies on the NCBI genomes FTP site. Four master files reporting data for either GenBank or RefSeq genome assemblies are available under ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.g

转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学 转录组   1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file:   $ extract_splice_

HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件

HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的. 一.HISAT2: 1.下载安装: hisat2下载地址:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip his

主要参考这篇文章: http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NjU5NjQ4MA==&mid=2651154488&idx=1&sn=e693a1a1f8163960e99812a6d7473aa0&scene=23&srcid=0831PboACKYo6omCEfKhXLhV#rd 因为昨天刚装了centOS,所以这里只贴出linux下的操作: 1. 进入linux服务器,下载aspera. 输入:wgethttp://downlo

之前一直对BT下载很的好奇,今天迅雷出现了一些问题,于是上网了解了一下BT下载的原理,果然还是有所收获的. 1.为什么BT下载用户越多下载,速度越快? 答:BT全名为BitTorrent. 在传统下载方式中,通常是把文件由server端传送到client,比如FTP,HTTP,PUB等等.因为是从一台server下载,server所提供的带宽是一定的,因而随着用户的增多,对带宽的要求也随之增多,用户过多就会造成瓶颈,并且搞不好还会让server陷入瘫痪,所以非常多的server对用户人数和下载速

有时候会遇到这种情况:想从某个网站下载一批东西,目标URL是比较规整的,而且结构都一样(仅某些字段不同).但又懒得开IDE专门写个脚本去弄,今天就和大家分享一下,如何利用手边常用的软件和工具,不用写一行代码或者脚本,就能完成这项工作. 需要的软件工具有:正则表达式工具.WGET(或者CURL).EXCEL.记事本. 你看,并没有用到任何开发语言和脚本语言嘛. 一.获取下载索引页代码 首先需要分析一下下载索引页URL的规律,其点两页就能发现,仅有最后的PAGE参数内容不同,单调递增.然后再找到最后

2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版,前3版年均引用250次,累计引物1600+:可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测.   临床上使用的大部分抗生素和药物均来自植物或微生物的天然产物.结合基因组挖掘的经典分离与分析法使得能鉴定和描述基于宏基因组的天然产物途径,该过程与研究结果是天然产物研究领域中在近二十年来较为创新的技术.为使

使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析流程中核心的一步.序列的比对,或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题,在生物信息学中更加频繁的出现.序列比对中的错配,插入.缺失可以识别出样本和基因组之间的多态性,甚至可以找出肿瘤样本中的gene fusion.而map到没有注释的基因可能是新的编码基因,或者是非编码RNA.同时RN

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇 发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录 下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录 增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t

http://blog.sciencenet.cn/blog-1469385-819498.html 文章目录 一.准备工作 二.流程概览 三.流程 首先说说GATK可以做什么.它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling,包括SNP.INDEL.比如现在风行的exome sequencing找variant,一般通过BWA+GATK的pipeline进行数据分析. 要run GATK,首先得了解它的网站(http://www.broadinstitute.org/

RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先说明一下我做RNA-seq处理流程的文件树格式: RNA-seq/ data/ GRCh38.gtf chroms/ hg38/ samples/ SraAccList.txt sra/ fasta/ fastqc/ cufflinks_result/ tophat_result/ HTSeq_result/ tools/ Trimmomatic-0.36/ 1. 下载参考基因组序列信息及注释文件G

下载地址与参考文档 https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gz wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gz [https://github.com/alexdobin/STAR/blob/master/doc/STARmanual.pdf](https://github.com/alexdobin/STAR/blob/master/doc/STARma

微信公众号:生物信息学起步如果觉得对你有帮助,欢迎关注/转发/分享[1] 内容目录 1.目的2.实验数据2.1 候选增强子识别2.2 转基因小鼠分析2.3 注释3.搜索数据库3.1 概括3.2 高级搜索3.3 搜索结果3.4 数据集页面4. Gallery5. 教程6. 试剂和胚胎可用性原文链接 1.目的 该项目的目的是鉴定人和小鼠基因组中的远距离转录增强子,首先通过各种计算和实验分析来完成鉴定推定的增强子元件,然后在转基因小鼠测定中进行测试以验证其体内功能并确定其活性模式. 2.实验数据 2.

一.标签解读 <audio> 标签属性 <audio id="media" src="http://www.abc.com/test.mp3" controls></audio> src:音乐的URL (source标签在src属性不存在时使用) preload:预加载(none.metadata.auto.如果不使用此属性,默认为auto.)  autoplay:自动播放 loop:循环播放 controls:浏览器自带的控制条

Java 编程入门(系列)      Python数据分析与挖掘经典案例实战      "我的2016"主题征文活动 关闭 maven仓库--私服(Nexus的配置使用) 2013-12-16 21:06 45684人阅读 评论(8) 收藏 举报 本文章已收录于: .embody { padding: 10px 10px 10px; margin: 0 -20px; border-bottom: solid 1px #ededed } .embody_b { margin: 0; pa

配置Nexus Repository 打开WEB管理界面:http://localhost:8081/nexus/index.html 点击右上角Log In进行登录,默认帐号:admin.密码:admin123 点击左侧Repositories项 -> central仓库 -> Configuration -> Download Remote Indexes=True -> Save,表示下载远程仓库的索引. 右键central仓库 -> Update Index,更新远程