参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 1 ##安装Y叔的包 2 library(remotes) remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb") #若报错 force ,则强制安装 remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb", for

已知KEGG数据库中ko_map.tab文件,K-->ko: 目标文件:map-->K 代码示例: #! /usr/bin/perl -w use strict; my %seq; open IN, "ko_map.tab" or die $!; while(<IN>){ chomp; my ($ko,$map) = split(/\t/,$_,2); my @maps = split(/ /,$map); foreach my $elis (@maps){ i

注:这些工具的应用都是受限的,有些本来就是只能用于预测动物,在使用之前务必用ground truth数据来测试一些.我想预测某一个植物的转录本,所以可以拿已经注释得比较好的拟南芥来测试一下.(测试的结果还是比较惊人的) CPC (熟悉的名字,原来是北京大学的高歌.魏丽萍开发的) 搜文章时才发现2017年已经出了CPC2了 CPC可在线使用a Support Vector Machine-based classifier, named Coding Potential Calculator (CP

在cmd 上运行 python manage.py shell   引入models的定义 from app.models import  myclass   ##先打这一行    ------这些是例子的models格式------ class  myclass():      aa =  models. CharField (max_length=None)      bb =  models. CharField (max_length=None)      def __unicode__

引入models的定义 from app.models import  myclass class  myclass(): aa =  models. CharField (max_length=None) bb =  models. CharField (max_length=None) def __unicode__(self): return u'%s %s' %(aa,bb) 增 添加一行数据1 add = myclass(aa='wahaha',bb='hahawa' ) add.sa

数据库对象 Oracle数据库对象: 数据库对象是数据库的组成部分,常常用 CREATE 命令进行创建,可以使用 ALTER 命令修改,用 DROP 执行删除操作. 种类: (1)表空间:所有的数据对象都存在指定的表空间中. (2)同义词:就是给数据库对象起一个别名. (3)序列:Oracle中实现增长的对象. (4)视图:预定义的查询,作为表一样的查询使用,是一张虚拟表. (5)索引:对数据库表中的某些列进行排序,便于提高查询效率. 表空间 在数据库系统中,存储空间是较为重要的资源,合理利用空

官网https://studyiris.com/example/orm/xorm.html例子,稍做修改 1.我是win64,但没有遇到mingw问题,应该是之前安装过gcc环境,参考:测试一下robotgo自动化操作,顺便解决了原来的mingw版本中只有gcc,没有g++的问题 2.将其中的字段名.字段内容改为中文,并按id访问数据表中的行,没遇到乱码问题,很好. 代码如下: //包主显示如何在您的Web应用程序中使用orm //它只是插入一列并选择第一列. package main impo

直接创建WEB项目即可: public class Startup { //startup.cs是站点启动时具体做了哪些事情,主要是开启了一个mvc服务. public Startup(IConfiguration configuration) { Configuration = configuration; } public IConfiguration Configuration { get; } // This method gets called by the runtime. Use

写在前面: 因为工作时候经常遇到半路接手项目的情况,由于年代久远,数据库字典这块经常缺失.故写此篇,以便复用,也希望对大家有点帮助. 随笔内容不高级,如有不妥,不吝指正. ps:有另一篇详细随笔可以参考[[功能集锦] 002 - mysql查询数据库字典+导出+样式一键整合至excel]. ------------------------------------------------------------分-割-线---------------------------------------

初学YII, 整理了一些YII数据库的相关操作,  共同学习,共同进步. 一.查询数据集合 //1.该方法是根据一个条件查询一个集合 $admin=Admin::model()->findAll($condition,$params); $admin=Admin::model()->findAll("username=:name",array(":name"=>$username)); //2. findAllByPk(该方法是根据主键查询一个集合

比如你在库A ,想查询库B的表.可以用 数据库名.架构名.表名的方式查询 select * from 数据库B.dbo.表1 也可以在存储过程中这样使用. 需要注意的是,如果使用这样的查询方式,你必须要确保该SQL SERVER用户有足够的权限.比如使用SA用户,或者把用户的 服务器角色设置为 sysadmin ,或者给用户映身两个数据库. [笔记]

# 配置数据库app.config['SQLALCHEMY_DATABASE_URI'] = "mysql://root:mysql@127.0.0.1:3306/booktest"app.config['SQLALCHEMY_TRACK_MODIFICATIONS'] = False db = SQLAlchemy(app) class AddBookForm(FlaskForm): """自定义添加书籍的表单""" aut

1.创建Django工程 https://www.cnblogs.com/CK85/p/10159159.html 2.在model.py中配置生成表格的类对象. from django.db import models # Create your models here. class Book(models.Model): name = models.CharField(max_length=20) price = models.FloatField() pub_date = models.D

原始代码: 查不到 SELECT b.ID, b.PRICE_ITEM_CODE, b.PRICE_NAME, b.DES_SITE_CODE, b.SRC_SITE_CODE, b.CALC_TYPE, b.BIZ_TYPE, b.CACULATE_MODE, b.PRODUCT_CODE, b.PRODUCT_EFFECT, b.DIS_TYPE, b.START_DATE, b.END_DATE, b.CREATE_DATE, b.MODIFY_DATE, b.CREATE_USER_CO

    引用集: using System.Data.OleDb; static string exePath = System.Environment.CurrentDirectory;//本程序所在路径 //创建连接对象 OleDbConnection conn = new OleDbConnection("provider=Microsoft.Jet.OLEDB.4.0;data source=" + exePath + @"\文件名.mdb"); 1.和查询