目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 1 ##安装Y叔的包 2 library(remotes) remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb") #若报错 force ,则强制安装 remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb", for

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

WebService访问oracle数据库本地调试-一步一个坑 上篇文章提到我们额数据库挂了,重装了数据库,然后呢我需要在本地调试WebService,看看那些数据结构缺失,迁移到新数据库中去.踩坑之路正式开始,当然这不是WebService这个项目埋下的坑,应该是每个使用oracle开发WebService要踩的坑,我踩过了,希望你看到后可以轻松过去. 我的连接字符串是这样的 <add name="oracle" connectionString="Data Sour

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并

已知KEGG数据库中ko_map.tab文件,K-->ko: 目标文件:map-->K 代码示例: #! /usr/bin/perl -w use strict; my %seq; open IN, "ko_map.tab" or die $!; while(<IN>){ chomp; my ($ko,$map) = split(/\t/,$_,2); my @maps = split(/ /,$map); foreach my $elis (@maps){ i

在经典的数据库理论里,本地事务具备四大特征: 原子性 事务中的所有操作都是以原子的方式执行的,要么全部成功,要么全部失败: 一致性 事务执行前后,所有的数据都应该处于一致性状态---即要满足数据库表的一致性约束,也要达到业务一致性(完成了业务目标): 隔离性 并发执行的事务之间不应该互相干扰:隔离性的强度由隔离级别决定: 持久性 事务一旦被提交,它添加/修改的数据不会随着宕机/重启而丢失: 在MySQL(InnoDB引擎)中,原子性和持久性是通过Redo Log来实现的,一致性是通过Undo L

1.Web Storage HTML5除了Canvas元素之外,还有一个非常重要的功能那就是客户端本地保存数据的Web Storage功能. 以前都是用cookies保存用户名等简单信息.   但是cookie有下面几个问题: a:大小:cookies的大小被限制在4KB b:带宽:cookies随HTTP事务一起被发送,因此会浪费一部分发送的cookies时使用的带宽. c:复杂性:要正确的操纵cookies是很困难的.   Web Storage分为两种: <1>sessionStorag

1.首先下载好客户端工具,然后到Oracle官网下载Instant Client: http://www.oracle.com/us/solutions/index-097480.html 解压文件到本地磁盘任意地方.例如 D:/instantclient_11_2 并把此路径添加到环境变量中 2.在D:/instantclient_11_2目录下新建目录NETWORK,在NETWORK目录下再建ADMIN目录,在ADMIN目录下新建文件tnsnames.ora,打开写入如下内容: ORCL =

exp本地导出与imp本地导入 exp命令: 1 exp username/psw@TEST file=d:test.dmp full=y 2 exp username/psw@TEST file=d:test.dmp owner=(ly) 3 exp username/psw@TEST file= d:test.dmp tables=(grid1,grid2) 1其中一是将Test(与某一数据库对应的oracle服务名)数据库进行整体导出 2将属于用户ly的所有表导出 3将表grid1,与gr

数据源表示数据库所在设备的ip地址或名称,基本上有以下几种写方法 data source = (local) data source = "127.0.0.1" data source = . data source = "服务器设备的ip" data source = "服务器设备的名称" 如果要连接的是本地的数据库(可以简单理解为向数据库发起连接请求的程序和数据库在同一台设备上面),上面的方法都是适用的,但如果请求连接的不是本地的数据库那么就

SQL Server数据库上云,通过备份文件上传进行恢复. 1.通过OSS工具上传备份文件. 相关知识和操作步骤请参考: https://blog.csdn.net/weixin_35773751/article/details/82118271(阿里云 OSS浏览器使用步骤) https://help.aliyun.com/document_detail/61872.html?spm=a2c4g.11186623.2.24.4b1b4c07eLQ4QB(使用ossbrowser工具上传备份文件

第一步:命令行登录 sqlplus sys/root@orcl as sysdba sqlplus 超级管理员/密码@数据对象 as sysdba 第二步:创建DIRECTORY create directory bak_file as 'F:\ORACLE_AUTO_BACK\bac'; create directory 目录名 as 'F:\ORACLE_AUTO_BACK\bac'; 第三步:授权目标库用户DIRECTORY权限 Grant read,write on directory

本地数据库 *:first-child { margin-top: 0 !important; } body>*:last-child { margin-bottom: 0 !important; } /* BLOCKS =============================================================================*/ p, blockquote, ul, ol, dl, table, pre { margin: 15px 0; } /

转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号.通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究,可以直接查看物种某条生物学通路上基因的存在情况. 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果(比如,植物Phytozome:动植物Ensemble),然后对应到自己的差异基因集里面. 当然如果自己的物种没有KE

1.DBA工作:日常维护,备份及恢复,系统安装,补丁应用,健康检查及优化,故障处理; 2.精通sql语句.视图存储过程.函数的编写.触发器; 3.精通data guard/RAC,能顺利配置和管理data guard; 4.精通mysql Master-Master/slaves/cluster应用运行体系及高可用.读写分离解决方案; 5.精通Linux环境下mysql数据库归档/非归档模式下的备份.恢复.数据安全; 6.掌握oracle的sql语句,plsql开发.调优; 7.掌握一种以上No

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1.工程目录结构如下 2.引入需要的jar包,如上图. 3.创建持久化类User对应数据库中的user表 package com.hibernate.配置文件.pojo; import java.sql.Date; public class User { private Integer id; private String username; private String password; private Date update_time; public User() { super(); }