原文网址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2.官网:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml HISAT2安装 下载HISAT2-2.0.1,并解压: unzip hisat2-2.0.1-beta-Linux_x86_64

下载Maven仓库索引有两种方式: 一.手动下载 首先将索引下载到本地,下载地址:nexus-maven-repository-index.zip 解压索引压缩包,将里面内容全部拷贝   关闭当前Nexus私服,打开Nexus目录%Nexus_Home%\sonatype-work\nexus\indexer\central-ctx,首先删除当前目录里所有内容,然后粘贴所下载的索引,最后启动Nexus私服,索引生效.   二.自动下载 下载索引的步骤: 1.  打开Repositories标签,

HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件

安装私服~~~ 整体流程: 服务器安装私服 配置私服(主要是安装索引) 本地maven配置指向私服 安装私服 win & linux 网上教程很多,不在阐述: 配置私服(及安装index) 1,在线安装index(下载很慢,且不一定能安装成功)   将Download Remote Indexes值改为true,点击"save"后,点击左边的"Administration"->"Scheduled Tasks"链接,如果没有出现&q

维斯 (作者), 冯舜玺 (译者) <数据结构与算法分析:C语言描述(原书第2版)>内容简介:书中详细介绍了当前流行的论题和新的变化,讨论了算法设计技巧,并在研究算法的性能.效率以及对运行时间分析的基础上考查了一些高级数据结构,从历史的角度和近年的进展对数据结构的活跃领域进行了简要的概括.由于<数据结构与算法分析:C语言描述(原书第2版)>选材新颖,方法实用,题例丰富,取舍得当.<数据结构与算法分析:C语言描述(原书第2版)>的目的是培养学生良好的程序设计技巧和熟练的算

克尼汉 (作者), 等 (作者, 译者), 徐宝文 (译者) 下载地址:点我 <C程序设计语言(第2版•新版)>是由C语言的设计者Brian W.Kernighan和Dennis M.Ritchie编写的一部介绍标准C语言及其程序设计方法的权威性经典著作.全面.系统地讲述了C语言的各个特性及程序设计的基本方法,包括基本概念,类型和表达式.控制流.函数与程序结构.指针与数组.结构.输入与输出.UNIX系统接口.标准库等内容. 编辑推荐 <C程序设计语言(第2版•新版)>讲述深入浅出,

rpm 简介 RPM包管理员(简称RPM,全称为The RPM Package Manager)是在Linux下广泛使用的软件包管理器.RPM此名词可能是指.rpm的文件格式的软件包,也可能是指其本身的软件包管理器(RPM Package Manager).最早由Red Hat研制,现在也由开源社区开发.RPM通常随附于Linux发行版,但也有单独将RPM作为应用软件发行的发行版(例如Gentoo).RPM仅适用于安装用RPM来打包的软件,目前是GNU/Linux下软件包资源最丰富的软件包类型之

APT本地源的搭建(可用于局域网apt-get源搭建或者本地源) 本文档介绍使用apt-mirror软件搭建apt本地源 需求:内网开发环境由于其特定原因不能上外网,所以需要本地环境下的内网源来方便开发人员下载安装软件 建议:单独使用一块磁盘来存放源文件或者单独一个目录下,避免混淆 服务端配置 1.安装apt-mirror apt-get install apt-mirror 2.修改apt-mirror配置文件 vim /etc/apt/mirror.list 参考以下配置文件: 清空原有的配

 解决eclipse中自带的maven搜索不到非本地第三方包问题   版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. 最近使用eclipse中的maven插件时发现,在pom.xml文件中添加第三方包时,查询不到非本地的jar包,感到格外不方便,也感到非常困惑.我记得在早期的eclipse版本中是自己安装maven插件,不存在该问题,于是就花费了半个小时时间来研究了下,结果发现,eclipse自带的插件,默认不会将第三方包索引下载到本地,所以就搜索不到了,按如下方法就可以下载并使用了 1.

Java 编程入门(系列)      Python数据分析与挖掘经典案例实战      "我的2016"主题征文活动 关闭 maven仓库--私服(Nexus的配置使用) 2013-12-16 21:06 45684人阅读 评论(8) 收藏 举报 本文章已收录于: .embody { padding: 10px 10px 10px; margin: 0 -20px; border-bottom: solid 1px #ededed } .embody_b { margin: 0; pa

配置Nexus Repository 打开WEB管理界面:http://localhost:8081/nexus/index.html 点击右上角Log In进行登录,默认帐号:admin.密码:admin123 点击左侧Repositories项 -> central仓库 -> Configuration -> Download Remote Indexes=True -> Save,表示下载远程仓库的索引. 右键central仓库 -> Update Index,更新远程

课程背景为了满足高可用.可扩展并容错的分布式搜索引擎.Solr是一个高性能,采用Java5开发, 基于Lucene的全文搜索服务器.同时对其进行了扩展,提供了比Lucene更为丰富的查询语言,同时实现了可配置.可扩展并对查询性能进行了优化,并且提供了一个完善的功能管理界面,是一款非常优秀的全文搜索引擎 教程目录:课时1:课程介绍课时3:1.搜索引擎及solr概述课时4:3.solr基于tomcat下安装课时5:2.solr基于jetty部署及安装课时6:4.solr管理控制台课时7:5.sche

catalogue . NAT概念 . P2P概念 . UDP打洞 . P2P DEMO . ZeroNet P2P 1. NAT概念 在STUN协议中,根据内部终端的地址(LocalIP:LocalPort)到NAT出口的公网地址(PublicIP:PublicPort)的影射方式,把NAT分为四种类型(rfc3489: http://www.ietf.org/rfc/rfc3489.txt) . Full Cone: 这种NAT内部的机器A连接过外网机器C后,NAT会打开一个端口,然后外网的

从去年至今,自己一直在学习自动化测试工具,想利用自动化工具尽可能的将重复的.关键的.耗时耗力的工作实现自动化,减轻日常测试工作,提升测试效率.在学习的过程中,将 maven 作为了项目开发管理工具,进行分模块开发.初始的时候,自己一个人想怎么搞就怎么搞...之前给同时做了分享,并引入公司,大家一起努力去完善系统.悲剧的是,最近公司限网,从 maven 中央仓库下载所需的 jar 包,需要外网的支持,而使用相同的 jar 时,每人均重复下载浪费网络资源,并且也影响项目构建的速度,因而想构建一个公司

安装篇 1.tar -zxvf nexus-latest-bundle.tar.gz 2.cd nexus-2.13.0-01/bin 3../nexus start 这时可能提示 ****************************************WARNING – NOT RECOMMENDED TO RUN AS ROOT****************************************If you insist running as root, then set

Nexus安装 1.下载Nexus:[笔者版本nexus-2.11.2-03-bundle.tar.gz] 2. 安装nexus [root@localhost local]# pwd /usr/local [root@localhost local]# - [root@localhost local]# --bundle.- [root@localhost local]# cd nexus-- [root@localhost nexus--]# ls nexus-- sonatype-work

一.概述 1.概要 现在的项目基本都是用Maven来管理工程,这样一来在公司内容搭建一个私服就非常有必要了,这样一来可以管理公司内部用的JAR包,也可以管理第三方的各种JAR来,以免每次都要从外网的仓库中下载.私服有两种软件搭建Nexus和artifactory,这两个各有优点.artifactory 三年前已配置过了,本文配置一下Nexus.Nexus还是一个比较流行的私服. 2.Nexus介绍 Nexus是一个强大的Maven仓库管理器,它极大地简化了自己内部仓库的维护和外部仓库的访问.利用

1. 为什么使用Nexus 如果没有私服,我们所需的所有构件都需要通过maven的中央仓库和第三方的Maven仓库下载到本地, 而一个团队中的所有人都重复的从maven仓库下载构件无疑加大了仓库的负载和浪费了外网带宽,如果网速慢的话,还会影响项目的进程. 很多情况下项目的开发都是在内网进行的,连接不到maven仓库怎么办呢?开发的公共构件怎么让其它项目使用? 这个时候我们不得不为自己的团队搭建属于自己的maven私服,这样既节省了网络带宽也会加速项目搭建的进程,当然前提条件就是你的私服中拥有项目

一.Maven安装 详见Java开发环境搭建 二.Nexus安装 2.1.下载 地址:http://www.sonatype.org/nexus/go/ 选择OSS(ZIP)版本 2.2.安装 将安装包解压到指定目录,如(D:\JavaTool\nexus-2.11.4-01-bundle) 在bin\jsw目录下找到对应操作系统的版本,如下图: 进入后可看到如下所示bat脚本文件 说明如下: console-nexus.bat :nexus 控制台,用于启用nexus install-nexu

我们在使用maven的时候,对于项目所依赖的jar包,maven默认会在中央仓库下载jar包,到本地的磁盘目录(如果没有配置则是用户目录下/.m2/repository文件夹下).如果公司内部搭了一个maven私服的话,开发人员将仓库地址指向内网仓库地址,需要的jar包可直接在私服取,下载速度比远程要快,如果本地仓库没有则自动从远程下载并保存在本地.本文使用nexus搭建一个私服. 一.下载nexus 在浏览器中搜索 Sonatype Nexus 进入官网,找到下载 .下载之后解压压缩包如下: